関ヶ原の戦いが始まる約1年前、信州国境にて。放浪中の伊賀忍者・霧隠才蔵は、刺客に追われる巫女・伊佐那海と出会う。面倒なことに関わりたくないと立ち去ろうとする才蔵だが、構わず襲ってくる刺客を嫌々ながらも鮮やかに瞬殺する。すっかり才蔵の強さに感激した伊佐那海にせがまれ、才蔵は信州上田までの護衛を引き受けることに。かくして、上田の真田領内にやって来た二人の前に、真田忍隊頭の猿飛佐助と名乗る忍者が立ちはだかり･･･！　真田幸村のもとに集う華麗なる勇士たち。絢爛戦国アクション、いざ出陣！

伊佐那海のペースに乗せられ、不本意ながらも幸村に仕えることとなった才蔵。上田城で豊作祝いの祭が開かれる日、ひとり森へ逃げてきた才蔵は、幼馴染の金髪美女・アナスタシアと再会する。聞けばアナの主も幸村で、主命により国境にうわばみが出没するという噂について調べていた。才蔵とアナのことが気になる伊佐那海は、祭を抜けてうわばみ退治について行く。その頃、上田城には徳川家康が放った刺客たちの魔の手が迫っていた･･･

幸村の命により、才蔵と伊佐那海は出雲へ行くことに。同行する幸村の家臣・筧十蔵の調べでは、出雲大社を襲った徳川は何かを探していたが見つからず、唯一の生き残りである伊佐那海を追っているらしい。堅物の筧と能天気な伊佐那海の様子に、先が思いやられる才蔵。旅の道中、山深い吊り橋で足をくじいた女が助けを求めてくる。女と共に吊り橋を渡る途中、奇妙な風に動きを封じられる才蔵たち。山賊・由利鎌之介とその手下たちが才蔵と伊佐那海に襲いかかる･･･！

才蔵・伊佐那海・筧の３人は出雲大社へとたどり着く。その無残な姿に眉をひそめる才蔵と筧。美しかったはずの社は、徳川により跡形もなく焼き尽くされていた。こうまでして徳川が手に入れたい物とは何なのか。手掛かりを探すがすべて燃えてしまっていて何もない。しかし、鳥居だけが唯一焼け残っていることに気付いた才蔵が調べると、その下の石畳が「陰陽太極図」の形になっていた。それを見た伊佐那海は、突然何かに突き動かされるように石畳に触れ、次々と石を動かし始める･･･

突然出雲大社に現れた伊達政宗に、伊佐那海をさらわれてしまった才蔵たち。服部半蔵との戦いで重傷を負っていたため、あとを追うことができない。手紙で事情を知った幸村は、佐助とアナを伊達の根城・奥州に向かわせる。一方、座敷牢に囚われた伊佐那海は、激しく自分を責めていた。出雲の襲撃も、勇士たちが戦いで傷つくのもすべて自分の持つ簪（かんざし）が原因だった･･･。助けに来た佐助に、上田には帰らないと背を向ける伊佐那海だが･･･？

日頃の労をねぎらうという幸村のはからいで、上田領内の秘湯へと招かれる勇士たち。温泉宿場町を才蔵がひとり歩いていると、突如飯屋の壁が破れ、筧が吹っ飛ばされてくる。無銭飲食の僧を注意したところ、暴れ出して手がつけられないらしい。三好清海と名乗る巨漢の怪僧。その袈裟には「妹探してマス」と力強く書かれている。筧の銃を素手で曲げる怪力で、さらには背中に背負った棍を抜いて暴れまくる清海。そこに鎌之介と佐助も駆けつけ、勇士四人が清海を取り囲む･･･！！

徳川家康が催す茶会へ招かれた幸村は、才蔵、伊佐那海、六郎を供にして京へと旅立つ。途中の宿場で出会った少年から、この先の街道が土砂崩れで通れないので峠を越えて行くよう助言される幸村一行。ところが、峠道には様々な罠が仕掛けられていた。林から飛び出す竹槍や四方から落ちてくる岩が才蔵達を襲う！一方、同じく茶会に向かう伊達政宗は、幸村との初対面に心勇み、ド派手に着飾って奥州を発っていた。そして京では、さらなるつわもの達が一行を待ち受ける･･･！？

茶会で恥をかかされ怒り心頭の家康は、政宗に幸村捕獲を命じる。続々と迫る家康の追手をかわしつつ進む幸村一行。幸村の命で才蔵と鎌之介が索敵すると、先々の街道が完全にふさがれていた。行く手には琵琶湖があるのみ。その時、政宗が大軍勢を従えて現れる。湖と敵に挟まれ絶体絶命！･･･のはずが、幸村は動じない。「ワシには勇士がおる」強い信頼の言葉が、才蔵達の胸に勇士としての決意をたぎらせる。死闘の中、轟く雷鳴と共に謎の海賊船が湖上に現れる･･･。この船、敵か味方か･･･？！

アナの裏切りで勇士たちに衝撃が走るなか、伊佐那海が殺戮の女神・イザナミノミコトだと幸村は才蔵に語る。それを聞いてしまった伊佐那海は城を飛び出す･･･！その夜明け、上田城近くに集う忍の姿――服部半蔵率いる「異形五人衆」。半蔵の野望は、イザナミノミコトの絶大なる力で天下を裏から支配すること。そのために邪魔な勇士を皆殺しにすると告げる。しかして、才蔵の前に現れる半蔵！同刻、伊佐那海の秘密を知り一層の鍛練に励む勇士たちにも異形の刺客が･･･！　伊賀異形五人衆と真田の勇士の死闘が幕を開ける！

伊賀異形五人衆が動き出した･･･！　才蔵と半蔵の血で血を洗う戦いを目の当たりにし、伊佐那海の心にかつてなく深い闇が広がってゆく。その悲しみが闇の力を引き出すと考えた半蔵は伊佐那海を責め立てる。勇士たちが傷つくのもすべて伊佐那海に関わったが故･･･半蔵の囁きに、伊佐那海の苦悩は臨界点に達しようとしていた。一方、そんなことも露知らず町をぶらつく鎌之介は、ふいに「姫様」と声をかけられる。刹那の暗闇から醒めると鎌之介がドレスを身に纏う少女の姿に！　優しさと至福に包まれたこの世界は･･･？！

異形五人衆との闘いで傷つき瀕死の勇士たち――悲しみが頂点に達した伊佐那海はついに奇魂を外す！途端、どす黒い闇に包まれる伊佐那海。イザナミノミコトが覚醒したのだ。闇はみるみる地上を覆い尽くしてゆく。想像を越えたその力に狂喜する半蔵。奇魂を手中にし闇を操ることができれば、世界は意のままだと。己のためだけに力を手にしても虚しいと説く幸村をあざ笑い、半蔵は伊佐那海を取り巻く闇に手を差し入れる・・・！死力を振り絞って阻止する才蔵・・・！勇士たちの死闘の行方は？才蔵は闇を切り裂く光となれるのか？！