Ein mysteriöser Fall führt das Ensemble um den blauen Affen Beast, die Wettergöttin Storm und Logan alias Wolverine zusammen: Professor X berichtet vom Verschwinden eines japanischen Teenagers und bittet um Aufklärung des Falls. Vor ihrer neuen Mission gelingt es dem Trio mit vereinten Kräften, Cyclops zurückzugewinnen, der noch um Jean trauert, die nach ihrer Verwandlung in Phoenix nun nicht mehr Teil des Superhelden-Teams ist.

Im Land der aufgehenden Sonne angekommen, erfahren die X-Men, dass sich in letzter Zeit zahlreiche Bürger der Umgebung scheinbar in Luft aufgelöst haben. Auf der Suche nach einer weiteren vermissten Person treffen sie auf die Mannschaft der niederträchtigen U-Men. Doch aus einer ersten Auseinandersetzung kann niemand als Sieger hervorgehen. In einem von monströsen Kreaturen bewohnten Anwesen macht die Gruppe eine merkwürdige Entdeckung: In einem Schneewittchen-Sarg liegt neben dem verschwundenen Mädchen Hisako Ichiki tief gefroren Emma Frost. Hat das X-Men-Mitglied die Seiten gewechselt oder kämpft es immer noch für Gerechtigkeit?

Bei der Durchsuchung des U-Men-Hauptquartiers finden die X-Men Hisako und Emma Frost, eine Mutantin mit telepathischen Kräften. Cyclops gibt Emma die Schuld an Jeans Tod. Obwohl Emma das abstreitet und erklärt, dass sie Hisakos Lehrerin war und nach Japan kam, um sie zu retten, misstrauen ihr die X-Men weiterhin. Dann greift der U-Men-Wissenschaftler Todd an. Während dem erbitterten Kampf erwachen Hisakos Mutantenkräfte.

Nachdem die X-Men das Versteck der U-Men zerstört haben, verwandelt sich Emmas Körper in Diamant, als sie Hisako vor dem Laser des sterbenden Todd beschützt. Dieses Phänomen nennen die Mutanten "sekundäre Mutation". Die X-Men entscheiden, Emma und Hisako ins Xavier-Institut zu bringen, um sie zu untersuchen. Auf dem Rückflug wird der Blackbird von einer fledermausartigen Kreatur angegriffen, die Anzeichen für das gefährliche Damon-Hall-Syndrom aufweist, das Mutanten mit sekundären Mutationen befallen kann.

Die X-Men haben das Mädchen Hisako finden und befreien können und mit ihm auch Emma Frost. Da beide bemerkenswerte Fähigkeiten entwickeln beschließen die Mutanten sie mit nach New York zu nehmen, um im Institut nähere Untersuchungen anstellen zu können. Hisako tut sich schwer, sich im Institut und in der Gruppe einzugliedern. Als Professeor X dann auch noch vorschlägt, das Mädchen und Emma ins X-Men-Team aufzunehmen, kommt es zu Spannungen. Doch nach anfänglichen Schwierigkeiten rauft sich die Gruppe schließlich zusammen und tritt die Reise zurück nach Japan an.

Von Hisakos Eltern erfahren die X-Men, dass sich unerklärliche Geschehnissen und Phänomenen in der Gegend zugetragen haben. Die Truppe will der Sache auf den Grund gehen und macht sich mit Blackbird auf den Weg. Doch der Vogel stürzt ab und die X-Men landen in einem verschneiten Tal. Wohl oder übel müssen sie nun zu Fuß weiter. Als sie auf eine gastlich aussehende Hütte stoßen, gibt es eine große Überraschung. Es ist das Haus von Dr. Sasaki, der ehemaligen Direktorin der Sasaki-Akademie für Mutanten.

Nachdem sie vom Damon-Hall-Syndrom befallen werden, greifen Riko und Kaga, zwei von Yuis Assistenten, die Einrichtung an, werden aber durch Beasts Impfstoff ausgeschaltet. In ihrem Diamant-ähnlichen Zustand sieht Emma einen unbekannten Mann. Emma vertraut Jun nicht und fragt sich, ob sie ihn gesehen hat. Unterdessen fliegt Professor X den Blackbird nach Japan, kommt aber nie an.

Die X-Men erheben schwere Vorwürfe gegen Dr. Sasaki. Das Superhelden-Team zweifelt an ihrem Vorhaben, ein ‚Heilmittel‘ für die virenbefallenen Mutanten finden zu wollen. Plötzlich fällt auf, dass Emma Frost fehlt. Sie ist dem Assistenten Jun Sanada in die unteren Etagen des Labors gefolgt, wo sie eine schreckliche Entdeckung macht: Hinter dem Gesicht des Angestellten verbirgt sich niemand Geringeres als Mastermind, der sie mit Unterstützung der finsteren Kreaturen Marsh und Rat zur Strecke bringen will. Die X-Men eilen zur Hilfe. Mastermind allerdings gibt sich längst nicht geschlagen.

Dr. Sasaki bricht sein Schweigen und enthüllt ein Geheimnis: Hinter den schweren Türen des Labors lauert eine Gefahr in der Gestalt von Takeo, dem Sohn von Professor X. Um ein Erwachen seiner enormen Kräfte zu unterdrücken und damit die Zerstörung der Erde zu verhindern, hat Dr. Sasaki in der Vergangenheit versucht, ein Serum zu entwickeln. Doch nun scheint ein Ausbruch der destruktiven Energie unausweichlich. Gelingt es Professor X im finalen Kampf, seine telepathischen Fähigkeiten einzusetzen und an der Seite des Superhelden-Teams die Kontrolle über seinen Sohn zu erlangen?

Wie sich herausstellt, ist die Energiequelle, welche die japanischen Mutanten bedrohte, nichts anderes als Takeo, der Sohn von Professor Xavier und Yui. Obwohl Yui versuchte, seine Existenz geheim zu halten und seine Kräfte zu verstecken, begann der Mastermind, Takeos Kräfte für seine eigenen Zwecke zu manipulieren. Das Ausmaß von Takeos Kräften ist so groß, dass er die Realität verzerren kann, was zur Zerstörung von Yuis Einrichtung führt. Als Takeos Kräfte zunehmen, beginnt die Welt sich zu verdrehen und zu biegen.

Takeos Kräfte verursachen seltsame Phänomene weltweit und gefährden Menschen ebenso wie Mutanten. Um dem ein Ende zu bereiten koordinieren die X-Men einen Angriff auf ihn, aber sie haben keine Chance gegen seine Kräfte. Professor Xavier versucht, seinen Sohn zu überwältigen, doch Takeo wehrt sich erbittert. Haben die X-Men eine Chance, den unsterblichen Takeo zu besiegen, bevor die Welt vernichtet wird?