時は22世紀。スペースコロニー「ロカA2」に転校してきたルナは、父と同じ惑星開拓技術者になる夢を持つ14歳の女の子。転校早々、いやみなハワードに目をつけられ仲良くなったシャアラとともに嫌がらせを受ける。精悍な少年・カオルに助けられるが、それが原因で大事件が起こり…

今日から木星へ惑星開拓の実習旅行。ルナはシャアラ、機械好きのシンゴ、おっとりしたベル、カオル、委員長のメノリ、そしてハワードと同じ班。先行きはとても不安だ。出航間際、ルナのロボットペット・チャコが宇宙船に潜り込んでいたことが発覚するが、それどころではない大変な事態に！

ルナたちの乗った避難シャトルは、見知らぬ「青い惑星」の着陸軌道に乗っていた。どうも地球ではないようだ。選択の余地はなく、着陸することに。しかし、着陸寸前になってシャトルのコンピュータが…着陸はどうする？　この惑星はなんなの？

見知らぬ惑星に着水したルナたち。なんとか、近くの陸地に渡ろうとするが、巨大な怪物が襲ってきた。しつこく避難シャトルに体当たりを繰り返す怪物。とうとう、ハッチが破られ怪しくうごめく舌が内部に入ってきた。シャアラが怪物の口の中に滑り落ちそうになり…

上陸して初めての夜。シャトルをのぞき込む巨大な生物の目があった。残された大きな足跡を見たルナたちは、恐怖に駆られる。持ち物はわずか。シャトルの推進装置や通信装置が使い物にならないという悲惨な状況のなか、水や食料を探さなければならない。ルナたちは、生き残るための第一歩を踏み出した。

ルナたちは手分けして、水探し・食料探し・火おこしを始める。水探し班のルナとメノリ、ハワードは肉食の大トカゲに襲われ逃げ続ける。食料班のチャコ、シンゴ、カオルはジャングルの中に果物を探しに出るが、大きな足跡を発見し、魚釣りに方針を変える。ベルとシャアラは火をおこそうとするが…　そして夜は近づく。

ルナ、メノリ、ハワードは残ったみんなに心配をかけるのを気にしつつも、一泊野宿をし、小高い山に登って避難シャトルの方向を確かめることにする。翌朝、帰ってきたルナたちは、山に登って発見したことを仲間に伝える。

湖に全員で行き、「大いなる木」という巨木を見つけるルナたち。帰り道、水を運ぶ途中で、メノリの態度に非難が集まり、リーダーを選びなおすことに…翌日、ベルのつくった罠にかかった小動物を食料にすることになる。しかし、「かわいそう」とシャアラが言いだし、みんなの手は止まる…

せまくて風通しの悪い、避難シャトルの生活。「大いなる木」の樹上に新しい家を建てるというアイデアが出る。シンゴの設計とチャコの強度測定、カオルのノコギリ製作によって、順調に見えた家造りだが、ハワードがしゃしゃり出てきて…　さらに、大変な事件がみんなを待っていた。

湖のほとりでの家づくりが再開する。シャトルの部品をうまく使おうとするシンゴたち。大きなシャトルの部品を頑丈な家の床にしようと考える。そんな中、ルナは巨大な生物と出会う。最初の夜、シャトルをのぞき込んでいた生物のようだ…

家づくりの作業中、指図ばかりして働かないメノリにハワードが反発する。「働かないものの食料は減らすべき」と言うハワードに、メノリは「それでいい」と同意してしまう。メノリは、母が亡くなって以来、決して他人に弱さを見せるな、と父に教えられて来た。唯一、自分の心を表現できるのはバイオリンだけ。ルナは、なんとかメノリが元のように皆の一員となってくれることを願う。

家の完成は近づいてきたが、いつものハワードのわがままが炸裂。シャトルのシートをベルに運ばせ、自分専用の椅子だと喜んでいる。ベルを擁護するルナやシャアラ。ハワードは、ルナに叱られた腹いせに仕返しの悪戯を仕組むが、これまで逆らうことのなかったベルに止められる。ハワードは怒って家出するが・・・。

カオルが果物を抱えて戻って来た。単独行動をするカオルにメノリやハワードが反発。ルナも危険だから控えてくれ、と諭す。翌日、魚やイモを保存食にしようと作業しているルナたちの所に大トカゲが現われた。漁から戻ってきたカオルは、無鉄砲にも単独で大トカゲに闘いを挑む。

一日の作業を終え、湖で手を洗おうとしたルナは謎の声を聞く。どうやら島の東に広がる森にルナを誘っているようだ。いかだを作り、ルナとベルとハワードの三人が東の森探検に出発。湖から流れ出る川を順調に進む。しかし、行く手に滝が！ルナのリュックが流され、ルナとベルはリュックを追い滝に飛び込む。

謎の声に導かれながら、巨大な植物が茂り、巨大な生物が住む東の森を進むルナたち。木々のとぎれた川の中州で彼らが見たものは！？驚く間もなく、巨大なカニが彼らを襲ってくる。いつも通りのハワードの大活躍（？）でカニを撃退するが、カニの爪から新たな謎が発覚する。

救難信号を発信するために、再び通信機の修理を始めるシンゴ。修理に必要な部品をカニの爪から出てきた謎の部品で代用できそうだと言う。コロニーへの帰還が現実味を帯び、期待する一同。しかし、作業ははかどらない。苦悩するシンゴにハワードがとった行動は…。

東の森の遺跡の調査に出発する日だというのに、いつまでも起きて来ないルナ。ひどい発熱だ。出発は取りやめ、みんなで手分けして、薬草や栄養のあるものを探すことになる。シャアラもルナのために、チャコと懸命に薬草を探す。道中シャアラは、ルナが昔は泣き虫な子だった、とチャコに聞かされ驚く。チャコが語るルナとの出会いは…。

ルナの熱は下がったが、体調が元に戻るまで東の森への調査は延期された。しかし、カニに仕込まれていたナノプラントの驚異的な技術を目にしたシンゴは、早く調査に行きたくて抜け駆けをする。追いつくルナたち。一同を待ち受ける、「来る者を欺く森の仕掛け」。そこを越えたとき遺跡の扉が開いた。

遺跡の中には、異星人らしき少年が眠っていた。コールドスリープしているらしい。シンゴとチャコが遺跡内を調査し、この惑星の地図らしいホログラフを見つけるうちに、少年が目を覚ます。しかし、少年が目を覚ますと、それ以上遺跡の機能を調べる間もなくシステムは停止し、遺跡は閉鎖されてしまう。

異星人の少年との「みんなの家」での生活が始まった。言葉は通じないものの、少年は物覚えもよく、みんなと次第にうちとけていく。 ハワードは少年を弟のように世話をするが、メノリは少年が苦手のようだ。 ある日、ハワードにそそのかされた少年はメノリの大切なバイオリンにさわってしまう…

厚い雲が立ちこめる日が多くなってきた。急に寒くなったことに不審を覚えるシンゴ。冬が来そうだ、というベルの言葉にルナたちは冬支度を始める。しかし「みんなの家」では、やってくる冬を越すことができないとベルが主張。食糧確保を優先すべきというメノリと意見が対立してしまう。

雪はやまず、冬はますます厳しくなる。ルナたちの食料の蓄えも次第に減ってきた。もっと食料が深刻なのはパグゥだ。アダムたちが集めてくる木の葉だけでは足りそうにない。遺跡の調査をしていたシンゴたちが東の森にパグゥの群れを見つけた。そこにはパグゥの食べ物は豊富にあるようだ。パグゥをなんとか群れにかえそうということになる。

島じゅうが雪に覆われ食料集めは困難に。カオルに期待が集まるが、さすがのカオルも手ぶらで帰る日が続いた。みんなの不満を聞き、再度狩りにでるカオル。しかし、獲物を追ううちに雪に隠された崖を落ちてしまう。探しに来たルナに救われるが、家には戻れずビバーク。そして、そこで語られるカオルの過去…

遺跡に行って、赤外線反射物質の放出を止めないと冬は終わらない。そう考えたシンゴらはアダムを連れて東の森を目指す。放出の制御室を探し出す一行。しかし思わぬ邪魔が入る。それは、アダムやルナが再三見た、アダムの両親と思われる男女だった…

アダムが見る夢によると遺跡には、未発見の部屋があるようだ。シンゴの推理では、その部屋には高性能の通信機といったお宝があるという。シンゴたちは泊まり込みで遺跡の調査にむかうことに。苦労の末にシンゴたちが見つけたものは！？

宇宙船だった遺跡。操縦室の通信機で送った救難信号への返信は、ルナたちのよく知った言語だった。救助が来たと喜ぶ一同。自分たちのいる場所を知らせようと狼煙をあげ、受け入れ準備を始める。しかし、現れた宇宙船はどこか様子が変で…

やってきた宇宙船を海岸から見守るルナたち。カオルは海岸に打ち上げられた老人を見つける。その老人は、あの宇宙船から脱出してきたと話しはじめる。宇宙船に乗っているのは、いったい何者？

姿勢制御ユニットをこっそり持ち出して、脱獄囚たちのところへ交渉にむかうハワード。取引をして宇宙船に乗せてもらえるようにしようと考えたのだ。しかし、当然のように軽くあしらわれ、逆に人質にされてしまう。ハワード救出のために団結するルナたち…

救出作戦の中、ジルバの撃った毒針がハワードの尻に。高熱でうなされるハワード。彼の、もうろうとした意識の中に去来するものとは…そして、彼の心の一番下に隠されていたのは…

重力制御ユニットの故障の原因が解明された。しかし、幻影の森にだまされていたジルバたちも、森の異変に気づきはじめた。突破されるのも時間の問題だ。「コロニーに帰れる」と喜ぶルナたちをよそに、アダムは一人浮かない顔をしていた…

とうとう幻影の森が突破された。準備していた罠を使って、なんとかジルバたちを防ごうとするルナたち。思わぬ助けが来てほっとするのもつかの間、ジルバたちは着実に遺跡に近づいてくる。遺跡に立てこもったルナたちにジルバたちの冷酷な声が響く…

パグゥを人質に姿勢制御装置を要求するジルバたち。ルナたちは、遺跡の扉をあけジルバたちを内部に誘導、隠し部屋を利用してジルバたちを遺跡に閉じこめようとする。

シンゴたちがオリオン号を修理し、カオルが操縦することに。準備が整ったとき、ジルバたちがシャアラのいる貨物室に侵入してくる。勇気を奮い起こしてボブに立ち向かうシャアラ…オリオン号をめぐる攻防戦の行方は？

遺跡が大破した。宇宙船を失ったルナたちの失望は大きかった…ルナたちの希望に再び火はつくのか？

シンゴのかいた大陸へ渡る船の設計図に、ポルトが厳しい注文をつける。シンゴがかき直した設計図は、ポルトにとっては予期しないものだった。ポルトの目にうつる、頼もしくなっていくシンゴの姿…

航海が始まった喜びもつかのま、すぐに激しい後悔が一同を襲う。いらだちで船内の空気は最悪に。さらに嵐もやってきて、状況に追い打ちをかける。そして非常事態の発生…

かろうじて小さな島に流れ着いたルナ。水も火もない小さな島でルナに去来する想いは、島で仲間たちと過ごした日々と父親との想い出だった。

傷がすぐに直ってしまう。それが、ルナの最大の気がかりだった。チャコの調査でルナの体の中にはナノマシンが入り込んでいることがわかり、気がかりはさらに増す。

大陸に到着した。久しぶりの陸地に安堵する一同。食料探しの最中、親子連れの動物を見つけるハワードたち。家族の話題がでるなか、一人寂しげなルナ。それを見たベルは…

アダムの病状が悪化した。一同は、寄り道をしてサブ・テラフォーミング・マシンに向かうことに。そこに広がる景色は…アダムの治療はうまくいくのか？ そこで、彼らを待ち受けているのは…？

サブ・テラフォーミング・マシンの中に入ったルナたち。そこで、ある装置を見つける。そして、「人間は必要ない」というコンピュータと対面。コンピュータが語るこの星の歴史とは…？

目的地のメイン・テラフォーミング・マシンにむかうには、砂漠の横断をするしかない。しかし、砂漠の横断は想像以上に過酷だった。微細な砂粒のために機器類は不調。そして…

悲しみにくれる一同。無気力になったみんなを叱咤するメノリ。しかし、それが原因でシンゴとの軋轢が生じる。失意の中でメイン・テラフォーミング・マシンの都市遺跡にたどり着いた一同は、再びドローンの襲撃を受ける。

ドローンから逃げながら巨大宇宙船に進入した一同が出会ったのは…一同は、アダムの両親の記録を見る。

アダムの両親たちが、サヴァイヴに抵抗して作ったエリアから出て、どこか島を思わせるような自然区域で食料探しをすることに。しかし、ルナたちは再びドローンの襲撃を受ける。 危機一髪のところで救出に現れたのは…

この星の環境をコントロールしているサヴァイヴをなんとか停止させて、宇宙船を手に入れようと考える一同。チャコ、タコ、シンゴの活躍で、何とかメインルームにたどり着けそうになったとき、妨害工作が明るみに…

逃亡した二人を救うためにもサヴァイヴを停止しようと、メインルームを目指すルナたち。サヴァイヴと対峙したルナは、サヴァイヴからある要求を突きつけられる…

サヴァイヴと一時的に休戦したルナたち。現在、この星に起こっている異変の調査を行うことになる。実地調査のため、巨大火山に向かう。そこで判明した異変の原因とは…？

1000年前にこの星を襲った異変の原因が、今またこの星に襲いかかろうとしている。再びこの星の環境は壊滅的な打撃を受けることになりそうだ。シンゴたちによって、星を救う方法が見つかるが…

宇宙船を飛び立たせ重力嵐の近くまで行き、重力嵐を消滅させる。命がけのミッションの前夜、みんな眠ることができない。この星に流れ着いてからの思い出が一同の心によみがえる…そして、決行の日が来た。

サヴァイヴとともに重力嵐に向かうルナ。宇宙船は、重力嵐に巻き込まれる。ルナに聞こえる父の声…コロニーに帰ることはできるのか…？