Lucy s'échappe du centre de recherche et tue ceux qui sont sur son passage. Quand elle arrive à la falaise, elle reçoit une balle en pleine tête, son casque est brisé et elle tombe dans la mer. Yuka rejoint Kota à qui elle avait donné rendez-vous. Ils vont tous deux à la plage là où ils avaient l'habitude de jouer quand s'élève devant eux Lucy qui est nue et qui semble en détresse. Ils la recueillent chez eux. Tous les trois discutent du temps passé (bien que Lucy ne sache dire que "Nyuuuu"), quand la petite sœur de Kota était encore de ce monde. Kota entre dans une rage folle quand Lucy casse le coquillage que lui avait offert sa sœur. Lucy, apeurée, n'ayant apparemment pas compris la raison de la colère de Kota, s'enfuit de la maison et retourne pleurer à la plage.

Des policiers interrogent Kota pour retrouver Lucy. Il fait semblant de ne rien savoir et part immédiatement rechercher Lucy. Mais en la retrouvant, il tombe sur deux tueurs qui le frappent violemment. Le premier tueur force le second à assassiner Lucy mais il hésite. Lucy sous l'emprise de la peur se transforme en machine à tuer, l'assassin hésitant est le premier à perdre la vie. Quant au second, Lucy lui crèvera les yeux, lui arrachera un bras et lui tordra l'autre. Mais sa rage disparaît tout à coup et elle s'enfuit terrifiée par ce qu'elle a commis. Une petite fille appelle une ambulance pour sauver le soldat gravement blessé. Pendant ce temps, Yuka qui a retrouvé Kota, l'emmène à l'hôpital. Fort heureusement, les blessures ne sont pas graves et il sort rapidement.

Yuka boude Kota à cause du malentendu qu'il y a eu entre lui et Lucy jusqu'à ce que Kota ait de la fièvre, Yuka s'occupera de lui et tous trois se réconcilieront un peu. Le lendemain, une fillette nommée Mayu rapporte son parapluie à Kota et lui raconte ce qui s'est passé le soir de l'accident. Lucy qui est train de nettoyer par terre ouvre par mégarde une boîte à musique. La mélodie lui fait perdre son humanité et elle faut de tuer Kota. Finalement elle part s'isoler seule quand Nana, une autre mutante comme elle vient lui demander de rentrer au laboratoire...

Lucy refuse de suivre Nana et engage les hostilités. Les deux fillettes luttent férocement mais au bout d'un certain temps, Nana arrive à tourner la situation à son avantage lorsque arrive Mayu qui a entendu les bruits du combat. Nana perd l'occasion de mettre Lucy hors d'état de nuire à l'inverse de cette dernière qui ne gêne pas pour arracher une jambe de Nana et éjecter Mayu dans un arbre. Ensuite Lucy arrache les trois autres membres de Nana. Mais Kurama (le Père de Nana) arrive avec des soldats avant que Lucy ne tue Nana. Nana dans un ultime effort semble avoir bloqué les pouvoirs de Lucy, ce qui la force à prendre la fuite. Nana est sauve mais le supérieur de Kurama lui demande de lui ôter la vie? Yuka retrouve Lucy, ou plutôt Nyuu et rentrent toutes les deux à l'hôtel. Pendant ce temps, Kota retrouve Mayu à l'hôpital et la ramène à l'hôtel. Mayu et Nyuu prennent un bain ensemble pendant que Yuka et Kota commencent à se réconcilier.

Kota et Yuka retrouvent Mayu et lui assurent qu'elle est la bienvenue chez eux. Mayu avait fugué de chez elle à cause de son père qui la molestait et de sa mère qui ne faisait rien pur l'aider. Elle commence à accepter son nouveau foyer chez Kota, si bien que peu de temps après elle retourne à l'école. Kota et Yuka emmènent avec eux au lycée Nyuu qui a appris son premier mot: "oui". Mais pendant le cours de biologie, le professeur Kakuzawa va reconnaître Nyuu comme Lucy et forcera Kota et Yuka à lui laisser Nyuu, à la plus grande tristesse de ces derniers... Le professeur injecte une subtsance à Nyuu qui lui fait reprendre sa personnalité de Lucy, elle tue ensuite le professeur.

Kota ne supporte pas d'avoir laissé Lucy, il retourne voir le professeur de biologie. Mais c'est avec horreur qu'il découvre le sort que lui a réservé Lucy qui demeure introuvable. Le lendemain, Kota repart à la recherche de Lucy accompagné cette fois de Yuka. Mayu, partie à l'école rencontre en chemin Bando, à qui elle sauva la vie dans l'épisode 2. Pour la remercier, ce dernier lui communique son numéro de portable afin qu'elle puisse l'appeler si un jour elle était en danger. Mais il reste déterminé à retrouver Lucy assoiffé de vengeance. Mayu laisse échapper qu'elle connaît Lucy (ou plutôt Nyuu) ce qui attise la véhémence de Bando qui la brutalise pour savoir ce qu'elle sait. Mais Mayu lui rappelle la dette qu'il a envers elle pour se protéger. Bando, contrarié, s'en va. De leur côté, Kota et Yuka ne parviennent à retrouver Lucy. S'arrêtant pour s'abriter de la pluie, ils s'embrassent. Après que la pluie a cessé, ils retrouvent Lucy redevenue l'affectueuse Nyuu (sauf qu'elle se met à dire "hug"). Ensuite, on découvre que Nana n'a pas été tuée mais que son vrai père lui a permis de fuir pour qu'elle se construise une vie tranquille. Mais elle tombe sur Bando qui est d'assez mauvaise humeur...

La violence de Bando a failli lui valoir le même sort qu'il a subi contre Lucy. Il s'aperçoit que Nana ne sait vraiment rien. Cette dernière qui cherche aussi à tuer à Lucy propose à Bando une alliance celui-là refusera vivement. Néanmoins, il lui a tout de même demandé de le prévenir si elle tombe sur Lucy. Nana est de nouveau seule, mais vu qu'elle ne connaît pas l'utilisation de l'argent, elle se pense sans ressource et reste seule dans le cimetierre où elle a combattu Lucy. Mayu arrive et rencontre Nana. Les deux fillettes font connaissance et sympathisent. Mayu, qui a remarqué les cornes sur la tête de Nana, lui propose alors d'aller à la rencontre de Nyuu. Nana la suit mais quand toutes deux arrivent à la maison chez Kota, Nana réagira évidemment très mal à la vue de Nyuu...

Nyuu perd conscience quand Nana l'agresse. Celle-ci, réprimée par tous, partira pleurer seule. Mayu la rejoint pour parler. Nana lui apprend alors le véritable pouvoir que possèdent les mutants comme elle et Lucy. Pendant ce temps, Yuka part acheter de quoi soigner Nyuu. Kota reste seul avec Nyuu qui, quand elle a repris connaissance, a pris la personnalité de Lucy. Ensuite, un retour dans le passé s'effectue: celui de Lucy à l'école. À cause de la persécution de ses camarades de classe, son pouvoir s'éveille mais elle ne sait le contrôler...

Cet épisode clôture le retour dans le passé. Kota devient ami avec Lucy. Il l'emmène même au zoo. Les deux enfants s'amusent beaucoup et Lucy commencent à avoir à nouveau de la confiance en les humains. Hélas, elle s'apercevra qu'elle est amoureuse de Kota et le lendemain, elle l'aperçoit en compagnie de sa cousine (qui n'est autre que Yuka). Harcelée par sa voix intérieure de l'inhumanité, Lucy cèdera et ses crimes s'accumuleront... Lucy, dans le présent, reprend connaissance après avoir semble-t-til revécu tout son passé en rêve. Dehors Nana a senti la présence de Lucy. Le silence règne et Nana laisse supposer à Mayu que Lucy ait encore tué et là elles tombent sur elle...

Nana et Lucy commencent à se battre mais Mayu s'interpose entre les deux mutantes. Elles cessent le combat et Lucy retrouve sa personalité de Nyuu quand Kota repparaît. Nana est ensuite acceptée au sein de l'hôtel. Nouveau retour dans le passé, cette fois c'est celui de Kurama. Lucy, enfant, a été emmenée au centre de recherche après avoir tué à nouveau. On essaie de la tuer mais même les balles ne font rien. Lucy se délivre et tue ceux qui sont sur son passage. Mais elle est arrêtée avant qu'elle n'ait pu tuer Kurama.

La femme de Kurama met au monde un enfant avec cornes. Kurama tente de tuer l'enfant mais sa femme ira jusqu'à perdre la vie pour l'en empêcher. Alors Kurama terrifié accepte la dernière requête de sa femme qu'est d'élever son enfant (cet enfant n'étant autre que Nana).

On repasse du côté de présent. Le centre de recherche veut déployer un diclonius plus terrifiant que Lucy pour la tuer, surnommé numéro 35...

Au centre de recherche, le diclonius 35, nommé Mariko est libéré. La petite fille montre une puissance inquiétante. Cependant, on a placé en son corps une bombe que l'on peut faire exploser à distance si elle n'obéit pas aux ordres. Mais on apprend aussi que Kurama a quitté les lieux, sans laisser de trace. De retour à l'hôtel, les tensions baissent et tout le monde commence à bien s'entendre (exceptée Yuka qui se vexe toujours en voyant Kota proche de Nyuu). Mais leur tranquillité est perturbée lorsque Nana ressent la présence de Mariko qui a reçu l'ordre de la tuer elle et Lucy. Nana vient elle-même à la rencontre de Mariko. Cependant, ce sera loin d'être paisible...

Mariko semble avoir du plaisir à torturer Nana qui est impuissante. Mais elle perd son amusement et décide d'en finir avec Nana. Soudain arrive Kota qui se jette sur Nana pour la protéger. Cela permet ensuite à Nana de riposter, mais elle s'évanouira et tombera dans le fleuve. Arrive ensuite Nyuu que Mariko recconaît comme Lucy. Mariko reçoit l'ordre de tuer Nyuu mais il semble que Nana lui ait oté ses pouvoirs. Ses responsables partent alors en l'emmenant et les soldats reçoivent l'orde de tuer Nyuu même si Kota s'en mèle. Mais Lucy refait surface quand la vie de Kota a été mise en danger. Elle se met à faire un véritable carnage. Kota a alors des réminiscences de son passé et se souvient que c'est Lucy qui a tué sa petite soeur dans le passé...

Après le massacre, Kota parvient à garder son calme et demande des explications à Lucy lorsque Bando arrive avec un désir de vengeance plus fort que jamais...

Lucy se débarrasse sans problème de Bando mais elle ne lui a pas ôté la vie. Elle se rend ensuite à l'hôpital pour mettre Mariko hors d'état de nuire. Mais la fillette a retrouvé tous ces pouvoirs et elle montre une fois de plus la puissance terrifiante qu'elle possède. Lucy se fait arracher une de ses cornes et perd conscience.

Mais une visite inattendue est faite: Kurama, qui a sauvé Nana. Il tente de tuer Mariko qui est en réalité sa véritable fille, cependant l'émotion le gagne et il emporte Mariko avec lui en disant à Nana de mener une vie tranquille.

Nana consent à laisser partir son père, en dépit de son chagrin. Mais peu de temps après, la bombe à l'intérieur de Mariko explose emportant avec elle son père dans la mort...

Lucy rejoint Kota et lui explique tous les traumatismes de son enfance. Le jeune homme ne peut pardonner à Lucy d'avoir tué son père et sa soeur mais il ne peut se résoudre à laisser Lucy partir ainsi...