Alors qu'il vit dans l'idyllique No. 6, Sion fait une rencontre fatidique avec Nezumi, un fugitif recherché.

Quatre années se sont écoulées depuis la rencontre de Sion avec Rat. Après avoir perdu ses privilèges, y compris le droit de vivre à Chronos, Sion vit maintenant à Losttown avec sa mère, Karan. Un jour, alors qu'il travaille comme surveillant dans un parc, Sion découvre le cadavre d'un homme.

Sion abandonne tout ce qu'il a pour s'échapper de No. 6 avec Rat. Ils arrivent sans encombre chez Rat, mais en peu de temps, une ampoule noire apparaît sur le cou de Sion, comme sur celui de Yamase.

Sion et Rat rendent visite à un ancien journaliste du journal Latch Bill pour connaître la signification du message de Karan. Sion est troublé par le monde sauvage en dehors de la ville, mais ils finissent par trouver Rikiga, l'homme qu'ils recherchent

Une autre personne de No. 6 a soudainement vieilli et est décédée. Sion l'apprend par Rikiga et se rend au théâtre où Rat se produit pour l'informer de la nouvelle. C'est la première fois qu'il voit Rat jouer

Safu est retournée à No. 6 à cause de la mort de ses grands-mères. Elle y apprend ce qui est arrivé à Sion. Parallèlement, Sion et Rat poursuivent leur discussion sur l'avenir de No. 6.

Rat apprend par la note de Karan que Safu a été enlevée par le Bureau de la Paix. Il décide cependant de cacher cette information à Sion et de demander secrètement à Dogkeeper d'obtenir des informations sur l'établissement pénitentiaire.

Afin de sauver Safu, Sion et Rat se rendent aux abords du quartier ouest. Là, ils rencontrent un vieil homme sans jambes qui dirige un grand groupe d'hommes. Le vieil homme, celui qui a nommé Rat, est en fait l'un des chercheurs avec le jeune Karan sur la photo de Rikiga.

Avec l'aide de Rikiga, Sion et Rat parviennent à obtenir des informations sur l'établissement pénitentiaire auprès d'un haut responsable de No. 6. Ils apprennent qu'il sera plus difficile qu'ils ne le pensaient d'infiltrer l'établissement.

Le plan de sauvetage de Safu se déroule comme prévu. Mais plus Sion et Rat avancent dans le bâtiment, plus l'attitude de Sion change.

Sion et Rat ont surmonté de nombreuses difficultés pour atteindre Safu. Mais lorsqu'ils apprennent que Safu a fusionné avec Elyurias, Sion devient furieux.