アポカリプスウィルスの発生によって、GHQの統治下にある日本。天王洲第一高校に通う桜満集は、ウェブで話題の歌姫、楪いのりと出会う。だが突然現れたGHQの軍隊が彼女を連れ去り、シュウは残されたシリンダーを手に、ロストクリスマスの惨劇で廃墟となった六本木フォートを目指した。そしてレジスタンス「葬儀社」のリーダー・恙神涯と出会い、遺伝子兵器を巡る戦闘に巻き込まれる。いのりを守るため、その身一つで人型遠隔兵器、エンドレイヴの前に飛び出したシュウ。――その時、彼は右手に、ある能力を得るのだった。

突如始まった遺伝子兵器を巡る葬儀社とGHQの戦闘。いのりの胸から引き出した剣でエンドレイヴを破壊し、危機を脱したシュウは、葬儀社のリーダー・ガイと合流する。ガイの口から語られる“王の能力“、そして“ヴォイド”と呼ばれる異形の力。彼は、力を得たシュウに対し、戦いへの参加を強いる。戸惑うシュウだが、目の前でGHQによる、日本人への“浄化”が行われた時、彼の心は決まる。そして発動する、葬儀社による六本木フォート住民の救出作戦。――その勝敗の行方は、シュウに委ねられた。

葬儀社入りを辞退したシュウ。全てが終わり、以前と変わらぬ静かな毎日に戻れるはずだったが、シュウのクラスにいのりが転校してきたことで、その日常はあっけなく揺らぎ始める。ガイによれば、あの日、シュウは六本木で葬儀社と共にいる姿を、天王洲一高の生徒に目撃されたという。動揺するシュウに、ガイは告げる。平穏な日常が大事なら、自分で守れ、と。ヴォイドの形のみを手がかりに、目撃者を特定するため学園内を奔走するシュウは、苦闘の末、ようやく目撃者に辿り着く。――それは、シュウにとって思いも寄らない人物だった。

谷尋の裏切りによって、テロリストと関わった容疑で収監されたシュウ。彼を捕らえたGHQの将校、嘘界少佐は、葬儀社のテロリストたる悪性や、GHQの善意を語り、シュウの心を揺さぶり続ける。一体誰を信じたらいいのか？ 思い悩むシュウをよそに、葬儀社は収容所に襲撃を仕掛け、囚人の脱獄作戦らを敢行する。誰の真実も見えない中、選択を迫られるシュウ。そんな彼の前に現れる、たった一筋の光明。――その時、シュウは一つの決断を下す。

GHQの収容所を脱したシュウは、ガイを逮捕したいというセガイから、密かに渡された発信機を胸に、彼らのアジトに足を踏み入れる。そこでシュウは、葬儀社の一大作戦である“ルーカサイト”攻略のため、メンバーたちから戦闘訓練を受けることになる。彼らを理解できず、ガイへの不満は募るばかり。さらに唯一信じられる存在であった、いのりの真実を目の当たりにし、シュウの心は深く傷つく。そして訓練の締めくくりに、綾瀬と模擬戦闘を行うことになるシュウ。見事勝利したシュウを、葬儀社の面々は仲間として迎えいれてくれる。彼の胸に沸き起こる、認められたという達成感。だがその時事態は急転する。

対地攻撃衛星ルーカサイトの凄まじい威力。葬儀社は圧倒的不利な状況での作戦決行を余儀なくされる。ルーカサイトをコントロールするコアの停止には、シュウの力と城戸研ニのヴォイドが不可欠であった。しかしシュウは、ガイへの嫉妬と不満、また任務の責任の重さから、作戦への参加を拒んでしまう。だが、そんな彼をいのりが導き、予想だにしなかったガイの本心に触れたシュウは、共に戦う決意をする。犠牲者を出しながらもコントロールルームに辿り着いたシュウ。復讐心に燃えたダリル・ヤンの暴走によってコアは破損し、制御を失ったルーカサイトが落下をはじめる。

ガイと嘘界の取引により、GHQから事件に関する情報を抹消されたシュウは、日常に戻ることを許された。久しぶりに訪れた学校、彼の身を案じた生徒会長、供奉院亞里沙の助けもあり、生徒たちは拍子抜けするほどあっさりと彼を受け入れた。一方、葬儀社は新たなミッションを開始する。その目的は、物資と資金を確保するため、供奉院グループに渡りをつけること。シュウはガイと共に、グループ主催の船上パーティに潜入する。その時、突如開始される、GHQの将校、ダン・イーグルマン大佐による攻撃。逃げ場のない船上に迫る大量のミサイル群。――皆を守るため、シュウはある人物のヴォイドを求め、奔走する。

シュウにとって苦手な友達である魂館颯太。彼のヴォイドが葬儀社のミッションで必要になった。シュウはソウタを連れ出すため、表向きは合宿と称し、映研部の友人と共に“大島“にやってくる。ガイに指示され、“エゴイスト”のファンであるソウタを、いのりを使って呼び出すシュウ。だが、いのりに特別な気持ちを持つソウタが、告白する気だと知ったシュウは、複雑な思いを抱えたまま、二人を引き合わせることになり…。――過去と因縁が渦巻く島で、友達を意図的に武器として使うシュウ。その時彼は、ヴォイドの力と人の心の繋がりを知ることになる。

葬儀社のミッションをヴォイドの力で乗り越え、自信と余裕を持ち始めたシュウは、偶然にもヤヒロと再会する。アンチボディズから命を狙われた弟・ジュンを守るために、逃亡中だというヤヒロ。シュウは彼らを保護してもらうために、葬儀社に合流しようとする。葬儀社の力を借りられない状況の中、開始されるセガイ少佐による攻撃。慢心にも似た自信を持って、たった一人で立ち向かおうとするシュウ。――だが、ヴォイドによって顕わにされるヒトの心の深淵は、そんな気持を嘲笑うかのように、暗き淵へとシュウを誘い…。

ジュンを救えなかった…。自身の慢心が引き起こした過ちから、ヴォイドを使う恐怖に心を蝕まれてしまったシュウ。葬儀社の作戦も放棄し、メンバーを危険にさらしてしまう。失意の中、更なる過ちを重ねていくシュウは、築き上げてきた絆を次々と失っていく。そんなシュウをよそに、“はじまりの石”奪還作戦を開始する葬儀社。だが、彼らの作戦のさらに裏側では、ある人物による最悪のシナリオが動き出し…。――その日、ロストクリスマス以来の最大の危機が、東京を襲う。

その歌は、東京にロストクリスマス以来のカタストロフを引き起こした。キャンサー化の波は、敵・味方の区別無く広がり、東京が大混乱に陥る中、アンチボディズ局長・ケイドウはクーデターを起こし、全権を掌握する。そして全ての責任を葬儀社に帰し、彼らを掃討しようとするケイドウ。ガイやいのり、葬儀社のメンバーたちが窮地に立たされる中、一人残されたシュウは…。――罪を乗り越え、もう一度立ち上がるシュウのもとに、奇跡の唄が響き出す。

ガイをヴォイドの刃にかけ、いのりを連れ去った“ダアト”の墓守・ユウ。その姿を追ったシュウは、六本木フォートに出現した巨大オブジョに導かれる。その地下で、囚われのいのりを捧げ、異様な儀式を始めるケイドウ。取り返しのつかない何かが進められてゆく中、突如、シュウの脳裡に浮かびあがる“ある少女”のイメージ。やがて映し出される“ロストクリスマス”の真実は、彼の罪を露にする。――記憶の中から甦る、ずっと忘れていた強き絆。シュウは友の手を取り、己の因縁に立ち向かう。

“封鎖された東京に、生存者はいない”――大統領に就任したケイドウが発し衝撃の表明。その言葉を証明するかのように、前進を始める“レッドライン”が、生き残った人々を虐殺しながら、その包囲を狭めてゆく。政府に見捨てられ、錯綜する情報からパニックに陥る生徒たち。そして、リーダーを務めるアリサを失脚させるために、生徒総会が行われる。――誰の手にも押さえきれず、暴徒と化す生徒たち。彼らを鎮めるため、シュウは…。

シュウを新生徒会長としてリーダーに頂くことで、平静を取り戻した生徒たち。しかし、刻一刻と迫る“レッドライン”を前に、問題は山積みであった。難局を乗り越えるため、ヤヒロから提案される“ヴォイドランク制”。差別の原因となることを嫌い、シュウはその執行を拒んでいたが、アポカリプスウィルスを抑制するワクチンが不足しはじめ、彼はリーダーとしての決断を迫られる。その迷いが呼び込むトラブル。友がシュウに投げかける願い。引き起こされる悲劇の中で、シュウが見出す、自分があるべき姿とは…。

供奉院アリサを救出するために、封鎖された東京に潜入した葬儀社のアルゴ。辿り着いた先で彼が見たものは、ヴォイドランク制を受け入れ、学園に君臨するオウマシュウの姿だった。東京脱出計画のため、生徒たちに厳格な支配を強いるシュウ。そこはヴォイドによる、ヴォイドのための王国。だが、人の心を軽視した階級制度は、シュウと生徒たちの溝を深め、彼を孤独の淵に突き落とす。そんなシュウに対し、反発するアルゴ。その時暴かれた真実は、シュウの意志を、支配を、根底から揺るがすものだった…。

後戻りのできない罪にまみれ、暴君と化したシュウ。その支配を覆す秘密を知ってしまったアリサは、何者かの手にかかり口を閉ざす。しかし、それでもなお学園に広がっていく噂は、生徒たちの鬱屈を限界まで高めていく。いのりにすがり、周囲を省みないシュウ。向けられた怨嗟と憎悪は、彼に信じるべき友すら見失わせる。そんな中、シュウはついに、東京脱出をかけた“エクソダス計画”を発動させる。――その裏で張り巡らされた策略が、自身をかつてない絶望の淵に突き落とすとも知らずに…。

重ね続けた罪の報いを受けたシュウ。その前に突如現れたのは、散ったはずの盟友――ガイだった。だが、彼にかつての面影は無く、シュウの全てを無残にも奪い去り、さらに暗い闇の底に突き落とす。そして“ダアト”を従えたガイは、要塞と化した24区に玉座を構え、全世界を恫喝する。一方、生の目的すら失ったシュウは、いのりと共に廃墟を彷徨う。逃亡する二人に迫る、ダァトの魔手。――偽りの中に生まれた紛うこと無き真の光が二人を照らす時、シュウを思う少女の歌が、彼の心と共鳴する。

葛藤の果てに見出されたいのりの想いは、シュウに罪の許しをもたらした。そしていのりはシュウの命を守るため、自らを犠牲にし、ガイの手に落ちてしまう。いのりを取り戻すため、闘う力も仲間も失ったまま、たった一人でガイに立ち向かうことを決意するシュウ。だが、セガイは最後の希望を刈り取るために動き出し、葬儀社とシュウの友人に対し、執拗な攻撃を開始する。ずっと目を背けていた自己と向き合い、全てをさらけ出すシュウ。――その時、奇跡としか言いようの無い力が、新たな運命を紡ぎだす。

2039年12月25日。今ある世界は終わり、新たな世界が始まる。ガイから全世界に向かって宣告される淘汰の時、“四度目の黙示録”。供奉院家の後ろ盾を受け、戦いの準備が進められる中、シュウの父、桜満クロスの日記が届けられる。そこには、実ることなく交錯していった一つの友情と共に、始まりの物語が綴られていた。力を手放そうとするシュウに託される命。――友と辿り着いた真意を武器に変え、シュウは運命の相手に臨む。

人類の命運を賭けた戦いの火蓋が、切って落とされる。巨大な力がぶつかりあう中、いのりを救いだすために、仲間たちと共にガイの待ち受ける24区に攻め入るシュウ。一刻も早く、いのりのもとへ――。急ぐシュウの前に、立ちはだかる最悪の敵。――淘汰されゆく者の歌が、シュウを導き…。

ついに始まる“四度目の黙示録”、地球上に住む全てのものに降臨する“進化”と“淘汰“の光。幼き日からの因縁に決着をつけるべく、二人の少年は、ついに剣を交える。傷つき倒れるシュウの前で煌く、心の雫。――その時、シュウは己の罪の意味を知る。