Cynthia a été détruite, mais maintenant une menace encore plus grande attend les Knights Saber. GENOM a créé un baby-boomer encore plus fort à partir des restes de Cynthia.

Les baby-boomers de GENOM terrorisent MegaTokyo et la police AD est impuissante à les arrêter. Mais GENOM est peut-être allé trop loin cette fois, en terrorisant Sho, le garçon dont Priss s’occupe.

Depuis un an, GENOM n'a plus montré signe d'activité. Mais voilà qu'un nouveau véhicule, le Griffon, terrorise les gangs de motards de la ville. Lorsque les Knight Sabers arrivent sur les lieux, ils se rendent compte que le Griffon n'est pas le seul responsable et qu'il faudra beaucoup de puissance de feu pour l'empêcher de nuire.

De nombreux problèmes s'accumulent sur MegaTokyo. L'île spatiale Genaro est en difficulté suite à la perte de sa navette et de ses armes, et à la révélation de ses liens avec GENOM. Pendant ce temps, un "vampire" suce le sang des gens en ville, et la nouvelle amie mystérieuse de Priss, Sylvie, semble liée à l'île.

Les 33-S Boomers sont de retour pour prendre leur revanche sur les Knight Sabers. Comment vont-ils s'y prendre ? En piégeant les Knight Sabers, voilà comment !

GENOM est de retour avec une nouvelle création, une nouvelle race de Boomer qui sera un défi pour les Knight Sabers. Par ailleurs, une star américaine du rock connue sous le nom de "Vision" est venue à MegaTokyo pour faire connaître le rock à ses citoyens... jusqu'à ce qu'elle se retrouve mêlée à GENOM.

Les Knight Sabers semblent tout contrôler, jusqu'à ce que Lisa Vanette, une journaliste hors pair, menace de révéler la véritable identité des filles. De plus, GENOM a de nouveaux Boomers spécialement créés, avec des armes visant directement les Sabres.