Padmé Amidala és C-3PO Grievous tábornok fogságába esik, és így Anakin és Obi-Wan feladata, hogy a szenátort megmentse, és végleg elpusztítsa a Rosszakaratot.

Megtámadtak egy köztársasági őrállomást! A jedik elvesztették a kapcsolatot a sivár, hó borította Orto Putonia bolygón létesített klónbázissal. Obi-Wan Kenobi és Anakin Skywalker, a közeli Pantora hold két vezetője kíséretében a bolygóra indulnak, hogy kivizsgálják, milyen sorsra jutottak a klónkatonák a távoli, kietlen bolygón.

Rohamdroidok járnak a Naboon! A szeparatista lázadás végigsöpör a galaxison, s a fenyegetés a békés bolygókat is eléri. Miután kiderül, hogy szeparatista droidok járják a Naboo füves pusztáit, a vezetés felkészül a legrosszabbra. A hazájukat fenyegető inváziótól tartva Amidala szenátor és Binks képviselő a Naboora sietnek, hogy felmérjék a helyzetet. Ezalatt a gunganek mocsarainak vidékén van egy másik, még fenyegetőbb veszély üti fel a fejét.

Fenyegető veszély! A peremvidéken vereséget szenvedett gonoszok most a köztársaság szívét támadják. Egy Cad Bane nevű fejvadász a galaxis legádázabb bűnözőivel szövetkezve vakmerő tervet eszelt ki a Szenátus tagjainak túszul ejtésére. Milyen célt szolgálhat ádáz akciójuk?

Anakin végre hazatér a frontról és együtt lehet feleségével, Amidalával. A szenátornőt azonban a Jedi Tanács próbálja beszervezni, hogy leleplezze az árulónak vélt Rush Clovist, az Intergalaktikus Bankár-Klán szenátorát. Clovis és Amidala régen közeli kapcsolatban álltak, ezért ő a tökéletes választott, de elutasította a feladatot. Ezért a Tanács Anakint küldi, hogy győzze meg Padmét: vállalja az életveszélyes küldetést. Anakinnek persze magának sem tetszik nagyon az ötlet: Padmé és régi szerelme újra találkoznak.

Palpatine kíváncsi a Zillo elpusztíthatatlanságának titkára, és egy szuperhadsereg felállítását tervezve, a Coruscant genetikai kutatólaborjaiba szállítja az elkábított szörnyet, óriási biztonsági készültség mellett. De nincs olyan biztonsági fokozat, ami megállítana egy Zillo szörnyet, ha sikeresen elszabadul.

In the middle of a routine shopping trip on Coruscant, C-3PO is abducted by the bounty hunter Cad Bane. Bane is looking for information about the Senate building on behalf of Jabba the Hutt. Finding C-3PO devoid of useful information, Bane and his accomplices kidnap R2-D2 and extract the vital data, before memory-wiping the droids of the incident, and letting them on their way. The floor-plans and security details of the Senate building are part of a plot engineered by the Hutt families to free their imprisoned brother, Ziro the Hutt, who holds potentially damaging information about Hutt activities.

With help from R2-D2 and a squad of captured battle droids, an elite team of Jedi and clone troopers led by Obi-Wan and Anakin attempt to free a captive Jedi general, Even Piell, from an impenetrable prison. Despite orders to the contrary, Ahsoka Tano tags along, though she proves indispensable when the infiltration mission begins to evolve. Piell and his fleet officer, Captain Tarkin, are liberated from their cells, but now the fugitives must escape the Citadel itself.

After groundquakes have devastated the planet Aleen, a Republic relief effort arrives, including the droids R2-D2 and C-3PO. When the native Aleena's pleas go unheard, it becomes the duty of the droids to embark on a surreal journey through Aleen's subterranean world to save the planet.

C-3PO and R2-D2's bizarre caper continues. Forced to escape a Separatist attack in a Y-wing fighter, the droids visit the world of the Patitites, the odd planet Balnab, and the inside of a pirate warship where they are forced to fight in a gladiatorial arena.