鴨川女子高等学校ジャージ部のただ一人の部員である京乃まどか。そんなまどかの前に現れた謎の美少女ラン。まどかに「あなた、ロボットに乗れる？」と問いかけたランと洋上プラント“ファロス”に向かう。そして、その奥には光り輝く翼を持つ機体“ウォクス・アウラ”があった。戸惑うまどかだが、ウォクスに乗り込み…。

ぶっつけ本番の大勝利にノリノリでファロスへ帰還したまどか。しかし、彼女を優しく迎えたのはランぐらいで次の出撃に備えるよう通達される。騙されたとむくれるまどかだったが、秘かにファロスに潜入していた少女ムギナミと別れた直後、一人で悩むランの姿に胸をうたれ、再びウォクスに乗る決意をかためる。

従姉妹であるようこの言葉で元気を取り戻し、再び戦いへ戻ったまどか。そんな彼女の前に現れたのは、デ・メトリオ恒星系から来た三人のリーダー格、キリウスの搭乗するオービッド、リベルタスだった。卓越した操縦技術でウォクス・アウラを圧倒するキリウスは、自分たちの星へアウラと共に来てほしいとまどかに迫るが…。

まどかのクラスにムギナミが転入してきた。以前ファロスの格納庫に潜入していたムギナミからまどかを守るため、ランはムギナミの監視を始める。鴨女の遠泳大会でトラブルに巻き込まれたまどかを助けるムギナミ。まどかに迫る勢いの水泳技術で人命救助までやってのけるムギナミに感心したまどかはジャージ部に勧誘して…。

ランとムギナミとまどかのジャージ部活動がスタートした。その裏で、ムギナミの調査を進めていたランはわざとムギナミと二人きりの状況を作り、彼女に詰め寄る。するとムギナミは、ウォクスのメモリアを得て操縦者の資格を得たこと、そして彼女の「お兄ちゃん」が来ると鴨川が大きな災いに見舞われると答えるのだった…。

ムギナミの気持ちを踏みにじったヴィラジュリオに一泡吹かせようとファロスに向かうまどか。ファロスはウォクスを破壊しようとするヴィラジュリオからの攻撃を迎撃する態勢を備える。夜明けと共に、無数のオービッドを鴨川に降下させるヴィラジュリオ。ウォクスで出撃したまどかとランは、敵を次々となぎ払うが…。

激しい戦いから一転、病室でムギナミは幼い頃の夢を見ていた。それは、故郷の惑星でのヴィラジュリオとの思い出…。冷たく突き放された今でも、ムギナミにとってヴィラジュリオはかけがえのない存在なのだ。そんなムギナミの胸のうちを汲み取れないまどかに、ランはヴィラジュリオの意外な過去を語ってきかせるが…。

すっかり心を通わせたまどか、ラン、ムギナミ。ウォクスの飛行訓練をこなしていると急いで基地に戻れと指示される。それはファロスの上部組織ノウムンドゥス財団の会長代理アステリアが訪ねて来たからだ。10歳ぐらいの少女にしか見えない彼女は「あんな子が、伝説を現実にするとはね…」と謎めいた言葉をつぶやいて…。

鴨女では伝統の文化祭「おらが祭り」の開催が目前。校内の催しの物の手伝いに張り切るまどか。一方、ヴィラジュリオのペースに抗えず、勝浦にアジトを構えることになったキリウスたち。なかなかウォクスを奪うことができず、苛立ちを隠せないイゾは、敵である京乃まどかに直接会おうと決意して鴨川へ向かうが…。

鴨女の文化祭「おらが祭」を楽しむうち、ランやムギナミが助っ人を頼まれ、まどかだけ残されてしまった。そんなまどかの前にアステリアが現れる。一方、キリウスたちを仲間に取り込んだヴィラジリュオは、再び本格的な攻撃準備を開始した。ランとムギナミに出撃命令が下り、二人はまどかに黙ってファロスへ向かうが…。

ランとムギナミはキッスのオービッド部隊との戦いに入った。ウォクス・アウラの封印を解こうとしないアステリアに、ようこは地球に残るウォクスの伝承の話をする。「ジャージ部は三人で一つなんだ。あいつらを信じてやってくれないか？」というようこの言葉を受け止めたアステリアは、アウラの封印を解除する…。

あらすじ…ある日の放課後、鴨女の教室でおしゃべりしているのは、まどか、さち、みち、あやね、ともえ。

鴨川のパワースポットについて盛り上がる５人の背後に、なにやら不審な司令の影が迫る…！？

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キッスの猛攻は鴨川に思わぬ被害者を出してしまった。「ひどいことするなら、わたしにでいいじゃん…！」と絶叫するまどかの叫びに呼応するようにアウラは、光を発し始める。リンファとイグニスも光に包まれ、キッスのオービッド部隊と艦隊は戦闘不能に陥っていく。異変の中、まどかは見覚えの無い場所で目を覚ますが…。

あらすじ…まどかとランは、剣道部部長のえりか先輩に真剣白刃取りの特訓をしてもらうことに。

見守るみちとさち。えりか先輩の圧倒的な強さの前にやられっぱなしのジャージ部に、思わぬ助っ人が…！！

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あらすじ…まちこからプール掃除を依頼されたジャージ部３人。なぜかさちとあやねも参加し、「いいもの」探しがスタート！

大盛り上がりの中、泳げないランは隅っこでひとり奮闘する。

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あらすじ…田所司令から、「ファロスに現れるイケメンのお化けの正体を突き止めて欲しい」との依頼がジャージ部に舞い込む。

喜ぶまどか、呆れるムギナミ、怖がるラン。果たして、イケメンお化けの正体は？！

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ＴＶシリーズでは描かれなかった、まどか、ラン、ムギナミ、それぞれの日常を描くオリジナルストーリー。

――インド洋マダガスカルでは、ウォクス・アウラの起動実験が行われていた。ちょうどその頃、鴨川はお正月！

まどかはランとムギナミから宇宙年賀状を受け取る。二人のわだかまりは、まだ解けていない様子。

ところが、まどかが二人に返事を出したことから、５０光年はなれたポリへドロンのある場所で、ちょっとした計画が持ち上がる。

さらには、アステリアも独自に動き出しているようだが、まどかはまだ何も知らされていない……。

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まどかの従姉妹、ようこ。そして、ファロスの田所司令、ノウムンドゥス財団のアステリア会長代理。三人は、それぞれの立場から、去年の夏、鴨川で起きた事件の数々を回想する。

鴨川で、まどか、ラン、ムギナミが別れて数ヵ月後。レ・ガリテの王女に戻ったランは、兄のディセルマインが進める秘密の実験に参加していた。その実験施設を襲うのは、デ・メトリオのオービッド部隊！ その中には、ムギナミの乗るウォクス・イグニスの姿もあった…。一方、再び夏を迎えた鴨川。高校3年生に進級したまどかだは、いまだ自分の進路を決められず、ジャージ部の同志、ランとムギナミと離れて暮らす日々に寂しさを感じていた。そんなある朝、何の前触れもなくランが鴨川の浜辺に現れた。再会を喜ぶまどかに、ランは真剣な表情で「もう一度アウラに乗って欲しい」と告げるが…。

突如として動き出したウォクス・アウラに乗って、飛び出すまどか。「友達と戦いたくない！」というランとムギナミの心の声をはっきりと聞いたまどかは、二人の間に割って入り、戦いを止めようとするが、ウォクス・イグニスを攻撃しようとするレ・ガリテ駐留軍の介入によって、再び三人は離ればなれになってしまう。ランとムギナミの行方を探すまどかは、ヴィラジュリオに連絡をとろうとする。二人が鴨川から出ていないことを確信したまどかは、思い出いっぱいのジャージ部の部室へと向かう。そこには、激しく言い争うランとムギナミがいた。自分を守るために争う二人にまどかのとった行動とは？ 今、ジャージ部の絆が試されようとしている！

本格的に夏！ B.W.Hでは、ランとムギナミも元気に店を手伝っている。しかし、実はランもムギナミもディセルマインとヴィラジュリオのことを気にしていた。まどかは、二人の役に立つなら一肌も二肌も脱ぐ、と力強く宣言する。そんな折、アステリア会長代理は、ディセルマインがランに施していた実験をまどかにも試すと提案する。ウォクスを軍事目的ではなく平和利用に使えると証明してしまえば、レ・ガリテもデ・メトリオも手出しできなくなるというのだ。鴨川上空で実験がスタート。まどかとウォクス・アウラはこれといった反応を示さなかったが、アステリアがまどかの羞恥心を刺激すると、ウォクス粒子の数値が跳ね上がった！

あらすじ…しょうこのジャージを着たまま帰ってきてしまったことに気付いたイゾ。キリウス、アレイはジャージに興味津々。

一方、しょうこも心ここにあらずといった様子。ジャージがつなぐ、淡い初恋の行方は…？

まどかは、実験中に出会った少女のことに思いをめぐらせていた。そのかたわらのランは、兄のディセルマインに地球への亡命を許してもらえないのでは、と浮かない顔。ムギナミは、意気消沈したランを元気づける。そんな彼女たちの思いとは関係なく、レ・ガリテとデ・メトリオ、両国家首脳会談の日がやってきた。側近たちを連れて、ファロスに降り立つディセルマインとヴィラジュリオだったが、アステリア会長の策略によってエレベーターに二人きりにされてしまう。二人の本心を掴もうと会話をモニターするアステリアたちは、ディセルマインがまどかの存在を重要視しているらしいことを知る。その時、正体不明のオービッドが鴨川沖に出現して…。

ユリカノに会いたい一心で、ディセルマインの戦艦に乗り込んだまどかたち。てっきり地球に送り返されるのかと思いきや、まどかとムギナミにはパーティドレスが渡され、ディセルマインは豪華な晩餐会を開いて歓迎してくれた。ランの友達になってくれたことを感謝するディセルマインに対し、まどかは「ユリカノさんに会わせてもらえませんか？」と単刀直入に切り出す。ディセルマインは、ミリティア・ゾデアの惨劇から奇跡的にユリカノを救い出したものの、彼女は過去の記憶を忘れ、別人のようになっていると語る。そして秘密にしていたことを素直に謝罪するのだった。そんなディセルマインの紳士的な態度をすっかり気に入ったまどかだったが…。

ディセルマインとモイドの実験によって、戦艦には大異変が起きてしまい、艦内はパニック状態に！ 実験台にされたまどかとユリカノにも、思いもよらないアクシデントが起きていた。そんな事情も知らず、ムギナミはまどかを連れ出す。そして、ユリカノもディセルマインの命令で脱出ポッドに乗せられてしまう。戦艦の周囲では、ユリカノを取り返そうとするイゾたちのオービッドが、レ・ガリテ軍と戦いはじめた。大乱戦の中、意志を持ったかのようにランを救い出すウォクス・リンファ、ムギナミのもとへ駆けつけるウォクス・イグニス。しかし、ウォクス・アウラだけはまどかの身に起きた異変を察知し、その場から去ってしまい…。

ユリカノ消滅という事態に茫然となるディセルマインとヴィラジュリオに鴨川ダイナマイト・ボンバーをぶっ飛ばすまどか。ユリカノの想いを知り、心を打たれたディセルマインとヴィラジュリオは、ポリへドロンのために歩むことを誓い、国際会議でレ・ガリテとデ・メトリオが友好関係を築くことを宣伝する。会議の後、まどかの強引な後押しもあって、妹のランに初めて「すまなかった」と優しい言葉をかけるディセルマインに感激したランは涙を浮かべてしまう。ムギナミもヴィラジュリオから「俺は死ぬまで、お前のお兄ちゃんだ」と言われ、喜びをかみしめる。そして、まどか、ラン、ムギナミは“誓いの丘”へと向かい…。

あらすじ…勝浦の隠れ家にて、自由気まま(？)な毎日を過ごすキリウス、イゾ、アレイのデ・メトリオ３人組。

そこに、おらが丼を手土産にヴィラジュリオがやってきて…。

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ここのところ、背後から誰かの視線を感じているまどか。ランやムギナミも、同じように「誰かに狙われている」と感じていた。3人を物陰から見ていたのは、一年生の三木れい子。れい子はまどかの手をつかんで、「私をジャージ部に入れてください！」と熱烈にアピールする。予想もしない展開に呆然としてしまうまどか。しかし、学校から部活動と認められず、廃部寸前だったジャージ部にとっては渡りに船。4人そろえば、正式な部活として承認してもらえるかも知れない！ さっそくジャージ部活動に張り切るまどか、ラン、ムギナミ、そして、れい子。ところが、れい子がジャージ部に入った動機を聞いて、まどかたちは困惑してしまう…。

2学期が終わったというのに、いまだ自分の進路を決められないでいるまどか。周囲の心配をよそに、まどかの頭の中はクリスマスに宇宙へ帰ることになったキリウスとアレイの送迎パーティのことでいっぱいだ。一方、アステリアはファロスで緊急会議を開いていた。モイドが行方不明になり、レ・ガリテにも帰っていないことが分かったからだ。そして、アステリアは初めて自分の正体をファロスのクルーたちに明かす…。田所たちは驚きこそしたが、一致団結してモイドの行方を探し始めるのだった。キリウスたちの送迎パーティが近づくが、その準備中、まどかは風邪で倒れてしまった。まどかを看病するランとムギナミは、それぞれの将来を語り合う…。

突然、ポリヘドロン全体に攻撃を始めたディセルマイン。彼の本意を確かめるために出撃したヴィラジュリオをディセルマインは新型オービッドで迎え撃つ。ファロスでもレ・ガリテが総攻撃を始めた理由がわからず、誰もが不安そうにしていた。ランとムギナミは、故郷のポリヘドロンがどうなってしまうのか、いてもたってもいられない。ウォクスで戦場へ向かおうとした2人を待っていたのは、まどかだった。一度は「もうウォクスでは戦わない」と誓いあったまどかたち。その誓いを破るなら、3人一緒でなければダメ、とまどかはランとムギナミに呼びかける。ウォクスで出撃したまどかたちは、ディセルマインとヴィラジュリオの戦いに割って入り…。

ディセルマインのオービッド“マグオルトル”の引き起こした異常気象は鴨川だけではなく、全世界へと広がっていく。それは2万年前の地球の惨劇と酷似していた。まどかは、何度となくマグオルトルに挑むものの、まったく歯が立たない。最後の力を振り絞って立ち向かうも、圧倒的な力の前に倒れたウォクス・アウラは輪廻の海の底へと沈んでいく…。あきらめかけたまどかの携帯に誰かからメールが入るとアウラの周りを光が包む。そして、まどかはディセルマインのヴィラジュリオに対する信頼と友情を知るのだった。輪廻の海辺で再会したまどか、ラン、ムギナミの3人は今なすべきことを確認しあうと、ジャージをまとって最後の戦いに向かう…！

あらすじ…オラーガドゥン（おらが丼）の美味しさの秘密は「ごはん」にある！と言い張るアステリア。

まどか、ラン、ムギナミと一緒に田植えに挑戦することに。４人の農業奮闘記！

地球全体を覆う天変地異はおさまらず、地球軌道上のレ・ガリテ、デ・メトリオの艦隊も混乱したままだった。誰もがあきらめかけた中でようこは、いまだ輪廻の向こうから帰ってこないまどかのことを信じつづけていた。果たして、ジャージ部の3人は戻ってこられるのだろうか？ 戦いを終えたまどか、ラン、ムギナミは、輪廻の海辺である人物と再会する。それは、傷ついたディセルマインを抱きかかえたユリカノだった。ユリカノは、ディセルマインの心を変えさせたのは、まどかたち3人の想いだという。一緒に戻ろうというまどかに、ユリカノは、罪の意識から輪廻の世界にディセルマインと残るというが…。

あらすじ…ランの鼻血が止まらない？！まどかとムギナミは、どうにかして止めようと奮闘する。

原因は千葉の名産のアレ？それともランの大好きな…？

あらすじ…ムギナミの首元で光る、ハートのチョーカー。

ヴィラジュリオ、ムギナミ、そしてグラニアの、ウ・ゴーでの思い出がよみがえる…。

さんが焼きバーガーに代わる名物を開発しようと悩む浩。

キリウス、イゾ、アレイ、颯太も一緒になって開発することになったのは、なんと「なめろう」のスイーツ…？！

海沿いのバーで語らうようことまちこ。

元祖ジャージ部活動の思い出話で盛り上がるのだが、だんだんとトークはヒートアップ！雲行きが怪しくなっていく…

映画研究部による鴨川女子高等学校ジャージ部プロモーションビデオがついに完成！

逃げるな！攻めろ！ジャージ部魂！

TVアニメ放送後、当時パチスロ用に制作されたseason2 第11.5話「旅立ちの日、鴨川」は、＜まどか パート＞＜ラン パート＞＜ムギナミ パート＞＜全体 パート＞の4部構成。卒業を控えた3人それぞれの日常と、第85回鴨川女子高等学校の卒業式を描く。