Après s'être fait piquer sa proie par Fujikuro, un collègue chasseur de primes, Iria rentre chez elle où elle retrouve son frère Glen qui exerce lui aussi le même métier. Quelques instants plus tard, elle s'incruste à l'insu de ce dernier dans une mission de sauvetage délicate qui se situe hors de la planète Mice. Tout à coup, apparaît le Zeiram, monstre de légende réputé immortel...

Après s'être échappée du Karma, le vaisseau dans lequel sévissait le Zeiram, Iria atterrit dans une planète du nom de Taowajan où elle fait la rencontre de petits garnements prêts à la détrousser. Elle y apprend également qu'il lui est impossible de regagner Mice pour manque de carburant. C'est alors que...

Kei et son copain Komimasa décident de gagner Mice en embarquant de manière clandestine dans le vaisseau du professeur Tôka, un expert qui a étudié depuis longtemps le comportement du Zeiram...

Iria se dirige vers Batabitajira, sa ville natale, pour y retrouver le professeur Tôka, qui lui en apprend un peu plus sur le Zeiram. Peu de temps après, elle entend ce qu'elle pense être la voix de son frère Glen. Pendant ce temps, Kei essaye de convaincre Fujikuro d'aller prêter main forte à Iria...

Iria s'entraîne virtuellement pour faire face au Zeiram, avec l'aide de Bob. Lorsqu'elle part l'affronter à nouveau, elle est suivie par Kei qui décide de lui prêter main forte malgré son interdiction. Enfin, le combat final.