Nachdem eine verheerende neue Waffe der Separatisten zugeschlagen hat, kämpfen Jedi-Meister Plo Koon und seine Klonsoldaten ums Überleben, während sich Anakin und Ahsoka auf die Suche nach ihnen machen.

Luminara Unduli und Ahsoka Tano haben Nute Gunray in Gewahrsam genommen und schließlich an Hauptmann Argyus und seine Senatskommandos übergeben. Nun müssen sie verhindern, von Separatisten-Streitkräften entführt zu werden, die von Asajj Ventress angeführt werden…

Durch eine Geiselnahme wollen die Kopfgeldjäger erreichen, dass Mace Windu zu ihnen kommt. Unterdessen machen sich Plo Koon und Ahsoka auf die Suche nach ihnen. Es gelingt ihnen, Boba Fett und die anderen in der Unterwelt Coruscants aufzuspüren. Schließlich kommt es auf Florrum zur Konfrontation...

Fünf eigenwillige Klone absolvieren ein Training auf Kamino. Sie sollen als Team zusammenarbeiten, doch ihre Starrsinnigkeit bereitet ihnen große Probleme...

Im äußeren Rand herrscht das blanke Chaos. Der Planet Felucia ist in eine Schlacht zwischen Republikanern und Separatisten verstrickt. Unter Anakin Skywalkers Führung wagen Klonpanzerdivisionen einen Vorstoß in das von Separatisten kontrollierte Gebiet. General Grievous schickt unterdessen Verstärkung, um seine Macht zu sichern...

Ahsoka wurde gefangen genommen und in einem unwirtlichen Dschungel als Freiwild ausgesetzt. Während Anakin verzweifelt nach seiner Schülerin sucht, heften sich blutrünstige Verfolger an Ahsokas Fersen. Die trandoshanischen Jäger wollen Rache...

Das erste Treffen zwischen den Abgesandten beider Lager wird im Thronsaal der Regentin Satine Kryze abgehalten. Überraschend für alle taucht plötzlich Lux Bonteri auf, der Dooku beschuldigt, an der Ermordung seiner Mutter beteiligt gewesen zu sein. Um sich zu rächen, hat Lux sich der Terrorgruppe Death Watch angeschlossen. Ahsoka will ihrem Freund helfen und wird in seinen Plan hineingezogen.

Anakin, Obi-Wan Kenobi, Ahsoka und Rex reisen nach Onderon, das ebenfalls gefallen ist und inzwischen unter der Herrschaft der Separatisten steht. In der Wildnis des Planeten hat sich eine kleine Gruppe Rebellen versteckt, die Onderons Hauptstadt Iziz zurückerobern will. Dazu brauchen die Aufständischen, unter denen sich auch Lux Bonteri befindet, allerdings dringend Hilfe von außen.

Ahsoka wird gefangen genommen und steht nun wegen eines Mordes vor Gericht, den sie nicht begangen hat. Obwohl Ahsoka wegen dieser Anschuldigung vom Jedi-Orden ausgeschlossen wurde, glaubt Anakin Skywalker weiterhin an die Unschuld seiner Freundin und begibt sich auf die Suche nach dem wahren Mörder. Tatsächlich wird er bald fündig.

Klonkadett Tup leidet an einer schweren Nervenkrankheit, die letztlich den Tod eines Jedi-Meisters zur Folge hat. Um die Beweggründe für das Attentat herauszufinden, wird Tup zur Untersuchung zurück nach Kamino geschickt. Anakin ist Mitglied des Begleittrupps, doch dann werden sie von Separatisten angegriffen...

Klonkadett Tup wird in den sterilen Labors von Kamino untersucht, um die Gründe für sein schockierendes Attentat auf den Jedi-Meister herauszufinden. Dazu muss der Kadett Fives tief in sein Bewusstsein eindringen: Er stößt auf eine verborgene Code-Manipulation im Klonprogramm der Republik.

Der Körper des Klonkadetten Tup wird nach Coruscant gebracht, wo er von den Leibärzten des Kanzlers untersucht werden soll. Kadett Fives stellt selbstständig Nachforschungen an und findet heraus, das ein modifizierter Code in den Gehirnen aller Klone versteckt wurde...

Fives sucht weiterhin nach Antworten auf die mysteriöse Tat des Klonkadetten Tup. Er sucht das persönliche Gespräch mit Kanzler Palpatine, doch plötzlich wird er beschuldigt, ein Attentat auf den Kanzler verüben zu wollen. Daraufhin ergreift Fives die Flucht...

Während sie auf dem Planeten Scipio weilt, um eine Hilfsmission zu gründen, wird Padme Amidala von ihrem alten Rush Clovis zur Hilfe gerufen. Clovis fürchtet sich vor dem Kopfgeldjäger Embo, weil er gegen die Korruption auf seinem Planeten vorgehen will. Gemeinsam mit Padme versucht er, den Planeten zu verlassen und Hilfe zu holen...

Zurück auf Coruscant, wird Clovis aufgrund eines dubiosen Handels zum Chef seines von Korruption durchzogenen Clans ernannt. Anakins Misstrauen gegenüber Clovis sorgt für Spannung in der Beziehung zu Padme...

Nachdem er einen Pakt mit Count Dooku eingegangen ist, findet sich Clovis plötzlich im Krieg wieder. Da er den Krieg auf seinen Heimatplanenten Scipio gebracht hat, muss die Republik einschreiten.

Die friedvolle Welt Bardotta wird durch eine uralte Prophezeiung bedroht, doch ausgerechnet jetzt sind die spirituellen Führer des Volkes wie vom Erdboden verschwunden. Deshalb rufen die Bewohner des Planeten ihren Botschafter im Senat um Hilfe an. Und Jar Jar Binks gelingt es tatsächlich, Jedi-Meister Mace Windu von der Wichtigkeit der Aufgabe zu überzeugen...

Damit eine dunkle Prophezeiung erfüllt werden kann, hat ein mysteriöser Kult Julia, die Königin des Planeten Bardotta, entführt. Jetzt müssen Jedi-Meister Mace Windu und der Senatsbeauftragte Jar Jar Binks alles daran setzen, um den Kult aufzuhalten. Falls ihnen das nicht gelingen sollte, könnte der Kult eine unheilvolle Macht entfesseln...

Jedi-Meister Sifo-Dyas ist vor Jahren unter mysteriösen Umständen ums Leben gekommen. Als eine geheime Jedi-Mission durch Zufall auf sein Lichtschwert stößt, beginnen Meister Yoda, Obi-Wan Kenobi und Anakin Skywalker, den Tod von Sifo-Dyas nochmals zu untersuchen. Damit sie der Sith-Verschwörung nicht auf die Spur kommen, befiehlt Darth Sidious seinem Untergebenen Darth Tyranus, die Spuren zu verwischen.

Yoda ist tief verunsichert, als er die Stimme seines verstorbenen Freundes Qui-Gon Jinn in seinem Kopf hört. Denn er weiß, dass selbst ein Jedi nicht aus dem Reich der Toten zu den Lebenden sprechen kann. Der Rat der Jedi ist von Yodas Verhalten irritiert und will ihn eingehender untersuchen. Doch mit Hilfe von Anakin kann Yoda aus dem Krankenhaus entfliehen und begibt sich selbst auf die Suche nach dem Ursprung der Stimme.

Yoda reist, von der Macht geleitet, ins Herz der Galaxis. Auf dem Planeten, auf dem er den Ursprung der Macht entdeckt, muss er sich schwierigen Prüfungen stellen. Nur wenn er diese besteht, werden die Weisen ihn als würdig erachten, ihn in die tiefsten Geheimnisse der Macht einzuweihen...

Captain Rex und die Kloneinheit 99 müssen eine gegnerische Basis auf Anaxes infiltrieren.

Anakin Skywalker, Rex und die Kloneinheit 99 machen eine schockierende Entdeckung auf Skako Minor.

Jedi Anakin Skywalker und einige Klone entkommen einer Falle Wat Tambors und helfen einem örtlichen Dorf, sich gegen einen Angriff des separatistischen Admirals Trench zu verteidigen.

Während Jedi Mace Windu und Obi-Wan Kenobi einen Angriff gegen die separatistischen Streitkräfte auf Anaxes führen, infiltrieren die Kloneinheit 99 und Anakin Skywalker ein feindliches Raumschiff, um den Sieg der Republik zu sichern.

Nachdem sie den Jedi-Orden verlassen hat, findet sich Ahsoka Tano in der Unterwelt von Coruscant wieder, wo sie sich mit dem aufstrebenden Piloten Trace Martez anfreundet. Von Traces Schwester Rafa angeworben, um beim Bau gefährlicher Droiden zu helfen, beschließt Ahsoka, ihre Jedi-Vergangenheit geheim zu halten.

Trace trifft eine überstürzte Entscheidung, nachdem sie erfahren hat, dass sie mit ihrem Auftrag dem Pyke-Syndikat helfen würde.

Von den Pykes gefangen genommen, versuchen Ahsoka und die Martez-Schwestern zu fliehen.

Ahsoka feilscht um die Freiheit der Schwestern und macht eine verblüffende Entdeckung.

Anakin und Obi-Wan müssen sich entscheiden, ob sie Ahsoka bei der Verfolgung Darth Mauls oder bei der Rettung Palpatines helfen wollen.

Ahsoka und die Streitkräfte der Republik konfrontieren Darth Maul auf Mandalore.

Nachdem sie Maul auf Mandalore gefangen genommen hat, wird Ahsokas Reise zum Rat der Jedi unterbrochen, als die Order 66 ausgerufen wird, wodurch ihre Welt auf den Kopf gestellt wird.

Ahsoka und Rex müssen ihre Scharfsinnigkeit und Fähigkeiten einsetzen, um das turbulente Ende der Klonkriege zu überleben.