化身アームド、そして信長の力を身に着け、ゲームメーカーとしてひとまわり成長した神童。円堂監督を取り戻すことはできなかったが、プロトコル・オメガ2.0に勝利したことで仲間たちの洗脳は解かれ、元のサッカーが大好きな雷門イレブンの姿を取り戻す。しかし霧野は成長した神童の姿を見て嫉妬にも似た感情を抱き思い悩んでいた。そんな折、天馬たちの前に菜花黄名子という見知らぬ少女が現れる…。一方、時空最強イレブンの次なる力――仲間の勇気を奮い立たせ、鉄壁の守りに変えるカリスマディフェンダーを求め、ふたたび時空を越えることになった天馬たちを、ある不思議な事件が襲う――。

ジャンヌ・ダルクの力を求めてタイムジャンプした天馬たちがたどり着いた先は、中世フランスの戦場だった。敵国のスパイに間違えられそうになりながらも、本物のジャンヌと出会い、彼女と同行することに。疑いが晴れぬまま監視されているうちに、ついついサッカーの練習を始める天馬たち。その姿に興味を覚えたジャンヌに、自分たちは大切なもの＝サッカーを守るためにここに来たのだと告げる。一方、新たにガンマをキャプテンとして雷門イレブンを追っていたプロトコル・オメガ3.0は、ムゲン牢獄を脱獄したザナーク・アバロニクに襲われていた。ガンマたちをあっさりと倒したザナークは、彼らに恐るべき力を与える。

神のお告げを受けて、長い間、戦争の続くフランスを救うべく立ち上がったジャンヌ・ダルク。敵軍に支配されたオルレアンの街を解放するため、必要となる援軍を求めて、彼女と共にシャルル王子の元へと向かう天馬たち。なんとかシャルル王子と会うことは許されたものの、周囲の目は疑わしそうなまま。その様子に不安を隠せないジャンヌ。天馬たちの励ましを受け、従者として付き従う霧野と共に広間に通された彼女は、目の前の人物が本物のシャルル王子ではないと言い放つ。一方、ジャンヌ達の戻りを待つ間にサッカーを始めた天馬たち。人数が足りないと、通りかかった兵士の男を交えてゲームを始める。なぜか偉そうなその兵士は、すっかりサッカーが気に入った様子で――。