2039年，日本處於 GHQ 的統治之下。某一天，櫻滿集在校內遇見了他崇拜的偶像楪祈，但她卻被突然出現的 GHQ 帶走了。為了達成她託付的使命，集獨自前往六本木地區。在那裡，「葬儀社」的年輕首領恙神涯出現在集的面前。正當集還來不及對這一連串的意外感到驚訝時，戰鬥開始了。集為了保護楪祈，而衝到終極咆哮的面前，此時他的右手，得到了某種「力量」。

集用祈胸口抽出的劍打敗終極咆哮，解決了一場危機。他們兩人一起回到涯的面前，從他口中得知有關「王之能力」以及「虛空」的事。同時，涯也對得到力量的集提出加入戰鬥的要求。當集感到迷惘之時，他看到了 GHQ 對六本木地區居民的「淨化行動」，於是下定決心參戰。葬儀社的搶救居民作戰開始，勝敗關鍵就在集身上。

集拒絕了葬儀社的邀請，決定回歸平靜的生活，但是祈卻轉學到他的班上。除此之外，集與葬儀社在六本木活動的樣子，被校內的學生目擊了。面對不知道該怎麼辦的集，涯對他說「你要是珍惜平穩的日常生活，就自己去保護吧」。憑著虛空形狀這個線索在校園內奔走，集終於找到了目擊者，但他卻是集從未想到的人。

因為谷尋的背叛，讓集因為涉嫌與恐怖份子接觸而被拘留。逮捕集的 GHQ 噓界少校，巧妙地利用言語不斷動搖集的內心。「我到底該相信誰？」正當集苦惱不已之際，葬儀社決定進行劫獄的作戰計畫。在真相不明卻又面臨選擇之時，集的眼前出現了一絲光明。就在此刻，他下定了決心。

集前往了葬儀社的基地，但卻連休息的時間都沒有，立刻為了實行白血球作戰計畫展開基礎訓練，集也從中再次體會到葬儀社成員高強的戰鬥力。面對問他為何來到這裡的祈，集原本想對她表白自己的心意，卻因為她的回答而大受打擊。模擬戰即將開始，集能被葬儀社認同，成為他們的一份子嗎？

GHQ 的奇襲讓葬儀社失去了不少夥伴。但是受傷的涯卻堅持繼續進行作戰計畫。此次作戰的關鍵，就是集的王之能力還有城戶研二的空洞，但集卻拒絕參與這個會造成多人犧牲的計畫。懷疑涯是否有資格當領袖的集，在聽到涯的心聲之後改變了主意。失控的白血球即將墜毀在東京，涯卻主動迎上前去──此時，對集說話的神秘聲音，引出了虛空之力。

以湮滅集與事件有關的證據和噓界交換條件，集回到了久違的校園。當集飽受其他同學好奇的眼光時，學生會長供奉院亞里沙讓集重回了平靜的學校生活。另一方面，葬儀社為確保物資與資金來源展開了新行動。而涯帶著集潛入的，竟是供奉院財團主辦的晚會。此時 GHQ 突然進行攻擊，在無處可逃的郵輪上，集面臨了走投無路的危機。

涯命令集在下一項任務中抽出魂館颯太的虛空，但集卻不太擅長與颯太相處。雖然打著影研社集訓的名義跑到「大島」，但集始終找不到抽出空洞的時機。此時，涯打算利用祈來打破颯太的心防，集雖然強裝冷靜，但當他知道颯太想跟祈告白時，他做出了出乎意料的行動。在這個與過去牽扯糾纏的島上，集逐漸發現虛空真正的力量。

暫時不用執行葬儀社任務的集，在電車上與谷尋巧遇，並得知他正帶著被追殺的弟弟‧潤過著逃亡的生活。就在此時，追殺谷尋與潤的「抗體」再度將兩人逼到絕境。集用「王之能力」拯救了兩人，但聽完潤訴說他對哥哥的感情後，集才領悟到谷尋體內虛空的真正意義。而集也被自己的大意與自信拖向深淵……

集對無法拯救潤感到懊悔不已，並開始對使用人心形成的虛空感到恐懼，導致無法完成葬儀社的任務，也讓同伴們身陷危機之中。涯強迫沮喪的集參加下一次作戰，集卻拒絕使用自己的力量。而此時，離開集身邊的祈，逐漸發現自己對集的感情。傳遍市區的歌曲，彷彿要撕裂兩顆彼此錯過的心 ── 失落的聖誕又將再次揭開序幕。

東京的人們再次陷入失落的聖誕所造成的恐慌。因楊少將死亡而掌握實權的莖道，向民眾發佈了防疫警報。另一方面，留在學校的集從新聞中得知，這次的事件是葬儀社所發起的恐怖行動。於是他下定決心，向好朋友們說明自己是葬儀社成員的身份，並請他們協助自己救出祈一行人。

集終於來到祈的身旁，但她卻被突然出現的「神識」守墓者‧達特擄走，而涯則是為了救集身受重傷。就在此時，集取回了十年前與姐姐真名和涯一同生活的記憶。為了拯救祈，集來到祭壇挺身對抗悠與莖道。負傷的涯與綾瀨也前來掩護他的行動。為了阻止真名復活，集與涯並肩戰鬥。後涯為了結束一切讓集用祈的空洞同時殺死了自己和病毒化的真名。

被啟示病毒肆虐的東京，GHQ 對其下達了都市隔離命令。被留在學校的集等人，在無法得知外界情報的狀況下生活著。為了讓眾人打起精神，於是颯太提議舉辦校慶活動，但同樣在此避難的綾瀨，卻因為無法救回涯而懊悔不已。在校慶當天，一群暴徒襲擊了校園，聽著綾瀨哭訴心聲的集取出了她的虛空……

在封鎖的校園中生活，學生們的不安與壓力即將到達臨界點。對學生會長供奉院亞里沙感到諸多不滿的學生們，受到噓界策動的謠言驅使，將綾瀨與鶇抓了起來。失去指揮權的亞里沙，面對這個情況已經無能為力。此時，集向眾人說出自己是葬儀社成員一事，並提出了某個提案。在混亂的情況下，眾人推選出的新任學生會長是……

集當上學生會長，肩負起領導職位後，學生們也恢復了平靜。然而，「紅色警戒線」不斷前進的威脅下，問題堆積如山。為了跨越這個難關，谷尋提出了「虛空分級制」。集認為這制度會造成學生之間的不平等，而拒絕執行，但抑制默示錄病毒的疫苗開始不足，身為領袖的他被迫要做出決定。

化為暴君的集已全身沾滿罪惡，毫無退路。亞里沙知道足以顛覆集的掌控之秘密，在卻在某人的插手之下，沒有洩露出去。然而，學校裡仍是流言四起，學生們的不滿已經快到極限。那些抱怨和憎惡，讓他甚至失去了原本也相信他的朋友。在逃離東京的過程中，學生們發生了反叛。

被莖道等人復活的涯和以往完全不同，將集的力量全部奪走，並將所有除亞里沙以外的所有學生全部殺死。連生存意義都失去的集，和祈在廢墟中逃亡。但「神識」的魔手，再度逼近二人。祈為了保護集而黑化去和敵人對抗，但祈被涯一擊命中並被帶走。

櫻滿博士帶著最後一支虛空基因組逃走後，遭遇到了噓界部隊的追殺。與此同時，集挾持亞里沙追蹤到了櫻滿博士的位置，就在綾瀨和噓界搶奪虛空基因組的時候，集拿走了基因組，並對自己使用了。利用虛空基因組的力量，集復原了自己的右手，並聯合綾瀨、颯太、谷尋的虛空，擊退了噓界的部隊，擊殺了噓界，同時吸收了颯太身上的癌變症狀。

涯向世界宣佈，要在12月25日發動世界規模的失落的聖誕。為了阻止涯，民間軍事公司將同倉知一眾匯合，在倉知的邀請下，集也決定加入這次戰鬥。就在這時，涯拜託四分儀將櫻滿黑巢博士的日記交給了集，通過日記的記載，集瞭解到了當時失落的聖誕造成的原因，並且得知他的父親最早發現了 AP 病毒的真相和解決方案。

最終戰役即將打響，涯利用虛空的力量將聯合國軍隊擊潰，與此同時，集和倉知一行人攻入涯的基地。在祈記憶被涯清除的最後時刻，祈的歌聲為迷路的集找到了方向，使集和他的同伴順利到達中央作戰司令室。名為 death 的守墓人出現了，他否定了集成為亞當的可能性，並決定剝奪集「王的能力」。

即使集及時趕到，也來不及阻止真名的復活。涯利用從真名身體中取出的虛空同集開始搏鬥，而真名卻在這個時候開始散佈失落聖誕，第四次默示錄開始了。與此同時葬儀社的眾人盡全力對抗達利爾少尉，就在涯即將給予集最後一擊的時候，集從祈的花朵中抽出了祈的虛空，終於戰勝了涯，到達了默示錄的盡頭。涯終於說出他的目的，最終為了打倒病毒而和褪去病毒的真名一起逝去。