드넓은 우주 어딘가에 위치한 해명성. 그곳에 살고 있는 카토 마리카는 학교에서는 요트부, 방과후에는 메이드 찻집에서 일하는 평범한 여고생이었다. 그러던 어느 날, 마리카 앞에 수상한 두 사람이 나타난다. 마리카를 찾아온 그 둘의 목적은...?!

치아키 덕분에 무사히 위기에서 벗어난 마리카. 그러나 벤텐마루의 차기 선장 후보인 마리카의 험난한 여정은 이것이 시작일 뿐이었다. 요트부의 항해 훈련을 위해 연습선에 옮겨 탄 마리카에게 덥쳐온 새로운 위기란...?!

요트부의 연습선 오데트 2세에 가해진 수수께끼의 해킹. 마리카는 치아키와 함께 무사히 전자전 방어를 성공해낸다. 한편 지상에서는 벤텐마루의 선장 후보에 대한 불가침 협정이 체결되면서 마리카는 일시적인 평화를 얻게 되는데...

본격적으로 연습 항해를 떠나게 된 마리카와 요트부 부원들. 치아키와 함께 당직을 하던 마리카는 수상한 징후를 포착하고 전방위 고정밀 스캔을 실시한다 하지만 그렇게 해서 잡힌 반응은 120년 전 침몰된 유령선?!

그림자 뒷편에 숨어 오데트 2세를 노리는 적을 향해 반격을 가하기로 결심한 마리카와 요트부 부원들. 그리고 마리카가 예측했었던 바로 순간, 의문의 적이 전자전 공격을 걸어오기 시작했다. 마리카와 요트부원들은 오데트 2세를 지켜낼 수 있을 것인가?!

해적선 벤텐마루의 선장이 되기로 결심한 마리카. 그리고 험난한 견습선장의 수업이 시작되었다. 빡빡하고 힘든 일정 속에서도 묵묵히 수업들을 받아가는 마리카. 그런 마리카에게 특별한 손님이 찾아 왔다.

해적선장으로서의 일과 고등학생으로서의 일과. 그 양쪽을 모두 해내려고 하는 마리카였지만 그 살인적인 스케줄에 힘이 부치기 시작한다. 한편 벤텐마루 쪽으로는 수입이 짭짤한 일감이 하나 들어 오게 되는데...

벤텐마루에 밀항해온 건 다름아닌 세리니티 왕가의 제 7왕녀, 그류엘이었다. 그에 당황하는 마리카와 벤텐마루의 선원들이었지만 곧바로 그녀를 손님으로서 맞이한다. 그리고 그류엘이 밝히는 밀항의 목적. 그것은 벤텐마루에 어떠한 의뢰를 하기 위해서였다.

마리카와 그류엘, 그리고 벤텐마루 앞에 나타난 건 한 척의 전함과 세레니티 방위군 함대였다. 신속한 판단을 요구하는 급박한 상황속에서 마리카가 선택한 방법은...?

치아키에게 대역을 맡긴 채 그류엘과 함께 황금 유령선을 찾아 나선 마리카와 벤텐마루. 악천후의 우주공간에서 고분분투하며 나아가던 벤텐마루는 어떠한 수상한 움직임을 포착하게 된다.

마리카의 벤텐마루와 세레니티 소속의 수수께끼의 함대. 세레니티 함대와 맞서게 된 상황에서 마리카는 그류엘에게도 각오를 촉구하게 된다. 황금의 유령선을 먼저 발견하는 것은 과연 어느 쪽이 될 것인가?!

그류엘의 의뢰를 성공적으로 달성하며 해명성으로 귀환하던 마리카와 벤텐마루. 그때 세리니티 왕궁으로부터 긴급 암호통신이 도착하게 된다. 세레니티 왕가의 대위기?! 벤텐마루는 급하게 뱃머리를 돌리는데...

비교적 간단한 해적업무를 앞두고 벤텐마루를 비우게 된 선장 마리카. 그러나 그 사이 벤텐마루에는 무시무시한 일이 벌어지고 만다. 벤텐마루의 절체절명의 위기?! 해적면허의 존속을 걸고 마리카는 직접 새로운 선원들을 찾아 다녀야 했는데...

오데트 2세를 통해 벤텐마루로 향하는 하쿠오 요트부 부원들. 한편 그 시각 벤텐마루의 선원들은 병실에서 간만에 찾아온 여유를 즐기고 있었다. 자신들의 벤텐마루가 여고생들에게 유린당할 위기를 눈치채기 전 까지는...

무사히 초광속 도약을 마친 마리카와 요트부원들. 그러나 앞으로 있을 첫 해적영업은 생각처럼 쉬운 것이 아니었다. 한편 그륜힐데는 요트부의 부장 린이 홀로 당직을 서며 누군가와 몰래 통신하고 있는 모습을 발견하게 된다.

갑작스러운 린의 의뢰. 그것은 결혼을 앞둔 제니를 유괴해 달라는 것이었다. 자칫 잘못하면 큰 리스크를 떠안을 수 있는 의뢰. 마리카와 요트부원들은 이 의뢰를 어떻게 받아들이고 결정할 것인가...?!

벤텐마루에 도움을 요청한 제니. 마리카는 제니에게 협력하기로 결정한다. 그리고 그 직후, 휴 앤 드리틀의 호위함대가 벤텐마루를 습격해 오기 시작한다. 마리카는 이 위기를 극복하고 제니와 린에게 새로운 미래를 안겨다 줄 수 있을 것인가?

오래간만에 찾아온 평화로운 일상. 하쿠오 요트부 부원들은 다 함께 오데트 2세의 대청소에 나선다. 마리카또한 요트부에 의해 난장판이 된 벤텐마루를 홀로 청소하기 시작한다. 그러나 무리하게 이어져 온 스케줄은 그만 큰 실수를 불러오고 마는데...

2주 후에 있을 요트 대회 네뷸러컵에 출전하기로 한 하쿠오 요트부. 그러나 실제로 딩기에 타본 적이 있는 경험자는 1학년 신입생 아이뿐. 그때 케인이 고문으로서 도움을 자청하고 나섰다.

드디어 개최된 네뷸러컵. 마리카또한 벤텐마루로 의뢰된 호위 임무를 위해 대회에 참가하게 된다. 그러나 회장에 도착한 하쿠오 요트부를 바라보는 대회 운영회와 타학교 학생들의 시선이 심상치 않았는데...

린의 뒤를 이어 요트부 부장으로 취임한 마리카. 그 무렵 우주에서는 해적선들이 잇달아 침몰하는 사건들이 잇다른다. 해적선들을 공격한 의문의 적. 그러한 상황속에서 마리카가 던진 제안이란...?

잇달아 나타난 의문의 신형함들. 결국 벤텐마루가 호위하던 빅 캐치호는 침몰하고 만다. 그리고 신형함들의 정체가 은하제국 소속임이 밝혀지는데... 그 무렵 치아키는 다시 한 번 하쿠오 여학교로 전학온다.

해적의 둥지로 향하던 도중 그랜드크로스와 마주치게 된 벤텐마루는 그 압도적인 화력 앞에 절체절명의 위기를 맞이한다. 마리카의 대담한 지휘하에 벤텐마루는 이 위기를 벗어날 수 있을 것인가...?!

무사히 둥지에 도착한 마리카와 벤텐마루. 쟁쟁한 면면들이 모인 해적회의에 당당히 모습을 드러낸 건 의외의 인물이었다. 그리고 거기에 또 다시 난입하는 의문의 은하해적. 그리고 그의 옆에 있는 건 다름 아닌...?!

결전의 장소로 향하는 해적연합. 그들의 앞에 나타난 건 무려 세 척의 그랜드크로스 였다. 압도적인 테크놀로지의 그랜드크로스. 그리고 백전연마의 해적 연합. 드디어 최후의 결전이 벌어진다!