Mace Windu e Yoda contattano Ahsoka e le rivelano che Obi-Wan ha rintracciato Grievous fino a Utapau, indicando che la guerra potrebbe presto giungere al termine. Maul viene caricato su uno shuttle dai cloni per essere portato davanti al Consiglio Jedi su Coruscant. Ahsoka saluta Bo-Katan e lascia Mandalore. In viaggio nell'iperspazio verso Coruscant, Ahsoka percepisce il passaggio di Anakin al lato oscuro, pochi istanti prima che Darth Sidious emetta l'Ordine 66, dichiarando tutti gli Jedi traditori della Repubblica e facendo sì che i cloni di Ahsoka, incluso Rex, si rivoltino contro di lei. La Togruta fugge, riesce a sottomettere Rex, e libera Maul per usarlo come diversivo affinché distragga gli altri cloni. Con l'aiuto di tre droidi astromeccanici, Ahsoka scopre e rimuove il chip dal cervello di Rex, ripristinando il suo libero arbitrio.