新西历1999年，一个超级电脑主程式（弥赛亚）感染了病毒，此电脑病毒具有自我意识，转眼间占据了能源管理局的主控电脑并开始狂飙；人类只好选择把整栋能源管理局都转移到亚空间。在这同时，人类也因此得到了新的能源“Enetron”（创）。另一方面，这事件也让3名在转移异空间前逃离能源管理局的少男少女，以及3台工作机器人的命运产生很大的变化。

13年后的新西历2012年，Enetron已经成为人类日常生活中的必备能源。可是，当年那个被转移到异空间的电脑病毒却又再次回到了这个世界。任命前往克服这个危机的，便是13年前的事件后得到了特殊力量的3名“Busters”，和得到了自我的3台原本用于辅助工作的机器人“Buddyroid”。他们就是接受了“守护人们”的这个“特命”而战的战士——“特命战队GoBusters”！