√（ルート）学園高等部１年生・大門カイトは、ミノタウロスという謎のギヴァー（出題者）から「賢者のパズル」への招待状を受け取る。解くのに失敗すれば死ぬかもしれない、危険な賢者のパズル。そんなパズルを放っておけないカイトは、ノノハとともに遺跡の地下に眠る巨大な迷路に挑戦する。

　カイトの前に、「ガリレオ」の称号を持つ逆之上ギャモンが現れた。「俺の頭脳は金になる」というポリシーでパズルを解いているギャモンは、自分の狙った財を解放してしまったカイトを目の敵にして、ことあるごとに挑発してくる。そのカイトの元へ新たな賢者のパズルへの招待が届くが、それを知ったギャモンは……。

　「エジソン」の称号を持つ天才中学生、キュービック・Ｇ（ガロア）は、カイトの才能に興味を持ち、人に役立つ共同研究をしようと誘ってくる。だが、パズルにしか興味のないカイトは、キュービックの言葉に全く耳を貸さない。そんなカイトに、キュービックは自分で発明した「パズルよけのお守り」を付けてしまう。

　ソウジの依頼を受けて、「ダ・ヴィンチ」の称号を持つアナ・グラムと一緒に風景画家の家で「賢者のパズル」を解くことになったカイト。危険なパズルに他人を巻き込みたくないカイトだが、マイペースなアナの言動に振り回されてしまう。一方、カイトとアナが2人で行動することが気になったノノハは……。

　ビショップという男の案内でＰＯＧの研究施設へ向かったカイトたち。ＰＯＧジャパンの総責任者が、カイトとの対面を望んでいるというのだ。だが、施設で彼らを迎えたのは3つのパズルだった。それを解いた先に総責任者が待っているらしいのだが、自分にとって思い出深いパズルばかり出てくることに違和感をいだいたカイトは……。

　オルペウスの腕輪の力によって感情が暴走し、パズルが解けなくなってしまった大門カイト。そこへ新たなギヴァー、鬼の手姫からの招待状が届く。しかし、カイトは招待状に書かれた単純な暗号すら解くこともできず、動揺する。その様子を見たノノハは、「辛かったらパズルをやめたらいいと思う」と励ますのだが･････。

　√幼稚園の先生、搭野マドカがこっそりカイトに手紙を渡しているのを見てしまったノノハ。キュービックやアナは「ラブレターでは？」とはやし立てるが、カイトはそれを否定しない。手紙に何が書いてあったか知りたいノノハは、もやもやした気持ちのままでいるのは「私らしくない」と思い、カイトを問い詰める……。

　パズル王・ジーニアス奥寺に誘われて、リニューアルオープンを控えたリゾートホテル「パズル・イン・リゾート」を訪れたカイトたち。そのホテルは、支配人の祖父が残した賢者のパズルを売り物にしているという。そんな危険なパズルを放っておけないカイトは、ホテルの支配人、ジーニアスとともに、庭園に作られたパズルに挑む。

学園祭が始まった。ノノハは部活の屋台や出し物の手伝いに大忙し。一方、アナは個展、キュービックは発明発表会、そしてカイトとギャモンは学園祭の目玉「ミス・ルートボーイコンテスト」に出場することに。そんな祭の喧騒から離れた学園の森の奥に、テントがひとつ。それはPOGギヴァー、ヘルベルトが作った賢者のパズルで･･････。

アントワネットの称号を持つアイドル、姫川エレナから挑戦を受けるカイト。エレナはヘルベルトから、仲間もろともカイトを排除しろという命令を受けていた。仲間なんて単なるきれいごとだと考えているエレナは、ギャモンとノノハを巻き込み、お互いの信頼を試す危険なパズルをカイトに仕掛けてくる。

姫川エレナ主演の特撮番組に招待されて出演することになったカイトたち。だが、パズルをただの道具として考えるエレナとカイトは意見が合わない。そして、再びパズル・バトルをすることに。カイトたちは協力してエレナのパズルを解き進めるが、そこにはヘルベルトの罠が隠されていて……。

９年ぶりに親友・ルークと再会を果たしたカイトは、イギリスの名門校・クロスフィールド学院に短期留学することになった。思い出の場所を散策していたふたりは、青年Xと出会った地下迷宮にたどり着く。だが、そこには、以前にはなかった謎の扉があり……。

わなに追い立てられながら、愚者のパズルの塔を登り続けるカイト。その途中、姿が消えていたルークが倒れているのを発見する。塔から脱出するためには、自分を見捨てて頂上を目指さなければならないというルークだが、カイトは……。

キュービックの元に暗号が届く。それはＰＯＧからのメッセージだった。カイトと一緒にいるのにふさわしいのは誰なのか教えてやる、とルークに対して闘志を燃やすキュービックは、メッセージに示された廃墟の軍事施設へと向う。そこに待ち受けていたのはＰＯＧ幹部・フンガ。彼の出題するパズルはキュービックの得意とする演算パズルだったのだが……。

キュービックがＰＯＧに襲われたと知ったカイトは、ルークの手がかりを求めてクロスフィールド学院の研究施設へと向かう。一方アナは不思議な声に導かれ、カイトとルークの思い出の場所、グレートヘンジにたどり着く。そこにはＰＯＧ幹部・メイズが待っていた……。

ＰＯＧの追っ手を回避するためイタリアにやってきたカイトたち。元気のないキュービックとカイトをよそに、ギャモン、ノノハ、アナはゴンドラに乗ってベネチア観光に繰り出す。

そのころソウジは、単身ルークの元に乗り込み、その思惑を探ろうとチェスの勝負を求めるのだった……。

さまざまな謎を明らかにするため、バロンに会いに行くカイト。だがそのバロンは、カイトたちがイギリスにいる間に行方不明になってしまっていた。そんなとき、カイトの携帯端末に、何者かから新たな映像が送られてくる。それはかつてカイトの両親が命を落とした、あの石舞台のパズルがある場所だった……。

カイトの重い過去を知った仲間たちが姿を見せなくなり、静かな天才テラス。心配したノノハはキュービックとアナを訪ねるが、２人ともカイトから距離を置こうとしていた。めげないノノハがギャモンを説得していると、呼び出されたカイトがやってくる。そこでギャモンは、カイトに重大な通告をする……。

ノノハがカイトの家に行くと、なぜかミハルが現れた。家に帰ってこないギャモンを探しているという。そのころ、ＰＯＧへ乗り込んだギャモンは、フンガ、メイズ、ダイスマンの３幹部に、ギヴァーとしての鮮やかな手並みを見せつける。その様子を見たビショップは、ギャモンが真にギヴァーの資質があるかどうかを見極めるため、バイクレースのパズルでギャモンと対戦する。

ギャモンとカイトは、組み上げられた多数の鉄骨を、相手が落下するまで取り合う立体パズルで対戦していた。勝ちを確信した瞬間、今までにない感覚に襲われるカイト。一面の廃墟とそこに立つフードの男、そして倒れているギャモンやキュービックたち。その不可解なビジョンを見たカイトは激しく動揺し……。

突然、カイトを研究室に呼び出したキュービックは、今、カイトに起きているのが非常に危険な現象であると忠告する。「もうパズルを解くのはやめたほうがいい」というキュービックのことばを聞き入れないカイトの前に、ＰＯＧ幹部・フンガが現れ、新たな愚者のパズルへ招待するのだった。一方、残されたキュービックとソウジは……。

ＰＯＧ総本部・中央システムのセキュリティーを突破したキュービックとソウジは、ＰＯＧの極秘情報にアクセスを試みる。そのころバロンは、ＰＯＧ本部に幽閉された真方ジンを見つけ出していた。そこに現れ、すべてを明かせと迫るギャモンに対し、オルペウスの腕輪と神のパズルの秘密を話し始めるバロン。それは、ピタゴラス伯爵の野望と戦った、ジンとバロンの物語でもあった……。

フードの男の正体を知って混乱するカイトが訪れたのは、第二美術室。アナが描いた絵を見て、彼の思いを知るカイト。その夜、カイトを訪ねたエレナが、ギャモンのパズルへの招待状を手渡す……。巨大な柱を呼び出す対戦パズルで、ゴールを目指すカイトとギャモン。やがてオルペウスの腕輪が発動し、勝負を決める一手を見出したカイト。だが、それはギャモンの命を奪ってしまう一手だった……。

１日だけあのころに戻ってみたい――そんなルークからの申し出を怪しみながらも、カイトは待ち合わせ場所へ向かう。待っていたのは、昔のままの、柔和なまなざしのルークだった。このルークがなぜ滅びをもたらすのか？

答えが見いだせないまま、2人だけの時間は過ぎてゆき……。

決戦の地・オルペウス島で皆が見守る中、太陽系を模した巨大な組み木パズルに挑むカイト。このパズルは解かれるのと同時に崩壊し、中心に立つルークは彼の望みどおり死んでしまう。パズルを解いて、ルークも救うと決意するカイト。果たしてカイトが出した答えとは……!?

決戦が終わり、平穏を取り戻した√（ルート）学園。カイトたちは、各地に残された危険な愚者のパズルを解放し一掃する作業に取り組んでいた。そんなある朝、登校しようとしたカイトは、学園の入り口が封鎖されているのを知る。それは、カイトの新たなパズル・バトルの始まりだった……。

カイトの前に突然現れ「オルペウス・オーダー」を名乗った、謎の少年フリーセル。彼が用意した「裁きのパズル」を間一髪で脱出したカイトだったが、次なる刺客としてパズル・バトルを挑んできたのは、なんと生徒会副会長・千枝乃タマキだった。いったいどういうことなのか？　タマキの背後には、怪しく微笑むピノクルの姿が……。

自分に自信を持てない√学園パズル部員の水谷アイリ。そんな彼女はある日、ゲームセンターで謎の少女から不思議な指輪をもらう。――その少女は、オルペウス・オーダーのミゼルカ。突然パズル能力を上昇させたアイリに、パズル部は騒然。そしてアイリは、カイトにパズル・バトルを挑む！

タマキやアイリが付けたのは「オルペウス・リング」のレプリカだった。レプリカリングをさがすカイトたち。ひとり悠然と構えていたギャモンも、次のターゲットが妹・ミハルだったと知り、逆上する。レプリカリングと一緒に届けられた招待を受け、カイトたちとオルペウス・オーダーとの正面対決が始まる……。

人気パズル作家「地堂刹（ちどうせつ）」のパズルが荒れていると、√学園内で話題になっていた。オルペウス・オーダーへの復しゅう心に駆られるギャモンは、パズルなどどうでもよくなっていたのだ。そんなギャモンの様子を知ったエレナは、「ある人物」に相談を持ちかける。そして、ある朝登校してきたギャモンが見たものは……!?

白昼堂々、√学園に乗り込んできたフリーセルたち5人。「決闘」の申し出を受けたカイトたちは、新たな対戦型パズル「リンク・スライダー」へと案内される。勝負は1対1の5連戦、ファースト・ゲームはキュービックvsメランコリィ！　キュービックは、パズルで戦う一方、メランコリィからあることを探り出そうと考えていた……。

カイトvsピノクルによる「リンク・スライダー」２回戦。カイトのデータを研究し尽くしたピノクルとの間で、互いに先を読み合う白熱した戦いが展開される。カイトが優位に立ったかと思われたそのとき、突然、ピノクルがカイトの過去を話し出した……。ピノクルが語る、かつてカイトとフリーセルが交わした「約束」とは!?

もう負けは許されないカイトたち。だが、ピノクルの話のショックから立ち直れないカイト。そんなカイトにアナは、かつて自分がもらった「ほわほわふわふわ」を分けてあげたいという……。そして、アナvsミゼルカの「リンク・スライダー」第3回戦が始まった。

「リンク・スライダー」最後の試合を、カイト・ギャモンvsフリーセル・ダウトのタッグバトルとしたいと申し出たギャモン。ギャモンの意図は、精彩を欠くカイトのフォローだったが、フリーセルへの迷いが消えないカイトは、パズルに集中できない。そんなバトルの最中、キュービックは、ソウジからの連絡を待ち続けていた……。

連戦で疲れきったカイトたちを、南の島にあるPOGの豪華別荘へと招待するエレナ。ただし、島に滞在中は「パズル禁止」と言い渡す。海で遊ぶのにすぐに飽きてしまい、パズルをやりたいと言い始めるカイトたち。そして、パズルへの欲求が限界を超えたカイトが見つけたものは……!?

南の島に遅れてやって来たノノハ。だが、パズルを忘れてバカンス、のはずが、いつの間にか「パズル強化合宿」に変わっていた。ひとりパズルが解けないノノハは、この合宿中に自分もパズルが解けるようになりたい、と決意する。こうして、ノノハのパズル特訓が始まった！

突然、ソウジが生徒会長とパズル部の部長を辞めるという。理由もよく分からず皆が混乱する中、キュービックだけが浮かない顔をしている。実は、ソウジはオルペウス・オーダーの執拗な勧誘を受けていたのだ。レプリカ・リングの情報を手に入れるチャンスだと考えたソウジは……。

レプリカ・リングを装着したソウジが、自作のパズルでカイトにバトルを挑む。リングの力に飲まれてはいないと断言するソウジ。カイトはそのことばを信じきれないまま、勝利に大きく近づく1手を打つ。一方、劣勢に追い込まれたにもかかわらず、対決を加速するソウジ。そして、ソウジに異変が……。

謹慎していたフリーセルたち5人の前に、新たな指揮官が着任。それは、ルークによってPOGから追放された、ヘルベルト・ミューラーだった。そして彼の手には、「ファイ・ブレインの子ども」の証であるオルペウス・リングが！　不死鳥のごとくよみがえったヘルベルトによる、カイトへの復讐が始まる……。

戻ってきたルークがカイトたちに託したのは、オルペウス・オーダーによって開発された、新型のレプリカリングだった。その帰り道、突然現れたメランコリィが、ルークとビショップをパズル・バトルに招待する。バトルの舞台は、ひとりの少女が作った迷路。そして、その少女が連れた老犬の首には、オルペウス・リングが怪しく輝いていた……。

アナのアトリエがある第２美術室に現れた謎の女性。それは、アナの姉・イヴだった。久々の再会を喜ぶアナ。しかし、優しかったはずの姉は、変貌していた――。

オルペウス・リングを付けて「ファイ・ブレインの子供」を名乗るイヴは、ミゼルカを同伴してカイトにパズル・バトルを挑む。イヴが用意したパズルとは……？

ピノクルが単身√（ルート）学園に乗り込んできた。互いの命を賭けたゲームを申し込み、カイトが勝ったらすべてを教えるというピノクル。白熱するゲームの最中、ピノクルは、クロスフィールド学院時代にカイトがついた「嘘」がフリーセルの心を傷つけたのだという。果たしてその「嘘」とは……。

オルペウス・オーダーのアジトの古城へと乗り込んできたカイトたち。これを復讐のチャンスととらえたヘルベルトは、自らカイトたちに対してパズル・バトルを仕掛ける。ヘルベルトの本格的な論理パズルを、順調に解答していくカイトたち。だが、ヘルベルトは、余裕の笑みでその様子を眺めているのだった……。

古城の地下空間崩壊に巻き込まれ、ヘルベルトとともに地下深くに閉じ込められてしまったカイト。ひとりカイトの救出に向かったノノハは、救出ルートの行く手を阻む大型立体パズルの前で、途方に暮れてしまう。そんな彼女の前に突然現れたのは、フリーセル。彼はノノハに対して、意外な態度をみせる……。

ある夜カイトは夢で、フリーセルと彼の母親の形見であるペンダントを持つノノハの姿を見た。カイトは、それが自分が以前オルペウスの腕輪の影響で見ていた「未来の光景」だと気付く。これがフリーセルが作る未来なのか!?　そしてカイトは、フリーセルと戦う力を得るため、再び「愚者のパズル」に挑む決意をする。

自分たちのオルペウス・リングがレプリカであることを知ったミゼルカとダウトは、自らの存在意義をかけてカイトにパズル・バトルを申し出た。戸惑うカイトたちの前にバロンが現れ、ある提案をする。それは、カイトとアナ、ダウトとミゼルカのタッグによって行われる、命をかけたパズル・バトルだった……。

POGジャパンがオルペウス・オーダーに占拠された！　メランコリィとホイストは、カイトに「捕らわれたフリーセルを救いたければ、ゲームの舞台へ来い」と告げる。それは、オルペウス・オーダーの指導者・クロンダイクからの招待だった……。究極のリングを手にしたクロンダイクが、ついにカイトとの直接対決に動き出す!?

軸川ソウジが、√学園に戻ってきた！　オルペウス・オーダーの調査をしていたソウジは、持ち帰った一冊の日記をカイトたちに見せる。その日記に書かれた、フリーセルの母親に関する驚くべき真実とは……？　そのころダウトとピノクルは、フリーセルを救出し、クロンダイクの野望を阻止するため、その本拠地へ乗り込もうとしていた……。

「神のパズルで待ってる」。カイトにそう言い残し、再び姿を消したフリーセル。そして……ノノハまで連れ去られてしまった！　何の手がかりもなくいらだつカイトの元に、ホイストがフリーセルとノノハの居場所を伝えてくる。ノノハを救うため、フリーセルが待つ「神のパズル」の地へと向かうカイトたちだったが…!?

フリーセルが、カイトと遊ぶために用意した「神のパズル」。それは、2人のパズルタイムを永遠に続けられる「閉じた世界」へといざなうパズルだった。思考を限界まで加速させて戦い続けるカイトとフリーセル。このままでは2人は……。果たしてカイトは、フリーセルのオルペウス・リングを外すことができるのか!?

失われた真方ジンの記憶を取り戻すため、カイトたちはパズルをたどる旅をしていた。

旅の途中、昔ジンと出会った教会の地下迷路で、カイトはレイツェルと名乗る少女と出会う。

なぜか彼女は、ジンのことを知っているようで――。

レイツェルが仕掛けたパズルに苦戦するカイト。正解を見つけられなければ、ノノハやルークと一緒に、崩壊するパズルに巻き込まれてしまう……。そのころ√学園では、ギャモン、キュービック、アナが、すべてのパズラーを滅ぼすのが目的という「マスターブレイン」の男・フーダニットに襲われていた。10分以内に解けなければ死んでしまうパズルに挑む3人。だが、その糸口すらつかめないまま時が過ぎていき――。

√学園に転校してきたレイツェルを歓迎するタマキ、アイリ、エレナ。その目的を問い詰めるギャモンに対しては「カイトがジンの記憶を取り戻せるか知りたい」とはぐらかすレイツェル。同じころ、学園のあちこちでジンの奇妙な行動が目撃され、ジンも何かを隠していると疑うギャモンとカイトは口論になる。そしてついに、ジンが直接カイトにパズル・バトルを挑んできた！

ジンを連れ出してピクニックをしていたカイトとノノハの前に、レイツェルが現れた。ジンがパズルの楽しさを教えてくれたというカイトと、ジンがパズルを憎んでいたと主張するレイツェルの争いは平行線のまま。一方、ロボットに乗ったマスターブレイン、ドクトル・テオレムと遭遇したキュービックは、カイトを狙うテオレムを止めるため、カイトに代わってテオレムのパズルに挑む。

真方ジンがレイツェルと共に旅をしていた「空白の一年」の足取りを調べていたルークが、カイトとレイツェルを呼び出した。そこで、かつて自分がジンから「パズルは鎖、パズルは鏡」という言葉を聞いたことを話すルーク。それが「パズルは人を縛り、見たくない自分を映し出す」という意味だと断言するレイツェルに、ルークはひとつのパズルを差し出す。そのパズルとは――。

エレナ、タマキ、アイリ、アナから歓迎会に誘われたレイツェル。いっしょにショッピングモールやプールで時間を過ごすことに。何か企みがあるのでは、と警戒していたレイツェルだが、ジンのブローチがきっかけとなり、本当の笑顔を見せる。その一方では、ギャモンを呼び出してパズルに挑ませるという、マスターブレイン・デモリションマンの作戦行動が着々と進行していた……。

自分が愚者のパズルを作っていたと知り、ショックを受けるジン。それを見たカイトは、昔ジンから教わったパズルを見せて励ます。そしてジンは、自分がマスターブレインと無関係だと証明するために、記憶を取り戻す決意をする。同じころイギリスでは、フリーセルが新たなマスターブレインに追われていた。ピノクルからの連絡で危機を知ったカイトたちはイギリスへ向かうが――。

メランコリィと和解したいというフリーセルの希望を知り、ディナーの招待を受けるカイトたち。微妙な緊張感をはらんだまま、食事そして食後の会話が続き……意を決したフリーセルはメランコリィに話しかけようとするが、はぐらかされてしまう。招待しておきながら冷たいメランコリィの真意がつかめず戸惑うフリーセル。ピノクルといっしょに案内された寝室で、彼が目にしたものは――。

エニグマに関するPOGの情報収集が難航する中、突然、そのエニグマ本人から招かれたバロン、ソウジ、ルークたち。「隠し事はしない」と宣言したエニグマは、ジンとレイツェルの「空白の1年」について、そしてジンが自分に託したという使命について語る。レイツェルの発言が呼び水になって、また少し記憶が戻ったジン。しかし、そのジンの記憶に疑問を抱いたバロンは……。

レイツェルが仕掛けたパズルに挑み、消えたジンの行方を追うカイトたち。ヒントの写真を手がかりにアメリカのとある空港にたどり着くが、ちょっとした誤解から、偶然出会った兄妹とギャモンがトラブルに。誤解が解けて兄妹の家を訪ねるカイトたち。高校でバスケットの選手だった兄のジョーは、妹のために夢だったプロ選手への道をあきらめ、父の仕事を継いだという。その仕事は……。

カイトたちと合流するため、イグアスの滝にやってきたキュービックとアナ。だが、カイトたちは悪天候のためにテキサスの空港で足止めされていた。すっかり観光気分のアナと急にわがままになったイワシミズ君をもてあましていたキュービックの前に、この土地に詳しいレジーナという女性が現れる。レジーナの案内で、レイツェルとジンが目撃されたという場所へ向かったキュービックたちが目にしたのは……。

ペルーにやってきたカイトたちは、古い遺跡の中にパズルを見つける。そこで待ち受けていたのは、あのヘルベルト・ミューラーだった！　みずからの再起をかけ、天びんパズルを仕掛けてきたヘルベルト。あきれながらも放っておけないカイトたちはパズルを解き始めるが、またしてもパズルに細工が仕掛けられていると分かる。矛盾した答えを見たカイトは、だが、ひとり笑みを浮かべて――。

ふがいないマスターブレインたちに危機感をおぼえ、みずからカイトと対決する決意をしたレイツェルは、マヤのピラミッドでジンを財とした迷路を仕掛けてきた。パズルを解放すればジンを返すというレイツェルの宣言を聞いて、慎重に迷路を進むカイトたち。だが、それはひどく簡単な迷路だった。そして、レイツェルは「ジンの真実を受け入れる覚悟はあるの？」とカイトに問う――。

カイトたちを救うため、エジプトのピラミッドでレイツェルが仕掛けた迷路に挑むルークとフリーセル。迷路を塞ぐ壁の攻略法をすぐに見抜いたふたりは最短ルートでゴールを目指すが、途中で行き詰まってしまう。「このパズルには答えがないのか？」と焦るルークたちを見て、笑みを浮かべるレイツェル。だが、追い詰められたフリーセルが発したひとことをきっかけに、ふたりはある行動をとる――。

バロンに呼び出されたカイトたちは、かつてＰＯＧの訓練施設があった孤島を訪れた。崖の上に立つ墓には、ＰＯＧでジンのライバルだったソルヴァー、ラヴ―シュカが眠っているという。そこでバロンとソウジが語ったのは、夢をかなえるために神のパズルに挑もうとし、人生を翻弄されたラヴーシュカの悲劇と、彼女を愛したひとりのギヴァーの物語――そして、話を聞いていたカイトたちの前に現れたのは!?

自分がエニグマに利用されていたこと、カイトの信じるジンがたぶん本当の姿だと認めるレイツェル。レイツェルが旅に出た理由は、ジンに記憶を取り戻させないためだった。記憶が戻れば、ジンはカイトを選ぶ……。追いつめられたレイツェルはカイトに、ジンと2人で設計した対戦パズル「キリング・コロシアム」での決着を迫る。だが、その対戦を見守るジンの体に、異変が起きていた――。

自らを「オルペウス」だと名乗る男の出現と同時に、カイト、ルーク、フリーセルは世界が滅ぶ未来を視る。さらに、パズル中に鉄球に弾き飛ばされたレイツェルが死んでしまった「異なる過去」を実体験するカイト。そしてルークとフリーセルは、ピタゴラス文書に記された古代の天才オルペウスと「神のパズルの真実」を語る。誰もが半信半疑の中、レイツェルがオルペウスからのメッセージを告げる――。

幼いカイトが父と母を救えていたら。フリーセルの母がオルペウス・リングを着けなかったら。ノノハがパズルを解くことができたら。アムギーネに着いたカイトたちに、オルペウスは過去のビジョンを見せる。ファイ・ブレインとなりオルペウスを受け入れれば、ジンを救うだけでなく、過去を変えて悲しく辛いできごとも消し去ることができる……。カイトとフリーセルは、そのビジョンに引きつけられていく――。

カイトたちが試練のパズルに挑んでいた同じころ、アムギーネに到着したギャモンとエレナは歓待を受ける。だが、オルペウスに向かって「早くパズルをさせろ」とたんかを切ったギャモンは、エレナとふたり、オルペウスが作り出した賢者のパズルに放り込まれてしまう。エレナまで巻き込むオルペウスのやり方を憤るギャモンに、命を預けてあんたの覚悟を見届けると告げるエレナ。そしてふたりのパズルタイムが始まった……。

ジンの解放と引き換えに、オルペウスの器となる決意をしたレイツェル。腕輪を手に入れるため、オルペウスが作った超空間に浮かぶ賢者のパズルに挑む。その空間でジンと旅をしていたころの幸せな自分を見たレイツェルは、自分がファイ・ブレインとなり、神のパズルに挑んだジンの人生を変えてしまえば、ジンを救えると気づく。だがそんなレイツェルの前に、なぜかカイトとルークとジンの過去のビジョンが現れ……。

キュービック、アナ、ソウジは、ルークの依頼を受けたダウト、ミゼルカと再会し、オルペウス・オーダーの古文書に記されていた「オルペウスの理想」を知る。同じころ、突然アムギーネに現れたルークに呼び出されたカイトは、コースター・パズルでルークとの対戦を強いられていた。「オルペウスの理想のために、僕が神のパズルを解く」と熱っぽく語るルーク。戸惑うカイトが、ルークの腕に見たものは！？

「神のパズル」に挑むふたりを選ぶため、エニグマの船に集められたカイト、ギャモン、フリーセル、レイツェル。カイトは「もうパズルを解くな」とギャモンとフリーセルに言うが、それぞれの思いで覚悟を決めていたギャモンたちに一蹴されてしまう。そして始まった、バトルロイヤル型の対戦パズル。先にゴールしたふたりだけが助かる過酷なパズルの中で、カイトは全員で脱出できる答えを探し続ける……。

ホテルの部屋に引きこもってしまったカイト。ノノハとエレナは、カイトとみんなを元気づけるため、アムギーネで合流したメランコリィやアナといっしょにスイーツを作り始める。一方、夕暮れの街角を歩いていて、あることに思い至ったレイツェルは、カイトをホテルからにぎわう街へと連れ出す。ふたりがそこで交わした会話とは？　レイツェルが受け止めたみんなの気持ちとは！？　そして、決戦前夜は更けてゆき……。

時間と空間を超越した神のパズル「時の迷路」をさまようカイトとレイツェルは、「ジンと３人で旅をする」という改変された過去を体験していた。3人にとって幸せなその旅は、だが、ジンがレイツェルをひとり置き去りにすることで終わる。過去を何度やり直してみても、レイツェルが置いていかれる結末は変わらない。そんな過去をどうしても受け入れられないレイツェルが、突然、カイトの目の前で消えてしまい……！？

あるＰＯＧソルヴァーの助けで、オルペウスの「時の迷路」から抜け出したカイトとレイツェルは、現実世界の塔のパズルで対戦を続ける。パズルはカイトの圧倒的優勢で展開していき、追いつめられたレイツェルは、敗北を受け入れようとする。そのとき、カイトが自分の手番の「パス」を宣言し――？　カイトの考えとは何か？　果たしてふたりはパズルを解き、オルペウスに勝つことができるか！？