La Brigade SOS est en route pour une île déserte. Koizumi connaît quelqu'un qui a racheté une parcelle de terre et y a construit un manoir. Haruhi est toute excitée car ce cadre est forcément propice à toutes sortes de mystères. Mais en vérité, sur place, tout se révèle on ne peut plus normal. Et puis éclate un violent orage, dû au passage d'un cyclone...

La Brigade SOS est dans l'embarras : la mort de Keiichi Tamaru a tout d'un meurtre, mais la porte de la chambre était verrouillée de l'intérieur et aucune autre issue n'aurait permis au meurtrier de s'échapper. Haruhi décide de mener l'enquête sans attendre l'arrivée de la police. En compagnie de Kyon, cela va de soi...