梅郷中学に通う一年生・有田春雪。丸っこい身体に内気な性格の彼は、学内格差の最底辺にいた。昼休みは学内で唯一、心の休まる場所――トイレの個室からフルダイブしてゲームに興じる惨めな毎日。ひた隠しにしていたそんな姿を、幼馴染のチユリに知られてしまったある日、ハルユキは意外な人物に声をかけられる。もっと先へ――≪加速≫したくはないか、少年。その言葉の主は、誰もが憧れる上級生、黒雪姫であった―。

バーストリンカーになったハルユキを待ち構えていたのは、凶悪な骸骨ライダー――アッシュ・ローラーとの対戦と敗北。≪ブレイン・バースト≫の正体はポイントを奪い合う対戦格闘ゲームだった。訳も分からず敗北を喫したハルユキに、黒雪姫は≪ブレイン・バースト≫の原則を教える。ポイントを失えば≪加速≫の力も失ってしまう。まずは失ったポイントを取り返すため、再戦に備えてのレクチャーを受けるハルユキだったが……。

チユリを挑発する黒雪姫にハルユキは戦々恐々。しかし、その裏には彼女がハルユキを加速世界に誘った本当の理由が隠されていた。ある事件で加速世界の≪お尋ね者≫となっていた黒雪姫は、最近学内ネットワーク上で、本来なら受けるはずのない対戦を挑まれ続けていた。執拗に迫る蒼いデュエルアバター――シアン・パイルの正体を探るべく、ハルユキに助力を求める黒雪姫。その容疑者には、あのチユリが浮上する―。

ハルユキがチユリと直結したと聞いてご機嫌ナナメの黒雪姫。シアン・パイルがチユリのニューロリンカーを通して対戦を挑んでいたという推測を告げる間もなく、立ち去ってしまう。彼女が妬いているのではと聞かされたハルユキだったが、劣等感からそれを認められない。つい冷たく当たってしまった彼の態度に、初めて激しい感情を露わにする黒雪姫。すれ違い、言い争うふたりの背後には、暴走した自動車が迫っていた……。

シアン・パイルの正体が判明し、対戦を挑んだハルユキに浴びせられる、思いもよらぬ醜い言葉。≪加速≫の力を手に入れて変わってしまった彼に、自分の想いを、そしてチユリの想いをぶつけて戦うも、シアン・パイルの前になすすべもなく倒れ伏してしまう。ボロボロになったシルバー・クロウの前でベッドに横たわる黒雪姫。その姿は、ハルユキの胸に、守れなかった後悔と、優しく強い、あの言葉をよみがえらせ……。

シルバー・クロウとシアン・パイルとの戦いで幕を閉じた≪黒雪姫襲撃事件≫。タクムは青のレギオンから脱退し、ハルユキとタッグを組んでレベルアップにいそしんでいた。黒雪姫が治療に専念している間、順調に成長していたハルユキだったが、あるミスを犯したことで、バーストポイント全損の危機に陥ってしまう。それを受けたタクムは、用心棒を雇うことを提案する。しかし、そのためには風変わりな条件を受け入れることが必要で……。

用心棒(バウンサー)、≪アクア・カレント≫と無事に合流、ポイントが安全域になるまでタッグを組んで戦うことになったハルユキ。相手は巨大な≪サンド・ダクト≫と、その肩にちょこんと乗った≪ニッケル・ドール≫。ひとまわりレベルの高い、しかも連携技を繰り出す強敵相手に苦戦するが――。一方、黒雪姫のお見舞いに訪れたタクム。彼はレギオンを脱退しただけでなく、剣道部も辞めていた。そんなタクムに黒雪姫は意外な行動に出る。

領土戦でなかなか役に立てず、早く強くなりたいと焦るハルユキ。そんなある日、帰宅した彼をエプロン姿のかわいい少女が待っていた。2、3日あずかることになったハトコだという母の伝言と、気の利く彼女に世話を焼かれた気持ちよさで、素直に状況を受け入れてしまう。親戚とはいえ、かわいい女の子とふたりきりという魅惑の生活にドキドキするハルユキ。お風呂でくつろぐ彼だが、なんと彼女が一緒に入ろうとやってきて！？

赤の王が黒雪姫と直接会って何をしたいのか。その理由もわからないまま、ハルユキの家で、黒雪姫と赤の王、そしてタクムを加えた4人の会談が始まる。上月由仁子と名乗った赤の王は、苦労の末にハルユキのリアルを割り出し、有田家に潜入した理由を語る。『あるもの』を破壊するために、シルバー・クロウの飛行アビリティを借りたい。その言葉に、黒雪姫は驚愕を露わにする。『それ』は亡きものにしたはずだ、と――。

黒雪姫とニコがお泊りするという、いろいろな意味で心の休まらない夜を明かしたハルユキ。次の日も朝から早速、ハルユキ宅から登校中の黒雪姫とチユリが遭遇する、これまた危険なイベントに巻き込まれる。仲間外れにされている気分になったのか、チユリは自分にもブレイン・バーストをインストールしてほしいと言い出す始末。そんな愉快な日常の一方で、≪無制限中立フィールド≫での、クロム・ディザスター討伐ミッションが開始される――。

クロム・ディザスター討伐に向かった無制限中立フィールドで、黄のレギオンに奇襲を受けたシルバー・クロウたち。彼らを率いる≪黄の王≫イエロー・レディオは、不可侵条約を盾にスカーレット・レインへの≪報復≫を仕掛ける。多くのバーストリンカーに囲まれた上、レディオが用意した狡猾な≪切り札≫に、ブラック・ロータスの参戦も封じられる。圧倒的に不利な戦いを強いられる中、シアン・パイルが捨て身の行動に出るが……。

突如出現したクロム・ディザスターの圧倒的な力の前に、撤退を始める黄のレギオン。敗北への恐怖から戦いを諦めたシルバー・クロウに、ブラック・ロータスの檄が飛ぶ。一度ダイブしたなら、あとは戦うのみ。バーストリンカーの在り方と、≪親≫としての意地を見せるその姿に再び立ち上がるシルバー・クロウ。スカーレット・レインの砲撃を受け、リーブポイントへと逃げるクロム・ディザスターへと追撃する――。

新学期。同じクラスになったハルユキとチユリ、そしてタクム。元の3人の関係に戻れるのではないかという淡い期待の中、チユリの猛烈なアタックに押し切られたタクムは、彼女に≪ブレイン・バースト≫をコピーすることに。ハルユキとタクムの心配をよそに、無事インストールに成功した彼女のデュエルアバターには、希有な力が備わっていることがわかり……。一方、梅郷中の新入生に、バーストリンカーがいる事が判明する――。

剣道の試合中、≪加速≫の力でタクムを圧倒する能美。間違いなくバーストリンカーであるはずなのに、マッチングリストに新たなアバター名は現れなかった。能美の目的も、その存在を隠す不正の手段もわからない中、黒雪姫は沖縄へ1週間の修学旅行に出かけてしまう。能美がバーストリンカーである証拠をつかもうと行動を開始したハルユキは、彼のあとをつけ、直接ニューロリンカーを確かめるチャンスを得るのだが……。

秘密をばらされたくなければポイントを上納し続けろ。理不尽な要求を出す能美に対戦を挑むハルユキ。彼のアバター≪ダスク・テイカー≫を追いつめるも、意外な攻撃の前に敗北を喫してしまう。その上、自分の存在のすべてとも言える能力を失い、自信すら喪失する。いつもと違うハルユキの様子に訪ねてきたタクムにも、事情を打ち明けることができないばかりか、心にもないことを口にしてしまい……。

アッシュ・ローラーの師匠――《スカイ・レイカー》のもとへと連れてこられたシルバー・クロウ。かつて加速世界で最も空に近づいたと言われる《スカイ・レイカー》は、クロウにバーストリンカーの秘めた真の力《心意》と、それを追い求めた者に残された傷痕について語る。その狂気を知ってなお、《心意》を体得したいと願うクロウに、スカイ・レイカーは次に会った時に極意を教えると告げる。そしてクロウを東京タワーのてっぺんから突き落とす。

修学旅行先からくれたダイブコールで黒雪姫が見せた想いやりに、能美との因縁は自分だけで決着をつけなくてはならないと、改めてダスク・テイカー打倒を誓うハルユキ。一方、事件を知り、独自に調査を始めていたタクムは、能美が《加速》の力を使った隙をついて、対戦に持ち込む。シアン・パイルの圧倒的な攻撃で追い詰められたかに見えたその時。全ての武装を解除したダスク・テイカーは、『奥の手』を使い……。

ハルユキが危機に立ち向かってるその頃、黒雪姫は修学旅行先の沖縄で、何者かに対戦を申し込まれていた。危なげなく返り討ちにするが、琉花、真魚と名乗ったふたりのバーストリンカーは、どうやら彼女を試していたらしい。その腕を見込んで、頼みがあるという。《リアル割れ》に対する危機感が全くない、バーストリンカーらしからぬふたりの態度に、警戒しながらも会談に臨んだ黒雪姫は、彼女たちの『師匠』の正体を知る――。

琉花たちの師匠《クリムゾン・キング》によると、沖縄の無制限フィールドに出現した神獣級エネミーのため、エネミー狩りができなくなってしまったという。しかもその『飼い主』がマッチングリストに表示されない事実に、黒雪姫はバックドア・プログラムの存在を感じる。《クリキン》たちと組み、黒雪姫はくだんのエネミー《ニーズホッグ》を操るバーストリンカーと対峙する。《サルファ・ポッド》と名乗ったそのアバターは、予想以上の強敵で……。

シルバー・クロウとの直接対決で衰弱したダスク・テイカーを救ったのは、《ライム・ベル》――チユリのアバターだった。能美によるチユリへの凶行に激昂したシアン・パイルだが、返り討ちに遭い無残に斬り裂かれる。その惨状を受け怒りに駆られたシルバー・クロウは、自分の中で黒い『何か』がはじけた音を聞く――。だが、そこでバトルはタイムアップにより遮られてしまう。ハルユキとタクムの狙いは失敗に終わったが……。

アキハバラ・バトル・グラウンドに現れた、マッチングリストに名前の出ないバーストリンカー――《ラスト・ジグソー》。ハルユキとパドは、ダスク・テイカーと同じ能力を持つその相手を、自分たちを囮にして対戦に誘い込む。ジグソーの攻撃に苦しめられながらもなんとか勝利し、パドの残した『手掛かり』を頼りに彼のリアルを探ろうとするが……。一方、新宿エリアではライム・ベルのデビュー戦が行われていた――。

能美との決戦に同行を申し出たチユリを信じ、3人で対戦に向かうハルユキとタクム。必勝の誓いを胸に、梅郷中の校庭でダスク・テイカーと対峙したシルバー・クロウだったが、意外な伏兵に動きを封じられてしまう。残されたシアン・パイルは弱点を突いた攻撃を克服し、相手の必殺技を封じるも、ライム・ベルを人質に取られ、戦う力を失ってしまう。《加速世界》での最期という絶望的な状況を前に、シルバー・クロウは――。

お前とはもう、永遠にわかりあえない。ブラック・ロータスの助けを得て、決着をつけるべくダスク・テイカーと対峙するシルバー・クロウ。ふたつのデュエル・アバターが空を裂き、《心意》の光が交錯する。そして、シルバー・クロウの手刀が相手の胸を貫き、とどめの一撃が放たれる直前。傷ついたダスク・テイカーにライム・ベルの《シトロン・コール》がかけられる。そこにはチユリの本当の狙いが込められていた……。