아키하바라를 거점으로 하고 있는 발명서클, 미래 가제트 연구소의 창립자인 오카베 린타로는 멤버인 소꼽친구 시이나 마유리와 함께 라디오회관 에서 열리는 나카마치 박사의 강연으로 향하게 되었다. 강연 도중 나카마치 박사가 주장하는 타임머신 이론에 이의를 제기한 오카베는 한명의 소녀에게 끌려 나가게 되는데...

해킹한 SERN 의 E-메일에 쓰여있던건 'Human is Dead, mismatch' 라는 실험결과. 그것은 반 장난으로 해킹을 시도했던 오카베와 다루에게 충격을 안겨주게 된다. 그들은 좀 더 깊은 곳을 알아보기 위한 해킹을 재차 시도하지만 수수께끼의 프로그램 코드에 막혀버리게 되는데...

페이리스가 보낸 'D메일'에 의해 아키하바라의 거리는 급변하고 말았다. 그러나 메이크인 냥냥이 없어졌음에도 오카베 일행과 페이리스는 서로 알고 있는 사이였으며, 그들의 인간관계에도 큰 변화는 없었다. 하지만 이전 'D메일' 로 인해 루카의 성별이 여자로 바뀐 것을 알지 못했던 오카베는 그만 큰 실수를 저지르고 마는데...

다음에 지워야 할 D메일, 루카의 D메일을 지우기 위해 오카베는 루카에게 사실을 털어놓는다. 루카는 힘들어하면서도 마유리를 위해서 D메일을 지우기로 결심하고... 그 대신 오카베에게 하루만 애인으로서 데이트를 해달라고 부탁한다.

2036년에서 온 스즈하는 크리스를 살려야 제 3차 세계대전을 막을 수 있다면서 오카베에게 도움을 요청한다. 한참을 고민하던 오카베는 결국 스즈하와 함께 크리스가 죽은 7월 28일로 돌아가지만... 오히려 자기 손으로 크리스를 죽이게 되고, 절망과 실의에 휩싸여 돌아오게 된다.