指名手配中のエスパーによる籠城事件が発生。犯人逮捕をするのは困難と判断され、特務エスパーチームの出動命令が下った。籠城現場にテレーポートで移動し、犯人を懲らしめる３人の少女。レベル７の念動能力者（サイコキノ）・明石薫、レベル７の接触感応能力者（サイコメトラー）・三宮紫穂、レベル７の瞬間移動能力者（テレポーター）・野上葵だ。だが、薫がやりすぎて街まで破壊してしまった。さらに、その混乱に乗して、犯人も逃走。彼女たち３人は、所属する特務エスパーチームの局長の下へ事件の報告に訪れるのだが・・・。彼女たちを溺愛する局長は今回の件をお咎めなしにするのだった。

皆本光一は、特務機関超能力支援研究局(通称・バベル）の特務エスパーチーム『ザ・チルドレン』の現場運用主任として配属された。バベル局長・桐壺の案内で、バベル本部（通称・バベルの塔）を見て回る皆本。そこには、美人受付エスパーチーム『ザ・ダブルフェイス』こと常盤奈津子＆野分ほたるの二人、女子高生特務エスパー『キティ・キャット』こと梅枝ナオミ、新兵器開発を担当する『人形使い』こと九具津隆など、個性豊かなメンバーの姿が。そして、予知能力者を集めた予知課を訪ねたその時、突如警報が鳴り響き、火災事故の予知が・・・！？

石油コンビナートで起こった火災事故を見事に解決する『ザ・チルドレン』。任務後の検査も異常は無く、すやすやとかわいい寝息を立てる３人。自宅へ戻った皆本がソファで居眠りをしていると、自宅へ侵入してくる謎の男達の姿が！身の危険を感じた皆本は、素早く身を隠し、桐壺局長にＳＯＳを求める。局長は、皆本宅にチルドレンの３人を派遣。ありえない早さで到着した３人に驚く皆本を尻目に、薫は無用心に男達に近付くと、親しげに話し始めた。そう、男達の正体はバベルの職員。皆本の家に住むつもりのチルドレンの指示で、家を改築していたのだ！この共同生活どうなる・・・！？

暗い夜道。部活帰りで帰宅が遅くなった女子高生（テニス部）が家路を急いでいると・・・変態エスパーが登場！「必殺・金縛り」で女子高生を動けなくし、「必殺・透視」で透視しようとする卑劣なエスパー。あわや女子高生の・・・というその時、特務エスパー『キティ・キャット』こと梅枝ナオミ登場！現場運用主任の谷崎がすみやかにリミッターを解除、必殺「念動失神制圧（サイキック スタン・サブジェクション）」の電撃が変態エスパーを見事に貫く・・・・・・と思いきや、電撃がなぜか谷崎に直撃！！一体どうなっているのか・・・！？

とある小学校の教室。美人教師がエスパーについて授業を行っている。そこにはなぜか小学校に通っていないはずの薫、葵、紫穂の姿が。エスパーとの友好を説く教師。その時、ある男子生徒が「エスパーって、やばくね？」とエスパー批判をし始める。当然のごとく逆上した薫は、超強力な念動能力で男子生徒を攻撃！！あわれ男子生徒は死・・・んではいなかった。男子生徒はロボットだったのだ。・・・実はこれ、チルドレンの３人を小学校に通わせるという『チルドレン就学プロジェクト』の一環として行われた、シミュレーション。散々な結果に怒る皆本。皆本が３人を小学校に通わせたい理由とは・・・！？

『チルドレン就学プロジェクト』も第二段階に突入。ついにチルドレンの３人が小学校に通う日がやって来た！ウキウキの３人だが、学校ではチルドレンの正体は絶対秘密、絶対に超能力は使わないという、皆本との固～い約束だ。レベル２のテレパス・花井ちさとをはじめとするクラスメイトと親交を深める中、エスパー嫌いの少年、東野が３人にちょっかいをかけてくる。最初は相手にしない３人だったが、薫の堪忍袋の緒が切れて・・・！？どうなる『チルドレン就学プロジェクト』！！

「サイキックV字斬り！！」快調に敵の戦車をなぎ倒す薫。特務エスパー『ザ・チルドレン』の３人には今日も敵なし！！・・・と思いきや突如異変が！なんと３人の超能力が使えなくなってしまったのだ！！大ピンチのチルドレン、一体どうなる！？・・・という、その時、桐壺局長の「終了！！」の声が響き渡る。そう、これは新型のECM（超能力妨害装置）テストだったのだ。エスパーに対抗するための兵器。なぜバベルがそんなものをつくるのかと疑問を抱く３人。そんな時、エスパーの酔っ払い同士のケンカ事件が起こる。事件解決に乗り出したチルドレンだったが、この事件は反エスパー団体『普通の人々』の罠だった！！

小学校から下校中のチルドレン３人の前に、突然学生服の美少年が現れた。紫穂がサイコメトリーを仕掛けてもなぜか通用しないこの少年、３人に思わせぶりな言葉を残し、風のように消えた・・・。一方バベル本部。受付の『ダブルフェイス』の目をすり抜け、射撃訓練室にいる皆本の前に現れたのは、先程の少年だ。圧倒的な射撃の腕前を披露、皆本を挑発し、テレポートで去っていく。少年の名は兵部京介。『エスパー史上最悪の犯罪者』と言われた男。エスパー専用刑務所に収監されているはずの彼がなぜ！？

バベル本部では、桐壺局長がエスパー専用刑務所を脱獄した兵部の行方を捜していた。しかし、一向に行方がつかめない。一方、チルドレンの３人と皆本は映画やショッピングに出かけ、つかの間の休息を楽しむのだった。そして翌日、突然皆本の前に現れた兵部は、恐るべき催眠攻撃を仕掛けてきた！！それは、皆本の目にチルドレン３人が大人になって見える、というもの。いつもは子供のやることでも、大人になったチルドレンがするのでは話が別。悶々と悩む皆本。そんな時、緊急出動指令が！！どうなる・・・皆本！？

ここはバベル本部。特務エスパーチーム『ザ・チルドレン』の今回の任務は、沈没した漁船から被災者を救助すること。完成したばかりの特殊潜航艇『バベル２』を使い颯爽と現場へ向かう。３人の活躍で、無事任務完了かと思いきや、トラブルが発生。薫と皆本が漁船に取り残されてしまった！しかも、解けたはずの兵部の催眠攻撃が再び効果を取り戻し、皆本の目には薫が大人に見えるようになってしまう。大人(・・・じゃないけど)の男女が密室で二人きり！？一体どうなっちゃうの？？

チルドレンへのごほうびとして桐壺局長が企画した「バベル・特務エスパー慰安旅行in山の奥温泉」が開催されることになった。チルドレンの３人を始め、賢木、ナオミ、ダブルフェイスなどなど、おなじみの特務エスパーたちが大集合、楽しい楽しい慰安旅行が始まった！！女湯ではオヤジモード全開ではしゃぐ薫。一方男湯では、桐壺＆谷崎のオヤジコンビの浴衣が盗難にあうという謎の事件が発生！！そんなマニアックな趣味を持つ犯人は一体誰なのか！？そして事件の背後に見え隠れする謎の外国人コンビ、サングラス男＆巨乳女の正体とは！？お約束満載の温泉編！乞うご期待！！

バベルに首相直々の依頼が入った。それは『日本の運命を左右するほどの何か』が入ったアタッシュケースを、目立たず、時間内に外国にいる首相の下へ届けるという、超難関ミッション。このミッションを遂行できるのは、日本広しといえどレベル７のテレポーター、葵だけだ。一方学校にいる葵は、偶然、「手のかかる子ほどカワイイ」という、やまべ先生の言葉を聞いてしまい、薫と紫穂に嫉妬していた。家に帰った後も、宿題をめぐる些細なことでケンカになってしまった３人。すねて出て行こうとする葵だったが、皆本からミッションの話を聞き大奮起！葵と皆本、二人だけのミッションが始まった！！

チルドレン３人のクラスで作文の宿題が出された。作文のテーマは『家族』。順調に書き上げる葵、紫穂とは違い、なかなか筆の進まない薫。嘘も方便と、妄想全開で『禁断の兄（＝皆本）妹（＝薫）愛』を書き上げるが、皆本に怒られ、家族に会うため、久しぶりに実家へ帰ることに。薫は母と姉との三人家族。母は人気女優の明石秋江、姉の好美は人気急上昇中のグラビアアイドル、とどちらも芸能人だ。一見華やかなこの家族、実はなかなか複雑なようで・・・。

人々に迷惑をかけている悪人を自分の正義の下に退治、呼吸困難に陥れるという自称ヒーロー、ジャスティス仮面が世間を賑わせていた。サイコメトリー能力を生かし、数々の重大事件で警察に協力をしてきた紫穂に、警察庁長官直々に捜査協力の依頼が入る。チルドレンの保護者として凶悪事件への捜査協力に反対する皆本だが、この長官、実は紫穂の父親だった！！皆本は渋々引き下がり、結局捜査協力することになったチルドレン３人。無事ジャスティス仮面を逮捕できるのか！？

桐壺局長の命により、チルドレンをはじめとする特務エスパー達に緊急招集がかけられた。首相直々に依頼された超重大任務にあたるためである。その任務とは、コメリカ国の在日エスパーチームから脱走した男を捕らえるというもの。男の名はＪ・Ｄ・グリシャム。在日エスパーチームの指揮官だった男で、恐るべき能力を持ったエスパーらしい。彼を追う、在日エスパーチーム『ザ・リバティベルズ』（ケン＆メアリー）の二人と共に、合同捜査が始まった。無事グリシャムを捕えることができるのか！？

グリシャムを取り逃がしてしまった一同だったが、彼の残していった携帯電話から、行方を知る手がかりを得ることに成功する。しかし、強力なグリシャムの能力に対応することができなければ、前回同様、再び彼を逃がすことになってしまう。そこで、ある"作戦"を立てて、グリシャムに対抗することに。作戦の要は、サイコキノである薫とメアリー。二人のコンビネーションがキモとなるのだが、妙なライバル心から、おたがいに意地を張って対立してしまう・・・。はたして作戦は成功し、グリシャムを捕らえられるのだろうか！？そして明かされるグリシャム脱走の真実とは？？

バベルの研究所で模擬戦闘訓練が行われようとしていた。皆本が指揮するのは、もちろんチルドレンの３人・・・・・・ではなく、見慣れない少年と少女の二人組。少年の名は宿木明。そして少女の名は犬神初音。二人とも、特殊な超能力を持つバベルの特務エスパー候補生である。この戦闘訓練は、二人を正式採用するための試験なのだ。二人が試験に合格するための条件、それは、『ザ・チルドレン』に勝利すること！！最強最悪のレベル７相手に、皆本たちはどう戦うのか！？

チルドレンの３人が登校すると、薫の下駄箱に女子からのファンレターが届いていた。一方、葵と紫穂には男子生徒から大量のラブレターが。なんで自分だけ・・・とスネる薫だったが、そんな薫に追い討ちのように、二人にラブレターを贈った少年、黒木大と火下省吾が現われ、葵は大とプラネタリウムに、紫穂は省吾のサッカーを応援しに、それぞれ出かけることになってしまった！突如あらわれたボーイフレンドの存在に焦る薫。特務エスパー『ザ・チルドレン』解散の危機か！？

『ワイルド・キャット』の現場運用主任・谷崎に、「重大な話がある」と呼び出された皆本たち。谷崎いわく、最近ナオミの様子がおかしいらしい。それだけではなく『ナオミの成長記録コレクション』（別名：人工衛星を使った隠し撮り写真）の中に、なんとナオミが万引きをしている決定的な写真が見つかったというのだ！特務エスパーが万引きをしたとなれば、世間を騒がす大スキャンダルになってしまう・・・。事の真相を探るため、ナオミを監視することになった一同。本当にナオミは万引きをしてしまったのか！？

『ザ・ハウンド』の強化訓練に同行することになった皆本は、訓練中、謎の廃墟を発見する。廃墟を調べてみると、そこが動物を改造する超能力実験施設だとわかった。ポッドに入れられた改造モモンガたち。と、そこに１つだけ空っぽのポッドを発見する。『超能力を持った・・・、モモンガ・・・』皆本が何かに気付いたその頃、チルドレンたちは下校の真っ最中。ふと前を見ると、目の前に買い物袋が落ちている。中にはヒマワリの種が。あたりを見回してみると衰弱した一匹の小動物がいた。そう、いつも兵部といっしょにいるモモンガの桃太郎だ。自宅に連れ帰り介抱をする３人。目覚めた桃太郎は、なんと！記憶を失っていた！？

バベル本部では『人形遣い』こと九具津隆が怪しい動きを見せていた。ある時は、観葉植物の影から『ザ・ダブルフェイス』の２人を隠し撮り、またある時は屋上で出入りする人物を双眼鏡でチェック、さらには格納庫に忍び込み、書類を盗み見る。こうして得た情報を、九具津は一冊のレポートにまとめていた。レポートの名は『第１７次バベル調査中間報告書』。レポートを提出する相手は・・・なんとあの兵部！九具津はスパイとしてバベルの情報を流していたのだ！！影の薄さでは誰にも負けない男、九具津に何が起こったのか！？

『何かの間違いに決まっています！！』バベル局長室に皆本の怒号が響く。なんと賢木にスパイの疑いがあるというのだ。２人はコメリカの大学時代からの付き合い。賢木を信じる皆本は、身の潔白を証明すべく監視を始める。普段は行かない『おねーちゃんのいる店』にも同行し、賢木を監視する皆本。そんな事とは知らないチルドレンは、夜遅くに帰ってきた皆本のお酒と香水の匂いを怪しむ。そして翌日、皆本とチルドレン、それぞれの思惑が交錯する中、『ザ・ダブルフェイス』との飲み会がセッティングされることに・・・。。はたして賢木は本当にスパイなのか！？

閉園後の遊園地に集まる謎の集団。彼らは『P.A.N.D.O.R.A（パンドラ）』。兵部京介をリーダーとし、エスパーの真の解放を目指す革命組織である。水面下で活動を続けていた彼らが、いよいよ本格的に動き始めたのだ・・・。一方、皆本や局長も、エスパーが関与する一連の事件の裏に、パンドラの影を感じ、日夜情報収集を続けていた。そんなある日、エスパー犯罪者を収監する刑務所『イーストエデン』からマッスル大鎌たちが脱獄するという事件が発生する。チルドレンは脱獄囚を捕らえる事が出来るのか？そして兵部は、パンドラは何をしようとしているのか？？

皆本がさらわれた！！犯人はパンドラの少女・澪と、元傭兵のヤマダ・コレミツ。澪は兵部を慕うあまり薫に嫉妬し、彼女を誘き出すために皆本を連れ去ったのだ。澪が残した置手紙を頼りに、皆本の行方を追うチルドレンと賢木。その頃、皆本は２人の根城らしき山奥の廃校に捕らわれていた。敵と味方の間柄だが、３食カップラーメン、お風呂にも入っていない澪の有様を見かね、世話を焼く皆本。そんな皆本にわずかだが心を開き始める澪・・・。その時、サイコメトリーで皆本の居場所を特定した賢木が到着し・・・！？

世界各地で強力なエスパーが行方不明になったり、エスパー犯罪者が刑務所から脱獄する事件が頻発していた。兵部たちパンドラの仕業だと考えた局長は、バベルの全力を挙げて捜索に当たるが、一向に行方はつかめない・・・。一方チルドレンたちは、トンネル崩落現場で人命救助を行っていた。超能力で順調に救助を行う３人だったが、タクシーに乗っている妊婦を救助していると、突然異常事態が発生。３人の超能力が不安定になってしまう。なんと、お腹の中の胎児がエスパーであり、強力な念波で３人の能力に干渉してきているというのだ。このピンチどう乗り切る！？

バベル予知課の予知を受け、遊園地での事故を防ぎに向かったチルドレンだが、（イチャイチャしているカップルに気を取られ・・・）被害を完全に防ぐことは出来なかった。マスコミに叩かれ、「南の島でバカンスしたい」とふてくされる３人。そんな時、局長の命により、バベル所有・沖縄の無人島へ向かうことに！！水着持参でバッチリ遊びモードの３人だが、この島にやって来た理由、それはチルドレンの大先輩、百発百中の予知能力を持つエスパーに会うためだった。チルドレンと同じレベル7の力を持つ予知能力者(プレコグ)、その正体とは・・・！？