私立リリアン女学園。清く正しい学園生活を受け継いでいくため、高等部には『姉妹（スール）』と呼ばれるシステムが存在していた。高等部に進学して、まだ姉を持っていなかった祐巳は、憧れの「紅薔薇のつぼみ（ロサ・キネンシス・アン・ブゥトン）」である二年生の祥子から、突然の姉妹（スール）宣言をされるが…？

祥子からのスールの申し出を断った祐巳。だが彼女は祥子の境遇を無視しておくことができず、学園祭の日まで芝居の稽古に出ることに。ある日の放課後、ピアノを弾こうとする祐巳は、祥子と連弾することになってしまう。さらに祐巳は白薔薇さま（ロサ・ギガンティア）の紹介で、芝居の稽古場でのデビューを果たして…。

シンデレラ劇の王子様役で、花寺学院の生徒会長である柏木が現れた。そして学園内に響く祥子の悲鳴。祐巳と薔薇さまたちが駆けつけると、そこでは柏木と祥子が口論していた。柏木が祥子の婚約者であることが判明するが、祥子はその場を飛び出して古い温室に駆け込んでしまう。祐巳と祥子は姉妹（スール）になれるのか…？

祥子の妹として山百合会の一員に迎えられる祐巳。学園の新聞「リリアンかわら版」で令と由乃が「ベスト・スール賞」に選ばれた矢先、由乃がロザリオを令に返してしまったから大変。令と由乃にならって“破局”する姉妹（スール）が相次ぎ、「リリアンかわら版」がこの事件を『黄薔薇革命』と騒ぎ立て学園内は大騒ぎ…！

病院に入院した由乃を見舞い、由乃から令にロザリオを返した経緯を聞いた祐巳。ショックを受けながらも剣道の稽古に励む令だが、由乃が入院したと聞くやいなや病院に駆けつけようとする。だが祐巳は由乃の真意を伝え、令を引き止めるのだった。令の剣道の試合と由乃の手術を経て、彼女たちは関係を修復できるのか…？

次期生徒会役員の選挙があり、選挙の結果によってはつぼみでも山百合会幹部＝薔薇さまになれないシステムであることを知る祐巳。生徒会役員に「ロサ・カニーナ」と呼ばれる生徒が立候補する噂を聞いた祐巳は、図書館で「ロサ・カニーナ」という薔薇を調べようとする。そこにその花について知る上級生が近づいてきて…。

去年のバレンタインデーに祥子が誰からもチョコを受け取らなかったこと、最近ため息ばかりをつく祥子の様子に、自分の思いを言えなくなった祐巳は、祥子の前で泣いてしまう。落ち込んだ祐巳を慰める聖。そんな中、新聞部主催の『お宝探し大会』が始まる。祥子がカードを隠した場所の見当もつかない祐巳だったが…。

リリアン幼稚舎の頃、祥子に憧れていた少女、鵜沢美冬。十年後、美冬はリリアンに転入し、同級生となった祥子に声をかけたが、彼女は美冬のことを忘れていた。かつては素直に渡せたチョコレートを手に、美冬はもう一度祥子に近づく。すると、祥子が温室に「紅いカード」を隠しているところを偶然にも見てしまい…。

コスモス文庫「いばらの森」。二人の少女の悲劇を描くこの作品の作者が白薔薇さまともっぱらの噂が立っていた。それは白薔薇さまの過去と関係があるのか？ 生活指導室で「いばらの森」の作者ではないことを表明する白薔薇さま。そして祐巳と由乃は真相の解明のためコスモス文庫の発売元である宮廷社に乗り込むことに…。

『十六の冬。私は身を切られるほどの、つらい別れを経験した』 白薔薇さまこと「佐藤聖」が二年生のころ、彼女の前に「久保栞」という少女が現れた。聖はその一年生に一目ぼれをする。二人で過ごす時間が長くなり、聖は薔薇の館での公務がおろそかになってしまう。蓉子は、そんな聖に「栞の将来」を明かして…。

『それはバレンタインのハプニングに乗じてつい口が滑っただけのことだから…』 日曜日に祥子とのデートの約束をとりつけた祐巳。だがデートコースが当日まで決まらない。由乃、志摩子には相談したのだが彼女たちもそれぞれ悩みを抱えていて相談どころではなかったのだ。待ち合わせ場所で祐巳は祥子を待つが…。

祐巳は祥子とジーンズショップへ。祥子が自分と同じジーンズを履きたかったことを知り、祐巳は思わず頬を紅く染める。そのころ、志摩子はロサ・カニーナこと蟹名静とのデートをしていたが、静は場所をリリアン女学園にしようと提案し…。祐巳と祥子は、令と田沼ちさととのデート現場を目撃して落ち込む由乃と出会い…。