L'inspecteur Akane Tsunemori se voit confier sa première affaire : le kidnapping d'une femme retenue otage.

Récupérant du tir paralysant d'Akane et des retombées de sa première affaire, Kogami s'interroge : est-il vraiment fait pour une carrière d'inspecteur ?

Ginoza, Akane et les Exécuteurs enquêtent sur une mort suspecte dans une usine de fabrication de drones.

En enquêtant sur la disparition de Kimihiko Hayama, l'unité découvre que ce dernier a été tué et que quelqu'un a usurpé son identité.

Après un nouveau meurtre reprenant le même mode opératoire que pour Kimihiko Hayama, la pression monte d'un cran pour retrouver l'assassin.

Tandis qu'Akane s'intéresse de plus près à Kogami et à son passé, les détectives enquêtent sur l'incident de drone d'Hachioji.

Après avoir établi un lien entre les récents assassinats et le Cas du Spécimen, Ginoza découvre l'existence d'une preuve : une photo floue de Makishima.

Kogami découvre que le tueur d'étudiantes n'est pas le même assassin que celui de l'affaire non résolue vieille de plusieurs années, mais bien l'un des étudiants.

Alors qu'il tente de retrouver Makishima, Kogami emmène Tsunemori chez son ancien professeur pour en apprendre davantage sur les différents profils criminels.

Makishima et Senguji tentent de piéger Kogami dans une station de métro abandonnée en se servant de Yuki comme appât, mais tout ne se passe pas comme prévu.

Partie seule à la recherche de Makishima pour retrouver son amie Yuki, Akane découvre avec stupéfaction que son arme ne peut rien contre le criminel.

Dans cet épisode se déroulant trois ans avant le début de la série, la guitariste et criminelle Yayoi est recrutée par l'Inspecteur Kogami.

Joshu Kasei, la responsable du Bureau de la Sécurité publique, ordonne à Ginoza de capturer Makishima bien que ce dernier soit "criminellement asymptomatique".

Une série de crimes a été commise par des tueurs portant des casques, usurpant les faibles coefficients de criminalité d'innocentes victimes.

Alors que les images des criminels aux casques se répandent, les citoyens répondent peu à peu par la violence, et bientôt, de véritables émeutes éclatent.

Akane, Kogami et Shusei réussissent à piéger Makishima, mais un combat éclate, mettant les émotions d'Akane à rude épreuve.

Après l'arrestation de Makishima et la fin des émeutes, Kogami s'intéresse au procès de Makishima et aux allers et venues de Shusei.

Retiré de l'affaire Makishima, Kogami remet peu à peu en question l'intégrité de Kasei.

Tandis que Ginoza refuse la thérapie, Makishima met à exécution son plan pour s'en prendre à l'importation de nourriture du Japon.

Akane contacte le Système Sibyl et lui demande de retirer l'ordre d'exécution de Kogami si elle réussit à capturer Makishima vivant.

Alors que Makishima reprogramme le virus, Kogami et Akane débarquent à l'usine et tentent par tous les moyens de l'empêcher de mettre en œuvre son plan.

Tandis que Kogami et Makishima sont prêts à tout pour en découdre, Akane tente de faire respecter la loi pour empêcher les deux hommes de s'entretuer.

Toujours inspectrice au Bureau de la Sécurité Publique, Akane Tsunemori fait équipe avec une nouvelle recrue pour assurer la sécurité du Système Sibyl.

Le mystère demeure après le meurtre commis par Shisui, tandis que le terroriste à la bombe a été appréhendé et évoque un complice qu'aucun scan n'a pu détecter.

Alors que Shisui se réveille avec un œil en moins, Akane Tsunemori se lance à la recherche de "l'homme invisible".

Aoyanagi fait face à un patient rebelle en se rendant dans un établissement psychiatrique après avoir été contactée par l’inspecteur Shisui.

Tandis que Mika a toujours du mal à se remettre du massacre auquel elle a assisté, Akane décide de se rendre dans la cachette supposée de Kamui.

Une chasse à l'homme s'engage alors que Kamui a réussi à détourner les drones du ministère et à les faire piloter par des anonymes croyant s'adonner à un jeu inoffensif.

À présent certaine de l'existence de l'homme invisible, Akane Tsunemori tente de retrouver sa trace en utilisant les indices qu'il a laissés dans son repaire.

Pendant qu'Akane et son équipe s'intéressent au passé de Kirito Kamui, Mika Shimotsuki fait une étonnante découverte en fouillant dans les archives du ministère.

Sakuya et Kasei révèlent la vérité sur le Système Sibyl. Akane tente de venir à bout de ses contradictions. Kamui met en œuvre la dernière phase de son plan.

Kamui met en œuvre son plan destiné à saturer le Système Sibyl. Se sentant menacée, la Chef Kasei ordonne à l'Inspectrice Tsunemori d'intervenir dès que possible.

Akane Tsunemori se retrouve face à Kirito Kamui lors d'une confrontation qui va lever le voile sur les véritables intentions de son exécuteur.

Tokyo, 2120. Un drone de transport s'écrase, et les nouveaux inspecteurs de l'Unité Une, Arata Shindo et Kei Mikhail Ignatov, enquêtent. En découvrant que Asahi Rick, le comptable de la compagnie Hyper Transport, a disparu, Arata utilise la Traque Mentale pour le retrouver, mais il est mort. Arata et Kei suspectent une mise en scène de l'accident et partent à la recherche du meurtrier de Rick.

L'Unité Une poursuit un suspect de l'accident, un cadre de Hyper Transport, Takumi Yonehara, dans un quartier abandonné. Mais quand ils le trouvent, il est déjà mort. Arata et Kei ignorent les ordres de la chef Shimotsuki et partent après le cerveau de l'affaire, Sasagawa, à l'aéroport Ariake, où deux inconnus leur barrent la route : Shinya Kogami et Nobuchika Ginoza des Affaires Étrangères.

Après sa rencontre avec Karina Komiya, Arata sent quelque chose d'énigmatique en elle, mais n'arrive pas à résoudre l'affaire. C'est alors que Lee Aki, le secrétaire de son adversaire, Kosuke " Hercule " Yakushiji, est assassiné. L'Unité Une décide de se séparer pour enquêter à la fois sur les suspects et leurs victimes.

La journaliste indépendante Yayoi Kunizuka rejoint l'Unité Une en tant que consultante d'enquête pour combler l'absence de Kei suite à sa suspension. L'enquête progresse et l'Unité Une découvre le plus grand secret de Karina Komiya. Supposant que Karina sera la prochaine cible attaquée, ils se précipitent au débat politique qui a lieu à l'Arène Giga.

Une Zone Religieuse Spéciale est établie, où les immigrants peuvent pratiquer leur foi librement. Les leaders religieux se rassemblent pour un événement dans la Nouvelle Ville Mitake, le lieu de la Zone Spéciale, mais il devient la cible d'une attaque terroriste à la bombe par un homme avec des explosifs implantés dans l'estomac. L'Unité Une commence une enquête sur la faction anti-zone spéciale.

Arata et les autres viennent d'apprendre qu'il y a trois autres bombes humaines lorsqu'un troisième attentat-suicide dans le quartier des usines de New Town prend la vie de Joseph Auma. Pendant ce temps, Kei et Kisaragi ont infiltré Heaven's Leap à la recherche d'indices sur les attentats à la bombe perpétrés par les terroristes. Ils découvrent la preuve qu'ils cherchent, mais se retrouvent exposés et captifs.

À travers une trace mentale, Arata découvre que le Kurisu supposément mort est vivant et découvre la vérité derrière les attentats terroristes. Shimotsuki, quant à lui, a lancé une recherche forcée de Heaven's Leap et a amené l'unité deux pour localiser Kei. Torri, acculé, prend Maiko en otage et confronte Kei, mais Maiko profite d'une ouverture momentanée pour mettre fin à sa vie.

L'Unité Une commence à découvrir la vérité derrière la série d'incidents et s'associe avec la Section Comportement pour continuer l'enquête. Arata assure la sécurité de la gouverneure qui risque d'être visée à nouveau pendant que Kei organise un piège en utilisant Kisaragi comme appât.