どこかの宇宙・海明星(うみのあけほし)に住む加藤茉莉香(かとうまりか)は、ごく普通の高校生。学校ではヨット部で部活を楽しみ、放課後は喫茶店ランプ館でウェイトレスのアルバイト――そんな毎日を過ごしていた。そんなある日、ランプ館に男女2人組の不思議なお客が現れた。女のほうが茉莉香に尋ねる。｢あなた宇宙に出たことある?｣｢もっと遠くからこの星を見てみたいと思わない?｣。素直に｢宇宙、いいですね～｣と答えた茉莉香だったが、それこそがこれから起きる思わぬ出来事の前触れだった。帰宅をした茉莉香の前に、再び昼間の2人が現れる。そして母・梨理香とともに真実が打ち明けられる……。

喫茶店ランプ館がうさんくさいそのスジの人たちで満席になった。理由は茉莉香。彼女が海賊船・弁天丸の船長の娘で、船長亡き今、弁天丸を継承する資格を持つのは彼女だけなのだ。だが当の茉莉香はそんなことには一切気づかず、いつもの通り。ところがついに店内で銃撃戦が勃発する。転校生のチアキ・クリハラに手をひかれて、茉莉香はかろうじて抜け出す。状況がわからず戸惑う茉莉香にチアキは説明する。店にいたのは軍の情報部から軍人、マフィアたちなどわけありのメンバーばかり。彼らの目的は、海賊船・弁天丸の新船長候補の茉莉香を見にきていたのだ、と。そしてその夜、茉莉香は母・梨理香に連れられて出かける。そこで梨理香が語ったことは……。

衛星軌道上の中継ステーションに係留されているヨット部の練習用帆船オデット二世。練習航海前の船内チェックを行っている最中、オデット二世は謎のハッキングを受ける。何者かがオデット二世を狙っている……。一方、弁天丸の船長候補・茉莉香については不可侵協定が結ばれた。これにより海明星・新奥平市にいる限りは茉莉香にちょっかいを出してくる輩はいなくなった。平穏を取り戻した時間の中、期末試験も終わり、いよいよヨット部はオデット二世で練習航海へと出発する。航路は、母星のたう星を一周して、軌道の反対側で砂赤星(すなのあかほし)に再接近して折り返してくるコース。練習航海は思わぬ波瀾含みで始まる……。

オデット二世は太陽帆船。太陽風をセイルに受けて航行する。推進剤を使わず燃費がいい一方で推力はあまりない。練習航海に出発したばかりのオデット二世だが、異常事態が続く。全天走査を行ったところ、トランスポンダー(船名、船籍などを発信する装置)反応のない宇宙船が三隻反応し、姿を消した。この宇宙船は何だったのか。さらにその後、茉莉香とチアキが当直を行っている時に、オデット二世の通信が妨害されていることが明らかになる。茉莉香は、この正体不明の存在が"敵"ならどこで襲ってくるかを考える。だが、ヨット部のメンバーだけで操船するオデット二世では戦うことはできない。果たして正体不明船の目的は……。

ヨット部を乗せたオデット二世は、砂赤星へと接近しつつあった。そこで茉莉香はフライトプランの変更を提案する。正体不明船がもし"敵"だとしたらいつ襲ってくるのか。もし"敵"がオデット二世を狙っているならば、未だ姿を見せないのはなぜか。それは砂赤星の裏側で待ち伏せしているからではないか。そう考えた茉莉香は、その敵の裏をかくため、砂赤星を回り込むのではなく、星の手前でターンする作戦をたてたのだ。"敵"が仕掛けてくるなら定時連絡直後か砂赤星の再接近時。茉莉香の読み通り、官制局に定時連絡を送信した後、オデット二世のレーダーに妨害電波が。"敵"の電子攻撃が始まったのだ。

弁天丸の船長となり、海賊稼業を継ぐ決意をした茉莉香。ミーサに連れられて海賊稼業の引き継ぎ手続きを終えた茉莉香を待っていたのは初仕事だった。海賊に与えられた私掠船免状の有効期限は50日。その間に海賊行為を行うと自動的に有効期限が延長される。海賊になった以上、茉莉香は50日以内に初仕事を行わなくてはならない。弁天丸に乗り込んだ茉莉香の初仕事に向けて、戦闘指揮、電子戦、格闘とさまざまな訓練が始まった。海賊船バルバルーサから船長の娘・チアキも参加して訓練は続く。ミーサは、そんな茉莉香をみながら、どうして茉莉香が宇宙を選んだのかについて思いを巡らせる。そして初仕事の日が来た……。

二学期が始まった。海賊稼業で忙しい茉莉香の成績は降下する一方。遅刻や早退も増えて、ミーサとケインに呼び出される始末。それでも学校は辞めたくないと茉莉香は主張する。放課後、ランプ館でアルバイトしていると、急な連絡が入り、あわただしく仕事へと向かっていく茉莉香。茉莉香が出かけた後、チアキがランプ館を訪れた。茉莉香がいなくて、あてがはずれた顔のチアキを誘って街を散策するマミ。マミはチアキに自分から見た茉莉香の姿を語る。一方、ミーサから今回の仕事についてレクチャーを受けた茉莉香は船長服に身を包み、豪華客船シンフォニー・エンジェルへの襲撃業務を開始する。

弁天丸で密航者が発見された。豪華客船シンフォニー・エンジェルを襲撃した時に入り込まれたのだ。ドッキングコントロールに立てこもった密航者は、船長に会わせろと主張するが、茉莉香を弁天丸の船長だと認めない。先代が死んで茉莉香が後を継いだと説明して、密航者はようやく自らの身分を明かす。密航者の名はプリンセス・グリューエル・セレニティ。セレニティ王家の第七正統皇女だった。グリューエルは弁天丸に依頼があって乗り込んできたのだという。その依頼とは｢黄金の幽霊船｣を探してほしいというもの。茉莉香はその依頼を引き受ける。一方、セレニティ王宮政府はグリューエルが行方不明と発表していた。

たう星系外縁ギリギリに正体不明の艦艇が姿を見せるため、護衛艦隊から調査を命じられた弁天丸。弁天丸の目の前に姿を現したのは、逃げる1隻のコーバック級と、それを追う5隻の戦艦・護衛艦。セレニティ王家ではどうやらお家騒動が発生しているらしい。戦闘状態の中に突入した弁天丸は、通信ビームでグリューエルの戦闘停止命令を全艦へと伝える。逃げていたコーバック級に乗っていたのは、枢密院侍従長ヨートフ・シフ・シドー。ヨートフは、グリューエルの命により｢黄金の幽霊船｣にまつわる資料を持参したのだった。ヨット部の部室でチアキと会った茉莉香は、バルバルーサにも闇ルートから幽霊船探索の依頼があったことを知る。

黄金の幽霊船探索に出発した弁天丸は、セレニティ調査団が幽霊船探索の為にかつてばらまいた観測ブイのネットワークにコンタクトする。それによると同じ空域に、複数の戦艦が入り込んでいることが明らかになった。その時、観測ブイの一つが異変を知らせてくる。6光年先で大規模な空間異常を捕捉したのだ。空間異常の原因が幽霊船ならば、それを追う戦艦たちと交戦に発展するだろう。弁天丸は戦闘準備をしつつ、超高速跳躍する。跳躍した先には、幽霊船の姿こそなかったが、空間異常が観測された。それは、別の空間にある"震源"が通常空間に影響している結果だった。弁天丸は、"震源"を追ってきた戦艦と交戦を開始する。

かつてセレニティの民を運んだ恒星間移民用世代間宇宙船、黄金の幽霊船。ふたたび亜空間に姿を消した幽霊船だったが、弁天丸はその巨大な船内の中にいた。茉莉香はグリューエルを促す。｢お宝のところへ行きましょう｣｢わかりました｣。幽霊船の中を進みながらグリューエルは茉莉香に尋ねる。｢この宇宙で真に普遍的な価値を持つ物があるとしたらなんだと思いますか?｣。旧式のディスプレーを備えた宝物庫の扉が開く。だがそこに残っている宝物はなかった。それは過去の経済危機の折、セレニティ王宮によってすでに持ち出されていた。だがそれはグリューエルも既に知っていた。では真の宝物とは何なのか。茉莉香とグリューエルはさらに奥へ進む。

黄金の幽霊船はセレニティに帰還した。その功績によって、グリューエルから叙勲を受けた茉莉香は、一躍有名人になってしまった。おかげで白凰女学院の新入生の数まで増える騒動に。さらに留学を延長したグリューエルに加え、グリュンヒルデも留学してくる。ランプ館を訪れたグリューエルとゆっくり会話をする。グリューエルが弁天丸を訪れる前のセレニティは紛争寸前だったという。対立する派閥がグリューエルとグリュンヒルデを担ぎ上げていたのだ。だが、茉莉香の黄金の幽霊船を持ち帰ろうという発案で、セレニティは救われたと。グリューエルはその感謝の印に、あるものを茉莉香に手渡す。それは父・ゴンザエモン加藤ゆかりのものだった。

銀河帝国の生物研究所から預かった生体コンテナを星系防衛軍の病院船まで届ける弁天丸。なんてことはない簡単な仕事がすべての発端だった。弁天丸から昼の定時連絡がないと気がついた学院の茉莉香。やがて、梨理香のところに連絡が届く。それは生体コンテナに入っていたネコザルからの感染により、乗組員が全員病院で隔離されてしまったのだ。茉莉香は、乗組員不在の中、当座の仕事をキャンセルしようと保険会社に連絡を入れる。しかし、保険会社のショウは、隔離は1カ月に及ぶ可能性もあると指摘。その間に海賊業務を行わなければ、私掠船免状が無効になってしまう。どうにかしてクルーを集めて、海賊業務を行わなくてはならないが……。

ヨット部のメンバーが海賊業務を手伝ってくれることになった。オデット二世号でステーションを出発し、停泊中の弁天丸に接近して乗り移るという計画だ。出発後、グリューエルとグリュンヒルデが密航していたことがわかる。手引きをしたのはチアキだった。ヨット部のメンバーが弁天丸を使おうとしていることは、さっそく病院のクルーの知るところとなった。茉莉香はミーサから連絡をもらったが、心配をかけると思い、ヨット部が弁天丸を使うことは明かさなかった。そして弁天丸クルーは、一筋縄ではいかない弁天丸をヨット部のクルーが無事使いこなせるようにと素人向けのマニュアルを作り始める。果たして女子高生たちは海賊業務に成功するのか?

なんとか弁天丸を動かすことに成功したヨット部メンバー。超光速跳躍もマスターし、明日からは海賊業務の練習を始めることになる。夜になってみんなを寝かせるために、あわてて部屋割りを決める事にはなったが、まずは無事に1日目は終わった。翌日、茉莉香は海賊業務の説明をヨット部メンバーに説明するところから始める。海賊行為の最中に求められる技術の高さに、弱気になるメンバー。｢私のワガママでみんなを巻き込んじゃったことはよくわかっているけれど……失敗はさせないから。だから、信じてついてきてほしい｣。そうして白凰海賊団の初仕事の日がやってきた。果たして素人ばかりの海賊業務は成功するのか。

弁天丸に仕事を依頼してきたのは、意外にもヨット部部長のリンだった。中央航路の客船アルティメット・フェアリー。そこから前部長のジェニーを連れ出してほしいと。ジェニーもそのことは了承しているという。その理由は望まぬ政略結婚。ジェニーの実家は大手運輸会社のヒュー&ドリトル星間運輸。家業のために政治家と結婚することを命じられたジェニーをそこから救いだし、本人が進学を希望する宇宙大学にまで送り届けてほしいという。ヨット部員の志気はあがるが、チアキはシナリオのないアドリブ仕事なんて危険すぎると主張する。場合によっては私掠奪船免状もとりあげられる可能性がある。それを理解した上で、茉莉香は仕事を引き受ける。

ジェニーとリンの未来、海賊としての自分自身の運と可能性をかけて、茉莉香はジェニーに協力することを決める。ジェニーを政略結婚させ、ヒュー&ドリトル星間運輸の経営を我が物にしようとする伯父のロバート・ドリトルは、旗艦ジャバウォッキー率いる護衛艦隊を動かし弁天丸を狙う。反撃の手段を考える茉莉香たち。そこで標的に上がったのが、ジェニーの政略結婚の相手、星間運輸長官の長男ジュナイ・クールフ。彼の弱みを探ることで現状を打開しようというのだ。一方、病院にいる弁天丸クルーたちは、ヒュー&ドリトルをハッキング。茉莉香の助けとなる極秘データを入手する。護衛艦隊の攻撃は続き、ジャバウォッキーが弁天丸に迫る……。

ヨット部総出で挑戦した海賊稼業も無事終わり、再びおだやかな日々が戻ってきたが、さすがの茉莉香も少々疲れが出てダラけ気味。とはいえ船長の仕事は終わらない。ヨット部が使って散らかった弁天丸の片づけに一人奮闘する。山積みになるゴミと、誰のものかわからない私物。ヨット部の活動の後、弁天丸の掃除までしてステーションから帰る茉莉香はうつらうつらと夢の中。翌日も、疲れた体に気合いを入れて、部活に、弁天丸の片づけにと頑張る茉莉香だったが、そのドタバタの中で、大事なものを無くしてしまう。それは弁天丸のIDリング。父・ゴンザエモンから受け継いだ船長の証。

ディンギー(ヨット)を使った宇宙レース、ネビュラカップに出場しよう、と盛り上がるヨット部の面々。ところが実際にディンギーを操ったことがあるのは、アイだけ。後は皆、シミュレーション経験しかない。そこに入ってきたのは元顧問のケイン。｢時間がなく実戦経験もない、ないないづくしのこの状況。俺がやらねば、誰がやる｣。妙に熱血なケインの下、ハードなトレーニングを課せられるヨット部員たち。茉莉香はさすがにその乱暴なやり方に疑問を感じるが、シミュレーターを降りた時に、既にケインの姿はなかった。それにしても白凰女学院ヨット部は過去に一度もネビュラカップに出場したことがなかったのか。調べたところ驚きの事実が発覚する。

ネビュラカップの会場、風凪星に到着したヨット部の面々。チアキも海森星チームの助っ人として大会に参加していた。独特のピリピリとした雰囲気が漂う会場。その原因は実は白凰女学院にあった。6年前、ネビュラカップを舞台に起きたある事件。その事件の元凶こそ白凰女学院ヨット部だったのだ。必然的に彼女たちは、関係者や他校からトラブルメーカーとしてマークされての出場となった。一方、レースの警備を依頼された弁天丸。茉莉香は大気圏内に入れない弁天丸を宇宙に置いて、自らディンギーに乗り込んで警備を行おうとする。グリューエルがスタートの合図を告げ、いよいよレース開始。波乱含みの予感の中、各校のディンギーは難コースへと挑んでいく。

高等部二年もそろそろ終わりに近づき、学年末試験を控えた茉莉香。リンたち三年生が卒業すれば、今度は茉莉香がヨット部部長になる。そんなある日、海賊船シルバーフォックスが襲われたというニュースが入ってくる。それは海賊狩りの仕業だ。保険組合のショウから弁天丸に届いた情報によると、海賊狩りは週に1回のペースで、いずれかの海賊船が狙われ、沈められているという。現在海賊船は50～60隻あると考えられる。そのどれが狙われるのか、予測は難しい。正体不明の海賊狩りに対し、対策を検討する弁天丸クルー。茉莉香はそこで皆に意外な提案を持ちかける。果たして茉莉香のアイデアは海賊狩りへの有効な対策となるか。

海賊狩り、それは謎の宇宙船グランドクロスの仕業だった。グランドクロスと弁天丸の戦闘中にさらに現れる銀河帝国所属のパラベラム号。その主は宇宙海賊・鉄の髭だった。鉄の髭は、自らの姿をホログラムで映し出すと｢今のままではこの界隈の海賊船は、海賊狩りによって根絶されるだろう｣と告げる。グランドクロスとパラベラム号の正体と狙いは何なのか。そこにチアキがバルバルーサのケンジョー・クリハラ船長からメッセージを携えてやってくる。ケンジョー・クリハラは、私掠船免状を持った海賊同士の連合について、茉莉香と弁天丸の協力を求めてきたのだ。だが、独立戦争以来の海賊の共同戦線を実現するためには、ある人物の力が必要だった。

海賊たちはかつて、独立戦争のために一度だけ共同戦線をはったことがあった。そして今、新たな危機に対抗するため、海賊たちは再び共同戦線をはろうとしていた。弁天丸の前に再び姿を見せたグランドクロス。重力制御が可能なグランドクロスは、慣性に縛られることなく自在に進路を変える。苦戦を強いられる弁天丸だったが、傷つきながらもかろうじてグランドクロスに一矢報いることに成功する。そして、弁天丸はケンジョー・クリハラを始め、共同戦線に参加する海賊たちが集まる｢海賊の巣｣へと向かう。海賊の巣には続々と各海賊が集まりつつあった。海賊たちが揃うまでの間、修理が行われる弁天丸。そして茉莉香は、思わぬ人物と遭遇する。

海賊の巣に続々と集まってきた海賊たち。そんな海賊たちの集会のど真ん中に姿を現したのは銀河帝国の戦艦グランドクロスの艦長クォーツだった。クォーツの肩に輝くドクロのマーク。それはクォーツが銀河帝国が認めた伝説の海賊である証だった。そのクォーツが｢海賊狩り｣を宣言する。茉莉香はその言葉に｢戦いましょう｣と応える。｢……勝ってしまうわよ。いいの?｣というクォーツ。｢それはこっちの台詞です。つまり、お互いにとって悪い話では、ないでしょう?｣と茉莉香も譲らない。そこに突如現れたのは、仮面をつけた海賊、鉄の髭だった。鉄の髭の肩にもまた伝説の海賊の証が輝いていた。

いよいよ決戦の時がやってきた。奇しくも決戦空域は、黄金の宇宙船を発見したあの空域だった。そこにタッチダウンしてきたのは、グランドクロス級の戦艦三隻。戦端が開かれ、まずは激しい電子戦でのつばぜり合いが始まる。各海賊船と連携して電子戦をしかける弁天丸。クォーツは｢いくら徒党を組もうとも、このグランドクロスには勝てない!｣と叫ぶ。果たして海賊たちは勝つことができるのか。茉莉香はいう。｢海賊船に詰まってる、これまでの経験に私は賭ける。だって海賊だから!｣。海賊の命運をかけた運命の戦いの行方は……。