Dans le village de Kasumi Kogen, le Shinobi Gakuen est une académie spécialisée dans la formation des kunoichi, ou femmes ninja, qui regroupe les meilleures élèves venant de tout le Japon. Nouvelle dans l'école, la jeune Hinata Himawari a juré fidélité et protection à celui qu'elle considère comme son mentor, Marikôji Hayato, un nouvel enseignant à qui un passé mystérieux la lie peut-être. Amoureuse de son professeur, Himawari va tout faire pour le protéger des embrouilles causées par ses collègues et de la vie quotidienne à l'académie.