Republikken opdager et seperatist-laboratorium til biologiske våben skjult på planeten Naboo. I stedet for at vente på hjælp, udforsker Padmé sagen sammen med Jar Jar. Anakin, Ahsoka, Rex og Obi-Wan når frem og følger efter hende. De finder ud af, at senatoren bliver holdt fanget af den ondskabsfulde dr. Nuvo Vindi. Den gale videnskabsmand har udviklet en dødbringende virus til seperatisterne. Vindi truer med at detonere en bombe og slippe virusen løs!