Haruyuki Arita dostane e-mail od Arayi, jednoho ze studentů, kteří ho šikanovali, a požaduje, aby jemu a jeho kamarádům koupil jídlo k obědu. Poté se schová na záchodě, kde se propojí s virtuálním světem jako prase. Když jde směrem ke squashovému kurtu, vidí místopředsedkyni studentské rady Kuroyukihime, kterou ostatní studenti obdivují, zatímco ona si všímá jeho. Dosáhne nového nejvyššího skóre ve squashi, a když se chystá zahájit další hru, najde ho Čijuri Kurašima a donutí ho, aby se propojil. Chiyuri Haruyukimu poradí, aby poslal e-maily na fakultu, a požádá ho o společný oběd, ale Haruyuki odmítne a uteče. Když se vrátí na squashový kurt, vidí, že jeho vysoké skóre je překonáno, a objeví se před ním Kuroyukihime, která ho požádá, aby se s ní druhý den setkal během oběda, a slíbí mu, že změní jeho realitu.

Bezradný Haruyuki je v souboji snadno poražen Ash Rollerem. Během oběda Kuroyukihime a Haruyuki vstoupí do zrychleného světa a Kuroyukihime Haruyukimu vysvětlí, že aby mohl pokračovat ve zrychlování, musí bojovat a porazit ostatní avatary Brain Burst. Upozorňuje také, že avatar je vytvořen na základě myšlenek uživatele, což je v Haruyukiho případě jeho komplex méněcennosti. Když Kuroyukihime nabídne Haruyukimu, že ho nechá vrátit se do normálního života, Haruyuki odmítne s tím, že jí dluží za to, že mu změnila život. Poté, co souhlasil s dalším přátelstvím s Kuroyukihime, mu nařídí, aby se naučil bojovat. Po propojení Kuroyukihime vysvětluje studentům v jídelně, že pozvala Haruyukiho na rande a on to k překvapení všech odmítl. Po škole Haruyuki vyzve Ash Rollera na odvetu a na základě informací, které mu Kuroyukihime poskytla, vytvoří strategii.

Kuroyukihime řekne Chiyurimu, že chodí s Haruem, a zatáhne ho do kavárny. Tam Kuroyukihime vysvětlí Haruovi své dilema. Před sedmi lety byl anonymně vytvořen Brain Burst, který umožňuje zrychlení pouze těm, kteří se narodili s Neurolinkerem. Proto jsou všichni Burst Linkers děti ve věku 15 let a mladší, což umožňuje jeho existenci utajit před veřejností. Kuroyukihime se chce setkat s tvůrcem, aby se dozvěděla účel programu. K tomu potřebuje dosáhnout 10. úrovně, k čemuž je zapotřebí pět vítězství nad Burst Linkery 9. úrovně a jedna porážka má za následek trvalé odinstalování programu Brain Burst. Před dvěma lety byla Kuroyukihime jedním z Králů čisté barvy, skupiny Burst Linkerů 9. úrovně, kteří se dohodli, že spolu nebudou bojovat, ale ona na dohodu nepřistoupila a setnula hlavu Červenému králi, což způsobilo, že byla označena za zrádkyni, a vedlo ji to k zapečetění Černého lotosu. Od té doby zůstala offline a na místní školní síť se přihlašovala pouze s atrapou avatara.

Když se Haru rozhodne nezasahovat do zadních dveří, aby se vyhnul odhalení, zjistí, že se Kuroyukihime začíná chovat divně, když se zmíní o tom, jak blízko se dostal k Chiyuri. Když je Haru vyslýchán dvojicí studentů z klubu drben, naznačí mu, že se Kuroyukihime oprávněně líbí, čemuž odmítá uvěřit. Když se Kuroyukihime a Haru toho dne procházejí společně, Haru se rezignovaně pokládá za pouhého pěšáka, což si od ní vynutí facku. V tu chvíli se proti Haruovi a Kuroyukihime vyřítí neovladatelné auto, což je přiměje jít do akceleračního světa. Když se Kuroyukihime přizná Haruovi, že ho miluje, použije mocný pohyb, který způsobí, že její Brain Burst klesne na nižší úroveň, což jí umožní manipulovat se svým tělem v Akceleračním světě a odstrčit Harua z cesty autu, což vede k tomu, že je zasažena pouze ona.

Když Haru zjistí, jak strašný člověk Takumu je, prchá před útoky Cyan Pile, přičemž přijde o jednu z rukou Stříbrné vrány. Haru zpočátku získává výhodu díky své rychlosti, ale brzy je zasažen Takumuovým speciálním útokem a přichází také o nohu. Když si Takumu vylévá zlost na to, jak Chiyuri stále myslí na Harua, zasáhne ho silným útokem, po kterém mu zůstane jen zlomek zdraví. Haru se ocitne ve sklepě, kde najde spícího avatara Kuroyukihime, jehož tlukoucí srdce mu připomíná, že síla není vždy o vítězství. Právě tehdy Haru získá novou sílu v podobě křídel, která z něj udělají prvního létajícího avatara Brain Burst a umožní mu vzlétnout zpět a překonat Takumuův útok. V zápětí po porážce Takumua, kvůli níž ztratí všechny body a status Burst Linkera, ho Haru požádá, aby se stal jedním z jeho spojenců a začal znovu. Poté se objeví Kuroyukihime a rozhodne se odhalit pravou podobu svého avatara, Černého lotosu, a oznámí divákům své cíle.

Poté, co Haru a Takumu vše prozradí Chiyuri, která to nepřijme zrovna nejlépe, začnou oba trénovat jako tým. Haru získá dostatek bodů pro přechod na druhou úroveň, i když ve spěchu přejde na vyšší úroveň příliš brzy a v důsledku toho mu zůstane málo bodů výbuchu. Takumu nabídne, že se s Haruem podělí o část svých bodů, ale ten odmítne s tím, že by ho to připravilo o všechnu čest bojovat. Poté se oba vydají k Čijuri, kde si společně dají zmrzlinu a vysvětlí Čijuri, co je to Brain Burst. Zde Takumu dostane nápad, aby si Haru najal bodyguarda známého jako Aqua Current, který ho bude chránit, dokud nezíská body. Když Haru prochází procedurou najímání Aqua, nechtěně zjistí, že je to ve skutečnosti dívka. Zatímco Haru diskutuje s Aqua, Takumu se setkává s Kuroyukihime, která aktivuje svůj Burst Link.

Když Kuroyukihime náhle vyzve Takumu k zápasu a konfrontuje ho s jeho úmyslem skončit s kendem a případně odinstalovat Brain Burst, Current souhlasí, že se připojí k Haruovi, dokud se mu nepodaří získat 50 bodů, a vstoupí s ním do zápasu. Zatímco Kuroyukihime učí Takumua, aby se přestal cítit provinile a více důvěřoval svým přátelům, Haruovi a Currentovi se podaří společnými silami vyhrát zápas a získat zpět 54 bodů. V tu chvíli Current vyzve Harua na souboj s úmyslem vzít mu všechny body. Když Haru ukáže, že je stále ochoten jí věřit a nebrání se, odhalí, že lhala, a řekne mu, aby si cenil svých přátel, než mu vymaže vzpomínky na ni. Druhý den Takumu přestoupí do Haruovy a Chiyuriiny školy s brýlemi a doufá, že uvidí skutečný svět na vlastní oči.

Zatímco se tým Kuroyukihime pokouší získat další území, Haru zjišťuje, že jeho taktiku protivníci snadno přečtou. Po návratu domů ho přivítá Tomoko Saito, údajně jeho sestřenice z druhého kolena, která u něj bydlí, zatímco její rodiče jsou pryč. Haru brzy usoudí, že je to ve skutečnosti Burst Linker známý jako Scarlet Rain, kterého Kuroyukihime odhalila jako Rudého krále. Po nehodě v koupelně ho Tomoko vyzve na souboj s Brain Burstem a ukáže se, že je pro něj příliš silný. Když Tomoko zápas vyhraje, požádá o setkání s Kuroyukihime v reálném životě. Když Haru diskutuje s Kuroyukihime, odhalí, že měla slabost pro předchozího Rudého krále, Rudého jezdce, kterého nechala setnout, když zradil ostatní Deváté úrovně.

Po rozhovoru s Takumem Kuroyukihime souhlasí se schůzkou s Tomoko, jejíž skutečné jméno je Yuziko Kozuki. Yuziko jí vysvětlí, že si chce vypůjčit Haruovu schopnost létat, aby zničila Katastrofální zbroj, vnější předmět, který mění Burst Linkery v Chromé katastrofy, o němž si Kuroyukihime myslela, že je dávno zničený. Poté, co Kuroyukihime všem vysvětlí, jak bojovala s posledním Burst Linkerem, který byl posedlý brněním, Yuziko odhalí, že současná Chromá katastrofa je z její vlastní legie, a vysvětlí, jak potřebuje Haruův let, aby se dostala dostatečně blízko a mohla použít schopnost, která ho okamžitě porazí. Poté, co Kuroyukihime souhlasí s podmínkami, začne na Yuziko žárlit a rozhodne se strávit noc v Haruově domě.

Poté, co se jí vysvětlí další nedorozumění, Chiyu projeví zájem stát se Burst Linkerem. Když Kuroyukihime vysvětluje, že schopnost dát někomu kopii Brain Burst a stát se jeho strážcem lze použít pouze jednou, Haru začne zajímat, kdo byl jejím strážcem. Na otázku Kuroyukihime pouze odpoví, že je to někdo, kdo zradil její důvěru, a také vysvětlí, jak se vztah mezi strážcem a chráněncem liší od ostatních. Později toho dne se Haru, Kuroyukihime, Takumu a Yuniko sejdou a vstoupí do světa Unlimited Accel, aby hledali Chromou katastrofu. Když se k nim vydávají, přepadne je skupina Burst Linkerů vedená Žlutým králem, Žlutým rádiem.

Haru i Yuniko si uvědomí, že za pátou Chromovou katastrofu je zodpovědná Žlutá vysílačka, která využila mezery ve smlouvě o neútočení jako záminku k jejímu odstranění a dosažení 10. úrovně. Poté vyřadí Kuroyukihime tím, že jí ukáže nahrávku, na které stíná hlavu Rudému jezdci, prvnímu Rudému králi, a tím ji natolik demoralizuje, že omdlí. Haru, Yuniko a Takumu jsou pak nuceni vydržet nápor Žluté legie. Během bitvy se Takumu obětuje, aby ostatním získal čas. Když je Žlutá legie začne přemáhat, Haru naléhá na Kuroyukihime, aby se probrala, a ona se probere. Kuroyukihime svede bitvu se Žlutým rádiem a právě když nabíjejí své vražedné pohyby, je Žluté rádio probodnuto Chromou katastrofou.

Když Žluté rádio ustupuje, Kuroyukihime bojuje proti Chromé katastrofě, ale náhle ji napadne Yuniko a tvrdí, že nejsou spojenci. Navzdory Yunikoině údajné zradě Kuroyukihime ujišťuje Haru, že je jen tvrdohlavá, a žádá ho, aby jim pomohl zachránit jejich přítele. Když se Chromá pohroma pokusí uniknout z Akceleračního světa, Haruovi se podaří použít proti němu své pomůcky a porazit ho, což umožní Yuniko zasadit Soudný úder a odstranit ho z Brain Burstu. Poté si Yuniko posteskne, že poté, co ji Cherry Rook seznámila s Brain Burstem, se po dosažení 9. úrovně stala ignorantkou jeho problémů. Po kontrole, že Brnění zkázy bylo zcela zničeno, Haru uslyší podivný hlas, přesto ho vydává za svou představivost a odhlásí se, aniž by věděl, že mu něco lynčuje na záda.

Chiyu přiměje Takumu, aby jí nainstaloval Brain Burst, a stane se Burst Linkerem, čímž získá Duel Avatar, Lime Bell. Druhý den, když nastane nový školní rok a Haru, Chiyu a Takumu jsou ve stejné třídě, si Haru všimne podivného chování Kuroyukihime během shromáždění a domnívá se, že mezi novými studenty může být další Burst Linker. Zatímco zjišťují, jestli se v okolí nevyskytují noví Burst Linkerové, ale nemají štěstí, Haru a Taku pomáhají pochopit schopnosti Lime Bell a usoudí, že je to léčitelský typ. Když to Haru hlásí Kuroyukihime, vysvětluje jí, že ji pravděpodobně budou prověřovat, protože jediným dalším léčitelem v Brain Burstu je jeden ze Šesti králů. Kuroyukihime pak prozradí, že se chystá na školní výlet na Okinawu, a pověří Haru a ostatní, aby bránili její území. Později, když se Takumu účastní turnaje v kendó, Haru zjistí, že jeho soupeř, nováček jménem Nomi, používá nějaký druh síly Burst, ale při prohlídce se nezdá, že by byl Burst Linker.

Zatímco Haru, Takumu a Chiyu diskutují o tom, co přesně Seiji je, Takumu usoudí, že Seiji použil schopnost Physical Burst, která urychluje vědomí uživatele a umožňuje mu rychleji reagovat. Zatímco Kuroyukihime odjíždí na školní výlet, Haru a Takumu se rozhodnou Seijiho prozkoumat a pokusit se získat důkaz, že je Burst Linker. Seiji však Harua odhodí a pomocí vizuální masky ho zavede do dívčích sprch, kde je Čiju nucena ho schovat. Druhý den je Haru konfrontován Seidžim, který ho chce vydírat, aby mu dal další Burst Points. Chiyu se Harua zastane, ale Seiji opět získá převahu, když nechá ve sprchách najít skrytou kameru. Když se Haru pokusí bránit, Seiji ho přemůže a donutí ho k souboji s Brain Burstem, kde odhalí svého avatara, Dusk Takera.

Ačkoli Haru na začátku zápasu zdánlivě dominuje, Seidžimu se ho podaří chytit do pasti a pomocí své schopnosti Démonické velení ukrást Haruovy schopnosti létání, což Harua zničí, protože se chlubí, že mu je nevrátí, dokud nedostuduje. Seiji pak pokračuje ve vítězství v zápase a bere Haruovi bod, čímž jemu i Chiyu připomíná moc, kterou nad nimi má, a nutí je, aby ji před Takumuem a Kuroyukihime tajili. Haru se snaží před Takumuem utajit, co se stalo, a jejich přátelství se ocitá pod tlakem. Když Haru upadne do deprese a neví, co má dělat, pustí se do dalšího zápasu s Ash Rollerem, ale nakonec se bez svých křídel cítí zbytečný. Ash se slituje nad jeho nedostatkem motivace a vezme Harua na zelené místo ve světě Akcelerace, aby se setkal se svým strážcem, Sky Rakerem.

Kuroyukihime attempts to solve the mystery of who stole Niko's cookies.

Raker Haruovi vysvětlí, že ačkoli přišel o křídla, může být schopen létat, pokud se naučí používat "inkarnační systém", který umožňuje avatarům používat určité schopnosti pouze silou vůle. Později té noci Raker vysvětluje, jak její schopnost skákat vedla k posedlosti chtít létat, což ji vedlo k tomu, že požádala Kuroyukihime, aby jí uřízla nohy. Když začne výcvik, Raker nejprve pověří Haru, aby vyšplhala na velkou věž, kde se nachází Rakerino obydlí, což se ukáže jako obtížné, když měnící se pole promění věž v kov. Haru však brzy začne používat sílu vůle a naučí se pronikat do kovu, přičemž bere v úvahu i to, co mu Kuroyukihime řekla o jeho rychlosti. Sedmého dne Haru konečně uplatní to, co se naučil, v praxi a dosáhne vrcholu věže. Následujícího dne se Raker s Haruem setká v reálném životě a předá mu svou výzbroj, Gale Thruster, přičemž Haru slíbí, že získá zpět svůj let pomocí vlastní síly, aby jí ji mohl jednoho dne vrátit.

Zatímco Haru přemýšlí, jak se Seidžimu postavit, obdrží videohovor od Kurojukihime, která se zmiňuje o tom, že Takumovi předá nějaké informace o Seidžim. Během tělocviku toho dne Takumu vyzve Seijiho na souboj a prozradí mu, že věděl o krádeži Haruovy schopnosti. Ačkoli Takumu zpočátku získává převahu, Seiji si pomocí inkarnačního systému opatří silné paže a Takumua přemůže. Haruovi se podaří Seidžiho přelstít, aby se přepnul do režimu Battle Royale a mohl místo něj bojovat proti němu, a podaří se mu useknout jednu ruku vlastním ikarnačním útokem. Když Seiji aktivuje Haruova křídla a nějaké pyrotechnické vybavení, Haru vybaví Gale Thruster, který dostal od Rakera, což mu umožní vzlétnout do oblak a postavit se Seidžimu čelem a podaří se mu ho s pomocí Takumu porazit. Než ho však Haru dorazí, objeví se Chiyu a Seijiho vyléčí.

Na Okinawě je Kuroyukihime na školním výletě se svou kamarádkou Megumi. Když si obě jdou koupit suvenýry, osloví Kuroyukihime dva místní Burst Linkers, Ruka Asagi a Mana Itosu, kteří ji požádají, aby pomohla jejich pánovi v boji proti monstru, které sužuje jejich komunitu Accel. Kuroyukihime kvůli této diskusi ztratí pojem o čase a zapomene Megumi koupit dárek, což ji rozčílí. Kuroyukihime se Megumi omluví tím, že jí řekne, že od chvíle, kdy před sedmi lety objevila Brain Burst, je to ona, kdo ji drží připoutanou k reálnému světu. Druhý den Kuroyukihime s Rukou a Manou vstoupí do světa Akcelerace, aby se setkaly se svým pánem, který se ukáže být starým známým Kuroyukihime.

Kuroyukihime se znovu setkává s Crimsonem Kingboltem alias "Crikinem", členem skupiny Burst Linker, který se po rozvodu rodičů přestěhoval z Tokia na Okinawu. Právě tehdy je překvapí záhadná hrozba, která se ukáže jako Burst Linker jménem Sulfur Pot, který má moc zkrotit "nepřátele". Když je zmíněno, že Sulfur Pot se neobjevuje na seznamu úkolů, Kuroyukihime si uvědomí, že je z Tokia a používá zadní vrátka programu, aby se ponořil do Okinawy. Zatímco bojují, v reálném světě Megumi najde těla Kuroyukihime, Ruky a Many, která dřímají, zatímco jsou propojená. Když se natáhne, aby Kuroyukihime odpojila, spatří vizi svého mladšího já, které ji nabádá, aby to nedělala. Megumi pak zahlédne náhradní kabel a připojí se k Accel Worldu. Její avatar, Orchidejový věštec, změní krajinu na oceán, což Kuroyukihime a jejím spojencům poskytne výhodu proti Sulfur Potovi.

Poté, co ho Chiyu plně vyléčí, Nomi si s Takumem poradí a strašlivým způsobem ho porazí. Když Harua přemůže vztek, ovládne ho temná síla, která ho nabádá, aby Nomiho zničil, a projeví tak podobnou moc jako Dusk Taker, ačkoli časovač ukončí bitvu dříve, než se stihne ještě více vyhrotit. Po návratu do reálného světa se Haru a Takumu střetnou s Chiyu, která tvrdí, že se k Nomi přidala z vlastní vůle. Haru věří, že za tím je něco víc, a řekne Takumovi o systému inkarnací a navrhne mu, že by měli najít způsob, jak se ho naučit, než se znovu postaví Nomi. Když se Haru začne bát temné síly, která je v něm, zavolá si na chvíli Kuroyukihime. Protože Haru a Takumu věří, že by se od Yuniko mohli dozvědět něco o systému vtělení, Scarlet Rain. Haru se ocitá v podezření kvůli kameře nalezené v dívčině sprchovém koutě.

Kuroyukihime attempts to ask Niko to bake her some bread, but ends up asking for panties instead.

Když jdou na schůzku s Yuniko, Haru vysvětluje Takumovi, jak ho Seiji s Chiyo dal dohromady. Poté, co se dozví o jejich situaci, Yuniko souhlasí, že Harua a Takumua naučí o systému inkarnátů a vysvětlí jim různé dovednosti, které s nimi lze provádět. Protože typ dovedností, které se avatar může naučit, závisí na osobních traumatech uživatele, Takumu vysvětluje, jak byl na základní škole šikanován, což dokonce vedlo k získání jizvy, díky níž získal Cyan Pile zbraně, které má. Když Yuniko začne Takumua trénovat, připojí se k Haruovi Yuničin spojenec, Krvavý leopard, který ho vezme do Akihabary, aby prozkoumal, jak se Seiji skrývá před odpovídajícími seznamy. Dorazí do Akihabara Battle Grounds, bojové arény pro Burst Linkery, která má také potíže s Burst Linkerem, jenž není na seznamu, jménem Rust Jigsaw.

Leopardka se rozhodne přihlásit sebe a Harua do turnaje, aby vylákala Jigsawa, a zároveň Haruovi vysvětlí, jak ho nadměrné používání systému inkarnací může přivést blíž k temnotě. Jistě, Jigsaw je přijde vyzvat, ale Haru a Leopardovi se podaří překonat jeho triky a porazit ho. Po skončení zápasu se oba vrátí do reálného světa, aby vyhledali Jigsawova uživatele, ale nakonec ho ztratí. Druhý den se Haru rozhodne promluvit s Chiyu, která se začala účastnit soubojů se Seidžim, a přísahá, že si vezme zpět to, co jí Seidži ukradl. Když Haru analyzuje, jaké informace se dosud dozvěděl, který z Jigsawova počínání vyvodí, že Seiji používal nelegální čip mozkového implantátu, aby se skryl před seznamy odpovídajících. Když Haru konfrontuje Seijiho s těmito poznatky, Seiji navrhne, aby si vše vyřešili v bitvě o všechny ataky, ve které vsadí všechny své body za výbuch.

Inside the Umesato Junior School Network, two girls are trapped and attacked by a mysterious avatar who strips them of their clothes and items.

In the following day, after learning from Yuniko that the same phenomena is occurring at other schools, Kuroyukihime assembles the other members of Nega Nebulus and together they come with a plan to lure out the perpetrator.

V den bitvy požádá Chiyu Harua a Takumua, aby se k nim připojili na bojišti a ona mohla sledovat bitvu až do konce. Když začne souboj náhlé smrti mezi Haruem, Takumuem a Seidžim, je Haru přepaden Seidžimovým spojencem, Černým neřestníkem, který má zpomalovací schopnost. Zatímco Haru zůstává v pasti, Takumu se pustí do Seijiho pomocí své nové schopnosti ztělesnění, Kyanové čepele, a podaří se mu překonat Seijiho schopnost Démonický velitel a useknout mu jednu ruku. Seiji vysvětluje, že byl šikanován svým starším bratrem, což ho přimělo stát se mocnějším a pomstít se. Poté si vezme Chiyu jako rukojmí a začne ji mučit, což způsobí, že Takumu ztratí vůli bojovat. Zatímco Haru naříká nad bezvýchodností situace, podaří se mu znovu získat odhodlání a vymanit se z Mravnostníkova sevření. Když se Seiji chystá Takumu dorazit, zastaví ho příchod Kuroyukihime, které se podařilo vstoupit do pole z Okinawy pomocí předmětu, který získala od Sulfur Pot.

Haru si nasadí Gale Thruster a pustí se do vzdušného souboje se Seidžim, přičemž se mu podaří zasadit úder, než se vyčerpá. Přestože Chiyu znovu použije na Seijiho Citronové volání a vyléčí ho, Seijiho křídla náhle zmizí a vrátí se Haruovi. Pomocí kombinované síly svých křídel a Gale Thrusteru zasadí Haru Seidžimu konečný úder. Po bitvě Chiyu odhalí, že její schopnost není léčení, ale ve skutečnosti je to schopnost vracet čas, kterou použila, aby vrátila Haruova křídla jejich právoplatnému majiteli, a prozradí, že se postavila na stranu Seijiho jen proto, aby si zvýšila úroveň své schopnosti a mohla to provést. Když Seiji začíná být zoufalý, Vice mu před odchodem prozradí, že čip jeho mozkového implantátu zmizí, jakmile bude Brain Burst odstraněn.

Leopard finds a baby leopard and takes it in whilst the others try to make cookies.

The gang go swimming in the lake, where they have 'tea time'.

The gang go on a trip to the mountains.

As Kuroyukihime decides to hibernate in Haruyuki's apartment, Fuuko teaches Haruyuki how to wake her up.

The gang have a Christmas party where Kuroyukihime refuses to leave her cocoon.

After winning a territory match against the Blue Legion, Haruyuki is due for a physical re-examination in two weeks.

If he fails then he'll be unable to participate in territory matches, Fuuko decides to invite the Nega Nebulous for a weekend spa treatment to help Haru.

Haru catches a cold on New Year's Eve so Kuroyukihime looks after him.