Maria Ōsawa et Minoru Minorikawa sont dépêchés à Shanghai depuis le Japon pour couvrir la prochaine conférence internationale antiterroriste dans la ville, avec divers dirigeants mondiaux venant assister à la réunion. Canaan, une mercenaire, est également dans la ville pour le compte de la C.I.A. Lorsque Maria assiste à la mort d'un inconnu dans la foule, victime du virus UA, Canaan la sauve des tireurs masqués. Pendant ce temps, le convoi de la CIA transportant l'ennemi jurée de Canaan, Alphard est attaqué. Celle-ci s'enfuit.

Liang Ji et Cummings mènent une attaque aérienne contre le convoi du SAD de la CIA afin de libérer Alphard de leur garde. Minoru et Maria sont pris pour cible par un vieil homme inconnu qui ressemble à l'officiel que Minoru a vu à la télévision en route vers la ville. Canaan arrive sur les lieux pour sauver les deux reporters de l'homme brandissant un Mini-Uzi. Minoru a ensuite réfléchi à la mystérieuse marque violette en forme de T qu'il a vue de la part du vieil homme et à un cadavre trouvé au festival qu'il a visité un jour plus tôt.

Suivant une piste sur la marque violette en forme de T, Minoru se rend avec Maria dans un bar japonais recherchant une femme. Pendant ce temps, Alphard se prépare pour agir ignorant les demandes de Liang Qi d'attaquer Canaan tout de suite. Maria est enlevée quand Canaan est attiré ailleurs pour vérifier un supposé piège. Canaan se bat contre un jeune garçon qui lui dit qu'il est un Borner après avoir été infecté par le virus Ua, qui lui a donné la capacité de se cacher dans les passages étroits. Canaan le tue pour obtenir le détonateur de l'explosif placé sur Maria.

Canaan a le souvenir de la raison pour laquelle elle voulait abattre Alphard. Maria souffrant d'un syndrome de stress post-traumatique après avoir découvert lors de son sauvetage que Canaan est une mercenaire et une tueuse. Alphard, Liang Ji et Cummings assistent à une cérémonie publique consacrée à la prochaine conférence internationale antiterroriste du NBCR.

Maria est hébergée par une fille nommée Yunyun alors qu'elle fuit Canaan. Yunyun travaille en fait avec Liang Ji. Canaan affronte Yunyun qui a reçu l'ordre de tuer Canaan. Malgré les supplications de Maria, Canaan et Yunyun continuent à s'affronter sans succès. Yunyun projette de se tuer et de tuer Canaan avec de la dynamite montée sur tout son corps avant que Canaan ne décide de sauver la jeune fille pour Maria. De retour dans la chambre de l'appartement loué par Maria et Minoru, Yunyun avoue son véritable état de Borner, mais sans aucune sorte de capacités spéciales qui lui ont été accordées par l'infection du virus Ua.

Minoru apprend l'existence d'un village dans la région du Cachemire, où la plupart des habitants ont été délibérément infectés par le virus Ua. Quelques survivants ont été surnommés Borners en raison des mystérieuses capacités que le virus leur a conférées. Minoru rencontre plus tard Hakko, l'une des employées du bar qu'il a visité, qui a révélé au journaliste ses soupçons sur le fait qu'elle était une Borner. La conférence antiterroriste du NBCR est maintenant en cours.

Le gouvernement américain convoque une réunion d'urgence après qu'un dignitaire est mort d'une infection par le virus Ua. Alphard ignore la colère de Liang sur ses scrupules à tuer Canaan. Kenji Osawa, chef de la société Okashi Pharmaceutical, avait prévu d'envoyer le vaccin contre le virus Ua à Shanghai lorsqu'il est censé être tué dans une voiture piégée. Cet "événement" a obligé l'armée américaine à envoyer des bombardiers B-2 de Guam pour bombarder tout le Shanghai International Confernce Hall afin de purger le virus Ua dans les flammes et l'empêcher de se propager dans tout Shanghai. Canaan s'infiltre dans le hall et sauve Maria après avoir repoussé plusieurs forces de sécurité Daedala qui l'empêchaient d'avancer.

Canaan sort sain et sauf après s'être effondré, Maria lui ayant dit qu'elle était simplement fatiguée. Kenji, lors d'une conversation téléphonique avec Minoru, l'informe à nouveau du virus Ua et du fait que certaines personnes peuvent parfois survivre à l'infection du virus. Le vice-président américain a ensuite une conversation téléphonique enregistrée avec Alphard, la remerciant pour la coopération qu'elle a eue avec lui afin de s'assurer que l'entreprise "Anti-terrorisme" continue à fonctionner pendant quelques années encore. Lors d'un concert public, Hakko a montré sa capacité Borner avec des personnes ayant de graves maux de tête sans qu'elles en soient conscientes.

Canaan et les autres arrivent aux abords d'un village abandonné, où Santana révèle à tout le monde qu'il avait été le terrain de stage du virus Ua lors d'une dite infestation. Il démissionne plus tard de la CIA par dégoût lorsqu'il apprend que des agents de la CIA s'étaient déguisés en personnel des Centres de contrôle et de prévention des maladies avec les Serpents sous la direction d'Alphard afin de tester son efficacité sur les villageois, ce qui a abouti à la création des Borners et des Unblooms dans le but de créer des supersoldats dans le cadre du "Plan Flower Garden".

Avec l'aide de Santana, il a pu conduire Canaan et les autres à l'intérieur de la "Factory". Ils ont été pris en embuscade par des zombies Unbloom après avoir été à l'intérieur, différents des Unbloom que Santana avait personnellement secourus après avoir quitté la CIA car ils ont complètement perdu toute émotion humaine. Hakko rencontre plus tard Liang Ji via l'écran de télévision et commence à se moquer d'elle pour la suivre.

Alphard entre dans les jardins de fleurs et bloque Natsume, disant à Maria et Yunyun de partir et de voir Canaan. Au cours de l'affrontement, Alphard révèle que Natsume est en fait un agent secret du quartier général des services de renseignement de la défense japonaise et qu'elle essayait d'obtenir des données sur le virus Ua. En outre, Alphard souhaite utiliser les "Borners" comme armes biologiques potentielles et souhaite ne plus en faire partie. Une force opérationnelle américaine secrète connue sous le nom de Task Force 124, composée de diverses unités des forces spéciales américaines, a été déployée secrètement sur le sol chinois depuis l'Afghanistan afin de démanteler l'Usine. Canaan combat l'avancée des opérateurs de la Delta Force déjà présents dans l'usine, permettant à Maria et aux autres de se retirer en toute sécurité sans être pris entre deux feux.

Le groupe a le moral au plus bas suite aux décès de Hakko et Santana. Maria, troublée par le désespoir de Canaan, tente de lui remonter le moral, avec un succès limité. Le lendemain matin, ils se retrouvent bloqués lorsque leur voiture tombe en panne. Mino se porte volontaire pour rester sur place et s'occuper de la voiture pendant que les filles prennent un train pour retourner à Shanghai. Cependant, le train est arrêté par les Serpents. Alors que Canaan part enquêter, elle est frappée par une hallucination de Sian, qui lui dit de voir la vérité de ses propres yeux, tandis qu'une vision de Hakko la rend responsable de la mort de tout le monde.

Alors que le compte à rebours est enclenché, Yunyun a des doutes et court après la voiture détachée. La bombe explose et Canaan réagit, car ce qui est vraisemblablement sa "vraie force" devient apparente, elle commence à voir Alphard en vert (signifiant la peur) Canaan blesse alors Alphard, et elle tente de s'échapper par hélicoptère. Avant qu'Alphard ne monte dans son hélicoptère, Canaan révèle que Maria n'est pas morte, car elle peut encore sentir sa bonté, et qu'elle n'est pas une "lumière" pour Canaan, mais une Amie. Pendant ce temps, Yunyun transporte une Maria blessée loin de la voiture en feu.