Tras el brote del virus Apocalipsis, GHQ domina Japón. Shu, un estudiante secundario, conoce a su cantante favorita, Inori, quien es secuestrada por el ejército.

Las armas genéticas desatan una batalla entre la Funeraria y GHQ. Shu destruye un Endlave y escapa del peligro. Gai lo obliga a sumarse a la lucha.

La batalla finaliza. Shu, tras negarse a formar parte de la Funeraria, cree que puede volver a su vida normal, pero descubre que debe proteger su libertad.

Apresan a Shu por sospechas de actividad terrorista debido a la traición de Yahiro. Shu duda sobre la honestidad de Segai. La prisión queda bajo ataque.

Shu escapa de la prisión de GHQ y se entrena en un escondite mientras usa un transmisor secreto que le dio Segai a fin de arrestar a Gai.

El ataque del satélite es brutal. Todos los refuerzos de la Funeraria son destruidos, y Gai queda herido, pero el equipo se prepara para el contraataque.

Un acuerdo entre Gai y Segai revela información sobre el incidente de GHQ. Shu regresa a su vida normal y sus compañeros lo reciben con agrado.

Shu tiene problemas con Souta Tamadate, pero necesita su Void para la expedición de la Funeraria. Se dirige a Oshima con Souta para cumplir su misión.

Más confiado tras la misión de la Funeraria, Shu se reúne con Yahiro, quien escapa junto a su hermano Jun. Debe enfrentar el ataque de Segai por su cuenta.

Afectado por no haber salvado a Jun, Shu teme que su ego afecte su control de los Voids. Un ataque amenaza destruir Tokio, y él debe tomar una decisión.

A medida que el virus se cristaliza y afecta a enemigos y aliados por igual, Tokio queda sumida en el caos. Keido lanza un golpe y asigna toda la culpa a la Funeraria.

Mana desaparece y Gai también. Pasaron dos semanas desde el brote, y Shu vive en un refugio con otros sobrevivientes.

Keido anuncia que no hay sobrevivientes en Tokio tras el bloqueo. Se avecina un asedio de la línea roja. Para calmar a los estudiantes, Shu decide entrar en acción.

Los estudiantes vuelven a la tranquilidad con Shu como nuevo presidente del consejo, pero los problemas no terminaron. Una tragedia obliga a Shu a reflexionar.

Argo se infiltra en una Tokio bloqueada para rescatar a Arisa y, al llegar, hace un descubrimiento inesperado. La verdad revelada sacude a Shu por completo.

Arisa descubre el secreto para acabar con la tiranía de Shu. Debe mantener silencio, pero los rumores se esparcen. Shu pone en marcha el “plan éxodo”.

Shu debe pagar por sus pecados. Gai, a quien todos creían muerto, se aparece repentinamente, con una nueva actitud que sume a Shu en la desesperación.

Tras una lucha, Inori finalmente perdona a Shu por sus pecados. Shu enfrenta a Gai solo, y sus poderes milagrosos abren un nuevo destino.

25 de diciembre de 2039. El mundo conocido desaparece y nace uno nuevo. Se declara el cuarto apocalipsis mundial, y Shu enfrenta a su enemigo eterno.

Comienza una batalla que definirá el futuro de la humanidad. En medio de una lucha de poderes, Shu invade el distrito 24, donde lo aguarda Gai, para rescatar a Inori.

Llega el cuarto apocalipsis para traer las leyes de la evolución y la selección de quienes viven en la tierra. Dos poderes se enfrentan para saldar una cuenta del pasado.