Fa tres mesos que el Raimon va guanyar la final del Camí Imperial. El Cinquè Sector ja no controla el futbol i la gent pot jugar-hi lliurement. L'Arion ha estat viatjant pel país per ensenyar a diverses escoles les seves millors tècniques. Però, quan torna al Raimon, no hi ha cap rastre del futbol. Tothom amb qui parla li diu que a l'institut no hi ha cap equip de futbol i, per acabar-ho d'adobar, en Riccardo, en Sam i la resta dels companys de l'equip no recorden res del futbol. En aquell moment, apareix un jove misteriós i li diu a l'Arion que ha vingut a esborrar els records que té del futbol, però ell no hi està gens disposat...

El misteriós Alpha ataca l'Arion, que se salva gràcies a la intervenció d'un altre noi misteriós del futur que es diu Fei. L'Alpha i el seu equip, el Protocol Omega, desafien l'Arion i en Fei a un partit i els sorprenen amb les seves velocitat i tècnica, i amb la capacitat de fer servir els seus esperits guerrers com a armadures, una cosa que s'anomena "armadura d'esperit guerrer". Durant la segona part, el Protocol Omega atura el partit i desapareix. L'Arion té moltes preguntes sobre aquest equip misteriós, i en Fei li explica d'on surt i per què el club de futbol del Raimon ha desaparegut.

L'organització anomenada "El Dorado" no tan sols està decidida a eliminar el club de futbol del Raimon, sinó que també vol esborrar per complet el futbol de la història. Per intentar evitar-ho, l'Arion i en Fei viatgen en el temps fins als inicis del Raimon, el primer dia d'en Mark Evans a l'institut. L'Alpha i el seu equip també s'hi presenten i desafien en Mark a un partit amb la intenció d'evitar que creï el club de futbol. Amb la pilota com a arma, l'Alpha ataca l'Arion. I en Mark, que veu que estan fent servir el futbol per causar dolor, fa una supertècnica que atura els xuts de l'Alpha. L'Arion, animat pel que acaba de veure, també aconsegueix demostrar una mica més el seu potencial. Llavors apareix un noi que l'Arion coneix d'algun altre lloc...

Després d'haver guanyat el partit contra l'Alpha i d'haver-se assegurat que en Mark Evans crea el club de futbol del Raimon, l'Arion viatja en el temps per veure si la història torna a ser la d'abans. En efecte, en Riccardo i la resta han tornat al club, però en Victor Blade segueix desaparegut, i sembla que és perquè es troben en un univers paral·lel on el germà gran d'en Victor, en Vladimir, amb qui van jugar en el partit contra l'Alpha, no ha tingut l'accident que li va impedir de seguir jugant a futbol. L'Arion es prepara per tornar a viatjar en el temps per restaurar l'autèntic club de futbol del Raimon, però, abans de tornar-ne, en Vladimir li demana un favor: vol tenir l'oportunitat de jugar un últim partit amb el seu germà. A l'inici, en Victor s'hi mostra una mica reticent, però el somni d'en Vladimir s'acaba complint amb l'ajuda de l'Arion. Després viatgen al passat per presenciar com els dos germans jugaven alegrement a futbol quan eren petits.

Ara que sap que perdre implicaria no poder canviar la història i que el seu germà no es convertís mai en un gran futbolista, en Vladimir jura fer el que calgui per guanyar, i lluita al costat de l'Arion i la resta per guanyar el partit contra el Protocol Omega i salvar el club del Raimon. Però, just quan l'equip celebra la victòria, s'assabenten que el govern del Japó ha prohibit el futbol i que el club que tant han lluitat per salvar s'ha de dissoldre igualment. Durant un partit amistós contra els Estats Units, l'equip japonès va causar unes lesions tan greus als seus rivals que es va considerar que el futbol era un esport massa perillós i que no es podia seguir jugant. Sorpresos, l'Arion i els seus amics aviat descobreixen que tot això ha estat cosa de l'equip més nou d'El Dorado, el Protocol Omega 2.0, que va fer un salt temporal i va manipular el partit per canviar la història i aconseguir que es prohibís el futbol.

El Raimon ocupa el lloc de l'equip dels Estats Units en l'amistós contra el Japó per intentar derrotar el Protocol Omega 2.0. L'Arion, incapaç de fer funcionar la seva armadura d'esperit guerrer, arriba a la mitja part frustrat i desanimat. Les coses empitjoren durant la segona part, quan el Protocol Omega augmenta la intensitat del seu joc brut i ignora les targetes vermelles per poder fer més mal als seus oponents. El Raimon sap que, si la cosa continua així, la història no canviarà i el futbol se'n ressentirà perquè es veurà com un esport violent i perillós. Però l'equip, que no se'n surt ni amb les seves millors supertècniques i que ha de substituir tots els lesionats amb els duplicats d'en Fei, es desinfla davant l'atac implacable del Protocol Omega 2.0. I llavors, quan semblava que les coses no es podien complicar més, l'enemic agafa en Fei com a objectiu i...

No és tan sols que el Raimon no va poder arreglar la història ni revertir la prohibició del futbol, sinó que, a més, El Dorado va capturar en Mark Evans! Però, per si no fos prou, el Protocol Omega 2.0 esborra els records d'amor pel futbol de la meitat dels jugadors del Raimon. L'única manera de recuperar en Mark i de tornar a reunir l'equip és derrotar el Protocol Omega 2.0. Però, per fer-ho, cal saber aconseguir l'armadura d'esperit guerrer. Per això, els nois estan decidits a fer el que millor saben fer: entrenar el cor. Però la prohibició del futbol els impedeix de tenir un lloc on entrenar. Això no obstant, just quan es comencen a desesperar, apareix algú ben especial que els explica una cosa molt interessant...

El Raimon no pot permetre que la interferència d'El Dorado en la història tingui èxit. Per ajudar l'equip a rescatar en Mark Evans, l'Axel Blaze els porta al Santuari, la instal·lació on el Cinquè Sector entrenava els seus millors jugadors. L'Arion i la resta comencen a entrenar amb força recordant el consell d'en Tezcat de sentir amb força els seus esperits guerrers. Però les coses no surten com les han previstes perquè torna a aparèixer el Protocol Omega 2.0 i els desafia a un duel. El Raimon, amb ganes de venjar-se'n, s'esforça al màxim possible però la seva incapacitat d'aconseguir les armadures d'esperit guerrer els és un problema. Llavors apareix un esperit guerrer llegendari i s'endú l'Arion i la resta a un lloc segur. Aquesta llegenda és, ni més ni menys, un dels jugadors amb qui ja es van enfrontar un cop...

L'Arion per fi aprèn a treure la seva armadura d'esperit guerrer, però la prohibició del futbol encara està vigent i tot el que té a veure amb el futbol està desapareixent. Fins i tot està previst l'enderrocament de l'edifici Futbol del Raimon. L'única manera d'impedir-ho i de rescatar l'entrenador Evans és que tot l'equip aprengui a treure la seva armadura d'esperit guerrer per poder vèncer el Protocol Omega 2.0 d'una vegada... I un llibre misteriós anomenat "Les lliçons del mestre", escrit per una llegenda del futbol que anomenen "el mestre", pot ser la clau per aconseguir-ho. L'equip viatja 200 anys cap al futur per treure'l del museu on està exposat... Però podran esquivar la seguretat del museu i sortir-ne amb el premi?

L'Arion i els seus companys aconsegueixen amb èxit "Les lliçons del mestre" del futur, però resulta que està escrit en un codi secret que ningú sap desxifrar i, com que no coneixen la identitat del seu autor, no saben com avançar. Però, just quan estan a punt de rendir-se, la Sylvia i la Celia els proporcionen la resposta que busquen: la manera com està escrit el llibre s'assembla a la del quadern secret de l'avi d'en Mark, en David Evans. Pot ser que el mestre sigui en David Evans? Amb aquesta possibilitat al pensament, l'Arion i la resta viatgen amb l'entrenador Sharp per buscar-lo...

Després d'haver vist el Raimon jugant contra el Protocol Omega 2.0, en David Evans s'ofereix a entrenar l'equip i els diu que "el camí cap a la victòria és tridimensional". L'Arion i els seus companys continuen jugant mentre reflexionen sobre què pot voler dir això, i finalment els moviments del rival els donen la pista que necessiten i aconsegueixen crear una nova supertàctica. Gràcies a això i a un consell d'en David Evans que ajuda en Victor a aconseguir la seva armadura d'esperit guerrer, el Raimon pot canviar el rumb de la batalla a favor seu. El Protocol Omega 2.0, però, no vol deixar de lluitar i tornen a apujar les revolucions del seu joc. I, després d'haver tornat a derrotar el Raimon, intenten, a més, segrestar en David Evans tal com ho van fer amb el seu net...

L'Arion i la resta de l'equip viatgen a través del temps per reclutar jugadors i ajudar en David Evans a complir el somni de formar l'equip més potent de la història. El primer que necessiten és un creador de joc, algú molt perspicaç que sàpiga entendre el panorama general i sàpiga quan actuar i quan esperar, i tornen a l'època d'en Nobunaga Oda per trobar-lo. L'equip comença a buscar pistes que els puguin conduir fins a ell però no tenen gaire sort. Per la seva banda, l'Arion i en JP es fan amics d'un nen que es diu Tasuke i que juga a un esport que s'assembla molt al futbol. Tot va bé, fins que a en Tasuke i els seus amics els segresta una colla anomenada la Banda del Cérvol Blanc, que es dedica a segrestar nens i a vendre'ls...

La Banda del Cérvol Blanc ha estat reunint soldats per lluitar a favor d'en Yoshimoto Imagawa, i sembla que la Beta també li fa costat per vèncer en Nobunaga Oda i canviar la història. L'equip s'hi ha d'apropar per advertir-lo, i en Wonderbot idea un pla molt astut que consisteix a disfressar-se de ballarins i colar-se al banquet de les flors. L'equip, que no té ni idea de dansa, demana ajuda a la Katsu, la germana d'en Tasuke, i comencen a practicar. Per la seva banda, en Riccardo, que se sent frustrat perquè no pot aconseguir la seva armadura d'esperit guerrer, retroba la motivació després d'una intensa conversa amb la Katsu. Per fi, arriba el dia del banquet, però llavors els espera una gran sorpresa.

L'Arion i la resta entren al banquet de les flors gràcies a l'ajuda d'en Tokichiro Kinoshita, que els suggereix canviar la dansa per un recital de futbol. Però la Beta es fa passar per membre de la guàrdia i aconsegueix que empresonin el grup de joves acusant-los de voler atemptar contra la vida d'en Nobunaga Oda. Quan els estan interrogant, apareix el Protocol Omega 2.0 i els desafia a un duel de futbol, tot fent-se passar per vassalls d'en Yoshimoto Imagawa. En Riccardo accepta el repte i se citen per trobar-se, al cap de set dies, al Festival dels Folls. Així doncs, els del Raimon comencen a entrenar amb en Tasuke i la resta dels amics que han fet.

Per fi comença el partit de futbol sota l'atenta mirada d'en Nobunaga Oda i en Yoshimoto Imagawa. L'Arion i els seus amics s'esforcen molt i fan tots els possibles per defensar el nom d'en Nobunaga Oda, però la diferència entre tots dos equips és molt gran. Davant la pressió implacable dels atacs del Protocol Omega 2.0, en Tasuke i els seus tres amics comencen a desanimar-se, i l'Arion i la resta del Raimon han de doblar els seus esforços per compensar les mancances dels seus nous companys. Acaba la primera part i l'equip encara no està del tot consolidat, mentre que l'equip rival lidera el partit amb fermesa. L'Arion fa tot el que pot per convèncer-los que encara tenen una oportunitat, però en Tasuke i els seus amics no ho acaben de veure clar. I és llavors quan a en Tokichiro se li acut una estratègia inesperada que podria canviar la situació.

En Tasuke i els seus amics aconsegueixen fer la Fortalesa Nocturna, que dona a l'equip l'impuls i la confiança que tant necessitava. Malauradament, amb això no n'hi ha prou per evitar que el protocol Omega 2.0 torni a marcar. Mentrestant, creix la frustració d'en Riccardo per no poder aconseguir l'armadura d'esperit guerrer, i també creix la seva desesperació per aconseguir l'aura d'en Nobunaga. Aquest, molest després de veure la fixació obsessiva d'en Riccardo per marcar, li recorda quin és el seu paper dins de l'equip. Enfortit després d'aquesta conversa, l'equip entra a la part final del partit amb una nova tàctica d'en Tokichiro: que en Riccardo no toqui la pilota. I quan ell, per fi, entén la intenció que hi ha darrere aquesta tàctica, aconsegueix fer sortir tot el seu poder...

En Riccardo per fi ha aconseguit la seva armadura d'esperit guerrer i ha absorbit l'aura d'en Nobunaga per convertir-se en el creador de joc que l'equip necessita amb urgència. Han derrotat el Protocol Omega 2.0, i tot i que no han pogut recuperar l'entrenador Evans, sí que han aconseguit desfer el control mental que exercien sobre l'equip del Raimon i que els va prendre l'amor pel futbol. Però quan en Gabi es troba amb el nou Riccardo, sent enveja. Llavors apareix una noia anomenada Goldie Lemmon, que l'equip no havia vist mai abans, i descobreixen qui és el següent jugador que han d'anar a buscar per seguir completant l'equip més potent de tota la història: un defensa carismàtic que reuneix tot el valor de l'equip i el converteix en una muralla infranquejable. Però mentre es preparen per tornar a viatjar en el temps per trobar aquesta persona, passa una cosa del tot inesperada...

L'Arion i els seus amics viatgen en el temps a la recerca del poder de la Joana d'Arc i apareixen en mig d'un camp de batalla de la França medieval. Uns soldats els capturen perquè sospiten que són espies, però al final troben la Joana d'Arc i l'acompanyen en el seu viatge. Tot i que encara els acusen de ser espies i estan vigilats, l'Arion i la resta troba un moment per entrenar una mica. La Joana està molt intrigada, sobretot quan li diuen que venen del futur per protegir el futbol, un esport molt important per ells. Mentrestant, el protocol Omega 3.0 liderats per en Gamma, que és el nou rival del Raimon, rep l'atac d'en Zanark Avalonic, un personatge sinistre que ha escapat del Complex Contre. Després d'haver-los vençut amb una facilitat esfereïdora, decideix donar-los un poder terrible.

Tot i que l'exèrcit francès encara no disposa de tota la capacitat possible, la Joana sap que han d'atacar ara o perdran l'avantatge sobre l'exèrcit anglès. Els jugadors del Raimon la segueixen per ajudar-la, però el Protocol Omega 3.0 els barra el pas i els diu que, si no els aconsegueixen vèncer, no la podran ajudar. Aquest nou Protocol Omega, liderat per en Gamma i que disposa del nou poder d'en Zanark, és gairebé imparable i és capaç de llegir tots els moviments del Raimon. Per si no fos prou, el príncep Carles assumeix el paper d'entrenador i dona unes ordres tàctiques molt poc corrents. Mentrestant, la Joana està atrapada i sense reforços, i a mesura que els seus soldats van caient, es comença a desanimar. Només en Gabi pot donar-li la confiança que tant necessita...

Raimon continued their fight against Protocol Omega 3.0. Kirino Ranmaru is still worrying about Jeanne and having a flashback of Shindou. Charles changed Raimon's formation for the second half. Kirino became injured and Shindou said that he shouldn't worry and he dashed to the opponents to stop them. Kirino has a flashback and realized that he is jealous and dashed to Shindou to help him. Kirino revealed his Keshin and later, he Mixi Maxed with Jeanne and Raimon won with 2-1 versus Protocol Omega 3.0.

El següent salt temporal que fa l'equip és a l'època dels Tres Regnes xinesa, on han de trobar dos personatges llegendaris, en Zhuge Liang i en Liu Bei, que se suposa que tenen les característiques que necessiten per a l'equip definitiu: el migcampista que fa servir el pensament crític per predir els punts forts i dèbils del rival, i un porter inexpugnable amb una rapidesa i un poder d'execució impecables. En Sam dona esperances a en JP, que estava una mica desanimat, i li diu que en Liu Bei pot ser el revulsiu que necessita. I l'equip se'n va cap a l'antiga Xina, aquest cop amb l'ajuda del seu amic Sol Daystar.

L'Arion i la resta, amb en Liu Bei i els seus amics, es dirigeixen cap a la fortalesa d'en Zhuge Liang. Però, just quan estan a punt d'entrar-hi, en Zanark controla la ment d'en Guan Yu i en Zhang Fei i desafia la resta de l'equip a un duel de futbol. Durant la batalla, en Liu Bei, que se suposa que juga de porter, deixa la porteria completament indefensa. L'hàbit que té d'actuar sense pensar porta problemes a l'equip i fa que en JP encara se senti més incòmode. Els jugadors del Raimon descobreixen la manera de superar el duel i poden avançar, però just llavors es troben que han de jugar un altre partit de futbol, aquest cop contra un equip de guerrers de terracota. En Liu Bei torna a jugar de porter, però després de fer-se mal a la mà demana ajuda a en JP i li dona un consell: "Tu salta i confia en la sort".

Per fi en JP recupera la confiança gràcies a l'ànim que li dona en Liu Bei, i l'equip és capaç de vèncer el terrorífic exèrcit de terracota i conèixer la Zhuge Liang. Però, tot i que els ha costat tant de trobar-la, ara no els vol ajudar! La cosa empitjora quan en Zanark torna a aparèixer amb el seu nou equip, el Zanark Domain, i desafia els jugadors del Raimon a un partit. Aquest cop en Liu Bei farà d'entrenador, però el Raimon es troba impotent davant del Zanark Domain, que de seguida marca el primer gol. Després, en Zanark fa servir el seu Miximax amb en Cao Cao, l'arxienemic d'en Liu Bei, per llançar un atac mortal.

En Sol, que té por de tornar-se a lesionar, no pot jugar amb tota l'energia que li agradaria. Davant d'aquesta situació de crisi, la Zhuge Liang li cedeix els poders del seu esperit guerrer perquè recuperi les forces, i en Sol aconsegueix l'empat per al Raimon. A la segona part, en Zanark invoca la seva armadura d'esperit guerrer i torna a marcar, i això torna a fer disminuir la confiança d'en JP. En Liu Bei el torna a animar, i finalment es crea l'oportunitat de fer el Miximax que tant esperava.

Els jugadors del Raimon viatgen al final del període Edo per buscar els membres número cinc i sis de l'equip més potent de la història: en Ryoma Sakamoto, un migcampista amb un cor tan gran com el mar que fa de pont entre l'atac i la defensa, i en Soji Okita, un davanter amb la velocitat de la llum. Com que ells dos són enemics, l'equip es divideix en dos grups: el grup de l'Arion buscarà en Ryoma i el d'en Fei, en Soji. L'Arion i els seus companys coneixen un home rodanxó i molt alegre que de seguida mostra interès pel futbol. Mentre dinen junts, uns quants homes del Shinsengumi, la policia de l'època, els interrompen per intentar detenir-lo: és en Ryoma Sakamoto.

L'Arion i companyia li diuen a en Ryoma Sakamoto que venen del futur perquè els ajudi a salvar el futbol. Mentrestant, en Zanark es presenta davant d'en Soji Okita i s'aprofita de les seves ganes de vèncer en Ryoma Sakamoto per convènce'l que ha d'eliminar els del Raimon. Equipat amb el poder que li ha donat en Zanark, en Soji se'n va a buscar en Ryoma, i comença l'enfrontament entre aquests dos grans personatges de la història del Japó.

En Soji Okita està disposat a lluitar contra en Ryoma Sakamoto per protegir el shogunat, encara que això pugui implicar perdre la vida. En Ryoma fracassa en el seu intent de demanar una audiència amb el cap del shogun. Però, quan es comença a desanimar perquè veu que no aconseguirà transformar el Japó en un país més modern, rep una carta dels representants del shogun, que el conviden a anar al castell. Tot i sospitant que es tracta d'una trampa, en Ryoma, que té un pla d'emergència per si les coses surten malament, té l'oportunitat d'explicar al shogun i als seus assessors la seva visió del nou Japó. En aquell moment, apareixen en Zanark i en Soji, i els proposen de jugar un partit de futbol per decidir el destí del domini imperial del Japó. I en Soji Okita no es vol rendir sense lluitar...

A l'Arion i els seus companys els sobrepassa la ferocitat de l'atac d'en Zanark, que decideix abandonar en Soji Okita quan acaba la primera part. Aquest, que sense els poders d'en Zanark torna a estar malalt, es retira del partit. Durant la segona meitat les coses no milloren gaire per als del Raimon, però després de veure certa semblança entre en Soji Okita i el seu germà Vladimir, en Victor es nega a renunciar a la lluita per salvar el futbol. Aquesta decisió impressiona en Soji Okita, que s'adona que ha trobat una cosa per la qual val la pena arriscar el que li queda de vida. Ara que en Victor ha aconseguit el seu Miximax, el Raimon lluita amb més força, però en Zanark torna a atacar i l'únic que hi pot fer alguna cosa és en Ryoma.

Els jugadors del Raimon s'acomiaden d'en Soji Okita i d'en Ryoma Sakamoto i tornen a la seva època. Un cop allà, l'Arion i en Fei entrenen amb els duplicats i en Wonderbot, emocionat, crida: "Juguem a futbol!" Aquesta frase, típica d'en Mark, anima l'Arion, que comença a recordar els inicis de l'aventura per formar l'equip més potent de la història.

Tot i havent derrotat en Zanark, l'equip d'en Mark Evans encara no ha pogut salvar el futbol, de manera que només els queda una solució: viatjar al futur i enfrontar-se amb El Dorado, que té un equip molt més fort que el Zanark Domain: el Cascada Perfecta. Abans, però, viatgen a l'era dels dinosaures per trobar els membres número set i vuit de l'equip definitiu: un defensa volador que controla l'espai buit i el domina a la perfecció, i un migcampista dinàmic que posseeix el poder de l'antiguitat i que pot separar els oceans. Però tan bon punt hi arriben tenen problemes. Mentrestant, als d'El Dorado els preocupa la desaparició d'en Zanark, però l'Schemer Guile, l'entrenador del Cascada Perfecta, té un pla.

L'Arion i els seus amics coneixen en Sor, un noi que viu amb els dinosaures i que els vol presentar la Boss, la líder dels dinosaures. Quan arriben a la seva cova, descobreixen que el Cascada Perfecta li ha controlat la ment perquè els ataqui. Quan aconsegueixen fer tornar la Boss al seu estat natural, se'ls presenta un altre enemic que l'acabarà ferint de mort. Llavors, en Sor promet cuidar d'en Big, el fill de la Boss, i comença a entrenar per ser més fort. En Big està trist sense la seva mare i en Fei, preocupat, li explica la seva situació.

El Raimon per fi es troba cara a cara amb el Cascada Perfecta i pateix una derrota humiliant. A més, el fet d'haver intentat resistir al control mental deixa els jugadors esgotats. Quan comencen a perdre l'ànim, en Sor els anima a entrenar amb dinosaures de veritat per poder trobar els membres de l'equip que busquen. Però, quan sembla que les coses milloren, apareix l'Ar Ecks amb l'ordre de destruir el Raimon una vegada per totes.

L'Arion i els seus companys s'enfronten al Cascada Perfecta al partit de revenja però no els és suficient haver fet tots els Miximax per poder superar els jugadors rivals, que han guanyat poder gràcies a l'esperit guerrer Ombra de Plasma. Per acabar-ho d'adobar, l'Schemer Guile controla mentalment els dinosaures perquè envaeixin el terreny de joc. Enmig de tot aquest caos, la Goldie intenta esbrinar per què en Fei no juga al màxim possible. Aquest, per la seva banda, troba la seva força interior després que en Big el salva de ser aixafat i, per fi, desperta el seu veritable poder.

L'Arion es pregunta si mereix o no ser el capità de l'equip després de veure amb quina confiança dirigeixen l'equip en Riccardo i en Sol. Mentrestant, es preparen per trobar el novè i el desè membres de l'equip definitiu: un jugador fantàstic amb la ferocitat d'un lleó i la professionalitat i la intel·ligència d'un savi, i el rei dels migcampistes, que disposa d'un valor absolut per acomplir el seu deure. Les persones que el mestre ha escollit són el rei Artús i la Reina dels Dracs, dos personatges d'un conte infantil! L'equip no té gaire clar si podran viatjar a un món fictici, però comencen l'aventura amb valentia. Per mala sort, la vida els dona la raó quan la Caravana Inazuma MT perd el control i entra en un forat de cuc durant el salt temporal, i l'Arion es desperta en un món medieval on ara és un aprenent de cavaller.

Els aprenents de cavaller Arion i Fei es troben de camí cap al castell del rei Artús. Tots dos s'hi dirigeixen amb l'esperança de convertir-se en cavallers de la Taula Rodona. Quan arriben al castell, descobreixen amb sorpresa que la resta dels cavallers són els seus companys d'equip amb en Riccardo al capdavant, i que, a més, hauran de jugar un partit en contra seu si volen passar la prova per ser cavallers de la Taula Rodona. Comença la prova i el partit es converteix en una batalla entre l'Arion i en Fei i els jugadors que normalment lluiten al seu costat. Tot i que en Fei i els seus duplicats fan exactament el que l'Arion els diu, el capità no pot evitar sentir que la situació se li escapa de les mans. Un cop superada la prova d'accés, apareix la gran Reina dels Dracs.

La Reina dels Dracs, caracteritzada per la seva gran saviesa, ataca de sobte el castell del rei Artús i intenta capturar la Skie, però la Goldie la protegeix i la Reina acaba enduent-se-la a ella a la Gruta de la Pena. El rei Artús està decidit a rescatar-la i, durant el camí, l'Arion es convenç encara més de la seva incapacitat per ser capità quan veu la facilitat amb què el rei Artús els guia a través de tots els obstacles del camí. Quan arriben a la Gruta de la Pena, veuen que la Goldie està captiva en una gàbia. El Cavaller Negre ordena a la Reina dels Dracs que els ataqui, i el destí canvia amb una sola estocada de la poderosa Excalibur.

Es descobreix que el misteriós Cavaller Negre que controlava la Reina dels Dracs és l'Ar Ecks del Cascada Perfecta. Quan s'enfronten en un partit, la confiança de l'Arion es torna a enfonsar quan el Cascada Perfecta activa el mode hiperdrive i marca el primer gol tot just començar. A la mitja part, l'Arion diu que no es mereix ser capità, però el rei Artús li fa veure que la resposta al seu problema només la trobarà en el terreny de joc. I, just quan l'equip es troba en dificultats, apareix la Reina dels Dracs des de les profunditats d'un llac proper.

Després d'acomiadar-se del rei Artús, apareix una llum encegadora que transporta l'Arion i la resta de l'equip a un lloc desconegut on es retroben amb en Sam i la resta dels jugadors que no han participat en els salts temporals. De seguida se'ls presenta l'Adrastus Argos, el president d'El Dorado, que els demana ajuda per lluitar contra els nois de la segona fase i els explica el veritable motiu pel qual volien eliminar el futbol. Els del Raimon no les tenen totes, però l'Arion els convenç quan els diu que no poden permetre que el futbol sigui la causa de guerres i danys. Es formen tres superequips que lluitaran junts però, primer, hauran d'aprendre a conviure pacíficament.

Els nois de la segona fase aconsegueixen ensorrar la seu d'El Dorado i l'Arion es retroba amb en Simeon, el noi que va conèixer al regne del rei Artús i que resulta que és el líder dels nois de la segona fase. En Simeon anuncia que el Ragnarok és a punt de començar. Mentrestant, en Fei té una sensació estranya, els equips formats pel Raimon i el Protocol Omega no acaben de funcionar i el primer partit del Ragnarok comença enmig d'una atmosfera inquietant.

Quan comença el primer partit del Ragnarok, els jugadors del Raimon se sorprenen en veure que el seu enemic Zanark Avalonic lidera el Zan, un dels equips del Nu-Gen. En Victor es lesiona com a conseqüència del joc brut del Zan, i tot i que El Dorado Equip 1 defensa amb energia, el Zan no para de marcar gols. Però, just quan sembla que la situació no pot empitjorar, en Fei canvia d'actitud.

En Fei, a qui en Simeon ha tornat els records, abandona l'equip, tot i les súpliques de l'Arion. Mentrestant comença el segon partit del Ragnarok i la situació no és gaire bona per a El Dorado Equip 2, que no tenen un joc fluid a causa de la tossuderia dels exjugadors del Protocol Omega.

El Dorado Equip 2 segueix tenint problemes però llavors arriba una nova incorporació molt poderosa que els ajudarà a canviar la situació. Abans d'això, però, en Riccardo se sent frustrat perquè no és capaç d'aconseguir unir l'equip, però quan comença la segona part, l'entrenador Guile li dona una sèrie de números que ho poden canviar tot.

El matí del tercer i últim partit del Ragnarok, l'Arion es planta tot sol al mig de l'estadi i prega perquè ell i en Fei puguin tornar a jugar a futbol junts algun dia. Però quan salta al terreny de joc amb El Dorado Equip 3 s'endú una sorpresa desagradable...

El Dorado Equip 3 s'intenta defensar del joc dur i les paraules fredes del seu examic Fei, i durant la primera part el Gahl domina clarament el ritme del partit. L'Arion i els seus companys estan a punt de rendir-se quan, de sobte, apareix un jugador que ha viatjat a través de l'espai i el temps per trobar el poder que l'ha convertit en l'onzè i últim membre de l'equip definitiu.

L'aparició d'una determinada persona dona al Dorado Equip 3 l'empenta que tant necessita, i llavors el partit es comença a igualar. Mentrestant, a en Fei cada cop li costa més resistir les súpliques de l'Arion, i això obliga en Simeon a intervenir-hi i a ordenar-li que ataqui el rival amb totes les seves forces.

La final del Ragnarok acaba en empat i les dues parts acorden que jugaran un quart partit per poder cloure bé la situació. Per la seva banda, el Benefactor X revela la seva veritable identitat i en Fei s'endú una gran sorpresa.

En Fei i el professor Cryptix aconsegueixen alliberar en Mark Evans de la Chrono Stone, i en Mark es compromet a ser l'entrenador del Chrono Storm, l'equip de l'Arion, a la final contra el Ragnah, l'equip definitiu d'en Simeon. Els nois, desesperats per guanyar i per demostrar als seus rivals com n'és, de divertit, el futbol, fan el Miximax de seguida, però tan bon punt en Simeon aconsegueix la pilota, marca el primer gol del Ragnah. Els jugadors del Chrono Storm es queden parats davant l'atac, i en Simeon els recorda tot el que es juguen en aquest partit.

El Chrono Storm no pot fer res davant del Ragnah, l'equip definitiu d'en Simeon, que té una habilitat impressionant. Això no obstant, els nois d'en Mark Evans continuen lluitant amb decisió i en Fei i en Zanark intenten fer un contraatac, que no surt tal com estava previst. I, just quan sembla que les coses no poden empitjorar, en Simeon es converteix en una bèstia salvatge i ataca sense pietat l'Arion i els seus companys. El Chrono Storm perd les esperances i en Simeon ho aprofita per dir-los que no tenen cap mena de poder. Però just llavors l'entrenador Evans fa un discurs que esperona els seus jugadors.

El Chrono Storm està decidit a mostrar als seus oponents com és el seu estil de futbol, i aturen els xuts d'en Simeon i contraataquen amb una supertàctica que els permet marcar un gol. A més, la força i la companyonia que els uneix els permet de dur a terme l'Assalt de l'Equip Definitiu, una supertècnica que combina l'esforç de cadascú. I, just quan sembla que tots dos equips han arribat al límit, el Chrono Storm llança un últim atac a la porteria enemiga.

L'Arion i el seu equip han guanyat el partit contra en Simeon i els nois de la segona fase, i fan un últim viatge en el temps per acompanyar els seus nous amics a les èpoques a les quals pertanyen abans de tornar a casa. Quan hi arriben, descobreixen que, per fi, s'ha eliminat la prohibició de jugar a futbol i que al món hi torna a haver nombrosos aficionats i jugadors. Amb la Silvia, repassen tot el viatge que han fet per salvar el futbol i s'adonen que, si no l'haguessin fet, no haurien conegut mai tanta gent de tantes èpoques i llocs diferents. Amb aquest moment tan important, la història d'Inazuma Eleven Go: Chrono Stone arriba a la fi.