Po epidemii wirusa Apokalipsy władzę w Japonii sprawuje organizacja GHQ. Licealista Shu poznaje swoją idolkę — piosenkarkę Inori, która walczy z narzuconym porządkiem.

Broń genetyczna doprowadza do nagłego starcia Domu Pogrzebowego z GHQ. Shu niszczy Endlave i ucieka przed niebezpieczeństwem, ale Gai zmusza go do dołączenia do walki.

Bitwa się skończyła. Shu odmawia wstąpienia do Domu Pogrzebowego. Choć myśli, że może wrócić do normalnego, spokojnego życia, musi walczyć o wolność.

Po zdradzie Yahira podejrzany o terroryzm Shu trafia za kratki. Zastanawia się, czy może zaufać Segaiowi z GHQ. Tymczasem ktoś przypuszcza atak na więzienie.

Shu ucieka z więzienia GHQ i trenuje w kryjówce Gaiego. Ma przy sobie przekaźnik otrzymany od Segaia, który zamierza aresztować Gaiego.

Satelita Leukocyt przeprowadza brutalny atak. Wszystkie siły Domu Pogrzebowego zostają zniszczone. Gai jest ranny, ale zespół się nie poddaje.

Gai i Segai dochodzą do porozumienia, przez co informacje o incydencie znikają z GHQ, a życie Shu wraca do normy i może on wrócić do swojej stęsknionej klasy.

Shu nie przepada za Soutą Tamadatem, jednak to właśnie jego void odegra kluczową rolę w operacji Domu Pogrzebowego. Razem wyruszają z misją do Oshimy.

Po udanej misji Domu Pogrzebowego Shu nabiera pewności siebie. Znowu spotyka zbiegów — braci Yahira i Juna. Musi też sam odeprzeć atak Segaiego.

Shu nie jest w stanie uratować Juna. Po błędach spowodowanych przez własne ego boi się używać voidów. Jednak gdy Tokio zostaje zaatakowane, musi dokonać wyboru.

Wirus krystalizuje się i atakuje zarówno wrogów, jak i sojuszników. W Tokio wybucha panika. Keido przeprowadza zamach stanu i zrzuca winę na Dom Pogrzebowy.

Yuu, opiekun grobu Daath, używa ostrza voidu przeciwko Gaiemu i uprowadza Inori. Shu podąża za nimi i odkrywa, że Keido planuje przerażający rytuał.

Mijają dwa tygodnie od wybuchu epidemii. Mana znika. Gai gdzieś przepadł. Shu mieszka w schronie z innymi ocalałymi.

Keido ogłasza, że w Tokio nikt nie ocalał. Miastu grozi oblężenie. Shu postanawia sam zapanować nad tłumem uczniów.

Shu przywraca porządek wśród uczniów i zostaje przewodniczącym szkolnego samorządu, jednak to nie koniec problemów. Tragedia zmusza Shu do przemyślenia pewnych spraw.

Argo przeszukuje oblężone Tokio, by uratować Arisę, i dokonuje zdumiewającego odkrycia. Ujawnione informacje wytrącają Shu z równowagi.

Arisa odkrywa tajemnicę, która może zakończyć tyranię Shu. Zostaje zmuszona do milczenia, jednak plotki szybko się rozchodzą. Shu wprowadza w życie plan Exodus.

Shu zostaje ukarany za swoje winy. Odwiedza go rzekomo nieżyjący, odmieniony Gai i wtrąca go w głębiny rozpaczy.

25 grudnia 2039 roku. Świat, jaki znamy, już nie istnieje. Zaczyna się nowy porządek. Na całym świecie ogłoszono czwartą apokalipsę. Shu staje twarzą w twarz z wrogiem.

Rozpoczyna się bitwa, która zadecyduje o losie ludzkości. Zderzają się potężne moce. Shu musi uratować Inori. Atakuje oddział 24, gdzie czeka na niego Gai.

Czwarta apokalipsa się rozpoczęła. Trwa ewolucja i selekcja życia na planecie. Jej dwóch mieszkańców musi rozstrzygnąć spór z przeszłości.