ところはアフリカ奥地の秘境。ここでは、パンジャという名の白いライオンが出没、魔神として人間達から恐れられていた。古代エジプト王朝で神と崇められた白いライオンの子が盗まれてから、4000年後の出来事である。動物達から王者と崇められていたパンジャだったが、ついに密猟者ハムエッグの手にかかって命を落とす。一方、パンジャの妻・エライザは捕獲され、移送先のヨーロッパへ向かう船内でレオを出産する。

エライザを残して船を脱出したレオは海上を漂流していた。そのレオを発見したのは、エライザを捕らえた張本人の蜜輸業者・クッター。彼もまた、船の遭難によって漂流者となっていた。レオとクッターは、近くを通りがかった船に救助され、港に上陸する。そこで、医師の伴とその甥のケン一の元に預けれることとなったレオは、初めて人間の生活を体験する。やがて、レオはケン一と入った動物園で黒ヒョウ三兄弟と出会うが……。

レオとケン一が出会ってから1年。ついにレオはアフリカに送還されることになった。レオはついに辿りついたアフリカの暑さや広さに目を見張る。しかし、レオが送り込まれた場所は、人の管理下に置かれたサファリパークに過ぎなかった。｢本当のジャングルに逃げろ｣。パークに保護されているヌーの言葉を胸にレオはケン一と一緒にパークからの逃亡を図る。やがて追跡を振り切って境界線を越え、広いサバンナをジャングルへ走るレオの姿があった。

アフリカの大地をひた走るレオに、大自然は容赦なく牙をむく。襲撃してきた黒ヒョウのトットから逃れたレオは、罠にかかったガゼルのトニーとオウムのココを救う。アフリカへ来て初めて得た友人たちであった。そんな憩いの時もつかの間、ライオンを追い続ける密猟者・ハムエッグ、荒れ狂う突然の大竜巻、そしてトットの親分のライオンのブブなど、一行は次から次へと苦難に巻き込まれていく。

トニーとココの案内でパンジャの森に入ったレオ。その平和な森に突如ジェット機が墜落、あたりは火の海となる。火災の中で、レオは薬草を探しに来ていた若い娘のライオンのライヤと出会う。森の長老クロサイ爺さんからの情報を頼りに滝の上の薬草を取ることに成功するレオは、とっさのアイディアから滝の岩を崩し、パンジャの森に大水を導くことによって火を消し止めるのだった。そして、レオは墜落した飛行機を住居に森に住む決心をした。

ある朝早くレオは、川下から一隻のクルーザーが遡って来るのを見つける。クルーザーに乗る3のアメリカ人は、遊びでライフルを放ち、水牛の子・ロロを殺してしまう。怒った父牛のボブとその仲間たちは、レオと協力して人間達を追い帰すための作戦を展開する。3人組アメリカ人のボス・ギランはレオに立ち向かうが、船は沈没、一同はゴムボートで森を去って行く。水牛のボブは子供の仇を討ち、森の平和を守ったレオに敬意を注ぐのだった。

オカビのマミーが、パンジャの森の近くに住むジャングラ族に捕らえられた。ジャングラ族はマミーを祭の生贄にしようというのた。マミーの子“泣き虫カビー”とともに集落に侵入したレオはマミーの救出に成功する。逆に見張り役に捕えられてしまったカビーも、トニーの決死の攻撃で辛くも救われる。オカビの母子を墜落機の中に隠し、単身ジャングラ族に立ち向かうレオにジャングラ族の無数の追っ手が迫る!

パンジャの森の上空に熱気球が出現した。調査団を指揮する歴史学博士チャールズの目的は人類最古の文明発祥地の発見にあったが、2人の助手は珍しい古代ライオンの密猟を計画していた。気球を追ったレオは、岩山で古代ライオンのマロディと出会う。マロディの孫達は気球のベース・キャンプを襲うが逆に銃撃され、レオの援護で命拾いする。マロディとレオは気球を墜落させ、マロディは3人を殺そうとするが、最後はレオの制止を受け入れるのだった。

豪雨に続く洪水で大混乱に陥った夜のジャングル。その混乱のさなか、レオはダイカーの迷子パゴに出会い、洪水に流された家畜の牝牛マヌワを救った。そんなマヌワを数回にわたって連れ戻そうとする飼主のパンナ族の男はレオがマヌワを餌食にしようとしていると誤解し銃を撃つ。だが、その銃弾はレオを庇ったマヌワに当たってしまう。瀕死のマヌワは子牛を生み落とし、一方のパゴはダイカーの一団に仲間として認められ、森を去っていくのだった。

川下の村に自分と同じ白いライオンがいる。その噂を耳にしたレオがパロス族の村で出会ったのは、パンジャの妹・リョーナであった。そこにはまた、森の火災のさなかに出会ったライヤの姿もあった。しかし、リョーナはパロス族が観光用に行う儀式の女神として飼われる存在であり、レオは安穏な生き方を選んだ叔母に激しく反発する。ライヤの協力で村から脱出しようとするレオだったが、パロス族はレオをリョーナの後継ぎにしようと追っ手をかける!

日照が続き、飢饉に陥った像の一族がサバンナからパンジャの森の対岸へやってきた。元々対岸に住んでいた動物達は川を渡ってパンジャの森へ逃げ込む。象一族のボス・パグーラの子供のビゾーは、森の掟を無視したイタズラを繰り返したため、パンジャの森は大騒動となる。レオはビゾーを庇ったことで孤立、やがて、ここぞとばかりにブブとトットがビゾーに襲いかかる。その有様を対岸で見ていた象一族は、地響きを立てて川を渡り始めるのだった。

ドクロ岩の中腹に住むイヌワシ母子が豹に襲われた。雛の中でミュー1羽だけが恐怖で飛べず、逃げ遅れてしまう。レオはミューと母のマーサを助け、安全なマロディの岩山にすまわせることにする。マロディはミューに、伝説の怪鳥ギメラの赤い羽根を手に入れれば飛ぶことが出来ると話す。それを信じたミューはストーン山へ向かい、レオもその後を追う。苦難の旅さなか、ついにギメラが出現するが、それは赤い池で体を染めたマーサだった。

パンジャの森の動物達は水飢饉で大騒ぎになっていた。そんな時、突然、雪が降ってくる。珍しい現象に驚くレオに、クロサイじいさんは、ムーン山の守り神のマンモス｢おふくろさん｣が怒っているのではないか、と話す。ムーン山に向かったレオは、厳しい旅路を経て、ついに吹雪の雪原でおふくろさんに出会うことが出来る。おふくろさんは、パンジャの森に恐ろしい力が迫っており、それから森を守るのが白いライオンの努めであることを告げるのだった。

おふくろさんの言葉を信じたレオは、森の動物達に迫り来る危険を伝えて回る。そんなレオの姿に、パンジャの森を乗っ取るための行動と誤解したブブとトットは、無抵抗のレオを襲って傷つけてしまう。瀕死のレオを救ったマロディは、森で生きるためには力しかないことを、体を張って教え込む。力こそが正義と信じたレオは、森の小動物を獲物にしているワニに戦いを挑んで殺してしまう。トニーとココは、レオの野生化した形相に恐怖を感じるのだった。

火山の噴火によってパンジャの森に地震が発生、動物たちはレオを残して逃げ出してしまう。地震が静まり、荒れた森を元通りにしようとするレオだったが、手伝ってくれるのはライヤだけだった。そんな中、倒木の下敷きになったインパラの母親を助けようとしたレオだが、苦しみを長引かせるだけに終わってしまう。冷静さを欠いたレオは、縄張り争いを始めたハイエナとリカオンの仲裁に入り、両者を力でねじ伏せようとして乱闘に発展させてしまう。

｢あなたは変わったわ｣。そんなライヤの言葉にショックを受けたレオはライヤの住む村へ向かう。村は大密猟団に襲われ、リョーナが連れ去られてしまった。レオとライヤは大密猟団のヘリコプターを追跡してキャンプ地を発見、リョーナを檻から逃すことに成功する。自ら囮となってリョ―ナとライヤを逃がすレオ。そんな中、リョーナは麻酔弾を受けて倒れてしまう。怒りに燃えるレオはヘリを落下させ、傷ついた操縦士に襲い掛かるが、ライヤは身をもってレオを制止するのだった。

レオ不在のパンジャの森で傍若無人に振舞うブブたち。仲間たちのいる森へ帰ってきたレオは、ブブに森の掟を破ったことを大勢の動物達の前で詰られ、森を去っていく。レオは、サバンナで一人生きる老ライオン・クレイヴと出会い、行動を共にする。やがて、クレイヴがライオン”黒たてがみのジョー”の率いるグループに領地の岩山を奪われたことを知ったレオは、止めるクレイヴを尻目にジョーたちに戦いを挑むのだった。

一人で生きていける自信を抱き、一人旅を続けるレオ。ある静かな森を出て以来、何者かに尾行される気配を感じていたレオは、チーターの一族に取り囲まれてしまう。自分たちの土地に入り込んだレオを始末すべく、物凄いスピードと数の力で襲い掛かってくるチータたち。戦いを有利に運ぼうと石柱上に逃げるレオ。しかし、チータ達は石柱を包囲してレオの体力を奪う作戦に出、レオは灼熱の太陽に全身を焼かれ、絶体絶命の危機に陥る。

サバンナを行くレオの胸中には、森へ帰りたいという想いと、このままでは帰れないという意地との相反する考えが渦巻いていた。心身ともに衰弱したレオは、年老いた象に導かれて静かな森へ着く。老像はそこで静かに死を迎えようとしていた。象の死を看とったレオは、悲しみを振り切るかのように走る。やがて、その眼前に広大なヴィクトリア湖の景観が広がった。壮大な自然の中で生きる動物たちの姿に、レオはパンジャの森へ帰る決心をするのだった。

ヴィクトリア湖を後にパンジャの森へ向かうレオ。レオは、その白い毛並みに目をつけた密猟者に追われるまま、ゴリラの群れに出逢う。リーダーのシルバーバックはパンジャの勇名を聞き及んでおり、レオは彼らと行動を共にすることになる。一方、若いガルはシルバーへの反発から群れを出ていってしまう。その行動が密猟者を呼び寄せることになり、群れの子供たちが密猟者に捕らえられてしまう。子供の救出が第一と考えたレオは、単独で救出に向かうが……。

パンジャの森を目指しレオは走った。森はブブをはじめとする3悪人の天下になっており、レオの帰還に森の動物達は歓声を上げた。しかし、レオがブブたちと戦わないことを宣言したために、森は再び混乱に陥った。やがて傍若無人に振舞うブブとトットに森のすべての動物達が立ち向かった時、レオは身体を投げ出してブブの牙から動物たちを守った。森を守るのは、そこに住むすべての者の力である。そんな事実を、森の動物たち全員が自覚した瞬間だった。

野生動物を研究するためにアフリカにやって来たケン一は、ジープを密猟者ランプにカージャックされてしまう。ランプの隙を見てケン一が飛び掛り、車はブッシュに激突して停止した。意識を取り戻したケン一は、敵意に満ちた目の動物たちが自分を取り囲んでいることに気がつく。その先頭に立つレオは、ランプの銃撃を止めたケン一の姿に、すべての人間が森に害を及ぼすわけではないことを知った。そして、ケン一に不思議な懐かしさを感じるのだった。

人間に住処を追われた動物たちが続々と森へやって来る。その結果、その場所に既に住んでいた動物たちと新参者との間で小競り合いが始まってしまう。マロディーはレオに、パンジャのように外敵と戦って森を守るように話すが、森に住みたいと願う動物と戦うことは出来ない、とレオは決して戦う意思を見せない。やがて、動物たちを二つに割った争いが勃発、争いの真っ只中に飛び入ったレオはボロボロに打ちのめされながら、争いを諌め続けるのだった。

人間が落としていったライフル銃を見つけたトニー。ココが止めるのも聞かず、これを一人で棄てに行うとした矢先に銃が暴発、子猿が怪我を負ってしまう。動物たちに責められたトニーはパンジャの森を出ていく。トニーを連れ戻すべく、後を追うレオ。が、トニーはブブの第二のパンジャの森を作ろうとの巧みな言葉に乗せられて、一味に加わっていた。やって来たレオは、トニーを人質に取られてなすすべもないまま、ブブに押さえ込まれてしまう。

アフリカの地下資源を狙う組織が、バロス族の村からリョーナを連れ去った。観光の目玉を奪われた村に役人を装ったハムエッグらが訪れ、一族の立ち退きを命じる。リョーナ奪還を目指すレオは、ハムエッグの銃撃を受けて川に沈む。

レオは辛くもライヤに救われた。村では別の土地を用意するという組織との裏取引が完了、一部の人間は村を捨て、組織の部隊による破壊活動が開始される。混乱の中、レオは遂にリョーナが捕らわれた檻にたどり着くが…。

パンジャの森へ移ってきたライヤは、リョーナの死から立ち直れず、遺品の首輪を前にして空ろな日々を過ごしていた。ある日、一人で川へ出かけたライヤは流木に乗った拍子に、これを止めようとしたトニーを傷つけてしまう。後ろめたさから森を出て行くライヤ。途中、迷子の子ヒョウを助け、母親を探してあげた彼女は、どこかでリョーナの首輪を落とした事に気付き、慌てて探し始めるのだったが…。

川岸でライヤはイノシシの子・ギボと出会う。ギボは人間が捨てたゴミを拾い集めており、それらを自分の亡き家族の代わりとして宝物にしているという。その頃、二人の動物学者が発信プレートを付けたガゼルを追っていた。ガゼルはプレートを外して逃げ、それをギボが拾ったため、動物学者がパンジャの森へ接近する。ギボからプレートを奪い、人間を森から遠ざけようと走り回るレオ。一方、ギボの宝物から出火して火災が発生した!

トニーたちが動物保護官に捕らえられた。レオはマロディたちと仲間を救出するが、安楽な生活に慣らされた動物たちは、パークへ戻りたいと言う。

ハゲワシの一族との戦いで傷を負ったレオは動けなくなってしまう。ライヤは薬草を探そうと、レオの止めるのも聞かずに危険な水晶の森へ向かう。

パンジャの森の外れにテントを張った画家・ジャンは、トニーを捕えるが優しく扱った。ブブとトットはレオを陥れようと、ジャンを森へ誘い込んで襲う。

映画撮影隊の車にいたヒョウの少年・ビリーを森へ誘い出すレオ。人間の所へ帰りたがるビリーに、レオは森の素晴らしさを教えようとする。

象牙を狙う密猟者に追われ、パグーラと息子のビゾーがいる象の群れがパンジャの森へ再びやって来た。レオは水牛のボブと協力して密猟者を追い払う。

白いライオンの写真を撮りにやって来たターナー。レオはターナーともみ合って大穴の底に転落する。そこには絶滅したはずの恐竜が生き残っていた。

酸性雨を降らせる黒い雲が、ジャングルを枯らしながらパンジャの森に近づいてくる。なす術もなくレオたちが見守る中、巨大木カラボスが再び目覚めた。

ジャングラ族のコンガは、ドクロ岩が発する不気味な音を静める称えの儀式を準備。神の怒りを鎮める生贄のガゼルとしてトニーたちが捕えられてしまう。

嵐の夜、父の声に導かれてドンガ村にやって来たレオ。そこは父・パンジャが命を落とした場所。レオの姿に村は白い魔神が甦ったとパニックに陥った。

平和な晩、巨大な流星がドクロ岩の彼方へ落下して爆発した。レオとライヤは流星の落下地点へ向う途中、怪我を負った動物たちに遭遇する。

神経ガスの動物実験を目的に、再び組織の人間がジャングルへやって来た。女科学者たちの流したガスによって動物たちはバタバタ倒れていく。

マロディの岩山へ鉱山技師のクンツを乗せた組織のヘリコプターが接近した。クンツに同道する兵士たちは岩山の古代ライオンを一掃するための攻撃を開始した。

ジャングラ族の村にやって来た傭兵部隊が、基地建設の労働力にすべくコンガと配下の者を無理やり連れ去った。レオはコンガを助け出そうとするが…。

組織が鉱脈資源開発のために強力な傭兵部隊を送り込んだ。レオにライバル心を抱くケルルは、自分なら単独で人間たちを倒せると岩山を飛び出していく。

森の動物が何者かの牙によって次々に殺されていった。一連の事件の犯人は、クッターの知人・ゲイニーが殺人獣に仕立てたレオポンのダンであった。

命を賭けて組織から森を守ろうとするレオ。組織の動向を休み無く警戒するレオの神経を休めようと、ライヤは彼を森の外へ連れ出すのだった。

基地の兵士に撃たれた母子ライオンがパンジャの森へ逃げ込んで来た。息子のマイヤーは力の強い者に憧れ、ケルルと人間の基地を見て回るようになる。

トニーは自分をからかったココと喧嘩してしまう。一方、マンドリルの群れでは、人間に飼われていた子ザルを仲間に入れるかどうかで騒ぎになっていた。

レオは、テープ再生したパンジャの遠吠えに誘われるままに人間の包囲網に入ってしまった。そして、ルテナンと彼の腹心ジョーが放った麻酔弾を受けてしまう!

マロディの岩山へのルートを開くため、ルテナンの部隊はパンジャの森への侵攻を開始した。レオは6匹の仲間たちと、手薄の基地を攻撃する作戦に出る。

組織の基地は多大な被害を受けた。ルテナンはホバークラフトで出撃し、ブブを捕獲する。レオは森の仲間を二手に分け、迎撃攻撃を開始した。

組織は一大レジャーセンター｢アビボリオン｣の計画を発表。一方、ルテナンの部隊はパンジャの森へ再侵攻、これをパンジャの森の動物たちが迎え撃つ。

戦いの中、ルテナンはパンジャの毛皮がある遺跡をミサイルで破壊した。レオはコンガたちジャングラ族とも協力し、最後の戦いを挑んでいく。