修伊按照祖父寄来的遗嘱，继承了祖父的权力、土地、宅邸，在其宅邸遇见了“丹特丽安的书架”的守护者，达利安。二人收到邀请前往亨利康拉德的宅邸。二人到达时，为时已晚，宅邸已被幻书破坏。命悬一刻之时，达利安承认修伊为书架的继承者，二人开始踏上回收幻书的旅程。

自称为焚书官的男人，哈鲁·卡姆霍德带着少女芙兰·贝尔修来到小镇上，目的是寻找一位身上有锁的少女并调查战后两年内在小镇上莫名失踪的旅人行商的事件，因为没有旅馆两人住进了女巡警玛贝尔·纳什家里。夜晚，哈鲁穿越森林来到被标示为“禁地”的废墟，遇见一名娼妓，几句对话后娼妓露出了真面目，竟是人偶。小镇的秘密逐渐被揭露，哈鲁与芙兰的身份也浮出水面。

修伊和达利安在卖烤面包的店里遇见了离家出走的化妆品公司社长女儿菲欧娜，没想到她居然还是个有名的调香师，根据社长的叙述，原来菲欧娜有一本其曾祖父偶然得到的《香神经书》。麻药贩卖公司BADUKU为了得到菲欧娜做出的香水relic杀害了社长，菲欧娜出手保护了与BADUKU人员搏斗的修伊，被达利安用治愈之书治好，却打算自己与BADUKU做个了结。

报纸上出现了关于僵尸的报导，修伊与达利安调查此事时，遇见了赤之书姬与她的守钥者玖斯特。被玖斯特击伤，带着达利安逃离的修伊进入书架想要拯救书架里的少女，达利安与少女唤醒了迷失的修伊，哈鲁和银之书姬也出现了。