夜见山北中学转学生榊原恒一，在上学前气胸突发住院。周末同班代表前来慰问，一副欲言又止的表情。数天后，他在医院电梯里遇到一名带着眼罩的女孩，发现她同样来自北中。女孩手提一个人偶，走向医院的太平间。恒一出院上学，班级看起来一切正常，但总弥漫着一种危险的气息。因为身体原因，他在体育课上只能旁观，竟然看到那女孩在天台上。 她的名字叫见崎鸣。

美术课后，恒一看到了在图书馆孤身一人的见崎鸣，不顾俩人的阻止进入了图书馆。放学后恒一一路尾随见崎来到一家人偶店门前，突然接到电话。他先前委托医院的水野护士调查，这段时间有没有戴着眼罩的人去世，现在查清楚了。

恒一在人偶店里遇到见崎鸣。鸣给恒一看她眼罩之下的绿瞳，并告诉恒一26年前3年3班发生的事。怜子阿姨回忆起恒一的母亲正是26年前3年3班的学生之一。 期中考时，恒一看见走廊上的鸣，就提前交卷，与见崎在走廊攀谈。体育老师来找樱木，樱木听到老师的话，匆匆收拾跑出课室，拿起自己的伞。看见恒一与鸣站在一起，她吓得转身跑下西楼梯。顿时，楼梯传来巨大的响声……

水野护士的弟弟跟恒一在同一班，水野告诉恒一，弟弟对于三班的事似乎在隐瞒些什么。恒一从医院回家途中遇到了绫野，俩人交谈时旁边车上的玻璃被风吹落，幸好无人受伤。上学日中午，恒一和护士通电话谈三班的事，正在搭乘电梯的护士那边突然有很大的震荡声，很快就没了护士的声息。

见崎告诉恒一三班的灾厄，因为恒一与鸣有过接触，现在两人都会被当作不存在。晚上远在印度的父亲打来电话，提到恒一一年半前来过夜见山。图书管理员千曳给了他们从70年代开始到现在的26年份的班级复制品的花名册。长久以来，许多三年三班成员和家属都因灾厄去世。

即便是把不存在之人增加为2人，也没能阻止悲剧的发生。久保寺老师将患病的母亲杀死病床上，次日当着学生的面自杀了。恒一跟见崎恢复了正常人的生活，但无论是灾厄，还是对策干事的工作，现在才刚刚开始。

暑假来了。15年前，三年三班的灾厄中途被松永阻止，怜子阿姨约松永到海边详谈。众人在海边放松，等到了松永，可他只记得自己把相关的东西藏在了旧课室。这时一阵强风刮来，中尾去捡被吹到海里的球，丝毫没留意驶来的快轮。

恒一、望月和敕使河原回学校找松永的录音带，遇到美术室里的鸣。四人经过一番周折，终于找到了录音带，听到一半时卡机，敕使河原不慎弄断带子，只好交给望月修理。而另一边，绫野一家为了逃出夜见山正赶着搬家，小椋因为朋友的离开而失落地走在雨中。

三年三班的一部分同学为了求神消除灾厄，来到合宿的地点。恒一等在房间听完了松永留下来的磁带，知道完全结束灾厄只有让死者重归死亡。见崎告诉恒一，她的左眼可以看见死亡的颜色。恒一追问她死者是谁时，敕使河原突然闯了进来。

敕使河原怀疑风见是死者，将他推下了阳台。恒一想下楼找风见，被满身沾满血的前岛抓住了脚踝。打开食堂大门，发现火光四射。多佳子拿走了望月的磁带，用广播播放给大家听，说见崎鸣就是死者，鼓动大家把见崎鸣杀死，这样就能阻止灾厄了。

风见认为死者是恒一，要杀了他，泉美用铁棍把风见砸死。泉美认为鸣是死者，恒一坚持否定。一阵雷电击碎了玻璃，躺倒在地上的泉美向告诉恒一，一年半前曾经遇到过他。恒一打电话给鸣，鸣被泉美触动，只说她在后院，要亲手杀死死者，阻止灾厄继续发生。 恒一跑到后院，却发现死者原来是……