Seit der Virus-Katastrophe, die ganz Japan in Chaos stürzte, lebt der 17-jährige Schüler Shu in Tokio. Eines Tages trifft er auf das mysteriöse Mädchen Inori, das ihn überreden will, als Mitglied einer Widerstandsgruppe gegen die Regierung zu kämpfen.

Mit der Zeit bekommt Shu einen besseren Einblick in die Arbeiten der Undertaker. Er sieht sich jedoch nicht als tollkühner Held und entschließt sich gegen eine Mitgliedschaft der Gruppe. Als Inori am nächsten Tag an seine Schule wechselt, ist Shu mehr als überrascht.

Inori scheint Shu auf Schritt und Tritt zu folgen. Doch bevor Shu darüber die Geduld verlieren kann, steht er einem neuen Problem gegenüber: Einer von Shus Mitschülern hat ihn bei dem Terroranschlag in Roppongi gesehen, und in der Schule wiedererkannt.

Nach dem Verrat von Yahiro wird Shu von der GHQ unter Terror-Verdacht festgenommen. Gai und die Undertaker versuchen, Shu aus dem GHQ Hauptquartier zu befreien.

Gai zieht eine neue Mission ans Land. Doch bevor Shu offiziell dem Team beitreten kann, muss er zuerst sein Kampftalent unter Beweis stellen.

Kurz vor dem Kampf mit Leucocyte zieht Shu sich aus der Mission zurück. Den Undertakern ist ihre Unterlegenheit gegenüber der feindlichen Gruppe bewusst, ihnen bleibt aber nichts anderes über, als die Mission weiterzuführen.

Shus Mutter taucht ohne Vorwarnung in seiner Wohnung auf. Mit Erstaunen muss sie feststellen, dass ihr Sohn mit einem Mädchen, und einem Roboter, zusammenlebt. Zur selben Zeit werden die Undertaker von einem neuen Feind angegriffen.

Gai schickt Shu auf eine neue Mission nach Oshima. Um sein Cover zu bewahren wird sein gesamter Schulclub mitgeschickt, doch das liegt Shu schwer im Magen.

Yahiro taucht plötzlich mit Jun auf, der sich in Phase V der Krankheit befindet. Shu muss in Gais Abwesenheit eine Entscheidung für die Gruppe treffen und bemerkt fast zu spät, dass der Virus anders arbeitet als erwartet.

Shu kann die fürchterlichen Bilder und die Erinnerungen an den letzten Kampf nicht abschütteln. Er zieht sich zurück und überlegt, den Undertakern ihrem Schicksal zu überlassen.

Nach dem Tod der GHQ Ranghöchsten, regiert in der Organisation das Chaos. Als sich das Apocalypse Virus weiter ungehindert in Tokio ausbreitet, steht Shu vor einer schwerwiegenden Entscheidung.

Zwei Wochen nach dem Zwischenfall mit Mana, ist Shus Kontakt zu seiner Familie und Freunden vollkommen abgebrochen. GHQ plant, das Innere der Stadt zu sperren und zu isolieren.

Es werden Gerüchte laut, dass die Menschen, die in der Quarantäne-Zone leben, schreckliche Dinge durchmachen müssen. Die Lage verschlimmert sich, als Mitglieder des Funeral Parlors als Druckmittel verwendet werden.

Shu hat Schwierigkeiten, das Void Ranking System mit seinem Gewissen zu vereinbaren. Als der Unmut der Studenten immer lauter wird, und die Impfstoff-Vorräte sich zu Ende neigen, ist es nur eine Frage der Zeit, bis das Kartenhaus der Regierung zusammenbricht.

Willkommen in Tokio: eine von Krieg und Gewalt verwüstete Stadt, die unter einer gnadenlosen, totalitären Regierung steht. Unter dem ständigen Druck und der Angst vor einer neuen Katastrophe findet Shu eine Seite an sich, die ihm selbst Angst macht.

Die Red Line verbreitet unter den Studenten Angst und Schrecken. Shu versucht die Gruppe mit Tyrannei zu Kontrollieren, stößt jedoch bei Yahiro auf Widerstand.

Gai taucht plötzlich wieder auf und zeigt sich von seiner schlechtesten Seite. Inori und Shu entschließen sich zu fliehen, während die Mitglieder des Funeral Parlos sich im Untergrund verstecken.

Haruka hat die Nase voll und beschließt, selbst die Zügel in die Hand zu nehmen. Sie muss jedoch feststellen, dass sie nicht die einzige ist, die Änderungen vornehmen will.

Am Weihnachtsabend vor 10 Jahren, trafen Mana, Shu und Gai in der Kirche zum ersten Mal aufeinander. Das ist die Geschichte, die jeder kennt. Die Frage die jetzt auftaucht ist: Wo waren ihre Eltern?

Während die Funeral Parlor und die U.N. Truppen bei Ward 24 aufeinandertreffen, steht Inori an der Grenze zu einer Umwandlung zu Mana. Zur gleichen Zeit offenbart der mysteriöse Junge seine Pläne für Shu und Gai.

Die vierte Apokalypse steht kurz bevor. Was wird aus Shu und Inori?