自称是“凤凰院凶真”的中二病大学生冈部，为了修学分的他与青梅竹马真由理一同去听中钵博士召开的时间机器宣讲会。会后听到惨叫的冈部看到了躺在血泊之中的红莉栖，在他发出“红莉栖遇刺”的短信给好友桥田后立即感到了不同寻常的异样感，他所在的世界似乎发生了某些微妙的改变。

无数次目睹真由理死亡的冈部已经麻木，但他依旧不能接受牺牲红莉栖的结果，想要再次进行时间跳跃的冈部被红莉栖阻止，这样下去只会让悲痛加深。相互示爱的两人在彼此心中都留有深刻的记忆，在红莉栖的说服下冈部终于下定决心回到β世界线，在桥田入侵 SERN 系统消除第一封 D-mail 后回归到了 β 世界线，而这真是冈部所期待的世界？