Die Jedi versuchen immer noch, Poggles neue Waffenschmiede auf Geonosis zu zerstören, bevor sie Waffen an die Separatisten liefern kann. Doch der Erzherzog hat einen unerwarteten Joker im Ärmel: Er setzt einen neuen Super-Panzer gegen die Angreifer ein. Die Jedi müssen einen trickreichen, riskanten Plan umsetzen, um ihr Ziel zu erreichen...

Beim Sturm auf die Waffenfabrik verschwindet Jedi-Meisterin Luminara, die dem flüchtenden Erzherzog folgt. Obi-Wan und Ki-Adi-Mundi machen sich mit einem Platoon Clone Troopers auf die Suche nach ihr. Doch ihre Spur führt sie tief in die unheimlichen Höhlen von Geonosis. Hier trifft der Trupp zu seinem Entsetzen auf untote Gegner...

Ahsoka und Barriss sind an Bord eines Versorgungsschiffs, das sich auf dem Weg zurück in republikanischen Raum befindet. Doch das Schiff ist ein fliegender Sarg – an Bord befinden sich nämlich gefährliche blinde Passagiere: geonosianische Hirnwürmer. Die Kreaturen machen ihre Opfer zu willenlosen Sklaven im Dienste fremder Herren. Bald muss Ahsoka gegen ihre eigenen Klontruppen ums nackte Überleben kämpfen

Während sich Ahsoka alleine mit Letta Turmond trifft, um mit der Frau unter vier Augen zu sprechen, stirbt Letta auf mysteriöse Weise. Umgehend wird Ahsoka des Mordes beschuldigt und festgenommen, obwohl sie beteuert, nichts mit der Sache zu tun zu haben. Ahsoka sieht keinen anderen Ausweg für sich als die Flucht in die Unterwelt, um dort Beweise für ihre Unschuld zu finden.

Ahsoka ist auf der Flucht vor der Republik und hält sich in der Unterwelt von Coruscant auf. In einem Lager glaubt sie, endlich Antworten auf ihre Fragen zu finden. Anakin Skywalker und Plo Koon haben sich indes auf die Suche nach ihr gemacht und finden sie relativ leicht, während der Schurke, der Letta Turmond getötet hat, weiterhin auf freiem Fuß ist.

Ahsoka wird gefangen genommen und steht nun wegen eines Mordes vor Gericht, den sie nicht begangen hat. Obwohl Ahsoka wegen dieser Anschuldigung vom Jedi-Orden ausgeschlossen wurde, glaubt Anakin Skywalker weiterhin an die Unschuld seiner Freundin und begibt sich auf die Suche nach dem wahren Mörder. Tatsächlich wird er bald fündig.