Mac part enqêter loin d'Harm dans l'Océan Indien au sujet d'un officier tombé à la mer. Pendant ce temps un ancien ami d'Harm est affecté au JAG et les deux hommes s'opposent sur le dossier d'un avion volé et d'un vol non autorisé.

Un major des marines est accusé de négligence par homicide et Mac et Harm se retrouvent face à face pendant la court martiale. A bord de l'USS Guadalcanal, Mac est chargé de l'accusation d'un major accusé d'homicide par négligence par le commandant du navive. A la grande surprise de Mac, Harm arrive à bord pour défendre le major et essayer de clarifier les choses avec Mac au sujet de leur relation. Mais alors qu'ils se retranchent derrière l'affaire , ils ont du mal à trouver du temps pour discuter de leurs problèmes personnels. Pendant ce tmps, l'amiral Chegwidden doit s'occuper de sa filleule adolescente, qui a fait une fugue.

En Indonésie, le consulat américain est assiégé. Suite au transfert du poste de police local vers le consulat d'un marine américain d'un marine accusé de viol, le consulat se retrouve assiégé par la population locale armée en colère et Mac doit prendre la situation en charge.Quand le commandant du détachement de marines est tué et son adjoint rendu aveugle au cours d'une attaque surprise, Mac se rend compte qu'elle est l'officier le plus gradé et doit organiser l'évacuation d'urgence du consulat pris sous le feu de la population.

Harm enquête sur le meurtre de deux crypto-analystes dans une salle sécurisée et découvre qu'une des victimes est un de ses anciens amis. Pendant ce temps, Mac essaie de savoir si la petite fille qu'elle a laissé en Indonésie est toujours vivante.

Harm défend un marine, qui en violant les règles de combat a provoqué la mort de six soldats, mais ce marine affirme que les ordres lui ont été donnés verbalement par son officier supérieur. En remontant la chaîne de commandement, Harm arrive à Bobbi Latham.

Des rivalités entre personnes surgissent au JAG quand Mac déclare à Harm qu'elle va le battre au cours d'une course de charité à laquelle participe le JAG. Harm se met dans le pétrin en disant à Mac qu'il lui accorde 3 minutes d'avance.Pendant ce temps, le niveau de testostérone monte quand Gunny et Tiner se disputent pour savoir lequel est le plus en forme, et le lieutenant Singer lance des paris sur qui va être le dernier, ce qui froisse Bud, le "favori".

Le gouvernement chinois prend en otage l'équipage d'un avion espion qui est entré en collision avec un de ses chasseurs. Harm est envoyé en Chine pour négocier la libération de l'équipage et de l'avion, qui est équipé de matériel très secret. Quand Harm retourne enfin sur le porte avion américain avec l'équipage, un des pilots de chasse de l'escorte retourne dans l'espace aérien chinois malgré les ordres...

Harm défend le pilote de chasse qui malgré les ordres est allé bombarder l'avion espion retenu par les Chinois, parce qu'il pensait que c'était la meilleure chose à faire. Sturgis est chargé de l'accusation. Pendant ce temps, Mac enquête sur une affaire de harcèlement sexuel auquel doit faire face un colonel des marines, accusé par une femme officier d'avoir laissé diffuser la cassette de son entraînement dans une émission de Vidéo Gags.

C'est la veille de Noël et l'amiral Chegwidden risque de passer pour un grippe sous quand la Navy doit rassembler des rennes qui se sont aventurés sur une piste d'une base américaine en Finlande. Pendant ce temps Harm et Mac ont sur les bras une jeune femme quartier maître qui doit comparaître pour vol après les fêtes, alors que la prison est fermée.

Les dons de voyance de Mac sont à nouveau utilisés lorsque qu'une femme officier est découverte égorgée sur un parking. Ce qui semblait au départ être une affaire banale d'adultère ayant conduit à un meurtre devient beaucoup plus lorsque Mac a des visions qui l'amènent à enquêter sur une conspiration internationale. Avec Sturgis Turner, Mac suit la piste d'information confidentielles qui conduisent à un possible complot terroriste visant à voler des armes nucléaires en Russie.

Harm se lie d'amitié avec la veuve d'un commando tué pendant que son unité tentait de délivrer d'autres victimes. Pour compliquer le tout, Harm est chargé de défendre l'officier qui commandait le détachement et qui est accusé d'homicide par négligence. Parallèlement, Mac doit défendre AJ, qui a été filmé alors qu'il giflait un lycéen et court le risque de devoir démissionner.

Bud doit choisir son camp entre Harm et Mac.Bud est un des jurés dans un procès où Mac est en charge de l'accusation et Harm de la défense. Harm se retrouve face à Mac dans un procès où il défend un infirmier accusé du meurtre d'un marine pendant un exercice.Quand Bud se retrouve faire partie du jury, se considérant comme un expert, il utilise ses connaissances en droit pendant les délibérations pour aider les jurés à se faire une opinion sur les faits, mais découvre que les choses ne sont pas toujours ce qu'elles semblent être.

Harm et Mac défendent une femme pilote qui a refusé d'obéir aux règles imposées aux femmes en Arabie Saoudite, entre autre le port du voile et l'obligation de toujours sortir accompagnée. Le refus franc du lieutenant Joanne Donato d'être accompagnée par des hommes et de s'habiller de façon traditionnelle provoque une tension dans les relations entre le commandant d'une base américaine et le chef religieux local. Au départ, Mac pense que le lieutenant est un mauvais soldat qui désobéit aux ordres reçus, jusqu'à ce qu'elle soit elle même forceé de se plier aux coutumes locales. Pendant ce temps, le capitaine Turner et Bobbi Latham ont un premier rendez vous agité, qui semble devoir rendre un second rendez vous peu probable, jusqu'à ce que Bud et Harriet interviennent.

Harm et Mac sont envoyés sur le USS Seahawk pour expliquer aux officiers du JAG les nouvelles règles de combat, suite à la fuite de combattants talibans, rendue possible par l'hésitation d'un officier du JAG qui n'avait pas su dire si la cible était légitime. Pendant que Harm est sur le porte avion, le capitaine lui demande de participer aux opérations de bombardement sur l'Afghanistan. L'excitation d'Harm se change en inquiétude quand son avion est gravement touché par un missile ennemi, et risque de se perdre en mer. Pendant ce temps, Singer sabote par jalousie une affaire sur laquelle Bud travaille, quand elle entend parler de sa prochaine promotion.

La tension est grande au JAG quand des accusations de négligence sont retenues contre Bud pour n'avoir pas défendu son client au mieux. Pendant qu'Harm défend Bud, Sturgis est en charge de l'accusation et Bud craint que Sturgis n'ait des preuves accablantes contre lui. Mais quand Bud pense que les choses ne peuvent pas être pires, Sturgis appelle un témoin surprise - Mac - qui à contre coeur doit venir témoigner contre son collègue.

Quand le journaliste Stuart Dunston de ZNN fait état de la responsabilité de SEALS dans la mort de civils en Afghanistan, l'opinion publique s'émeut. Mais quand Harm et Mac enquêtent, Harm découvre que Dunston pourrait être à l'origine de l'échec de la mission et ressort une loi oubliée qui lui permet de soumettre Dunston à une court martiale pour avoir désobéi aux ordres du commandant des commandos marines. Pendant ce temps, le lieutenant Roberts reçoit sa feuille de route pour son affectation de 6 mois sur le USS Seahawk.

Un des survivants de la désastreuse explosion de Port Chicago en 1944 demande au SECNAV que les accusations de mutinerie soient retirées de son dossier. Chargé de traiter discrètement le cas, Sturgis découvre qu'une injustice a été commise et affronte le lieutenant Singer au tribunal. Pendant ce temps, Harm aide Harriet à acheter une maison.

La capture de Mustafa Atef, soupçonné d'avoir entraîné les terroristes responsables des attentats du 11 septembre, conduit à mettre en place le premier procès militaire depuis 50 ans, qui se tiendra sur le USS Seahawk. AJ décide de défendre Atef et Sturgis se porte volontaire pour l'assister, pendant que Mac et Harm sont chargés de poursuivre. A la recherche d'un témoin, Mac et Webb se rendent dans un camp de prisonniers en Afghanistan, où une révolte met la vie de Mac en danger.

Harm est chargé de défendre le juge Sebring, accusé d'avoir provoqué un accident qui a entraîné la mort d'un bébé de 6 mois. Pendant ce temps, Webb continue ses recherches pour localiser Kabir, le terroriste d'Al-Qaida en fuite, que l'on a vu pour la dernière fois en compagnie d'un commandant de sous marin russe.

Les services secrets de la Navy apprennent que le terroriste d'Al-Qaida Kabir Atef, le frère de l'homme que Harm et Mac ont fait condamner pendant un tribunal militaire, prépare une attaque de missile sur la flotte américaine dans l'Océan Indien avec l'aide d'un commandant russe de sous marins connu. Pour éviter le désastre, Mac est envoyée sur le Seahawk, Harm est aux commandes d'un avion de chasse et Turner, un ancien sous marinier qui connaît les tactiques russes est envoyé à bord d'un des sous marins américains. Mais au tout dernier moment, ils apprennent que le missile est porteur d'une tête nucléaire.

Le lieutenant Bud Roberts a été blessé dans l'explosion d'une mine. Il est évacué d'Afghanistan par hélicoptère. Coates l'accompagne...

Harm et Mac sont chargés de défendre le caporal Maars. Il avait déserté son unité de Marines à cause de l'antisémitisme qu'il y avait senti, et rejoint les rangs de l'armée israélienne.

Harm défend un sergent qui dit avoir tué sa femme en état de légitime défense. Mais il refuse que son fils témoigne en sa faveur.

Au moment de l'arrivée à la Navy d'un nouveau secrétaire général, Harm traite une délicate affaire : une nouvelle recrue est accusée d'homicide involontaire...

Harm et Mac enquêtent sur un F-14 ayant eu une défaillance d'oxygène liquide à quarante-cinq-mille pieds.

Le jeune et séduisant lieutenant Kersey accuse de harcèlement sa supérieure, le Commandant O'Neill après un vol au dessus du Pacifique...

La CIA décide de classer le dossier d'une tragédie maritime survenue dans les années 60. Harm, Mac et Turner s'insurgent en mémoire des cent-vingt-neuf hommes morts...

Lorsqu'un exercice de simulation de combat tourne mal, l'amiral Chegwidden appelle le JAG à la rescousse. Le commandant de l'équipe rouge est accusé d'avoir désobéi aux ordres et d'avoir utilisé des armes chimiques, tuant le chef de l'équipe bleue...

En mission à Naples, Harmon doit collaborer avec Interpol pour débusquer l'auteur d'une série de meurtres de prostituées. Un marine américain est soupçonné...

Coincé la veille de Noël sur l'USS Coral Sea avec l'amiral Boone, Harmon échafaude un plan pour rentrer au pays : les deux hommes échangent leurs places avec deux pilotes de F-14...

Le général Chet Kubin déclare la guerre à la médecine navale quand sa fille Krista meurt des suites d'une opération bénigne...

Après avoir fait des révélations à la presse à propos d'un nouveau casque high-tech, selon lui défectueux, le lieutenant Jeremy Duncan est menacé de cour martiale. Mac est chargée de l'affaire...

Un vieil homme se rend au cimetière d'Arlington sur la tombe d'une infirmière ayant servi pendant la Seconde Guerre mondiale. Il raconte sa vie héroïque à une visiteuse âgée d'une vingtaine d'années...

Un pilote américain est jugé pour avoir bombardé par erreur des troupes britanniques en Afghanistan. Mac, chargée de l'accusation, est soumise à la pression du secrétaire d'Etat à la Marine...

L'Amiral A.J. Chegwidden est accidentellement éjecté d'un avion piloté par Harm. Il disparaît alors qu'une terrible tempête de neige se lève...

A bord d'un sous-marin, un missile portant une tête nucléaire est introuvable lors de l'inventaire. Sturgis est hélitreuillé jusqu'au bâtiment pour y mener l'enquête...

Harm arrive à Norfolk pour défendre son client, accusé d'avoir détourné des fonds de l'US Navy. Il se retrouve pris au piège dans la base pendant que le procès se déroule sans lui...

Harm et Sturgis mènent une enquête sur un vétéran du Vietnam qui aurait fait passer de jeunes travailleuses clandestines aux États-Unis...

Le corps d'un officier de la Marine est retrouvé dans les bois par un jeune scout. Une analyse ADN permet de déterminer qu'il s'agit du lieutenant Loren Singer. Tandis que le NCIS mène l'enquête pour découvrir le meurtrier, Rabb appelle son frère Sergei pour lui apprendre la nouvelle. Interrogé comme les autres membres de l'équipe de l'amiral Chegwidden, Rabb est rapidement considéré comme le principal suspect...

Chargés de contrer les plans d'un groupe terroriste, MacKenzie et Webb se rendent au Paraguay, où ils se font passer pour un couple de jeunes mariés...

La femme d'un Bédouin est identifiée comme étant Allison LaPorte, un second-maître, disparue depuis 1991 lors de la guerre du Golfe. La jeune femme est accusée de désertion, puis de trahison : Bud est chargé de la défendre. Il s'avère qu'Allison LaPorte est la fille d'un amiral qui travaille pour les services secrets de la marine...

En Irak, un enfant d'une dizaine d'années qui gardait ses chèvres surprend une section de marines. Un peu plus tard, les hommes sont attaqués...

Harm et Beth O'Neil sont envoyés en mission en Libye par la CIA. Ils sont chargés de faire sortir un agent du pays en secret. Mais celui-ci veut que sa famille l'accompagne. Pendant ce temps, Mac et Turner s'occupent du cas d'un marin soupçonné de faire partie d'une cellule d'Al-Qaïda...

Harm est renvoyé de la CIA à la suite de l'atterrissage médiatisé du C-130...

En mer du Japon, Turner se retrouve à bord d'un sous-marin américain où dix marins sont atteints du SRAS. La Corée du Sud refuse de les accueillir. Pendant ce temps, Harm, qui a retrouvé sa place au JAG, tente d'aider un vétéran de 80 ans accusé de vol...

Harmon doit défendre un marine qui a commis une infraction grave. En effet, lors d'une prise d'otages que la police tentait de résoudre, le prévenu s'était mis en tête de passer lui aussi à l'action. Un comportement qui contrevient avec l'obligation des militaires de ne pas intervenir dans les affaires de la sécurité civile...

Un homme d'affaires menace Mattie Grace d'expulsion. A la demande de l'adolescente, Harm décide de la soutenir. Il tente alors de trouver une solution à ce différend...

Sur un quai, deux adolescents découvrent le cadavre d'une femme. A son doigt : la chevalière de l'Académie navale. De son côté, Bud doit assurer la défense d'un capitaine accusé de commettre des vols dans son unité de commandos sous-marins...

Mac est nommée procureur pour élucider une affaire de fraude de diamants, directement reliée à Sadik Fahd, le terroriste qu'elle avait recherché au Paraguay. Parallèlement, Harm est devenu sourd à la suite de l'explosion de la batterie de sa voiture. Cet incident pourrait avoir un rapport avec l'affaire dont Mac s'occupe actuellement...

Mac doit faire face aux conséquences psychologiques de la mort de Sadik. Quant à Mattie, elle essaie de gérer la colère qu'elle ressent envers son père...

Et si la vie des membres du JAG avait pris un autre chemin, si Harm avait dit oui à Sarah sur le ferry à Sydney, si Harriet avait refusé d'épouser Bud, si AJ n'était plus au JAG ?

Mac est chargée malencontreusement d'escorter une femme marine jusqu'en Californie où elle doit être détenue. Elle a été reconnu coupable de consommation de drogue. Pendant ce temps, Harm et Bud doivent défendre un quartier maître séropositif qui a du quitter son travail. Il cherche maintenant à le récupérer, mais son supérieur refuse.

Le scandale éclate quand un général des Marines, qui a combattu en Irak, fait, dans une église, l'amalgame entre la religion musulmane et la guerre sainte. Harm et Mac s'affrontent au tribunal...

Une équipe des SEALS accoste un navire contenant une grosse cargaison de drogue. Un paquet est manquant. Harm et Mac enquêtent et travaillent en collaboration avec un agent du MI-6 infiltré. Mac souhaite comprendre le comportement de Webb, elle va donc

C'est l'heure du départ pour l'Amiral qui souhaite changer de vie. Mac apprend des nouvelles inquiétantes sur sa santé, ainsi que la mort de Webb. Mattie va retourner chez son père, Harm se prépare à la voir partir. Harriett a de bonnes nouvelles à partager.

Alors que Mac tente de se remettre de la mort de Webb, l'agent Tanveer refait surface pour lui annoncer que Webb est encore en vie. Mac et Tanveer, bientôt aidés de Harm, vont s'atteler à la tâche pour découvrir le mystère entourant la mort de Webb.

Un marine est tué par un supposé tir ennemi. Sa veuve pense qu'il s'agit d'un meurtre. Au fur et à mesure de leur enquête, Harm et Mac commencent à suspecter un sous traitant militaire privé. Pendant ce temps, Mattie tente de renouer des liens avec son père.

Harm est chargé de défendre un marin accusé du meurtre d'un travesti prostitué 22 ans plus tôt. Pendant ce temps, Bud fait partie d'un jury chargé de trouver un remplaçant à l'Amiral Chegwidden. Le Général Cresswell, un marine qui anime les discussions pour cette candidature va être évalué.

Ca y est la décision a été prise : le nouveau JAG sera le Général Gordon Cresswell. La nouvelle arrive aux oreilles de Mac et Harm, présents à bord d'un destroyer pour régler un conflit entre des pêcheurs canadiens et américains. Mac s'inquiète de son avenir au JAG compte tenu de son passé relationnel avec Cresswell.

Cresswell envoie Harm et Mac à Bagdad pour participer à la court martiale d'un Sergent accusé d'homicide involontaire. La victime n'est autre que le conseiller à la défense Dwight Kanin. Pendant ce temps au JAG, tout le monde découvre que leur nouveau patron n'est pas un enfant de choeur.

La navire de l'Académie Navale est pris dans une tempête avec à son bord un instructeur et ses élèves. Un étudiant est porté disparu. L'instructeur est accusé de manquement au devoir. Mac est chargée de la défense et Sturgis de l'accusation. Pendant ce temps, Harm doit dire au revoir à Mattie qui part revivre avec son père. Mac tente de s'habituer à son nouveau patron, le Général Cresswell.

Au camp de détention Delta, trois gardiens s'en prennent physiquement à un prisonnier, qui est en fait un policier. Cresswell envoie Harm et Mac à Guantanamo pour enquêter. Pendant ce temps à Washington, Bud et son frère, Mickey, font du shopping, quand un des clients du magasin fait des remarques douteuses sur la guerre. Une bagarre éclate. Turner est chargé de la défense dans cette affaire.

La veille de Noël, Mac est transporté à l'hôpital suite à un accident de voiture. Sous l'effet des analgésiques, Mac semble victime d'hallucinations.

Deux F-14 volent bas au dessus d'une route dans le désert lorsque l'un d'eux s'écrase tuant le pilote. Harm est chargé de l'enquête. Pendant ce temps, Mac et Cresswell font leurs exercices de tir obligatoire, ce qui se transforme vite en compétition.

Mac rencontre un nouveau Lieutenant au JAG, Vukovic. Cresswell veut qu'ils travaillent ensemble sur une affaire. Mais Mac n'apprécie pas les méthodes de travail de Vukovic. Pendant ce temps, Harm fait ses quotas d'heures de vol au dessus du Golf Persique. Mais il se voit forcé d'abattre un avion civil s'il s'approche d'une zone interdite au vol.

Au Nicaragua, lors d'une mission humanitaire, les familles se jettent sur l'approvisionnement apporté par des marines. Un Caporal entre dans la foule pour aider une jeune fille, il tire une salve en l'air. Et quelques secondes après un homme tombe, mort, à ses pieds. Mac et Vukovic, envoyés à San Diego avec le Général Cresswell, s'affrontent au tribunal. A Washington, Harm apprend que Mattie a eu un grave accident, il se précipite à l'hôpital.

A bord de l'USS Carl Viinson, deux marins déclenche une bagarre, jusqu'à ce que l'un des deux passe par dessus bord.Vukovic est chargé de la défense du marin survivant. Il demande de l'aide à Harm. Vue leur antipathie réciproque, la chose ne va pas être aisée. Pendant ce temps, Mac doit défendre un marin apprenti qui a libéré de son enclos des dauphins formés par la marine. A la fin de l'épisode, Cresswell annonce une nouvelle qui fera l'effet d'une bombe à nos deux avocats, Harm et Mac.

Le Général Cresswell informe Harm et Mac qu'ils sont réaffectés. Harm est promu au rang de Commandant à Londres et Mac est transférée au JAG de San Diego. Ils ont tous deux la possibilité de prendre l’un des membres du JAG de Washington avec eux et ont tous deux demandé à Bud mais Harriet n’est pas très enthousiasmée par un déménagement. Vu qu’ils n’ont que 3 jours pour régler leurs affaires, Harm et Mac doivent régler leurs affaires et surtout démêler les sentiments qu’ils éprouvent l’un pour l'autre. Ils se remémorent le passé et tout se termine avec un tirage au sort. Pendant ce temps, Vukovic tente de résoudre sa première affaire.