Republikken opdager et seperatist-laboratorium til biologiske våben skjult på planeten Naboo. I stedet for at vente på hjælp, udforsker Padmé sagen sammen med Jar Jar. Anakin, Ahsoka, Rex og Obi-Wan når frem og følger efter hende. De finder ud af, at senatoren bliver holdt fanget af den ondskabsfulde dr. Nuvo Vindi. Den gale videnskabsmand har udviklet en dødbringende virus til seperatisterne. Vindi truer med at detonere en bombe og slippe virusen løs!

Selvom laboratoriet er blevet lukket ned, lykkes det dr. Vindi at slippe den frygtede Blue Shadow-virus løs og inficere Ahsoka, Padmé og mange klonsoldater. Sygdommen er dødelig indenfor 48 timer. Anakin og Obi-Wan må drage til den mystiske planet Iego for at sikre den eneste kendte modgift. Anakin og Obi-Wan ankommer til den mystiske planet og finder ud af, at beboerne lever i frygt for en mystisk kraft, der dræber alt, der forsøger at forlade planeten. Med hjælp fra Jaybo Hood, en kvik Iegoansk dreng, må Anakin og Obi-Wan løse planetens mysterie, før de kan tage afsted, og før alle dem, der er inficeret med seperatisternes virus, dør!