La storia di I.R.I.A - Zeiram the Animation è ambientata su Myce e comincia con Iria, apprendista di suo fratello maggiore Gren, bounty hunter esperto, e del suo partner Bob, che lavora per la Ghomvak Security, insieme al rozzo Fujikuro. Durante una missione, all'interno della nave spaziale Karma, il gruppo si trova faccia a faccia con il malvagio e indistruttibile alieno Zeiram, che ha distrutto l'astronave e sterminato l'equipaggio. Bob viene ferito gravemente da Zeiram, mentre Gren sparisce nel nulla.

Ritornati su Myce, Iria scopre di essere diventata l'obbiettivo di un gruppo di assassini al servizio della Teden Tippedai, la corporazione che possedeva la nave Karma. Iria scopre che dietro la tragedia della Karma si nasconde un terribile esperimento della Teden Tippedai, che ha intenzione di usare Zeiram come arma. Iria, Fujikuro e Bob, ridotto ad un corpo artificiale, decidono di investigare sulla natura di Zeiram e su cosa è accaduto a Gren, che sembra essere ancora vivo...