Un'epidemia di Virus Apocalypse spinge il Giappone sotto il dominio della GHQ. Il liceale Shu incontra la sua cantante preferita, Inori, che viene presa dai militari.

Le armi genetiche causano un'improvvisa battaglia tra Funeral Parlor e GHQ. Shu distrugge un Endlave e sfugge al pericolo. Gai lo costringe a unirsi alla lotta.

La battaglia è finita. Dopo essersi rifiutato di unirsi ai Funeral Parlor, Shu pensa di tornare alla vita normale, ma deve tutelare la propria libertà.

Per via del tradimento di Yahiro, Shu è sospettato di terrorismo e imprigionato e si chiede se deve credere a Segai della GHQ. La prigione viene attaccata.

Shu evade dalla prigione della GHQ. Arrivato al nascondiglio di Gai, si allena indossando un trasmettitore che Segai, deciso ad arrestare Gai, gli ha dato di nascosto.

L'attacco del satellite Leukocyte è brutale. Tutti i rinforzi dei Funeral Parlor sono annientati e Gai è ferito, ma la squadra si organizza per vendicarsi.

Un accordo tra Gai e Segai cancella le informazioni sull'incidente dalla GHQ e Shu ritorna alla vita normale, accolto da tutti i suoi compagni.

Shu ha problemi con Souta Tamadate, ma il suo Void è necessario per la missione dei Funeral Parlor, così si dirige con lui a Oshima per portare a termine la sua missione.

Guadagnando fiducia dopo la missione dei Funeral Parlor, Shu si ritrova con Yahiro che è in fuga con il fratello Jun e affronta da solo l'attacco di Segai.

Mentre il virus si rinforza e si diffonde a nemici e alleati, Tokyo è nel caos più totale. Keido organizza un colpo di stato e dà la colpa ai Funeral Parlor.

Yuu, il custode della tomba di Daath, usa la spada del Void su Gai e porta via Inori. Shu li segue e trova Keido che sta per iniziare un minaccioso rituale.

Mana è scomparsa, Gai se n'è andato e sono passate due settimane dal disastro. Shu vive in rifugio con gli altri sopravvissuti.

Keido annuncia che a Tokyo non sono rimasti sopravvissuti. Un assedio alla Linea rossa incombe e per tranquillizzare la folla di studenti, Shu decide di agire.

L'ordine è ristabilito con Shu come nuovo presidente del consiglio studentesco, ma molti problemi lo attendono. La tragedia costringe il giovane a riflettere.

Argo s'infiltra a Tokyo per salvare Arisa, ma cosa trova? La verità che emerge sconvolge profondamente Shu.

Arisa scopre il segreto per spodestare Shu. È costretta a rimanere in silenzio, ma le voci continuano a diffondersi. Shu invoca il "Piano di esodo".

Shu è punito per i suoi numerosi peccati. All'improvviso il presunto defunto Gai appare davanti a lui, ma è cambiato e il giovane ne resta profondamente sconvolto.

Dopo uno scontro, Inori perdona finalmente Shu per i suoi peccati. Il giovane affronta Gai da solo rischiando tutto e il suo miracoloso potere disegna un nuovo destino.

25 dicembre 2039: finisce il mondo come lo conosciamo e ne inizia uno nuovo. Viene dichiarata la quarta apocalisse e Shu affronta il suo fatidico nemico.

Inizia una battaglia che deciderà il destino dell'umanità. Mentre enormi poteri si scontrano, Shu invade il reparto 24 dove Gai l'aspetta per salvare Inori.

La quarta apocalisse è pronta a illuminare con la luce dell'evoluzione e della selezione gli abitanti della Terra. I due devono risolvere la faida del passato.