過去の大戦によって、荒廃してしまった惑星。砂漠が広がるその世界に、刀一本で渡り歩く何でも屋・火乃香がいた。ソード・ダンサーと呼ばれた彼女は、ある夜、不思議な雰囲気の一人の青年イクスと出会う。

砂漠でイクスを拾った火乃香は、街まで送っていくことを約束する。そんな折、ザ・サードの浄眼機が火乃香の前に現われた。イクスと謎めいた会話をした浄眼機は、火乃香を試すように自動歩兵を繰り出すと、忠告めいた言葉を投げかけるのであった。

砂漠での機械の街・エンポリウムタウンに戻り、イクスと別れて街での仕事を片付けていた火乃香は、そこでテクノスタブーに関する不穏な噂を聞く。そんな時、イクスを確保しようと現れた自動歩兵の部隊に、火乃香は出会うのだった。

無事にPSPを渡してもらった火乃香は、しかし砂漠を進んでいく途中で、ブルー・ブレイカーの動きをキャッチし、ザンカンの危機を察した。慌ててザンカンの元へと戻っていく火乃香は、そこでブルー・ブレイカーと宿命の邂逅をするのだった。

額の蒼い天宙眼を見られてしまった火乃香は、イクスに自分がザ・サードのなりそこないであることを打ち明ける。彼女はなりそこないであるが故に、両親を知らないまま、キャラバンで育てられたという過去を持っていたのだった。

再び火乃香の前に宿命の敵・ブルーブレイカーが現れた。怒りの激情のままに、平静な戦いが出来ないでいた火乃香は、PSPを駆って戦うものの、次第に追い詰められ、ついにブルーブレイカーの銃口を突きつけられてしまうのだった。

夜の砂漠で野営をしていた火乃香とボギー。そのボギーの車体に一体の機甲アリが取り付いていた。攻撃してくるわけでもなく、ただ巣別れをしようと夜明けを待っている女王アリの存在を、火乃香たちは眉を潜めつつも見守っていた。

夜の砂漠で野営をしていた火乃香とボギー。そのボギーの車体に一体の機甲アリが取り付いていた。攻撃してくるわけでもなく、ただ巣別れをしようと夜明けを待っている女王アリの存在を、火乃香たちは眉を潜めつつも見守っていた。

前大戦時の最終兵器グレイブストーンによって、世界は歪曲空間に飲み込まれる危機に陥っていた。そんな時、火乃香は砂龍の暴走の原因調査のために、自分をパートナーだと言う謎の美女・パイフウと共に、砂漠の旅へと出発していた。

砂漠でイクスと再会した火乃香は、ベッドでうなされたりと、どこかいつもと違う様子を見せていた。そんな彼女に、イクスは引き返すように言うのだが、誰かに呼ばれているような違和感を感じていた火乃香は、先へ進むことに迷いはなかった。

グレイブストーンの作り出したドームを目前にして、自分を呼ぶ声をはっきりと自覚する火乃香。一方ハイペリウスでは、火乃香が関わっていることに気付いた浄眼機とフィラが、火乃香が何かをしてくれるのではないかと、淡い期待を抱いていた。

パイフウとイクスは、それぞれグレイブストーンの作り出した少年と対峙していた。その頃、グレイブストーンの作り出したもう一人の自分と出会っていた火乃香は、人と違うことを指摘されて傷つき、さらにその刀で胸を刺し貫かれてしまうのだった。

砂漠で妖精に出会ったと言う噂が流れていた頃、しばしの休暇を取ることを決めていた火乃香は、気ままな砂漠の旅行にミリィを誘うことにした。しかしその頃、レオンというハンターが砂漠の妖精を狩ろうと動き出していたのだった。

砂漠の旅を続ける火乃香とミリィは、しかし言いたいことを言い出せないでいる、二人の間にある漠然とした隔たりを感じていた。そんなある夜、砂漠の怪物・パンケーキにミリィが襲われ、火乃香の目の前で砂中に飲まれてしまうのだった。

レオンによって傷を受け、倒れてしまった火乃香。そんな彼女を心配して、自分もいつか火乃香のように、がんばって生きれるようになりたいと語るミリィを、砂漠の狼・カムイはツキカゲトンボが光の乱舞を踊る、神秘的な場所に案内するのだった。

ハイペリウスで異変が起きた。以前、グレイブストーンを破壊するために準備したワームホールドライヴァが制御不能になり、同時に、浄眼機が囚われてしまったのだ。この事態に対してフィラ・マリークは、火乃香を頼ることを決めるのだった。

囚われた浄眼機を救い出すために、火乃香とパイフウはローナ・ファウナの施設へとのり込むことになった。まるで要塞のような施設に乗り込む、危険な作戦にも動じない火乃香たちの前に、突然イクスが現われ同行を告げるのだった。

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