ギリシアにあるサンクチュアリで聖闘士になるための修行をしてきた星矢は、聖闘士の証ともいえる聖衣を手に入れるため、幼い頃より競い合ってきたカシオスと戦うことになった。しかし星矢は今までカシオスに勝てた試しがない。勝負は始まる前から決まっていたかに思えたが、星矢の身体には今までにない力がみなぎっていた!

日本へと戻ってきた星矢を待っていたのは、聖闘士同士を戦わせる銀河戦争(ギャラクシアン・ウォーズ)だった。一度は参加を拒否する星矢だったが、行方不明の姉・星華を捜し出すために出場することになる。そして戦いの日が来た。星矢の初戦の相手は、修行中に何万頭ものクマを葬ってきたベアー激だ。

銀河戦争が始まったというのに、いまだ姿を現さない二人の聖闘士がいた。そのうちの一人、キグナスの聖闘士・氷河は修行の地であるシベリアにいた。彼は星矢の戦いぶりを知ると、氷の海で眠るマーマに別れを告げ、己の力を確かめるべく銀河戦争への参戦を決める。そして初戦の相手・毒爪を持つヒドラ市に挑むが…。

星矢の二回戦の相手は、中国の五老蜂で修行を積んだドラゴン紫龍。果敢に攻める星矢だが、ドラゴンの左腕に装着された盾はダイアモンドを超える強度を誇り、容易に打ち破ることは出来ない。しかも右の拳は盾と同等の強度を誇っている。攻防に完璧なドラゴンに星矢は苦戦。しかし彼の脳裏に、起死回生の打開策がひらめいた!

星矢と紫龍は聖衣を脱ぎ捨て、決着をつけるべく激闘を繰り広げる。聖闘士の攻撃力は超人的だが、身体は普通の人間と同じ。必殺の一撃を受けることは死を意味する…。自分の力に絶対の自信がある紫龍は余裕の表情を崩さない。しかし星矢は、紫龍の必殺技・廬山昇龍覇の弱点が「龍の右拳」に隠されていることに気付いていた。

星矢と紫龍の死闘も終わり、アンドロメダ瞬とユニコーン邪武の戦いが始まっていた。無益な争いを望まぬ瞬だったが、戦いが避けられないと知ると、ネビュラチェーンで容赦なく邪武を叩きのめす。しかしネビュラチェーンが、突如として謎めいた警告の文字を形作って瞬に示す。「ＡＸＩＡ」…その言葉が意味するものとは？

ネビュラチェーンが警告したのは、デスクィーン島から帰ってきたフェニックスの聖闘士・一輝の出現だった。一輝は他ならぬ瞬の兄。弟思いだったはずの彼が、まるで人が変わったように攻撃的小宇宙で瞬に襲いかかってくる。静止に入った邪武や対戦相手の那智までも倒してしまった彼の目的とは、一体何なのか？

一輝は自らの影とも言うべき暗黒フェニックスたちに命を下し、黄金聖衣を奪取。悠々とグラードコロッセオを後にする。星矢たちは戦いの傷も癒えぬまま、奪われた黄金聖衣を取り戻すために一輝の後を追う。その一輝は黄金聖衣を装着して強大な力を得ることで、ある復讐を遂げようと画策していた。

星矢たちは黄金聖衣の4つのパーツを奪い返したものの、残る5つのパーツは依然として一輝のもとにある。一輝の変貌ぶりに心を痛める瞬は、いつしか二人の想い出の場所である大樹のもとへと足を向けていた。そこに暗黒聖闘士が現れ、瞬に襲いかかってくる。彼こそ一輝配下の暗黒四天王の一人、暗黒スワンだった！

破壊されたペガサスとドラゴンの聖衣を修復するため、紫龍は世界でただ一人聖衣を修復できる人物・ムウの住むジャミールへと向かった。だがそこは聖衣の墓場と呼ばれる恐ろしい場所で、たどり着いた紫龍の前に、聖闘士の亡霊たちが立ちはだかる。紫龍は亡霊たちを倒し、ムウのもとに辿り着くことが出来るのか？

星矢たちは黄金聖衣のパーツを賭け、暗黒聖闘士と決戦を繰り広げることになった。一輝が戦いの場に指定した殺生谷に到着するが、紫龍の姿はない。落胆する星矢の前に、紫龍の魂に導かれるようにペガサスの聖衣だけが現われる。聖衣を運んできた貴鬼によると、修復には紫龍の命が必要だったらしい…。

暗黒スワンを倒した氷河は、決着をつけるべく一輝のもとへと向かう。しかし聖闘士には同じ技は二度と通用しない。氷河はダイヤモンドダストを弾き返され、逆に一輝の幻魔拳を食らってしまう。精神を破壊された氷河は、怒りの力で必殺のオーロラサンダーアタックを繰り出すが、それでさえ一輝には通用しなかった…。

ようやく戻ってきた紫龍だったが、聖衣の修復に己の血を大量に流していたため、かすり傷からの出血でも死に至るほど弱っていた。相対する暗黒ドラゴンは、指先一つで紫龍を吹っ飛ばすほどの強者。紫龍はこの強敵を倒すため、弱っている時に使えば全身から血が噴き出すことを承知で、廬山昇龍覇を放った！

星矢は友情の小宇宙に守られ、ついに一輝を打ち破った。一輝は敗北を認め、自分が変貌した理由を語る。デスクィーン島での生き地獄のような日々、最愛の人エスメラルダの死、そして自らの手で師匠を殺してしまったこと……暗く悲劇的な過去を語る一輝。そこに謎の武装集団が、黄金聖衣を奪うために現れた。

突如として現れたドクラテスに、黄金聖衣は頭部を残して持ち去られてしまった。一輝までも失って戻ってきた傷心の星矢たちを、沙織は暖かく城戸邸に迎え入れる。一方、サクンクチュアリでは温厚だった教皇が崩御し、野心家である弟のアーレスが後を継いでいた。そのアーレスこそ、黄金聖衣を狙う張本人だった！

ドクラテスが城戸邸を襲撃、沙織と辰巳がさらわれてしまった。ドクラテスは二人の命と引き換えに、黄金聖衣の頭部を渡すよう星矢たちを脅迫する。星矢は万が一のことを考えて、瞬と二人だけで指定されたグラードコロッセオに向かう。そして人質交換が行われるが、ドクラテスは予想通り卑怯な手段に出る。

サンクチュアリの参謀長ギガースは幽霊（ゴースト）聖闘士のガイストに、刑の軽減と引き換えに、黄金聖衣の奪取を命じた。ガイストは前教皇に終生遠島の刑にあったシャイナの妹分である。ガイストは手下の幽霊聖闘士三羽ガラスに命じ、グラード財団のタンカーをシージャック。乗員の命と引き換えに黄金聖衣を要求してくる。

星矢たちは幽霊聖闘士三羽ガラスを追いつめるが、ガイストの放ったファントム幻惑拳によって、黄金聖衣の頭部を持ち去られてしまう。落ち込む星矢たちに、沙織は幽霊聖闘士のアジトが魔界島にあることを伝える。汚名返上を期して魔界島に乗り込んだ星矢たちを、幽霊聖闘士の仕掛けた巧妙極まりない罠が待ち受ける！

沙織は次々に起こる不穏な動きを警戒し、瞬に守られて山奥の山荘へと身を隠すことになった。星矢、紫龍、氷河は、各々の師匠に現在の情勢について尋ねるべく修行地へと旅立つ。しかし魔鈴を訪ねてサンクチュアリに戻った星矢を待っていたのは、屈辱を晴らすために聖衣を着て戦いを挑もうとするシャイナだった。

シベリアに戻った氷河を迎えたのは、まるで人の変わってしまった師匠・水晶（クリスタル）聖闘士だった。水晶聖闘士は、氷河を抹殺して黄金聖衣の頭部を手に入れると宣言。悪鬼の表情で襲いかかってくる。氷河は驚きのあまり、逃げ惑うことしか出来ない。水晶聖闘士の身に、いったい何が起こったのか？

度重なる失敗で後がなくなったギガースは、星矢たちが留守で手薄になった日本へとやって来た。部下の炎熱聖闘士を使い城戸邸に火を放ったギガースは、心配して戻ってきた辰巳を拉致すると、沙織たちの隠れている場所を突き止める。沙織と黄金聖衣の頭部は、瞬が一人で守り切らねばならない…。

炎の中から復活を果たした一輝が、星矢たちの仲間として合流した。各々が持ち帰った情報によって、立ち向かうべき敵はサンクチュアリを悪の力で支配する新教皇アーレスと判明。星矢たちの意気は上がる。しかし新たに参謀長に就任したパエトンが、魔鈴ら白銀聖闘士に青銅聖闘士を抹殺するように命令を下す。

星矢の前に現れた白銀聖闘士・蜥蜴星座（リザド）のミスティ。実力は星矢をはるかに上回り、ペガサス流星拳も全く通用しない。ミスティの必殺技マーブルトリパーをまともに食らった星矢だが、不屈の闘志で立ち上がり、あきらめずに立ち向かってゆく。そしてついに、ミスティ攻略の突破口が見えた！

白銀聖闘士から死の制裁を受けることになった魔鈴。救出すべく駆けつけた星矢は、彼女こそ探し続けていた姉だと知らされ、驚きを隠せない。それでも強敵モーゼスを撃退するが、相手の心を読むことができるアステリオンに敗北を喫してしまう。ピンチを救うべく現れたのは、貴鬼に助けられて戦線に復帰した魔鈴だった。

グラードコロッセオに集まった星矢たちを一網打尽にすべく、白銀聖闘士のバベルが襲いかかってきた。バベルの操る紅蓮の炎に、星矢たちは苦戦を強いられる。そこに、見たこともない聖衣をまとった３人組が現われた。鋼鉄（スチール）聖闘士と名乗る３人組は、突然バベルに襲いかかる！

サンクチュアリへ偵察に向かうことになった星矢、瞬、紫龍。ところが、乗っていた飛行機が操縦不能に陥り、墜落してしまう。星矢への復讐に燃えるシャイナが、連れていたスパルタンに命じて念動力を使わせたのだ。シャイナとスパルタンにペルセウス座のアルゴルを加え、不時着した地中海の孤島を舞台に戦いが始まる。

アルゴルの持つメドゥサの盾で、星矢と瞬が石に変えられてしまった！:残された紫龍はアルゴルを倒して２人を元に戻そうとするが、メドゥサの盾から目をそらしている必要があるため防戦一方。しかも盾は直接見ない人間にも効果を及ぼす力を秘めており、紫龍は肝心のドラゴンの盾がある左腕を石に変えられてしまう。

戦いには勝利したものの、紫龍の眼は医者からも絶望的と宣告されるほどの傷を負っていた。治療のために五老蜂へと帰る紫龍。見送る星矢たちの心には、やり場のない苛立ちだけが残る。さらに一輝が別行動を取ると宣言、沙織のもとを離れてしまう。次々に聖闘士が去ったことで、沙織はアテナとしての自信を失ってしまい…。

沙織を誘拐したのは、白銀聖闘士・烏座（クロウ）のジャミアンの操るカラスたちだった。後を追った星矢は、沙織の救出には成功するものの、骨折して右腕が使いものにならなくなってしまう。背後は切り立った崖、両側にはジャミアンとシャイナが迫る。意を決した星矢は、死中に活を見出すべく目の前の絶壁からダイブする！

瞬と氷河が駆けつけてジャミアンを撃退したものの、新たな白銀聖闘士・地獄の番犬座（ケルベロス）のダンテと、御者座（アウリガ）のカペラが沙織を狙って現れた。攻撃を受けた瞬と氷河は、断崖絶壁に突き落とされてしまう。残された沙織の危機を救うべくやって来たのは、それまで単独行動を取っていた一輝だった！

一輝はふたたび単独行動をとり、デスクィーン島に戻ってきた。忌まわしい思い出しか残されていないデスクィーン島に戻ってきたのは、新たに暗黒聖闘士の首領になったジャンゴから挑戦状を受けたからだ。たった一人で暗黒聖闘士の残党と戦う一輝に、アーレスが恐るべき罠をしかける。

紫龍は五老蜂に戻って眼の治療を続けていたが、春麗の懸命な看病もむなしく、一向に回復する兆しを見せなかった。光なきドラゴンの前に現れたのは、かつての同門・王虎だった。力のみを追い求める姿勢を改めようとせず、老師から破門を言い渡されていたが、紫龍と決着をつけるために帰ってきたのだ。

紫龍は失明によるショックから、完全に闘志を失っていた。抜け殻のような男との決着を潔しとせず、王虎は戦いを先に延ばす。しかし時は来た。紫龍は己の戦う意味さえ見出せず、王虎との命を賭けた決戦に臨む。聖闘士とのあるべき姿を取り戻し、牙を剥く宿敵に打ち勝つことが出来るのか…？

星矢は紫龍の眼を直す手がかりを求め、ジャミールのムウを訪ねる。ムウは姿を消していたが、貴鬼から万病に効くという命の水がこの地に伝わっていることを聞く。その頃、日本では黄金聖衣の頭部が消え失せ、大騒動になっていた。しかもサンクチュアリにある黄金聖衣まで姿を消していた！

行方不明になった黄金聖衣はいまだ見つからない。そこでアーレスは、まず邪魔な星矢たち青銅聖闘士を抹殺しようと、黄金聖闘士・蠍座（スコーピオン）のミロをサンクチュアリに呼び寄せる。一方、星矢の前には、彼の命を狙うシャイナがまたしても姿を現す。シャイナは星矢本人さえ忘れていた、因縁の過去を語り始める…。

シャイナの拳をかわし続ける星矢は、強大な小宇宙が突如として迫ってくるのを感じる。それは黄金聖闘士・獅子座（レオ）のアイオリアのものだった。アーレスの勅命を受け、青銅聖闘士を抹殺しに来たと言うアイオリア。手も足も出ない星矢をかばって自ら盾となったのは、他ならぬシャイナだった。

消えたはずの射手座の黄金聖衣が、星矢の危機に姿を現す。黄金聖衣は星矢の体を包み、凄まじい威力で三人の白銀聖闘士を一瞬の内に葬り去る。聖衣の上では対等になったものの、星矢とアイオリアには歴然たる実力差が存在している。ふたたび彼が危機に陥ると、雄大な小宇宙をまとった沙織が姿を現した！

黄金聖闘士アイオリアの襲撃によって、星矢たちは、ついに教皇アーレスが本気で戦いを挑んできたことを知った。その頃、治療のために五老峰を訪れていた紫龍は、老師から黄金聖闘士の存在を聞く。愕然とする彼の前に、アーレスの勅命に従って老師を抹殺するため、蟹座キャンサーの黄金聖闘士デスマスクが現れる！

激しさを増す教皇アーレスとの戦い。見かねた沙織は、直接サンクチュアリに乗りこんで決着をつけることにした。激戦を前に、最後の休息を楽しむ星矢たち。そして決戦の日、旅立ちの時を迎えた瞬の前に、共に修行の日々を送ったカメレオン座のジュネが現れる。ジュネは瞬に、驚くべき事実を告げる！

アンドロメダの宿命に従って、瞬をサンクチュアリへの生け贄に捧げるべく、レダとスピカが戦いを挑んできた。宿命は己で切り開くものと、一輝から教わった瞬は、絶体絶命の危機を何とか一人で切り抜ける。その頃サンクチュアリでは、沙織から真実を聞いたアイオリアが、教皇アーレスに対して戦いを挑んでいた。

矢座のトレミーの放った黄金の矢が、沙織の胸に突き刺さった。このままでは矢が心臓にまで達してしまう…沙織の命を救うには、12時間以内に十二宮を突破して、教皇の間にいるアーレスを連れてくるしかない。星矢たちは、最初の宮である白羊宮へと急ぐ。だが、そこに待っていたのは驚くべき人物だった！

星矢たちの傷ついた青銅聖衣は、ムウによって完全に修復された。さらにムウは、小宇宙の神髄が、人間の第六感を超えた第七感・セブンセンシズにあることを教える。気持ちも新たに、第二の宮である金牛宮へ向かった星矢たち。彼らを待っていたのは、牡牛座タウラスの黄金聖闘士アルデバランだった。

黄金聖闘士アルデバランとの激戦のさなか、星矢は傷つきながらも、ついに究極の小宇宙であるセブンセンシズに目覚めた。黄金の角を折られ、潔く自らの敗北を認めたアルデバランは、星矢たち青銅聖闘士を次へと進ませることを許す。しかし、次なる双児宮には、得体の知れない怪しい小宇宙が立ち込めていた…。

双児宮に突入したものの、星矢たちは迷宮に入ったように道を見失って、抜け出せずにいた。そこで二手に分かれるたところ、瞬と氷河の前に双子座ジェミニの黄金聖闘士が現れる。果敢に戦いを挑む氷河の攻撃は、なぜかすべてはね返されてしまう。一方、別の道を進む星矢と紫龍の前にも、双子座の黄金聖闘士が現れていた！

ジェミニの必殺技・アナザーディメンジョンによって、氷河は異次元の彼方に吹き飛ばされてしまった。瞬も危ういところだったが、危機を知った一輝によって、間一髪のところで救われる。双児宮の迷宮も消えたが、異次元に囚われたままの氷河を見捨てるわけにはいかない。瞬は危険を承知で、あえてジェミニに戦いを挑む！

セブンセンシズに目覚めた瞬の一撃が、双子座の黄金聖闘士は退けた。異次元に飛ばされていた氷河も、無事に十二宮へと戻ることに成功する。だが、彼の前に、水瓶座アクエリアスの黄金聖闘士・カミュが現れた。このカミュこそ、氷河の師である水晶聖闘士を育てた男だった。カミュはなぜか、氷河に戦いを挑んでくる。

第四の宮である巨蟹宮へと突入した星矢と紫龍は、苦悶の表情を浮かべる人の顔が、床や壁一面に並んでいるのを見て驚く。巨蟹宮の守護者・デスマスクに命を奪われ、いまだ成仏できずにいる人々の顔だ。正義を守るはずの聖闘士にあるまじき行為に、紫龍は怒り心頭。星矢を先に行かせ、単身デスマスクに立ち向かう！

デスマスクの必殺技・積尸気冥界波を受けた紫龍は、生きながらにして死の国である積尸気へと送り込まれてしまう。しかし、無事を祈り続ける春麗の献身的な祈りが、紫龍に絶えず活力を与え続けていた。そのことに気づいたデスマスクは、積尸気にやって来ると、自らの手で紫龍を冥界の穴へと叩き落とそうとするが…。

デスマスクは念動波で、中国にいる春麗を滝つぼに突き落としてしまう。情け容赦のない悪行に、紫龍の怒りは頂点に達した。逆襲に転じる紫龍だったが、黄金聖衣をまとったデスマスクには、大きなダメージが与えられない。勝ち誇るデスマスク。ところが、予想だにしなかった事態が発生し…。

第５の宮・獅子宮にたどり着いた星矢。彼を待っていたのは、沙織を認めて忠誠を誓ったアイオリアだった。しかしアイオリアは、人が変わったような態度で、星矢に容赦のない攻撃をしかけてくる。一方、星矢たちがサンクチュアリに向かったことを聞いた魔鈴は、急遽十二宮を目指す。

魔鈴の小宇宙を受け取った星矢は、アイオリアの光速拳を見切り、ようやく一撃を入れることに成功。だが、立ち上がってきたアイオリアは、まるで悪鬼のような表情で、情け容赦なく星矢をなぶり始める。日本からサンクチュアリに戻った後、アイオリアの身に何が起きたというのか…？

伝説の魔拳・幻朧魔皇拳によって、アイオリアはアーレスに、頭脳を支配されていた。正気を取り戻すためには、目の前で人がひとり死ななければならないことを、星矢は知るよしもない。その頃、獅子宮にたどり着いた紫龍と瞬の前には、かつて星矢とペガサスの聖衣の持ち主の座を争ったカシオスが現れ…。

カシオスの尊い犠牲によって、アイオリアは自らの意志を取り戻すことに成功。先を急ごうとする星矢たちに、次なる処女宮の守護者・乙女座バルゴのシャカこそ、「もっとも神に近い男」と言われるほどの実力者だと教える。一方、カノン島で翼を休めていた一輝の命を狙って、サンクチュアリから刺客が送り込まれる。

一輝に襲いかかったのは、シャカの高弟・孔雀座パーヴォのシヴァと、蓮座ロータスのアゴラ。苦戦する一輝は本来の力ではなく、何者かによって動きを封じられている。「もっとも神に近い男」とうたわれる、シャカの実力は想像を超えていた。沙織の小宇宙さえ遮断するほどの力を持っていたのだ！

処女宮に突入した星矢と紫龍と瞬は、アイオリアの忠告に従い、シャカの目が開く前に戦いを終わらせようと積極的に攻撃をしかける。だが、計り知れない力を持つシャカの前に、三人はあっけなく敗北を喫してしまう。止めを刺そうとするシャカ。その時、完全復活を果たして戦線に復帰した一輝が現れた。

シャカの六道輪廻によって、意識を失ったかに見えた一輝だったが、起死回生の幻魔拳を放つことに成功する。だが、それすらもシャカには通用せず、自分自身が幻の世界におちて幼い日の己の姿を見てしまう。圧倒的な実力差の前になすすべもない一輝をあざ笑うかのように、シャカは不死身の鳳凰座の聖衣を粉砕してしまう！

ついにシャカが目を開き、秘めたる本領を発揮し始めた。驚異的な力の前に、一輝は五感をすべて失ってしまう。身動きできなくなった一輝にシャカは止めを刺そうとするが、そこへ意識を取り戻した瞬が戦いを挑んできた。だが、その瞬を制止する声が響いてくる。それは五感を失ってもなお、戦うことをあきらめない一輝の心の声だった！

一輝の尊い犠牲によって、星矢たちはシャカの守護する処女宮を通り抜けた。次なる宮は天秤宮。他ならぬ老師が守護する宮だけに、すぐに通り抜けられるはず…ところが、そこには氷づけにされた氷河が待っていた。愕然とする星矢たちだが、氷河の命の灯は微かに燃え続け、まだ消えてはいなかった。

氷河は仲間たちによって氷の棺から救出されたが、カミュの冷気によって著しく体力が減少していた。星矢と紫龍は、氷河が体力を回復するまでの間の保護を、瞬に任せて次なる宮へ向かう。天蠍宮に到着した二人は、嫌な予感に襲われて天秤宮に戻ろうとするが、黄金聖闘士・蠍座スコーピオンのミロが行く手を阻まれる。

献身的な瞬の小宇宙によって、氷河は死の淵からよみがえり、天蠍宮に現れた。彼は意識を失った瞬を星矢に託して先に進ませる。そして、ミロと戦闘開始！:一方、黄金の矢によって意識を失ったままの沙織の前には、雑兵たちが大挙して押し寄せていた。この危機を、ムウは何故か静観したままで…。

ミロのスカーレットニードルが炸裂。五感を徐々に失ってゆく氷河は、逆転を狙ったオーロラサンダ―アタックを放つ。だが、黄金聖闘士のミロには通用せず、逆にスカーレットニードルを受けた傷から大量の出血をしてしまう。崩れ落ちてもなお戦おうとする氷河に、ミロはカミュの真意を教える。

ただ倒れるだけの沙織を憐れみ、辰巳が愛用の錫杖を持たせると、どこからともなく射手座の黄金聖衣が飛来した。不思議がる邪武たちに、辰巳は射手座の黄金聖闘士・アイオロスについて語る。やがて射手座の黄金聖衣は共鳴を始める。13年ぶりに、サンクチュアリに12体の黄金聖衣が勢ぞろいしたのだ！

無人の人馬宮へと突入した星矢たちは、出口が見つからずに足止めを食ってしまう。そこへ突然、射手座の黄金聖衣が飛来して矢を放つ。驚く星矢だったが、矢が刺さった場所から隠し通路らしきものが発見された！:遅れてきた氷河も合流し、隠し通路に入ってゆく星矢たち。死の罠が待ち受けているとも知らずに…。

星矢たちはアイオロスの残した言葉に力を得て、決意も新たに次なる宮・磨羯宮にやって来た。魔羯宮には伝説にあるアテナ像があったが、守護者らしき者の姿は見当たらない。先の宮に向かうべく外へ出ようとした一同に、突然、凄まじい衝撃波が襲いかかる。山羊座カプリコーンの黄金聖闘士・シュラの攻撃だ！

シュラと戦う紫龍。すべてを切り裂くというシュラの聖剣・エクスカリバーの前に苦戦するが、廬山昇龍覇の弱点をあえてさらすことで、シュラの左腕を粉砕するのに成功する。だが、満身創痍の紫龍には、それ以上シュラに対抗する術はない。たったひとつ、老師によって禁じられた必殺技・廬山亢龍覇を使うより他には…。

カミュの待つ宝瓶宮にたどり着いた氷河は、この場は自分に任せるよう星矢と瞬に頼む。師に対する弟子として、自らの手で決着をつけようと心に決めていたのだ。そして二人の戦いが始まった。冷気を操る聖闘士二人は、原子の動きを止めるとも言われる絶対零度にいかに近付くか、熱き戦いを繰り広げる。

紫龍に続き氷河までも、尊い命を散らしていった…。星矢と瞬はそれでも足を止めることなく、最後の宮である双魚宮にたどり着く。瞬は、星矢ひとりだけでも教皇の間に進ませるため、この場を自分に任せて先へ向かうように主張。彼の前に現れたのは、十二宮を守る最後の黄金聖闘士・魚座ピスケスのアフロディーテだった。

星矢を先に進ませたものの、教皇の間に至る道には猛毒のデモンローズが咲き乱れていることを聞いて、瞬は愕然となる。アフロディーテは、自分こそ瞬の師匠であるアルビオレを教皇の密命によって抹殺した張本人だと、自慢げに打ち明ける。はからずも師の仇に巡り会い、瞬の怒りの小宇宙は燃え上がる！

アフロディーテこそ、恩師アルビオレの仇と知って、瞬は全力を持って戦うことを決意した。しかし、アフロディーテの放った黒バラ・ピラニアンローズによって、２本のチェーンはおろか、聖衣まで粉々にされてしまう。万策尽きたかに見えた瞬だったが、彼の小宇宙はアフロディーテを驚かせるほど大きくなっていった！

デモンローズによって身体がマヒした星矢は、教皇の間を前にして倒れていた。魔鈴が助けに駆けつけるが、彼女もここまで来るのに相当なダメージを受けていた。星矢を救出したものの、途中で倒れてしまった魔鈴。意識を取り戻した星矢は、流星拳でデモンローズを吹き飛ばすと、魔鈴をシャイナに任せて教皇の間へ急ぐ！

自分の罪を悔いたはずの教皇が、別人のような態度に変わってゆく。豹変した教皇は、双子座の黄金聖衣をまとって星矢に襲いかかってきた！:一方、ムウの助けを借りて処女宮に戻って来たシャカは、一輝が再び戦えるように鳳凰座の聖衣を与える。そして星矢を助けるため、一刻も早く教皇の間へと向かうように言う。

星矢の活躍によって、一命をとりとめた沙織。今まで星矢たち青銅聖闘士の活躍を見守っていた老師も、ついに13年前の真実を黄金聖闘士たちに語った。すべては、世界をその手に握ろうとする悪の心に負けた男、双子座の黄金聖闘士・サガの陰謀だったのだ。沙織は黄金聖闘士たちを従え、サガの待つ教皇の間へと向かう！

北欧神話に語りつがれている伝説の地・アスガルド。この地を治めるヒルダの心に異変が起こった。サンクチュアリ打倒のため、北欧神話最強の７人と言われる神闘士（ゴッドウォーリアー）を招集したのだ。その一人、ゼータ星ミザールのシドは、黄金聖闘士のアルデバランを倒し、沙織の命を狙って城戸邸を襲撃する！

アスガルドに偵察に向かった氷河は、ヒルダの妹であるフレアを保護する。沙織に会ったフレアは、姉のヒルダが数日前から別人のようになってしまったことを語る。しかもオーディーンへの祈りを捧げることを止めてしまったため、このままでは北極と南極の氷が溶けてしまうらしい。地上は大洪水になってしまうというのだ！

ヒルダに邪悪な心を植えつけているのは、黄金の指輪ニーベルンゲン・リングだった。指輪を外してヒルダを元に戻そうと、星矢たちはワルハラ宮殿に向かう。彼らの前に立ちはだかったのは、ガンマ星フェクダのトールだった。星矢は氷河と瞬を先に行かせ、二本の戦斧を駆使する強敵に、ひとりで立ち向かうことを決意する！

トールの猛攻に追いつめられる星矢を、ようやく合流した紫龍が救った。老師を訊ねた紫龍によると、ニーベルンゲン・リングの魔力を断ち切れるのは、伝説のバルムングの剣のみだという。剣を手に入れるためには、７人の神闘士を倒し、彼らの守護石であるオーディーン・サファイアを手に入れなければならない。

神闘士を倒してオーディーン・サファイアを手に入れるため、星矢たちは別行動を取り、四方からワルハラ宮殿に向かった。途中、十二宮でのシュラ戦を回想していた紫龍に、狼の群れが襲いかかってくる。何とか蹴散らした紫龍の前に現れたのは、狼使いの神闘士・イプシロン星アリオトのフェンリルだった！

フェンリルと狼たちの波状攻撃に、紫龍は視力を奪われてしまう。倒れる度に起き上がり、戦いを挑む紫龍。不屈の闘志に驚くフェンリルに、紫龍は信じることの尊さを語る。しかし、信じられるものは狼だけと言うフェンリルは、自らの過去を語り始める。それは、幼き日の彼を変えた悲劇だった…。

人間の素晴らしさを説く紫龍と、人間など信じられないと叫ぶフェンリル。二人の激闘は際限なく続いている。互いに必殺拳を見切り、決定打に欠けていたのだ。その頃、氷河は後を追っていた怪しい影の正体を突き止める。荒くれ馬の異名を持つ神闘士・ベータ星メラクのハーゲンだったのだ！

ハーゲンと拳を交える氷河だが、何とか戦いを止めようと、フレアに助けてもらった経緯を説明する。しかし、あくまでも氷河がフレアをたぶらかし、ヒルダとの姉妹の絆を断ち切ったと思い込むハーゲンは、心から訴える言葉にも耳を貸さない。そして、自慢の凍結拳の効果が薄いとみたハーゲンは、ある場所に氷河を誘い込む。

氷河はハーゲンと、マグマが煮えたぎる灼熱の地で戦うことになった。この場所で長年修行を積んできたハーゲンに対し、シベリア育ちの氷河にとっては、最も過酷な戦場だ。その頃、ハーゲンと氷河が戦っていることを貴鬼から聞いたフレアは、二人の戦いを止めさせようと戦場へと急いでいた。

フレアを貴鬼に任せ、先へと進む氷河。一方、傷付いた星矢は、黄金聖闘士たちが聖衣をよみがえらせるために命をかけてくれたことを思い出していた。瞬はひとり無傷で進んでいたが、どこからともなく竪琴の音色が聞こえてくるのに気付く。それは神闘士・エータ星ベネトナーシュのミーメが奏でる葬送曲だった…。

ミーメは殺気を全く帯びておらず、アンドロメダのチェーンが反応しない。困惑する瞬に、ミーメは光速の動きから鋭い拳を続けざまに浴びせる。苦戦する瞬は、竪琴の音色によって自分が幻惑されていたことに気づく。ようやく反撃開始と思われたが、攻撃はまたしてもミーメには通用しなかった…。

ミーメのストリンガー・レクイエムによって、瞬の命は風前の灯だった。そこに、瞬の危機を察知した一輝が現れる。ミーメの瞳の奥に何かを感じながらも、一輝は戦いを挑む。だが、ミーメの光速拳は徐々にスピードと威力を増し、一輝でさえかわせないほどの攻撃に変化してゆく。果たして一輝に勝機はあるのだろうか…？

一輝の放った起死回生の幻魔拳によって、ミーメの過去が暴かれる。自分自身ですら気付かずにいた心の奥底を知り、ミーメは激しく動揺する。しかし、それ以上に燃えたぎったのは、自らの心を暴いてしまった一輝に対する怒りだった。ミーメ必殺のストリンガー・レクイエムの弦が、一輝を地獄へと追いやる！

敗北の続く神闘士の名誉を挽回するため、アスガルド随一の頭脳の持ち主と呼ばれる男・デルタ星メグレスのアルベリッヒが出陣する。宮殿を出ようとしたアルベリッヒは、侵入者を見つけて後を追う。その侵入者こそ、星矢たちをサポートするためアスガルドに乗り込んできた魔鈴だった。

アメジスト・シールドによって囚われの身となった魔鈴を盾に、アルベリッヒは星矢に降伏を迫る。星矢はアテナのために戦うことが聖闘士の務めだと苦渋の決断を下し、構わずアルベリッヒに攻撃を仕掛ける。状況が不利だと感じたアルベリッヒは、炎の剣で星矢を攻撃。そして、またしても紫水晶が輝いて…。

魔鈴に続いて星矢までもが、紫水晶の中に閉じ込められてしまう。二人の身を案じるあまり、実力を発揮できない氷河。余裕のアルベリッヒは、確実に敵を葬り去るため、氷河を精霊たちの棲む森へと誘い込む。アルベリッヒ家に代々伝わる技によって、自然の精霊たちが意志を持ち、一斉に氷河に襲いかかってくる！

ようやく戦線に復帰した紫龍が、氷河の危機を知って駆けつける。今度は紫龍を倒そうと、アルベリッヒはアメジスト・シールドを放つが、最強を誇るドラゴンの盾を前にしては通用しない。そこでアルベリッヒは、ふたたび大自然の精霊たちの力を使って紫龍を追いつめる。苦戦する紫龍に、老師はある助言を与える…。

一足先にワルハラ宮殿へと到着した瞬を待っていたのは、日本でも戦ったことのある神闘士のシドだった。シドとの激闘が始まったところに、星矢と氷河が駆けつけるが、瞬はこの場は自分に任せて先に進むように言う。一方、倒れていた魔鈴を介抱したシャイナは、シドの身に恐るべき影が存在することを聞いていた！

シドの凍気によって、アンドロメダの鎖は力を失ってしまった。余裕のシドは、必殺の一撃を瞬に放つ。意識を失ってゆく瞬に、遠く離れている一輝が語りかける。その言葉が、失われかけていた瞬の闘志に火を点けた。瞬は聖衣を脱ぎ捨てると、２度と使わないと決めていた生身の拳でシドに挑む！

苦戦の末、ようやくシドを倒した瞬を新たな危機が襲った。シドの影である神闘士・ゼータ星アルコルのバドだ。シャイナによってバドの放った不意の一撃から救われるが、シドとの死闘で受けたダメージは大きく、瞬は力尽きてしまう。その時、一輝がまたしても不死鳥のごとくよみがえり、駆けつけてきた。

バドは弟のシドに代わって正式な神闘士になるという野望を燃やし、そのために必要なオーディーン・サファイアを欲していた。執念の攻撃の前に、苦戦を強いられる一輝。だが、真実の兄弟の絆を信じる一輝の放った幻魔拳が、ついにバドに炸裂する。そして、自分自身でさえ気付かずにいた想いを知ったバドは…。

兄弟のきずなを取り戻し、バドは静かに戦いの場から消えていった。これで残る神闘士は、アルファ星ドゥベのジークフリートを残すのみ。だが、北欧神話最強の勇者と言われるジークフリートの実力はケタ違いで、圧倒的な力をもって星矢と一輝を倒してしまう。ヒルダの身代わりとなっていた沙織にも、限界が近付いていて…。

最強の神闘士ジークフリートの前に、次々に倒れてゆく青銅聖闘士たち。危機を知った紫龍が残された小宇宙を燃やして駆けつけるが、彼の拳もことごとくジークフリートに弾き返されてしまう。伝えられる神話と同じ不死身の肉体を持つジークフリートに屈するかに見えたその時、紫龍の耳に老師の声が聞こえてくる。

紫龍の捨て身の行動によって、星矢はジークフリートの弱点を知ることができた。最後の希望である星矢に、残る小宇宙のすべて託す青銅聖闘士と沙織。彼らの姿を見て、自分たちの正義に迷いを覚えたジークフリートは、ヒルダの命令を無視して、あえて星矢との真っ向勝負に応じる。その勝負を冷ややかに見つめる男もいて…。

争いの元凶は、海皇ポセイドンだった。真実を知ったジークフリートは、自らのオーディーン・サファイアを星矢に託し、海将軍セイレーンのソレントを道連れに散る。こうして星矢は苦難の末、７つのオーディーン・サファイアを手に入れたが、巨大なオーディーン像には何も変化はなく、ただ静かに立ちつくすのみだった…。

星矢は伝説のオーディーンローブを装着。かつて神話の時代に、オーディーン自らがまとったと言われるものだ。邪悪を断ち切ることができるというバルムングの剣で、ヒルダの心をニーベルンゲン・リングの魔力から解放した星矢。だが、時はすでに切迫しており、力尽きた沙織をあざ笑うかの如く崩壊は始まっていた。

大津波に呑まれて行方知れずになった沙織。星矢たちが必死に探している頃、彼女は海底深くにある、ポセイドン神殿の一室で目を覚ましていた。目の前に現れた海皇ポセイドンを見て、沙織は驚愕する。海皇の正体は、かつて自分に求婚してきた男、地中海の海商王であるジュリアン・ソロだったのだ！

星矢と瞬は、アスガルドの禁断の地からポセイドン神殿へ乗り込む。二人を待ち受けていたのは、海闘士マーメイドのテティスと海将軍シードラゴンだった。一方、地上ではポセイドンが、大雨によって大洪水を起こそうとしていた。沙織はポセイドンの野望を阻止するため、大地に代わって大雨を受けることになるが…。

沙織が閉じ込められているメインブレドウィナを破壊するには、周囲に立つ7本の巨大柱を破壊する必要がある。そのためには、柱を守護する海将軍を倒さねばならない。手分けをして、それぞれ柱に向かう星矢と瞬。北太平洋の柱に向かった星矢は、守護者である海将軍・シーホースのバイアンと戦闘を開始する！

南太平洋の柱へ向かう瞬は、魔獣の影に襲われる。守護者である海将軍・スキュラのイオが攻撃をしかけてきたのだ。一方、バイアンを倒した星矢は北太平洋の柱を砕こうとするが、渾身の必殺拳でさえヒビひとつ入れることができない。一か八かの特攻を考える星矢の前に現れたのは、天秤座の黄金聖衣を持った貴鬼だった。

６種類の獣の特性を持つイオの聖獣拳の前に、追いつめられたかに見えた瞬。だが、それぞれの獣に対応した星雲鎖のバリエーションによって、次々に獣の鱗衣を粉砕してゆく。その頃、ポセイドンは、メインブレドウィナに入った沙織に向かい、自らがポセイドンとしての宿命に目覚めた時のことを語り始めていた。

小宇宙を最大限にまで高めた瞬の聖衣が、黄金に輝き始める。黄金聖闘士の血によって復活した青銅聖衣が、真の力を発揮し始めたのだ。一方、インド洋の柱に向かった紫龍を待ち構えていたのは、黄金の槍を持つ海将軍・クリュサオルのクリシュナだった。紫龍は、黄金の槍をドラゴンの盾で防ごうとするが…。

シュラから託されたエクスカリバーによって、紫龍は形勢を逆転させる。だが、黄金の槍を失ったことが、かえってクリシュナに真の実力を発揮させ始める。小宇宙の壁とも言うべき結界を前に、一歩も前に進むことが出来ない紫龍。南氷洋の柱に向かった氷河の前には、十二宮の戦いで死んだはずのカミュが現れ…。

南氷洋の柱にやって来た瞬は、何者かの手によって倒された星矢と氷河を発見する。柱の守護者である海将軍・リュムナデスのカーサの仕業だった。カーサには相手の大事な人間そっくりに変身できる特殊能力があり、その力を使って星矢たちを倒したのだ。卑劣な手段に怒る瞬の前で、カーサは一輝に変身する！

カーサは一輝の手によって倒された。意識を取り戻した氷河は、己の甘さを恥じ、誓いを新たにして北氷洋の柱に向かう。そこに待っていたのは、かつて水晶聖闘士のもとで共に修行したアイザックだった。困惑する氷河に、アイザックは自分がポセイドン配下の海将軍・クラーケンになったことを宣言する。

氷河はアイザックに抵抗することなく、必殺拳を受けて倒されてしまう。そこへ天秤座の黄金聖衣を運んでいた貴鬼がやって来る。子供である貴鬼に対しても、アイザックは容赦なく拳をふるう。貴鬼は聖衣を守るため、必死で抵抗。その姿を見た氷河は、自分の間違いに気づき、再び小宇宙を燃やし始める。

見事に北氷洋の柱を倒した氷河は、アイザックから戦いの裏にいる男の名を聞くが、伝えることなく力尽きてしまう。直接ポセイドンを倒そうと急ぐ一輝の前には、シードラゴンが出現。一輝は、強大な小宇宙を以前にも感じたような感覚に襲われる。シードラゴンはマスクを外し、驚愕の素顔をあらわにする！

沙織を救出するため、星矢はメインブレドウィナのある神殿へと乗り込む。そしてついに、ポセイドンと対峙した星矢。敢然と攻撃を仕掛けるが、神であるポセイドンは、ことごとく弾き返してしまう。それでも闘志を失わない星矢だったが、ポセイドンは限りなく黄金に近づいた青銅聖衣さえ、簡単に破壊してしまう。

瞬がソレントを倒し、南大西洋の柱を破壊。星矢も射手座の黄金聖衣をその身にまとい、再びポセイドンに立ち向かってゆく。カノンは野望の崩壊が迫るのを感じるが、強大な小宇宙に釘付けにされるように、自らが守護する北大西洋の柱から動けずにいる。彼の感じた小宇宙の正体は、異次元に飛ばされたはずの一輝だった！

黄金聖衣をまとった星矢の攻撃でさえ、ポセイドンはことごとくはね返してしまう。傷つきながらも立ち上がった星矢は、今度は射手座の黄金の弓矢でポセイドンを貫こうとする。だが、それもポセイドンには通用しない…あきらめようとしない星矢を、シャイナが、紫龍が、盾となって守り抜く！

星矢に続いて、紫龍と氷河も黄金聖衣をまとう。彼らの攻撃の前に、さすがのポセイドンもついに倒れる。星矢たちは、沙織を救出しようとメインブレドウィナに攻撃を仕掛けるが、天秤座の武器をもってさえヒビひとつ入れることが出来ない。その頃、一輝はポセイドンを封じる方法を聞くためにカノンと戦っていた！