年輕人，你想要『加速』，變得更快嗎?有田春雪是梅鄉中學一年級的學生。他身材圓胖，個性害羞內向，是班上同學欺負的對象…而他的生活，正因為那句話而大大改變了!跟他說這句話的人，是學生會副會長，校內的風雲人物，黑雪公主。在她的邀請之下，春雪在午休時間來到校內的咖啡廳。而等著他的是，名為『Brain Burst』的不明程式，以及全新的『加速世界』…

春雪第一次的對戰，就在莫名其妙之下輸掉了。於是黑雪公主告訴他，『Brain Burst』程式的真面目，是對戰格鬥線上遊戲，而遊戲中的人物，都為了爭奪加速用的超頻點數而互相戰鬥。春雪接受黑雪公主的特訓後，再度挑戰Ash Roller，雖然也有千鈞一髮的時候，但春雪還是抓住機會，奪得第一次的勝利。然而，當春雪還沉浸在勝利的喜悅中，千百合與黑雪公主碰面這個絕大的危機步步逼近!

黑雪公主因為破壞了統治加速世界的七王協定，成為加速世界中的通緝犯。她為了想找出不斷在校內網路找她對戰的藍色Cyan Pile，於是尋求春雪的協助。春雪得知青梅竹馬的千百合是嫌犯之一，為了洗刷千百合的嫌疑，他直接連上千百合…

春雪與黑雪公主因為一點意見不合而吵了起來。此時，荒谷開著車朝兩人攻擊!在千鈞一髮的危機中，黑雪公主使用了讓肉體加速的禁忌力量『物理完全加速』因此受了重傷。雖然黑雪公主保住了性命，但若是Cyan Pile趁這個機會攻擊，她根本毫無招架之力。此時，為了保護她，也為了報答她的一片真心，春雪決定挺身而出…

終於揭開Cyan Pile的真面目了!春雪在挑戰Cyan Pile時，卻受到Cyan Pile殘忍的言語攻擊。因為加速的力量而改變自己人生的春雪，賭上自己，還有千百合的信念奮力一戰，卻不敵Cyan Pile的攻擊。此時，在遍體鱗傷Silver Crow眼前看見的是，為了保護自己而躺在病床上的黑雪公主。春雪的心中，充滿了無法保護黑雪公主的悔恨，以及她說的那句，溫柔而堅強的話…

在Sliver Crow與Cyan Pile的激烈對戰後，拓武退出獅子座流星雨，加入黑暗星雲。在黑雪公主休養身體期間，拓武與春雪努力提升自己的實力。然而此時，春雪卻因為犯下了一個失誤，讓自己陷入喪失所有點數的危機。於是拓武提出要雇用保鑣的建言。但是，必須接受奇怪的條件…

與Aqua Current碰面後，春雪與Aqua Current達成協議，會與春雪一起戰鬥，直到Silver Crow的點數回到安全值。而這次的對手是巨大的Sand Duckt以及乘在Sand Duckt肩上的Nickel Doll…另一方面，離開軍團與劍道部的拓武去醫院探視黑雪公主，於是黑雪公主做出了意外的決定…

春雪在領土戰中始終無法發揮本領，讓他一心只想趕快變強。一天，春雪回家後，發現家中出現了一名穿著圍裙的可愛少女!原來她是親戚的孩子，要暫時寄住在春雪家幾天。家裡多了一個可愛又體貼的女孩，春雪自然是又開心又緊張。只是在春雪洗澡的時候，少女竟然也想要進來一起洗!?

在不了解紅之王的企圖下，在春雪家中，春雪、黑雪公主、紅之王、以及拓武四人終於正式見面展開會談。自稱名叫上月由仁子的紅之王，開始說出她是如何找出春雪的真實身分，以及潛入春雪家的目的。原來她想要藉由Silver Crow的飛行技能，來破壞＂某個東西＂。但黑雪公主聽到＂那個東西＂的名稱後，臉色大變…

黑雪公主跟仁子突然跑來住在春雪家，春雪被鬧得身心都不得安寧。沒想到隔天一早，春雪與黑雪公主一同上學的場面，竟然被千百合撞見了。千百合感到自己似乎被排擠，於是開口說自己也想要裝Brain Burst。另一方面，討伐Chrome Disaster的任務即將開始…

Silver Crow一行人在前往討伐Chrome Disaster途中，被黃色軍團偷襲。而帶頭的黃之王Yellow Radio打著違反互不侵犯條約的旗號，要來「報復」Scarlet Rain。在黃色軍團人多勢眾包圍下，黃之王還特地準備了某個東西，要來對付Black Lotus…

Chrome Disaster突然出現戰場，其壓倒性的戰力讓黃色軍團連忙撤退。而Silver Crow親眼目睹Chrome Disaster的實力後，竟也害怕地差點喪失戰力，在上輩Black Lotus當頭棒喝之下才重振旗鼓。而當Silver Crow追著Chrome Disaster來到傳送出口附近時…

新學期開始了，春雪與千百合還有拓武三人成為同班同學。在千百合強烈要求下，拓武幫助千百合安裝了Brain Burst。儘管春雪與拓武半信半疑，但千百合成功安裝，正式成為超頻連線者。而她的對戰虛擬角色，竟然擁有極為稀有的能力…另一方面，梅鄉中學的新生中，出現了超頻連線者?

在劍道比賽中，能美用加速的力量贏得壓倒性的勝利。春雪十分確信他一定是超頻加速者，但玩家名單卻找不到新出現的角色。在這個時候，黑雪公主前往沖繩，進行為期一個禮拜的畢業旅行。於是春雪只好跟蹤能美，希望能直接找到他是超頻連線者的證據…

能美以偷拍畫面威脅春雪必須每個禮拜繳納超頻點數，春雪不服氣，於是在加速世界中與能美對戰。雖然前半戰春雪占了優勢，卻意外被能美的虛擬角色Dusk Taker打敗，也讓春雪喪失了重要的東西。另一方面，拓武發現春雪怪怪的，想要問清楚，卻與無法說出真相的春雪吵了起來…

Silver Crow被帶到Ash Roller的師父--Sky Raker面前。Sky Raker曾經是加速世界中離天空最近的超頻連線者，她告訴Crow超頻連線者所隱藏的力量--心念，也展示了自己往日追求飛行所造成的傷痕。她答應Crow，下一次見面，就會將心念系統的要領傳授給他，可是…

在與沖繩的黑雪公主通話後，春雪更加堅定打倒能美的決心。另一方面，拓武知道了事情的真相，獨自一人進行調查，終於抓到時機，得以在加速世界挑戰能美。在Cyan Pile猛烈攻擊下，戰況看似一面倒，Dusk Taker卻姐除了全身的武裝，使出殺手鐧…

正當春雪陷入危機時，黑雪公主參加畢業旅行時，在沖繩竟然遇到向她挑戰的超頻連線者。雖然黑雪公主輕鬆獲勝，但自稱叫琉花與真魚的兩名對手，似乎是在測試她。面對這兩個天真又完全不帶警戒心的超頻連線者，黑雪公主緊張兮兮地與她們對話，最後，終於與她們的「師父」正式照面了…

根據琉花她們的師父「Crimson Kingbolt」所說，因為沖繩地區的無限制中立空間出現了神獸級公敵，讓他們再也無法在此區進行狩獵。而神獸級公敵的飼主竟然不會出現在對戰者名單上，也讓黑雪公主懷疑有木馬程式的存在。於是黑雪公主與Crimson Kingbolt等人合作，一起對付操縱公敵「尼德霍格」的超頻連線者。而這名自稱為「Sulfur Pot」的超頻連線者，卻意外難纏…

救了瀕死的Dusk Taker的，竟然是Lime Bell，也就是千百合。Cyan Pile對能美竟敢逼迫千百合一事，氣得撲向Dusk Taker，卻落得被分屍的下場。Silver Crow眼見好友如此慘狀的同時，在春雪的心中，彷彿有一股惡意油然而生…然而，Silver Crow與Dusk Taker的對戰因時間到而強制結束。雖然春雪與拓武這次出征失敗了…

春雪在能美陷害下，成為全校師生眼中噁心的偷拍狂。此時的春雪找到紅之王仁子，向她說明事件始末後，仁子答應，要教會拓武使用心念。仁子告訴兩人，心念的特徵與四種基本技，以及學習心念最重要的關鍵--必須勇敢面對造就對戰虛擬角色的原因，也就是自己的心。於是拓武開始娓娓道來自己小時候所受的心之傷，也就是Cyan Pile手上打樁機的由來…

春雪與拓武決定相信千百合，讓她一同前往與能美的決戰。Silver Crow與Dusk Taker在梅鄉國中校園裡對峙時，竟然中了埋伏，剩下Cyan Pile孤軍奮戰。Cyan Pile 好不容易克服對方的攻擊，也封住了對手的必殺技，卻讓Lime Bell 成了人質，Cyan Pile因而喪失戰力。正當Cyan Pile 面臨加速世界的生死關頭，此時的Silver Crow…

「我和你勢不兩立!」Black Lotus出手相助，Silver Crow終於得以脫困，與Dusk Taker進行最終對決。雙方互相使出心念技，讓心念的光芒布滿天空。就在Silver Crow的手刀貫穿對手的胸膛，準備給予致命一擊時，Lime Bell卻對受傷的Dusk Taker使出「香櫞鐘聲」。其實，這才是千百合的真正目的…