1000年周期の軌道を外れ、暗黒太陽にいずれ飲み込まれる運命にある惑星ラーメタル。ラーメタルの美しき1000年女王ラー・アンドロメダ・プロメシュームは、飢えと寒さから民を救うために、天才科学者ハードギアの人類機械化計画を認めざるを得なくなってしまう。が、強制的に進められる人類の機械化に対し、反感を抱く者たちもいた。その中には女王プロメシュームの双児の娘である姉エメラルダスと妹メーテルもいた。美しき姉妹は、この機械化計画の恐るべき裏側に気付き始めていた…。やがて、民を思う気持ちから自らも機械化手術を受けてしまう女王プロメシューム。巨大な敵ハードギアに立ち向かう勇気ある2人のプリンセス、メーテルとエメラルダスは。それぞれの複雑な思いが交錯し、運命の戦いが今はじまる!!

人も大地もそのほとんどを機械化してしまった惑星ラーメタル。生き残ったわずかな生身の人間たちも機械化人たちによって次々と捕らえられ機械化されていく…。機械化された女王ラー・アンドロメダ・プロメシュームは、自らの心が完全に機械になる前に愛しき2人の娘メーテルとエメラルダスをラーメタルから脱出させようする。一方、破壊されたはずの宿敵ハードギアが復活！ 姉妹は再び窮地に立たされる。惑星の果てまで逃げる2人はわずか人の心を残した女王から「銀河鉄道」の存在を知らされる。無限軌道から「銀河鉄道999」を召喚する女王プロメシューム…。果たして2人は悪魔の星と化したラーメタルから脱出できるのか？ 機械と化した女王と娘たちの愛は引き裂かれてしまうのか？ そして今、宇宙の彼方からあの列車がやってくる…。