슈는 자기만의 비밀 아지트에서 상처를 입은 한 소녀와 마주치게 된다. 그 소녀는 어젯밤에 본 뮤직비디오의 주인공 이노리. 하지만 그 때 GHQ의 병사들이 들이닥쳐 이노리를 끌고가고, 슈는 무력하게 이를 지켜보기만 한다.

얼떨결에 보이드를 사용한 슈에게 가이는 책임을 강요한다. 한편 안티 보디즈는 장의사에 대한 보복으로 주변 지역의 주민들을 마구 잡아들이고 사살하는데... 수면하에서 활동하던 장의사가 드디어 무대 전면에 모습을 드러낸다.

슈는 자기반으로 전학온 이노리에 소스라치게 놀란다. 반 친구들과는 다른 의미로... 한술 더떠 이노리는 슈의 집에 아예 눌러앉기까지 하는데... 사실 이노리는 지난 작전때 슈와 자기를 목격한 학생을 찾아내기 위해 찾아온 것이었다.

GHQ에 붙잡힌 슈는 배신당했다는 생각에 좌절하며 입을 굳게 다문다. 세가이 소령은 슈를 휘유하여 장의사를 일망타진할 생각에 심리전을 걸어오는데... 가이를 위시한 장의사는 지하에 갇혀 있는 동지와 슈를 구출하기 위해 격리시설에 공격을 가한다.

슈는 얼떨결에 따라와 얼떨결에 장의사 멤버 후보생이 되어버리고 만다. 저질체력을 부여잡고 악마교관 아야세의 호통을 들으며 숨이 넘어갈듯 말듯 생고생하기를 며칠. 그런데 최종테스트 전날 밤, 우연히 이노리와 대화를 나누게 되었다.

루카사이트의 공격으로 지원병력을 잃은 가이는 그럼에도 희생을 감수하고 지상 제어국을 공격하기로 한다. 한편 슈는 가이의 그러한 냉혹함에 불신을 내비치는데... 우연히 혼잣말을 엿들은 슈는 가이와 주먹다짐을 벌이게 된다.

학교로 돌아온 슈는 주변 학생들의 의심에 찬 시선을 한눈에 받는다. 하지만 학생회장 쿠호인 아리사의 일갈 덕분에 의심의 시선은 단숨에 사라지는데... 하필이면 임무차 잠입한 호화유람선의 파티장에서 아리사와 마주치고 만다.

오오시마로 합숙을 떠난 현대영상연구부. 하지만 진짜 목적은 그 섬에 위치한 GHQ의 모 시설이었다. 가이는 슈에게 소타의 보이드를 끄집어내어 시큐리티를 돌파할 것을 지시하는데... 슈는 소타가 이노리에게 노골적으로 감정을 드러내자 더더욱 불편해한다.

슈는 모노레일에서 안부가 걱정되지만 보고 싶지 않았던 야히로를 마주친다. 야히로는 처분될 위기에 처한 동생, 쥰을 데리고 도피생활을 하고 있었는데... 슈는 쥰을 구하기 위해 협력하기로 한다. 야히로가 아니라 쥰을 위해서...

시작의 돌의 발동으로 인한 대규모 재앙과 GHQ의 내부 쿠데타. 장의사는 이 모든 사태의 원흉으로 모함받아 전멸당할 위기에 처한다. 이에 슈는 동료들을 구하기 위해 친구들에게 사실을 고백하고 도움을 청하는데...

이노리를 어딘가로 데려가는 수수께끼의 청년. 가이는 피를 철철 흘리면서도 슈에게 이노리를 쫓아가라고 한다. 그리고 슈는 스스로 봉인해둔 비극적인 과거에 다시 눈을 뜨는데...

슈와 이노리, 아야세와 츠구미는 학교 안에서 봉쇄가 풀리기만을 기다리고 있었다. 모든 게 끝났다고 믿고 싶은 슈, 가이의 죽음이 아직도 충격적이기만 한 아야세. 학생회에서는 지쳐가는 학생들을 위로하기 위해서 다소 무리하여 축제를 열기로 하는데...

봉쇄 선언에 학생들은 혼란스러워하고 쿠죠인은 통제력을 잃고 만다. 거기 더해 장의사 멤버를 정부에 넘기면 장벽 밖에 나갈 수 있다는 루머가 떠도는데... 그 루머에 눈이 뒤집힌 학생들에게 아야세와 츠구미가 붙들리고 만다.

백신이 부족해지자 야히로는 슈에게 보이드 계급제를 강요한다. 하지만 학생들에게 미움받기 싫어하는 슈는 이를 망설이는데... 소타를 비롯한 F랭크들은 존재가치를 증명하겠다면서 학교 밖으로 나가 버린다!

쿠호인 아리사 탈출 임무를 띠고 장벽 안에 잠입한 아르고는 의외의 광경에 소스라치게 놀란다. 그곳은 한없이 잔학해진 슈가 지배하는 보이드 왕국이었다. 강한 자들을 친위대 삼아 무력으로 학생들을 지배하고, 보이드 능력이 약한 자는 강제노동에 시달리는...

힘으로 억누르는 슈에 대한 학생들의 반감은 점점 심해진다. 그렇게 위태위태하게 찾아온 엑소더스 당일, 슈는 다른 학생들의 희생을 딛고 탈출로를 확보하는 데 성공한다. 하지만 슈를 기다리고 있었던 것은 탈출과 해방이 아닌 배신, 그리고 죽은 줄 알았던 동료와의 불행한 재회였다.

이노리는 왕의 힘을 빼앗긴 슈를 데리고 가이에게서 도망친다. 이에 아리사는 가이의 명령으로 이노리의 뒤를 쫓는데... 과연 전 세계를 향해 칼날을 겨눈 가이의 진짜 목적은?

하루카는 다아스의 계획을 저지하기 위해 마나를 죽이려 하지만 실패한다. 이에 어쩔 수 없이 마지막 희망, 보이드 게놈을 들고 장의사 잔존 멤버와 합류하는데... 세가이의 소탕부대가 거점에 들이닥친 가운데, 슈도 급히 그리로 향한다.

아포칼립스와 보이드에 대한 진실이 하나하나 밝혀진다. 이브가 된 마나와 아담으로 점찍힌 슈. 그리고 만들어진 아담 후보 트리톤. 천재 연구자였던 쿠로스와 이에 질투하던 케이도의 진실까지...

파멸의 시간을 얼마 남기지 않은 절박한 상황, 슈와 동료들은 가이와의 결전을 위해 24구로 돌입한다. 하지만 미끼 역할을 기대했던 유엔군은 순식간에 전멸하다시피 하는데... 어디로 가야 할지조차 헷갈리는 상황, 슈에게 이노리의 노래가 들려온다.

슈는 가이의 압도적인 힘 앞에 무릎을 꿇는다. 이대로 친구들의 보이드를 끌어안은 채 최후를 맞고, 인류는 도태되는가... 모든 것을 체념한 그 때, 이노리의 목소리가 들려온다.