사방이 바다로 둘러싸인 인공 도시 주드에 밀입국자가 세 명 침입했다는 정보가 들어온다. 특수 업무과의 페리스는 정보원에게서 그들이 레스토랑 소롯소에 있다는 걸 알아내지만, 그곳에 가보니 이미 주인 소롯소는 죽어있다. 그 후 얼마 지나지 않아 페리스는 밀입국자 세 명 중의 한명인 머신, 미샤에게 공격을 당하고, 그의 진짜 목표는 자신의 동료인 제이였음을 알게 되는데…

죽은 레오네리 패밀리의 총수, 로렌조의 유언대로 그의 아들 크레아가 새로운 총수로 임명되고, 8인 위원회를 불러 이를 승인하는 자리를 갖는다. 딱딱한 분위기 속에 8인 위원회 중의 한명인 웨이가 후견인으로 나서고, 레오네리 패밀리를 웨이 패밀리로 흡수하려는 그의 검은 속을 알고 있는 크레아는 화끈한 방법으로 웨이에게 한방 먹이려 하는데…

연속 폭파 사건이 일어나고 있는 가운데, 거리에선 미녀 카드라고 하는 트레이딩 카드가 유행이다. 연속 폭파 사건을 조사하던 중, 제이는 부상을 당하고, 안토니아는 페리스에게 쓸데없이 제이를 위험에 빠트리지 말라고 한다. 제이 없이 일하게 된 페리스는 연속 폭파 사건과 미녀 카드가 관련이 있다는 사실을 알아내고, 다음 폭파 장소를 알아내는데…

보마는 '토끼'라는 인물을 찾고 있는 늑대 인간이다. 마그나가리아의 감옥에서 DNA 조작을 받고, 얼굴을 포함한 유전자가 짐승의 것으로 변형되었다. 크레아는 보마를 이용해 히트가이 '제이'를 없애려고 한다. 보마는 페리스를 미끼로 제이에게 접근하고, 제이를 공격하지만 페리스의 한마디에 마음을 바꾸게 된다.

주드에서 머신은 불법이다. 유일하게 합법적으로 만들어진 머신은 제이 뿐! 어느날 제이는 불법으로 만들어진 머신을 감지하고 그를 공격한다. 그 머신은 아이의 모습을 하고 있었고, 아이를 공격하는 제이를 보고 시민들은 경악한다. 제이가 인간 아이를 공격했다는 소식이 관리국 사람들의 귀에도 들어가고, 션은 페리스에게 만약을 위해 제이를 폐기 처분하겠다고 하는데…

크레아의 명령으로 페리스와 제이를 공격했었던 다키! 그때 다키의 형제들은 목숨을 잃었다. 다키는 형제들의 원수라며 페리스를 공격한다. 때마침 제이가 나타나 페리스를 도와주지만 아버지로부터 받은 펜던트를 지하로 떨어트렸다. 펜던트를 찾기 위해 지하 세계로 간 페리스와 제이! 그곳에서 그들은 지상에서 지하로 버려진 소녀와 늑대 인간 보마, 그리고 한층 더 강해진 다키를 만나게 되는데…

키아는 어릴 때 아버지로부터 버림받은 기억을 가지고 사는 소년이다. 그는 자신과 어머니를 버리고 지금은 새로운 가족과 함께 행복하게 살고 있는 아버지에게 그의 아들을 죽임으로써 복수하려고 한다. 한편 총기를 몰래 대량제조 하던 범인을 잡은 페리스는 그가 키아에게 총을 팔았다는 걸 알아내고, 키아를 막으러 가는데…

병이 들어 누워있다는 모니카의 엄마는 알고 보니 술고래에 애인까지 있다. 한참 패스포트 위조 사건을 조사하던 페리스는 우연히 모니카의 엄마 크리스티나에게 불법 밀입국자인 애인이 있다는 걸 알게 되고 그녀의 뒤를 조사하게 된다. 그러던 중, 패스포트 위조업자가 여자만 골라서 납치한 후, 그 패스포트를 수정한다는 사실을 알게 되는데…

주드에 있는 센트럴 타워를 폭파하겠다는 예고가 있었다. 경찰들은 비상사태! 아직 사건이 일어난 게 아니기 때문에 페리스도 조사를 시작한다. 그러던 중 우연히 예전에 군인이었던 린지의 할아버지를 만나게 되고, 그와 얘기를 나누던 도중 50년 전, 적국을 공격하러 가다가 최후를 맞은 군함, 엘리 조릭에 대해 알게 되는데…

에드문도의 옛 애인, 엘리사는 최근에 자주 기억을 잃는다. 그녀는 자신이 최근 일어나고 있는 살인 사건의 피의자일지도 모른다며 불안해 한다. 에드문도는 절대 그럴 리 없다며 그녀를 안심시키지만, 엘리사는 이미 용의자로 지목됐다. 흥분하는 그에게 상사는 휴가를 권하고, 더 이상 손을 쓸 수 없게된 에드문도는 페리스에게 도움을 요청하는데…

주드를 지켜주는 천상인이 18년 만에 오는 날. 천상인은 누군가에게 습격 당하고 중요한 의식에 참가하지 않겠다고 한다. 그 의식에 참가하지 않으면 주드는 멸망하게 된다. 션은 페리스에게 일을 해결하라고 시키고, 페리스는 지상으로 갔다는 천상인을 찾기 시작한다. 하지만 사라진 천상인을 찾는 건 페리스 뿐만이 아닌데…

크레아에게 납치당한 천상인, 라인! 비터 컴퍼니 빌딩에 천상인이 있다는 사실을 알아낸 션은 비터의 보안 시스템을 차단시키는 방법을 택하고, 페리스는 그 사이에 비터 빌딩에 침입한다. 하지만 기다렸다는 듯 반격해 오는 크레아의 부하들! 이들의 공격에 궁지에 몰린 페리스는 크레아가 쏜 총에 맞는데…

타대륙에 가서 중요참고인을 만나고 오라는 션의 얘길 듣고 길을 나선 제이와 페리스는 도중에 자신을 공주라고 칭하는 소녀를 만나게 된다. 그 소녀는 할아범을 찾는다며 외딴 마을 사바비아에서 주드까지 가는 길이다. 하지만 할아범이 있는 정확한 장소를 모르는 소녀는 텔레비전에 나와 피리를 불면 할아범이 알아볼 거라면서 무모한 짓을 벌이는데…

션이 저격을 당한다. 페리스는 아무 일도 못 하고 형의 병실 앞을 지키고 있다. 한편 크레아는 담배 밀거래 용의로 체포되고, 자신을 걸고 넘어지는 누군가를 추적한다. 짐작되는 인물에게 접근한 이안! 하지만 결국 발각돼 죽음을 맞게 되고… 열 받은 크레아는 전쟁을 선포하지만 그 자리에 나타난 노리에가에 의해 모든 일은 틀어지기 시작한다.

타 대륙의 사바비아 마을에 온 페리스와 제이! 도착하자 마자 그들을 맞이한건 촌장과 마을 사람들이다. 그들은 페리스의 무기를 빼앗고 돌아갈 때 돌려주겠다고 한다. 페리스는 그날 잠자리를 해결하기 위해 마을 사람들에게 도움을 요청하지만 모두에게 거절 당한다. 하지만 때마침 머신을 구경 하자며 다가온 남자! 그는 예전에 주드에서 머신을 만들었다고 하는데…

갑자기 특수 업무과가 폐쇄됐다! 이에 반발하다가 끝내 해고를 당한 페리스! 페리스는 혼자서 크레아의 행방을 찾는다. 장군과 린지의 도움을 얻어 빈민가에서 크레아를 찾지만, 크레아는 이미 제정신이 아니다. 크레아를 지키고 있던 조반니는 자신이 크레아를 지키게 된 사연을 얘기해주고.. 빈민가까지 찾아온 패밀리들은 크레아의 왼쪽 눈을 차지하기 위해 사정없이 공격해오는데…

페리스의 앞에 한 남자가 다가온다. 스스로 '인간 조련사'라고 지칭한 그 남자는 마피아에게 보마를 해치워달라며 현상금을 내건다. 혈안이 되어 보마에게 덤벼드는 마피아들. 하지만 어느 하나 보마에게 당해내지 못하고… 마지막으로 보마를 불러낸 건 페리스! 페리스는 인간 조련사의 꾐에 넘어가는 척하면서 보마를 도와주는데…

안토니아가 소속된 섹트 사가 도산했다. 아버지 얘길 하며 우울해 하는 안토니아를 페리스는 그저 바라보기만 한다. 한편 제이와 똑같이 생긴 머신이 등장! 머신은 섹트 사에서 나온 부품으로 주드에서 만들어졌다고 한다. 경찰서에서 이 가짜 제이와 부딪힌 페리스는 진짜 제이와 구분을 못하고 위험에 처하는데…

결혼을 며칠 앞두고 로메오는 에드문도에게 결혼식 초대 메일을 보낸다. 그리고 얼마 뒤 죽음을 맞는 로메오. 경찰에선 그의 죽음을 사고사 처리하고 조사조차 하지 않는다. 뭔가 수상하게 여긴 에드문도는 혼자서 조사를 시작하고, 페리스는 제이의 도움으로 이 사건의 배후에 노리에가 의원이 있다는 걸 알아내는데…

도시에서 연속 살인 사건이 일어난다. 희생자들은 모두 유민. 그들은 조난선을 털러 가다 남쪽 해역에 있는 섬을 발견하고 그 섬에 발을 들여놓았던 사람들이다. 한편 사람들 앞에 모습을 들어내지 않는 세르게이의 행방에 대해 조사하던 페리스와 그의 동료들은 연속 살인 사건의 희생자들이 갔던 아키펠라고라는 제도로 떠나는데…

포장마차가 타버리고, 갈 때가 없어진 모니카는 특수 업무과에서 일하게 된다. 그러던 중, 린지에게 아빠에 대한 얘기를 듣게 되고.. 아빠가 있었으면 좋겠다고 생각한 모니카! 그 날밤, 제이에게 하룻밤만 아빠가 돼 달라고 한다. 모니카는 아빠가 된 제이를 이용해서 돈을 벌고, 에드문도는 모니카에게 돈만 밝힌다며 유달리 잔소리를 해대는데…

페리스와 그의 동료들은 세르게이의 섬에서 데려온 머신을 통해 중요한 사실을 알아낸다. 그건 4년 전에 세르게이가 이미 죽었다는 사실이다. 한편 장군은 조반니에게 션을 죽여달라는 부탁을 하고, 그에 맞춰 특수 업무과에 온 한 통의 전화! 션이 위험을 알리는 전화다. 조반니에 의해 거의 죽을 위기에 빠졌던 션은 피아 덕분에 목숨을 건지는데…

AI에 지령이 숨겨져 있는 제이는 페리스를 공격하려고 한다. 하지만 그의 AI는 필사적으로 이에 불복종하려고 한다. 또한 페리스도 그런 제이에게 손을 대지 못한다. 이때 보마가 나타나 제이를 잠들게 한다. 한편 주드엔 계엄령이 내리고, 해방군에 의해 의회는 점거되며, 행정관과 중앙 위원회의 의원들도 하나, 둘 목숨을 잃는 둥, 쿠데타가 시작되는데…

크레아는 빼앗긴 거리를 되찾기 위해 텍사스 로드에서 전투를 시작한다. 한편 쿠데타 세력에 의해 완전히 점거된 센트럴 타워! 페리스는 동료들의 도움을 받아 홀로 센트럴 타워에 잠입한다. 그곳에서 기다리고 있던 건 제이와 똑같은 머신들! 악전고투하고 있던 페리스를 도와주러 온 제이와 보마! 드디어 션과 만나게 된 페리스는…