X-MENに襲い掛かる、U-MENのマッド・サイエンティスト、トッド。激しい戦いの中で、久子のミュータントとしての能力が覚醒する。

U-MENを退けたX-MENが出会ったのは、ミュータントの子供たちの施設を運営していた佐々木結衣。今では地下の施設で研究をしているというのだが...。

X-MENは、プロフェッサーXの息子である健夫に総攻撃を開始。世界を救うため、そしてミュータントと人類の未来を守るため、最後の戦いが始まる!