2114年、シビュラシステム運用下にある東京の繁華街で連続爆破事件が起きた。公安局刑事課一係の監視官・常守朱は、事件直後に色相が悪化した人物のサイマスティックスキャンのログをトレースすることで居場所を特定。一係と二係の刑事と現場へ向かう。朱は逃亡を図る潜在犯・喜汰沢旭をすぐに執行しようとせず、ある可能性に賭けようとしていた――。

局長に命じられた三係の作戦の結果、犯人とともに人質のサイコパスも悪化しメンタルケア施設は虐殺の場となってしまった。事件後、朱はカムイの存在を確認するために国防省の軍事ドローン研究開発部門が使用している旧港の倉庫地帯へ足を運ぶ。すると捜査中に軍事ドローンが起動し、殺戮をはじめた。そのドローンを操作している者の正体は――。

軍事ドローンは容赦なく刑事たちを追いつめる。そこにドミネーターを持った人物が現れ、犯罪係数が悪化した刑事たちを撃っていく。常守朱はカムイの目的に気づき、執行官を下がらせ、監視官が前線に出るように切り替える。そして朱自らカムイの足取りを追うのだが・・・・・・。そのころ市街では、ドローンの暴走が拡大し大混乱が起きていた――。

鹿矛囲が裁きを為したとき、この世界は変わる。そう鹿矛囲を信じる人間たちが公安局の刑事たちに次々と捕えられていく。朱は鹿矛囲とともにシビュラシステムの中枢へ。はたしてシビュラと鹿矛囲、どちらが裁かれるのか。いま世界のルールが変わろうとしている――。