イナズマジャパンが世界一となってから10年。いまやサッカー名門校となった雷門中学に、今年も続々と新入生たちがやってきた。その中のひとり、松風天馬は今日から憧れの雷門中学でサッカーができると、大喜びで登校する。入学式を待ちきれず、期待に胸を膨らませ早速サッカー部の練習場を見にいくことに。しかし、そこで待ち受けていたのは、グラウンドに倒れ伏しているサッカー部員たちと、学生服を身にまとったあるひとりの謎の少年だった。「雷門サッカー部は破壊した。サッカーなんていらない」と告げるその少年と、天馬は雷門サッカー部の存続を賭けた勝負をすることに。しかし、彼のテクニックとパワーを前に、天馬は翻弄されるだけで……。

謎の少年・剣城京介から何とかボールを奪った天馬であったが、天馬に向けて剣城から強烈なシュートが放たれる。しかし、そのシュートはどこからともなく飛んできたボールにはじかれる。ボールが蹴られたその先にいたのは、雷門サッカー部キャプテン・神童拓人と、雷門一軍イレブンだった。彼らに向け不敵に微笑む剣城は、自分が率いる「黒の騎士団」こそが、新たに雷門イレブンとなるのだと告げる。フィフスセクターという組織から送り込まれたという彼らは、雷門イレブンの座を賭けて、神童たちに試合を挑む。黒の騎士団相手に全く手も足も出ず、剣城の必殺技によって次々とゴールを破られる雷門イレブン。そんな危機的状況に、監督の久遠は試合を何とかするのは選手だと告げ、天馬を試すため、選手として試合に出るよう指示を出す……。

サッカープレイヤーたちの間で噂され、気の力が極まったとき、その姿がカタチとなって現れるという「化身」――伝説とも言われる、その化身を出現させた剣城。天馬の想いに目を覚ましたキャプテン・神童も、それに呼応するかのように目覚めた力で剣城に対抗する。ふたりが激しくぶつかり合おうとしたその時、突然試合中止が告げられる。今回は見逃すと言い残し、去っていく黒の騎士団。残されたのは破壊された旧サッカー部部室と、フィフスセクターに目を付けられたことで、部員たちに走った動揺と不安だけであった。その状況下、退部者が続出。そんな中、入部希望を伝える天馬たちに、神童は……。

突然、雷門サッカー部に入部することになった剣城。特例として入部テストも免除された彼に、神童たちは納得がいかない。これから雷門サッカー部をどうやって守っていくか、ひとり苦悩する神童。管理されたサッカーに複雑な想いを抱えていた先輩たちに未来を託され、キャプテンになったはずの自分が、何もできずにいる……。一方、入部テストを前に胸躍らせる天馬と信助は、朝早くから特訓に精を出し、練習に夢中のあまり遅刻してしまう始末。昼休みも食事をとる暇も惜しんで練習する彼らの姿を、サッカー部員たちはさまざまな想いを胸に見ていた。そのひとり、剣城の視線を受けた天馬は、サッカー部に入るという自分の想いをぶつけるが、剣城は相手にもせず「好きにしろ」と言うだけで……。

最後まであきらめずにボールを追い続け、見事、入部テストに合格した天馬と信助。授業が終わるのも待ちきれない様子で、放課後になるや部室へと向かったふたりを待っていたのは、微妙な空気を漂わす先輩たちの姿であった。憧れのファーストチームのユニフォームを手渡され、練習に参加する天馬たち。先輩たちのパワー、テクニック、どれもが高いレベルで展開されるプレイに驚嘆しつつ、自分たちも彼らのプレイについていけるように実力を付けようと固く決意する。一方その頃、久遠監督は理事長から次の試合のことが伝えられる。相手は最近、力をつけてきた栄都学園。そして、フィフスセクターから送られてきた書類には、驚くべき内容が書かれていた……。

試合開始早々栄都学園にゴールを許した雷門中。まだ１点と気合いを入れ直す天馬と信助だったが、勢いづく栄都学園の攻撃に、さらに追加点を許してしまう。「あの程度の必殺技に、三国先輩が２度もゴールを奪われるはずがない」そんな想いをよそに、神童たちの精彩を欠いたプレイは続き、リードを奪われたまま前半が終了する。「なぜ本気で戦わないのか、このまま負けてしまってもいいのか」という疑問をぶつける天馬に、春奈の口からある真実が告げられる。

それに従わねばサッカーを続けることができない。そんな神童たちの無念の言葉が、天馬の胸に突き刺さる。やりきれない思いを抱えたまま、後半開始のホイッスルがなり……。

フィフスセクターからの指示を守らなかった責任を取らされ、監督を解任されてしまった久遠。彼は天馬に新しい監督のもとで頑張れという言葉を残して雷門中学を去っていく。信頼する監督を失い、キャプテンの神童は姿を見せない。すっかり意気消沈し、まったく練習に身が入らない雷門中サッカー部。そんな彼らの前に現れた新監督は、あの円堂守であった。さらに彼は、試合に勝つための練習をすると宣言。フィフスセクターから派遣された監督らしからぬその発言に、雷門中のメンバーは危険なにおいを感じていた。そして放課後、練習場所に指定された河川敷に現れたのは、円堂新監督の元での練習に心躍らせる天馬と信助のふたりだけで……。

中学サッカー界日本一を決めるホーリーロード。昨年の決勝戦、雷門中学対木戸川清修中学の試合を映像で見た天馬と信助は、「本気」のプレイが繰り広げられた試合に興奮していた。フィフスセクターが管理する中でも、結果が決められておらず、全力でプレイできる試合があるのだという。そして今年のホーリーロードに向けて、練習が開始された。河川敷の練習でともに戦う仲間を確認しあったメンバーがグラウンドに集まる。しかし、キャプテンの神童だけは練習に顔を見せなかった。円堂監督もいずれはフィフスセクターに屈してしまう。その思いから神童は、サッカー部を退部すると告げる。一方、円堂監督は、ホーリーロード地区予選第一試合の勝敗指示を伝えられ……。

ホーリーロード地区予選まで残りわずか。少しでも強くなろうと練習に熱が入る天馬たち。しかし、剣城から勝敗指示の内容を聞かされていた神童は、退部こそ取り消したものの、自分がどうすべきか決められないでいた。そんな中、円堂監督から一回戦・天河原中戦のスタメンと、予想だにしない試合の方針が告げられる。そんなことをしたらサッカー部が潰されてしまうと動揺するメンバーたちは、監督についていけないと次々に部室を後にする。練習もままならず落ち込む天馬の姿を見かけた三国は、彼を自宅に誘い、ドリブルだけでなくパスの練習もしておけとアドバイスをする。そして、思い切りサッカーのできない苦しい胸の内を打ち明け……。

ついに始まったホーリーロード地区予選１回戦。フィフスセクターの勝敗指示に逆らった神童は、必殺シュートを放ち、天河原中から先制ゴールを奪う。この試合に勝利すると宣言した神童だったが、他の雷門中イレブンは勝敗指示を気にして、彼の指示に従おうとしない。それに追い打ちをかけるように天河原中はラフプレーで試合の主導権を握っていく。天馬たちは満身創痍になりながらも諦めずに立ち向かうものの、化身を出現させた天河原中ＭＦの隼総の必殺シュートでゴールを奪われ、同点となってしまう。化身を思いのままに操れない神童を笑う隼総。そしてお前ごときに自分のシュートは止められないという彼のその言葉に、三国は……。

ホーリーロード地区予選１回戦を勝ち抜き、盛り上がる天馬たち。しかし、フィフスセクターに逆らって勝利を得た代償に廃部にされてしまうかもしれない。そんな恐れから、雷門中サッカー部は真っ二つに割れていた。自分たちのサッカーを貫くと決めた天馬と信助、神童、三国。今まで通りフィフスセクターに従って、自分たちのサッカーを守ろうとする他のメンバー。相容れない思いを胸に抱えながら、それぞれが別れて練習を始める。一方、剣城はある人物と会う為、意外な場所を訪れていたが、フィフスセクターの聖帝に呼び出される。そして聖帝から告げられた言葉をきっかけに、雷門を潰すことを決意した剣城は、円堂監督に地区予選２回戦に自分を出場させろと告げる･･････。

試合開始早々、万能坂中からボールを奪った剣城が放ったシュートは、なんと雷門中ゴールに突き刺さる。このまま試合が終われば、フィフスセクターの指示に従ったことになる。あきらめるなら今だという倉間に、神童はあくまでも勝利を目指すと宣言。天馬たちと敵陣へと切り込んでいくが、仲間の援護は受けられず、あっさりボールを奪われてしまう。プレイの噛み合わない雷門中に牙をむく万能坂中。剣城と同じく、フィフスセクターから送り込まれたシードを中心に、叩き潰すような荒々しいプレイで雷門中イレブンを次々と打倒していく。ついに神童も倒され、雷門中に動けるプレイヤーはいなくなったかに思われたその時、天馬が立ち上がり･･････。

チームを潰すためなら選手生命を奪うことすら辞さない万能坂中。その様子を目の当たりにした剣城にある感情の変化が現れていた。相変わらずフィフスセクターに逆らえないと、試合に関わろうとしない雷門中のメンバーをよそに、強力なシードを擁する万能坂中に挑む神童たち。瞬く間に追加点を奪われ、数的不利な状況のなか何とか攻めるものの、ことごとく万能坂中にボールを奪われてしまう。攻めに転じた万能坂中によって次々と放たれるシュート。かろうじてゴールは割らせないものの、三国はボロボロになっていき･･････。

想いをひとつに万能坂中を打ち破った雷門イレブン。結果、フィフスセクターの命令に逆うことになった剣城は、病気の兄を盾に再び従うように命じられる。一方、試合で先輩たちの強力な必殺技を見せられ、自分ももっと強くならなければと焦る信助は、自分だけの必殺技を身に着けるべく特訓を開始。得意なジャンプを活かした必殺技をと張り切る彼に天馬も協力する。そして神童たちは、この後も勝ち続けて本当のサッカーを自分たちの手で取り戻すのだと闘志を燃やしていた。しかしフィフスセクターに逆らってサッカーを続けるのは、並大抵のことではない。決意を新たに始められた激しい練習の中で、先輩たちに必死についていこうと食い下がる信助は、ついに必殺技のきっかけをつかむ･･････。

ホーリーロード地区予選Ａブロックの準決勝・青葉学園との戦いを前にした雷門中の元に、衝撃の通達が届く。急遽、ブロック変更が行われ、対戦相手が変わったというのだ。新たな相手は、かつて雷門中と激戦を繰り広げた帝国学園。化身を使う選手を何人も抱えると噂される強豪校と、戦わねばならない雷門イレブン。それでも必ず勝利すると決意した神童は、対抗策として、かつて考え出した必殺タクティクス「アルティメットサンダー」を試してみたいと申し出る。しかし、強力なストライカーが必要なこのタクティクスを、なかなか成功させられない。

一方その頃、円堂は帝国学園の監督となったある意外な人物の名を聞かされ･･････。

試合開始直後、三国がなんとかシュートを止めたものの、これまでの相手とはまったく違う帝国学園のプレッシャーに押される雷門イレブン。必殺タクティクス「アルティメットサンダー」はいまだ完成しておらず、せっかく得たチャンスも、鉄壁のディフェンスの前に潰されてしまう。なんとか「アルティメットサンダー」を放とうとするも、あえなく失敗。渾身の神童の必殺シュートも、相手キーパーにあっさりと止められてしまう。神童を中心に組み立てられたゲームメイクも、その弱点を見透かされ、帝国学園の猛攻の前に防戦一方となってしまう。一方、試合にも出ず、兄の入院する病院を訪れていた剣城は･･････。

起死回生を狙った必殺タクティクスを防がれ、さらに帝国学園の強力なシュートでゴールを奪われてしまった雷門中。帝国学園の圧倒的なサッカーの前に、それでも立ち向かうが、攻撃は必殺技に阻まれ、神童の化身すらはじき飛ばされてしまう。何とか成功をと「アルティメットサンダー」を再び試みるもやはり不発に終わってしまい、まったく反撃の糸口が見つからない。化身を出現させた相手チームのシュートでまたもや得点を奪われ、前半が終わってしまう。そして迎えた後半戦、劣勢の雷門中の前に意外な人物が現れる……。

帝国学園との激闘を終えた雷門イレブン。試合の翌日、なぜか帝国学園に集合を命じられた彼らは、そこで帝国学園との戦いの裏に隠された衝撃の事実を知らされる。そして、帝国学園の地下に隠されたある場所へと案内される雷門イレブン。そこには、予想だにしなかった驚くべき人物との出会いが待ち構えていた。その人物は、彼らにこれから起こそうとしているある目的について語りはじめ……。

フィフスセクターから自由なサッカーを取り戻す為に、自分たちが革命を起こそうと雷門イレブンは、決勝の海王学園戦を前に、いよいよ士気を高めていた。大好きなサッカーを取り戻すため、もう負ける事なんて考えない。天馬も新たな必殺技を身につけようと、激しい練習を重ねていた。その姿を見た他のメンバー達も天馬の練習に協力する。一丸となって決勝に突き進む雷門イレブン。一方、海王学園の情報を集めていた目金は、ある事実を突き止める。そして、雷門イレブンに伝えられたその情報は、一同を驚愕させるもので……。

本当の『革命』は、自分たちのサッカーを見た人々が、その素晴らしさを思い出して、自由を取り戻すために立ち上がることで初めて実現する。一度は辞めてしまったメンバー達を再び仲間に迎えて、決勝戦に臨んだ雷門イレブンだったが、強豪・海王学園の圧倒的な攻撃の前に、前半開始早々早くもゴールを奪われてしまう。何とか守りを固めて、同点に追いつこうと奮闘する雷門中。勝とうと意気込むものの、本気を出した海王学園が突き放す。シードの実力を見せつけるかのようなプレーと、化身を出現させた攻撃に、三国はゴールを守ることができない。前半戦が終了して呆然とする天馬たちに、円堂監督はとんでもない奇策を伝える……。

ついに始まったホーリーロード全国大会。彼らを潰すべく、フィフスセクターによって送り込まれた強敵たちが待ち構える全国大会では、今まで以上に激しい戦いが繰り広げられるはず。しかし、絶対に倒せない相手などいない。そんな想いを胸に、これまで以上に気合の入った練習に汗を流していた。そんな折、天馬たちのクラスに転入生がやってくる。サッカー部に入りたいという彼に大喜びの天馬たちは、さっそく部室へと連れて行く。練習でもディフェンダーとして実力を見せつけた彼のプレーに、戦力増強できると喜ぶ部員たちであったが……。

木枯らし壮の住人たちとの練習試合で見せた転入生の不審な行動に、彼がフィフスセクターから派遣されたシードなのではないかと疑いを抱く霧野。彼は、その後も霧野を挑発するような不可解な行動を繰り返し、疑念は晴れないまま、ホーリーロード全国大会の開会式を迎えることに。本選は５つのスタジアムからランダムに試合会場が選ばれる、どれもスケールの大きな会場と、待ち受ける戦いへの興奮に胸を躍らせる雷門イレブン。彼らの前に、１回戦の対戦相手となったチームが姿を現す。その中には雷門イレブンにとってなじみの深い、ある意外な人物の姿があって……。

１回戦の会場はサイクロンスタジアム。スタジアムに施された特殊なシステムに苦しめられる雷門イレブンは、そのシステムを利用し、多彩なフォーメーションで攻め上がってくる月山国光の攻撃に苦戦を強いられる。さらに、疑念を抱いたままプレーをする霧野の影響でディフェンス陣の連携が乱れ、先取点を奪われてしまう。そんな中、唯一スタジアムのシステムを克服したかに見えた天馬も、まるであらかじめシステムの特徴を知っているかのような月山国光のプレーに翻弄され、思うように動けない。前半を終え、いまだピンチの続く雷門中。そこで円堂監督は思いきった作戦をとり、後半戦を臨むことに……。

狩屋と霧野の連携で月山国光の必殺タクティクスを破った雷門中は、化身を発動した天馬のシュートで同点に追いつく。勢いを得て攻め上がる雷門中に対して、なぜか動きに精彩を欠く月山国光。初めての逆境に立たされ、実力を発揮しきれていないのは明らかだった。しかし、雷門を辞めてまでこの試合に臨んだ南沢は、決して負けるわけにはいかないのだと、ひとり必死のプレイで食い下がる。それを見た月山国光のメンバーも、次第に心を動かされ、両チームの「勝ちたい！」という強い想いがぶつかり合う、一進一退のプレイが繰り広げられる好ゲームが展開される。そして終盤、抜け出してチャンスを作った狩屋を阻止すべく、南沢が猛然と仕掛け…。

狩屋に続いて、雷門中サッカー部に新たな入部希望者がやってきた。その彼を円堂も鬼道も、サッカーを愛する者ならばと快く受け入れる。サッカーを始めて２カ月という超初心者であったが、飲み込みの良さを発揮し、打ち解けていく。その姿に自分たちが１年生だったころを思い出す神童たち。そんな折、ホーリーロード２回戦の対戦相手が決まる。北海道の名門・白恋中。攻守ともに高い実力を発揮し、フェアプレイで名高いチームだった。次の試合も本気のサッカーができるかもしれない。そんな想いで練習に励む雷門中の前に、意外な人物が姿を現す……。

フィフスセクターの管理下に堕ちてしまった白恋中を救ってほしいとのメッセージを受け、意気上がる雷門イレブン。必殺タクティクス「アルティメットサンダー」すら防ぐほどの防御を誇る白恋中の必殺タクティクスを破るべく、雷門イレブンは新たな必殺タクティクスを完成させて、試合に臨む。しかし、試合会場となったのはスノーランドスタジアム。氷に覆われた足場の悪いフィールドを前に、雷門中は実力を出しきれない。対して滑りやすいフィールドでの戦いに慣れている北国出身の白恋中は、有利に試合を展開する。

白恋中のエース・雪村の必殺シュートで１点を先取された雷門中。スパイクのエッジを使った走り方で氷のフィールドを攻略したものの、新たに編み出した必殺タクティクスでは、白恋中の強固たる必殺タクティクスを突破できないでいた。そして再び放たれる雪村のシュート。化身を出現させての必殺シュートに、なす術もなくゴールを奪われる。２点リードされたまま後半に。そんな折、ふと発したあるメンバーのひとことに、円堂監督は彼を起用。剣城と組んで、必殺タクティクスを実行する作戦に出る。

白恋中との激戦を終えた雷門イレブン。そんな彼らに、突然、円堂は衝撃の宣言を告げる。その言葉に驚きを隠せない天馬たち。そして、新たに組み込まれた練習メニューに対して、まったくボールに触れられないうえに、厳しすぎる内容と選手によって違う指示を与えられた雷門イレブンは、困惑する。くたくたになるまで続けられる練習に、このままでは壊されてしまうのではないか。そんな不安が漂う中、なんと、信助がもう練習にはいかないと言い出して……。

新たに考案された基礎能力アップのための練習メニューによって、着実に実力をアップしていく雷門イレブンたち。みなが革命に向けて心をひとつにする中、天馬と信助が考えた新たな必殺技は、今ひとつうまくいかない。錦のイタリアでの経験を聞かせてもらい、「パスタ」という言葉をヒントに突破口を見つけようとするが……。そしてホーリーロード、次の対戦相手が決定する。その相手は木戸川清修、昨年、雷門中と実力で決勝戦を争い、優勝した名門校。しかし、彼らはフィフスセクターの指示通りに動くか、それとも雷門中の革命に乗るべきか、チームの中で意見が割れているというのだ。革命を成功させるためにも、勝利で勢いをつけたい。そんな雷門中に聖帝は、木戸川清修にある監督を送り込む……。

試合会場となったスタジアムの特殊な仕掛けに阻まれて、なかなか思うように試合を進められない両チーム。しかし、木戸川清修は「雷門を倒せば進む道が見える」という監督の言葉に、心をひとつにしていた。必殺タクティクスで仕掛けをかわして、雷門陣内へと攻め込んでくる。突破力を活かした猛攻に圧される雷門だったが、信助の動きにヒントを得た鬼道は、攻略の糸口をつかんで対抗策を指示する。相手の必殺タクティクスすら利用するその作戦に、勢いを取り返したと思われたその時、木戸川清修は化身を出現させ、ゴールを奪い取る。一方、ゴールチャンスを逃してしまい、悔しがる錦。そんな彼の姿を、鋭く見つめる視線が……。

後半開始直後、錦の活躍により、同点に追いつく雷門中。一方、流れをつかんだ雷門中に対して、滝のスタンドプレーでバラバラになりかけていた木戸川清修。その悪い流れをたちきる為、選手の交代を行うが、彼を下げずに、弟の快彦にメッセージを託してフィールドに送り込む。その決定力と化身の力で雷門中を圧倒すればいいと、態度を変えようとしない滝だったが、雷門中も信助の活躍でシュートを防ぎ、追加点は許さない。勝つために一生懸命プレイする雷門中、そして木戸川清修の仲間たちの姿を前に、自分がどうするべきかを悟った滝は、化身を繰り出した天馬と激突する……。

木戸川清修との激戦を終えた雷門イレブン。天馬たちは、次なる戦いに備えて練習に打ち込んでいた。自分も化身を使えるようになって、もっとチームの役に立ちたいと思う信助と練習で試行錯誤しているところに、神童が現れる。地区予選で戦った天河原中と万能坂中から、雷門の「革命」に賛同する連絡があったのだという。自分たちのサッカーが、多くの人たちの心に届いている。これまでの戦いを振り返る天馬たち。フィフスセクターは、サッカーを管理してどんな世界を作ろうとしているのか。化身とはいったい、なんなのか。すべてはホーリーロードが終わった時にわかるのではないかと語る神童。そして、今は離れている円堂監督にこそ、今の雷門イレブンを見てほしいと、思いをはせる――。

ホーリーロード全国大会・準々決勝の相手、幻影学園との戦いを前に練習に励む雷門イレブン。しかし、その中で天城だけは練習に身が入っていなかった。レギュラーを外されたことを悩んでいただけでなく、対戦相手となる幻影学園のエースが、幼いころの友人、真帆路だと知らされたからだ。上の空の天城は、鬼道に練習を休むよう言い渡される。小学生のときの過去の出来事を思い出し、複雑な想いの天城。そんな彼の前に姿を現した真帆路は、厳しい言葉を突き付ける。雷門の革命は成功するはずがない。フィフスセクターに従う者として、雷門を倒す。彼との再会を願っていた天城は、サッカーを続ける理由を見失ってしまう。一方、そんな天城を心配する影山の前に、ひとりの少女が現れる……

ついに始まった幻影学園戦。スタメンに選ばれた天城は、自分のサッカーで真帆路に気持ちを伝えるいい機会だと気合十分。そんな彼に、影山は少女に聞かされた真実を話せないでいた。試合が始まり、主導権を握ろうとする雷門中だったが、スタジアムに施された変幻自在な特殊機能に阻まれて、思うようにプレイできない。その一方で、スタジアムの特性を活かして攻め込んでくる幻影学園。そして放たれた真帆路の必殺シュートは、天城の必殺技を破りゴールへと突き刺さる。絶対防御不可能だという真帆路に、必ず止めてみせると食い下がる天城。終始、幻影学園が優勢なまま、試合は前半を終えるが、なぜか真帆路の気持ちは荒れていて……。

スタジアムの特殊機能の盲点に気付いた鬼道の作戦で、後半開始直後、１点を返す雷門中。そして小学生のころの友人から、過去に起こった出来事の真相を明かされた天城は、かつての親友、真帆路の心を取り戻すべく、正面から彼に立ち向かう。それに対して、雷門の反逆を終わらせることこそが自分の使命だと、化身を出して攻め続ける真帆路。影山のシュートで同点に追いつくも、交代した相手キーパーから追加点を取れないまま、またも真帆路の必殺シュートで逆転を許してしまう。やはり自分の力では真帆路を止めることはできないのか。肩を落とす天城を、影山をはじめとした仲間たちの諦めない気持ちが再び奮い立たせる。そして鬼道は驚きのキーパー交代を告げ――。

ついにホーリーロード全国大会・準決勝にコマを進めた雷門中。すべてを兼ね備えたパーフェクトプレイヤーと呼ばれる新雲学園を次の相手に迎え、その対策に燃えていた。そんな折、雷門中と同様に、フィフスセクターに反旗を翻した学校が、次々と廃校にされる事件が起きる。フィフスセクターが追い込まれている証拠だと、自分たちの起こした革命に実感を得て、みなが意気上がる中、天馬だけは浮かない顔をしていた。自分のせいでサッカーをできなくなっている人がいるのではないか。そんな不安に押しつぶされそうになる彼の前に、ひとりの女性が現れる。あなたにあってほしい人がいる。彼女の言葉に導かれて公園にたどり着いた天馬の前に、意外な人物が姿を現す……。

やっぱり自分はサッカーがやりたい。悩んだ末、そんな熱い想いを胸に、再び練習に打ち込む天馬。一方、試合での活躍を見た三国に、キーパーをやってみないかと言われた信助は迷っていた。キーパーは、監督として自分たちを引っ張ってくれた円堂のポジション。決して手の届かないところにいる、偉大な存在が務めた役割を、自分が果たせるはずがない。なかなか覚悟できないでいる信助に、顧問の春奈が声をかける。かつて円堂が使っていたというキーパー用の練習マシンを見せ、これでがむしゃらに特訓してみないかとの言葉に、心を躍らせる信助。ヘトヘトになりながらも練習を続ける彼の姿を、ある人物が見つめていた――。

ついに迎えたホーリーロード準決勝。本当のサッカーを取り戻すため、戦い続けてきた自信を胸に、全てを兼ね備えたパーフェクトプレイヤーと呼ばれる新雲学園に臨む雷門イレブン。天馬は、現れた新雲学園の中に見覚えのある選手を見つける。以前、病院で出会った少年、雨宮太陽。体が弱く、激しい運動を禁じられているはずの彼がどうして…？天馬のプレイを見てサッカーへの想いをおさえきれずに出場したという太陽。病気にも、雷門にも打ち勝ってみせるという彼に、天馬は全力のプレイで応えようと心に決める。デザートスタジアムの動く砂の上で華麗にボールを操る太陽。彼こそが十年にひとりの天才と言われた、新雲学園きっての名プレイヤーだったのだ……。

「雷門イレブンの中で、本気で戦っていないのはお前だけだ。」そんな剣城の言葉に愕然とする天馬。サッカーの激しい運動量に耐えられるはずのない、病気を推してプレイする太陽の体を心配して、本気が出せていないのか。そんな不安に駆られる中、同点で後半戦が開始される。交代した影山が奮闘するも、太陽に阻まれ、雷門中はペースを握れない。そしてゴールは破られ、再び突き放されてしまう。次の試合に出られるか、そして明日プレイができるかどうかわからない体の太陽は、常に全力で戦い、サッカーを楽しむ。太陽の言う『本気のサッカー』こそ、雷門のサッカーなのだと気づいた天馬は、迷いを振り切り、神童からのパスを受けて再び走り出す――。

「ある必殺技の特訓をしてもらう。」ボロボロの姿で現れた剣城の言葉に驚く天馬。その必殺技こそが、勝利のカギとなるのだと、キャプテンとしてチームをまとめる傍ら、剣城とふたり、秘密の特訓を始める天馬。ただでさえ難しい必殺技をさらに進化させることは難しく、決勝前日の夜も、その特訓は続いていた。自分にサッカーへの道を示してくれた天馬とならできる。天馬への信頼を口にする剣城に、ある報せが舞い込む。一方、フィフスセクターの内情を探っていた響木たちレジスタンスは、『ドラゴンリンク』という謎の計画にたどり着いていた――。

ついに迎えたホーリーロード決勝戦。次期聖帝を決定する試合が、ついに始まった。フィフスセクター最強のチームと、自由を掲げる雷門イレブン全力のぶつかり合いは一進一退の攻防を見せ、同点で前半を終える。互角以上の戦いに沸き返る雷門イレブン。聖堂山中という最高のチームとの誇りをかけた戦いと、相手チームのキャプテンからかけられた言葉を受けて、自分も雷門の名に恥じない戦いをしようと、天馬は決意を新たにする。そんな彼に、円堂が言葉をかける。キャプテンの力はピンチの時にこそ必要。その言葉に、自分が神童のようにできているのかと、天馬の胸を一抹の不安がよぎる。一方、聖堂山中の監督でもあるイシドは、何者かに呼び出され、解任を告げられていた――。

後半開始とともに、全選手が交代した聖堂山中。フィフスセクターを作った男、千宮路大悟が監督を務め、彼の率いるドラゴンリンクと戦うことになった雷門イレブンは、化身を使った猛攻に苦しめられる。４人のフォワードが次々と放つシュートを必死でセーブし続けた三国は、ついに倒れてしまう。信助がキーパーに入り、フォワードにボールを渡さない作戦で攻め上がるが、敵キーパーの化身にシュートを防がれてしまう。なんと、ドラゴンリンクは全員が化身使いのチームだったのだ。化身の力を惜しみなく使った超攻撃的なサッカーに、再度リードを許してしまう雷門中。天馬はキャプテンとして、ドラゴンリンクの化身に対抗すべく、ある作戦を提案する……。

ドラゴンリンクに対抗する作戦が失敗を招き、チームの皆を満身創痍に追い込んでしまった天馬。自分のふがいなさにキャプテンとしての自信を失い、勝利を信じられなくなってしまう。そんな彼に、試合に駆け付けたある人物が檄を飛ばす。そして監督の円堂も、天馬のやりたかったサッカーとはなんだったのかと問いかける。ただひたすらに純粋な気持ちをぶつける、本当のサッカー。いつも通りの、自分たちのサッカーをやろうと、力強く宣言する天馬。そして、彼のサッカーに触発されてきた仲間たちは、その想いに呼応して、やる気に満ち溢れた表情で再び立ち上がる。勝利を目指し、ドラゴンリンクとの最後の戦いが始まる――。

ドラゴンリンクとの激闘を終えた雷門中。再び、自由なサッカーが楽しめるようになったサッカー界で、雷門イレブンたちは練習に汗を流していた。そして、グラウンドに姿を現したある人物を見て喜ぶ仲間たち。信じ合える、最高の仲間と共に勝ち取った、最高のサッカー。天馬は、自分をここまで導いてくれたサッカーボールを胸に、練習へと出かける。そこに通りかかった葵と、互いが初めて出会ったとき――サッカーを始めたばかりの天馬が、ジュニアチームに入団テストを受けに行ったときの想い出を語り始める……。

激闘の末、幕を閉じたホーリーロード。サッカー界に革命の風を起こした天馬たちのもとに、ＴＶ局が取材に訪れる。彼らの強さの秘密ははなんなのか。これまでの戦いの軌跡を探るこの番組では、数々の秘密が紹介される。天馬の「そよかぜステップ」に始まり、さまざまな必殺技を生み出した河川敷。葵、水鳥、茜たちマネージャーをはじめとする、影ながら雷門イレブンの戦いを支えてきた女神たち。そして、円堂監督たちから脈々と受け継がれた雷門魂。そんな番組を見ながら、雷門イレブンたちは、これまでの戦いを思い出し、語り合う――。

現雷門イレブンを特集した前回の放送に続いて、今日に至るまでの雷門サッカー部の歴史に迫る番組が放送されることに。かつての雷門サッカー部についての思い出を語る円堂監督。サッカー部の創設から始まり、フットボールフロンティア・インターナショナルでの世界一になるまでの軌跡。彼らがいたからこそ自分たちのサッカーがあるという言葉に胸を打たれる天馬たち。これからも雷門サッカー部をずっと守り続けていきたいと、皆が想いを新たにする――。